光阴似箭，日月如梭，不觉又将临总统任期的第六年。总统六年一选。这使蒋介石不得不考虑对策。现在蒋虽已七十余岁了，仍精力甚佳，自不甘寂寞；陈诚未死，也必得为儿子小蒋再开道扫路。其实，只要他还有口气，他就不会自动卸职。封建君王们除了李渊、唐明皇等外，有几个自动让位的哩？
为了连选连任，必得制造宪法根据，就如写帝王劝进表一样，总要有此过场才成。于是蒋又策划“国民大会”大法官对宪法进行补充，加上“非常时期总统可以连任”字样。1960年3月，蒋又当选为总统，是为第三次连任。
但是雷震发行的《自由中国》，却书生气十足，事前竟对蒋介石连选连任违宪一事大事反对，并邀集学者讨论和发表文章。如曹德宣写了《拥护蒋总统继续领导而不赞同连任》；傅正写了《护宪乎？毁宪乎？》；杨金虎写了《岂容御用大法官滥用解释权》；雷震本人写了《敬向国大代表同仁说几句话》；左舜生写了《我们对毁宪策动者的警告》。一时间，好像台湾上空刮起了民主政风，可以言论自由了。其实蒋介石是看在眼中、恨在心底，岂容民主之风刺激他的独裁之心。只是碍乎政声，一时未便发作。
1959年2月2日，台北法院终于向雷发了传票，要他到地方法院应讯。当然，法院不能以言论自由为理由传讯他，就说有人（陈怀琪）指控告他三个罪：一个为“伪造文书”；一个为“诽谤名誉”；一个为“触犯惩治叛乱条例，第七条”。雷回去后，胡适特别于中央研究院为他举酒压惊。3月25日，又第二次传讯雷震。
陈是一个下级军人，住在外地，他于1959年《自由中国》第二十卷第二期上发表了两篇文章：一篇是《军人也赞成反对党》，一篇是《革命军人为何要以狗自居？》。雷的编缉部不加考虑，就给发表了。结果陈怀琪本人不认帐，并写长函辩驳，要求全函照刊。《自由中国》只给予更正说明，未发全函。陈即到地方法院控告，说雷犯了以上三个罪。有人说这是蒋经国暗中搞的魔术，但无直接资料，也无法证明。
第二次审讯后，台湾开明派如成舍我、胡秋原等，均不以当‘局如此作法为然’。胡适更撰写《容忍与自由》一文，对蒋氏父子进行了劝说。蒋见如此，暂时鸣金收兵，欲以此起到对雷的警告作用。但雷仍不“觉悟”，于蒋当选后，仍然发表文章责问蒋介石“如何向历史交待？”
蒋介石终于又下了决心，于1960年9月4日上午9时，将雷震、主编傅正、会计刘子英逮捕入狱。罪状又变了内容，先欲以同狱犯洪国式诬陷雷为“匪谍”，但洪不肯干，并同情雷，还要雷说话要当心。继而威胁利诱刘子英，叫刘自认为“匪谍”，刘写其自白书，始完成任务。当局于10月8日便以《戡乱时期检肃匪谍条例》第九条，明知为“匪谍”而不告密检举“罪”和“煽动叛乱罪”判雷徒刑十年，剥夺民权七年。刘判十二年，剥夺民权八年。傅正以“攻讦政府”教育三年。
关于“煽动叛乱罪”是在以上“包庇匪谍”基础上，再罗列《自由中国》的有关文章构成。主要有：（一）“马上就要反攻大陆……颇为渺茫。一个国家的一切作法都是建立在这样一个渺茫的假想之上，这是太不稳健了。……”（二）“假如美国今后改换一个方式，把这种经济援助重心，不专放在各国的政府上面，也放在各国的人民，或严格规定凡接受美援者，必须遵守国内言论自由，保障人权，一切案件公开审判，经济政策符合平民大众利益，及司法独立等为前提条件，那我们相信东南亚各国没有一国的人民反对这种干涉。”（三）“军人生活困难，内心苦闷，实已相当严重。”（四）“我们兹举几项最需要办的事如下：取消一党专政；取消党代军队；取消浪费青年生命，制造个人势力的青年反共救国团；取消党化教育。”（五）“司法成了政治乃至政党的工具”；司法者、警察、税吏是台湾的“三害”；“可是在若干台湾人的心目中，统治台湾的是大陆人”；“在中央各院部会中竟没有一个台湾人，这是不是能够使台湾人相信我们自己已经恢复了国家主人翁的地位呢？”（六）“自古及今，统治者太专横，太霸道，太自私，以至叫人忍无可忍的时候，大家就要冒着生命危险来反抗的。”又：“国民党如果执迷不悟，自私自利，那么只有等待再革命吧！再流血吧！”
用这些文字证明雷震是一再鼓动人民效法韩、土（土耳其）政变，掀起流血革命，企图颠覆政府。
这些引证，在美国或欧洲各国，当然不是什么鼓动人民颠覆政府的叛乱，而在蒋介石看来当然就是叛乱行为了。当然，蒋对雷震以标榜民主、自由为宗旨的《自由中国》，早就皱眉头讨厌了但碍于舆论，仍是一直忍着，从50年代初忍到了1959年，共力个年头。
在蒋的忍耐中，雷和《自由中国》的民主思想日益发展，反对蒋氏独裁和一党专政的呼声，也日益强烈。蒋介石于1956年七十大寿时，便有意地号召“国人”各抒己见，以“集纳众议”，并婉谢祝寿。他说：“婉谢祝寿，以六事咨询于国人，均盼海内外同胞，直率抒陈所见，俾政府洞察舆情，集纳众议。”
《自由中国》真的响应了号召。在歌颂蒋氏的开明之后，不免说出几句真言。胡适并选写《述艾森豪威尔总统两个故事给蒋总统祝寿》，奉劝蒋氏做一个无为而能乘众势的元首。其中有无智而能“御众智”，无能无为而能“乘众势”的语句，使蒋介石大为恼怒。对此，由其长子蒋经国出面，于1956年12月，发出特字第九十九号文件，以盖着极机密印记的特种指示，对《自由中国》列出九条罪状和对策：
（一）《自由中国》图谋不轨，颠倒是非，有政治野心。（二）明确它是思想上的敌人。（三）《自由中国》的言论与吴国桢的“滥调”如出一辙，是中共的“统战阴谋”。（四）对于思想上的敌人，以大陆失败为教词，势不两立。（五）党内和军内刊物，针锋相对，进行批驳。（六）以口头、耳语、读者投书方式，进行心理上的反击。（七）暂时不点刊物名字，只攻击“毒素思想”。（八）要全体党员用心研读。（九）区分部以上各级党组织商讨具体执行办法。
于1957年1月，蒋氏以《向毒素思想总攻击》的六十一页的小册子于军中发行，对《自由中国》言论进行“批驳”。蒋氏如此大动干戈，原因很简单，因《自由中国》是一面民主与自由的旗帜，是唤醒台省民众反对专制独裁的号声，也是其实行愚民政策的最大障碍，对此如不加以攻击和批判，蒋氏何能安心和安稳呢？
这本小册子的主要内容是批驳和教训之中定下了十项准则。其中心大意是绝对服从蒋介石和国民党的领导，不许反对，否则就是共产党。对于国民党的历史，小册子是这样说的：
“国民革命是由中国国民党领导的，中华民国亦是中国国民党一手建立的。有中国国民党就有中华民国，没有中国国民党就没有中华民国。现在台湾的中华民国政府，没有中国国民党领导支持，大家能想象吗？所以国与党，党与国两者是不可分的。”
这是说非国民党无人可以治国。中华民国既是由国民党建立的，就必由国民党来领导，国民党和国家是二而一，一而二的。因而国家必由国民党一手包办。但是宪法是仿欧美民主国家宪法而定的，其中有“全国海陆空军须超出个人、地域及党派关系以外”的规定，怎么办呢？对此，小册子进行了三民主义与国民党的不可分割的关系辩解：“宪法如此规定是不错的。但他忘记了宪法的另一重要规定，即宪法第一条规定：‘中华民国基于三民主义，为民有民治民享之民主共和国’，宪法第一条是开宗明义，为全宪法纲领，亦就是中华民国的立国精神。中国国民党是信仰三民主义的，现在军中设立党部，以三民主义来教育全国陆海空军官兵与宪法规定中华民国立国精神是符合的。”
前面说军队超出党派关系是对的，而此处又说中华民国的立国精神是三民主义，因而军队中设立国民党党部，又是正确的，符合“立国精神”的。前后本来矛盾，此处转了一个圈，又使矛盾统一了，实际上是后者否定了前者。
接着文中又说军中无党部是大陆失败的基本原因，故而军中设党部“是革命事实需要”。
至于西方国家军中无党部，是自有其传统，而中国国民党的军队中，则是有70%以上的兵是国民党党员，怎么能取消军中的国民党党部呢？如果不设党部，军队就会瓦解等等。
对于胡适的祝寿文章，小册子更进行了严厉的斥责，说批评领袖就是反革命分子。文云：“某刊物批评总裁个人，阴谋毒辣！因为国民革命历史证明，领袖与群众为决定革命事业成败的基本条件。广大革命群众如果一心一德，坚决服从大智、大仁、大勇的革命领袖的领导，则革命事业必获进展与成功；反之必然遭遇到重大挫折与失败。阴狠毒辣的反革命集团，对此深深了解，所以他们破坏革命事业的一贯策略，就是攻击革命领袖，分化群众对领袖的信仰。”
这表明蒋氏或者蒋经国，是不能批评的，如果批评，就是阴谋毒辣的反革命集团，就是破坏领袖对革命的领导。因为革命要成功，广大群众就必须一心一德地服从领袖。这当是与民主主义的政治完全不相容的。蒋对孙中山就不是绝对服从，而是既有不服从调动，也有抗命和批评，而孙中山都能予以理解和谅解，并十分信任他。而他却反过来，既不许不服从，也不许批评，俨然是一个皇帝。总之，在对胡适的严厉的反唇相讥中，完全暴露了蒋氏在台的独裁和专断。
接下去，小册子又把这种“攻击”和中共相联系，怀疑胡适等背后有中共指使，更是荒唐到极点。民主人士要说上点民主的话，就诬指为和敌对政党有联系，以镇压之，这和民主政治实相去十万八千里。确系赵高指鹿为马的老把戏。有人把蒋氏的此种作法又称之“狼来了”的歇斯底里。
不过，蒋氏总还忍耐了将近十年的时间，容《自由中国》发表己见，在封建主义控制下的政坛上，也是难能的了。
对蒋氏的这种违反民主政治的专断，美国人最是看不惯的，圣路易城的《邮讯报》于9月9日发表了专门评论，其中关于《自由中国》和“叛乱”的关系问题有如下明白的态度：
“叛乱的定义是‘意图叛乱，却因公开的行动而无法达之行为’；显然的，在中华民国反对蒋总统就是叛乱。雷先生的《自由中国》杂志，据说曾刊载过那些讨厌的看法。例如，蒋总统的政府太弱，无法光复大陆；党化蒋总统的军队；美国应该监督其对台湾美援的处置，以保障人权。这些意见听起来都不像叛乱，美国政治人物在总统竞选中要说比这些更坏得多的事物。”
美国参议院外委会主席傅尔布莱德亦为之气愤，他说：“也许他（雷震）是一个恶棍，但看样子，却像是清算反对党。”
《纽约时报》也发表文章，指出雷震的“真正罪名，非常简单，他打算领导一个对抗国民党的真正反对党”。并说：“自由中国在哪里呢？它自然不在大陆，但也没有在台湾。”
在美国，总统可以自由竞选，而蒋却一再连任，毫无限制。美国反对党反对政府现行政策，竞选时或平常里均可以自由地批评并受宪法保护。对蒋的这种作法，美国人当然看不惯，甚至是气愤的，这就是“中华民国”和西方、和美国的最大不同。
因此，蒋对国际人士谎说：“已有匪谍在幕后活动”，而不敢说扣押雷震是因为反对他本人。这种说谎本身，就是理亏的遮羞手法，他或者也感到难为情。
费正清教授也于1960年10月27日在麻州提出强烈抗议。他说：“台北这些高压的‘警察的行动’……是对于大多数有现代头脑的中国人的一种冒犯，和对于友好的美国人民的一种侮辱，这已由普遍的美国新闻评论明白地显示了出来。”
香港新闻界更是对蒋介石的如此镇压手段，大力抨击和挖苦。《星岛日报》载文指责蒋氏的作法一如清末之倒行逆施。该文说：“天祸中国，六十年风水‘返转头’，庚子年来了，又像六十年前一样，……当年是清朝的末代，措施每多倒逆，戊戌政变，捕杀六君子等，都是末代王朝的衰象。现在正要号召‘中兴’，岂可重蹈六十年前的覆辙？但是不祥的事接二连三地来：拘捕政治活动者；拘捕出版人；大兴文字狱。可怖之事孰过于此……”。《工商日报》转载《德臣西报》社论云：“蒋氏统治台湾一天，……不幸的雷震，将会像……张学良一样，不能希望可以获得宽大待遇，……国民党如容许这些措置，应该抹去自己的暴拙饰词，不要把所据的中国小块土地冠以‘自由’两字了。”
但蒋不管国际舆论，也不理联合国人权保障委员会的减免雷氏刑期三分之一的要求，将雷震执刑十年，一天不少。
此外，《时与潮》也因“政治问题”以及自励诗，停刊一年。殷海光亦因是《自由中国》主要人物和有关政论文字，备受迫害，终于含恨而死；其他如李敖，也因激烈批评国民党子1971年3月被捕入狱，次年被判徒刑十年。一时间，台湾岛上一片安静，只有“蒋总统万岁”的声浪起伏了。如果蒋氏在台实行民主政治，则台省的经济、文化发展，当取得更大成就，真正成为均富之区。
在1958年8月23日海峡两岸炮战前夕，蒋整夜研究金门防务，至午夜三点钟时，肚子饿了，又无东西吃，便叫厨子做鸡蛋饭吃。宋美龄对生活的料理，亦及于此处。
炮战期间，美国国务卿杜勒斯于9月的最后一天，对记者发表谈话时，表示说：
“蒋总统派遣如此大军防守金门和其他外岛，实是不智之举。这些军队如在和中共安排的可靠停火之下撤退，才是明智与谨慎的。”10月1日，蒋则针对杜氏之言，令秘书沈剑虹作答说：杜的立场“和我们的立场相反”，拒绝了杜的建议。10月23日，杜氏表示同意蒋的意见。蒋终于将金门等岛固守下来。这对蒋氏当然是至关重要的。
