石头城失陷后，元帝惊慌失措，乱了阵脚，命令京城的所有军队全部出动，发誓要夺回石头城。于是，各路大军对石头城发起猛攻，但是战争毕竟要实力说话，刁协、刘隗、戴渊各自率领军队与王敦激战，均被打得大败，难以攻下石头城。
接着，王导、周岂、郭逸、虞潭等悉数出战，也没有打过王敦，均遭败绩，使建康城能用之兵损失殆尽。
刁协、刘隗被王敦打败后，狼狈逃回，与司马睿在太极殿相见。司马睿见到二人痛哭流涕，并劝二人：“势危矣，王敦最恨的是你二位，还是赶紧逃命去吧！”
二人哭着表示：“臣只有一死，不敢有二心。”
司马睿命令手下给刁协与刘隗备好马匹，叫他俩速速逃命。刁协年事已高，骑不了马，招募来的随从走到半道，一哄而散，只剩下刁协一人。走到江乘时，被人杀死，头颅献于王敦。
王敦还算有点良心，叫刁协的家人将其收葬。司马睿对刁协之死十分痛惜，后来秘密派人将杀死刁协之人捕获杀死。
刘隗则逃到了淮阴防地，遭到北中郎将，充州刺史刘遐的袭击。刘隗无奈之下只得带领家属、亲随200多人，向北投奔石勒。石勒任命他为从事中郎、太子太傅。
元帝司马睿与王敦在对决中彻底失败，王敦既然占领了东晋的中枢，本该入宫面见圣君才对。但是胜者王侯败者贼，王敦哪把司马睿放在眼里，任士卒随意劫掠，使宫廷百官、后宫嫔妃每天惊慌不已，逃跑的也不占少数。
元帝身边只有安东将军刘超率领部下宿卫宫中，和两位侍中陪伴左右。
司马睿看到京畿之地，王敦和他的属下为所欲为，既愤怒又无可奈何，对左右说道：“他王敦想得到皇位，何不早说，何苦这样残害百姓。”司马睿脱掉戎装，身着便服，派人向王敦传话：“公若不忘本朝，则天下可以安定。如果你还不满意，朕当归琅邪，以免堵塞贤路。”
司马睿已经做好了离开皇帝位子的准备。
元帝司马睿既然已经表达了可以退位的意思，王敦这时候一手掌握着京城，一手驾驭着军队，完全可以废掉司马睿。但是王敦也算个奇人，却没有这么做，而是不搭理司马睿。司马睿无奈，只得命公卿百官去石头城拜见王敦。
王敦与众臣施礼已毕，居于上座，完全是一副主子的样子。他戏问手下败将戴渊：“前日之战，还有力气吗？”
戴渊坦率直言：“哪里还敢再战啊，实在是气力不足了！”
王敦又问：“吾现在的举动，天下以为如何？”
戴渊不卑不亢，略带讥讽地回道：“看见的都说大逆不道，老实的都说是忠臣。”
王敦笑了：“卿可谓是能说会道之人。”
问完戴渊，王敦又扭头向周岂埋怨：“伯仁，你对不起我！”
周岂满脸的不在乎：“公沿江而下，太顺了，实在没有想到，这么快就来到建康。下官亲率六军，作战不能成功，使朝廷军队溃败，真是对不起圣上。”
这话说得王敦也无法回答。
王敦见了王导，埋怨说：“过去你不听我的话，非要立这个司马睿做皇帝，你看看，咱们王家差点儿遭到灭门之灾。”
王导回道：“要不是元帝手下留情，我王氏宗族在京城之人，怕是早已没有一人。”
元帝没有办法，此时已是寄人篱下，只能下诏，任命王敦为丞相、都督中外诸军事，录尚书事、江州牧、封武昌郡公。司马睿知道王敦历来对太常荀崧十分敬重，所以就派荀崧去石头城拜见王敦。
王敦这时候余怒未消，不给元帝丝毫面子，坚决不受官。司马睿一看王敦不接受官职，心里不安，就在广室殿召见周岂，问道：“大事平息，二宫没出乱子，诸人平安，王敦是否还有别的事？”
周岂回道：“一切太平，但做臣子的安危，就不好说了。”
当时，护军长史郝嘏曾劝说周岂，躲避王敦的风头。周岂却慷慨答道：“我是朝廷大臣，朝廷失败，怎可以荒草中求活，外逃依附于胡越呢！”
王敦在这场政治、军事角逐中大获全胜，虽然刁协和刘隗死的死，逃的逃，但是对这些建康中剩下的大臣，仍然很不放心。王敦的参军吕猗，曾和戴渊有过矛盾，一直怀恨在心。看到机会来了，就对王敦进言：
“周岂、戴渊，这两人都有很高的名声，足以蛊惑人心。如果不除掉，还让他们执政的话，怕是日后留下后患。”
王敦本来就对二人颇为忌惮，早就想除掉，不过二人一个是南人之望，一个是北人领袖，处理起来还是相当棘手。于是，王敦找到王导，试探着问：“戴渊和周岂是南北之望，如果让他们做三公应该可以吧？”
王导不答。
王敦接着问：“尚书令、尚书仆射总可以吧？”
王导依然沉默不语。
王敦急了，最后说道：“如果这也不行，那也不行，只有杀掉好了。”
王导还是没有吱声。
于是，王敦就派部将邓岳、缪坦去逮捕戴渊和周岂。周岂临死前面不改色心不跳，大呼：“贼臣王敦，颠覆朝廷，枉杀忠良，神明有知，也当诛杀此贼！”
后来王导检阅旧日文书时，方才看到昔日周岂救自己的奏疏，流着泪说：“我虽不杀伯仁，但伯仁由我而杀，糊涂啊负此良友。”
周岂和戴渊的被杀当时引起不小的波澜。王敦进驻石头城时，曾给谢鲲说起，打算任命周岂为尚书令、戴渊为尚书仆射。在王敦逮捕周岂、戴渊的当天，王敦问谢鲲：“近来人心怎么样？”
谢鲲还不知道周、戴二人已经为王敦逮捕，趁机建议说：“如果能重用周岂与戴渊，谣言自然平息。”
王敦一听大怒，骂道：“俩人已经抓起来了，怎么还要替他说话。”
谢鲲素来敬重周岂，听了这话，不知所措。
王敦的参军王峤苦谏王敦说：“周岂和戴渊二人，威望甚大，如果杀了他俩，怕是寒了满朝文武的心。”
