秦始皇统一六国，虽然说是他军事上的成就，但是，他最重要的成就却是确定统治全国的基本方针。秦始皇统一天下后，在首都咸阳召开会议，讨论统治新领土的方法。在会议中，封建诸侯、实施间接统治的意见最强而有力。可是，受韩非影响的李斯却提出崭新的意见，认为封建制有大缺点。他说：“看看周朝的例子就可以知道，文王封亲族为诸侯的时候，团结力很强，但到子孙，关系就逐渐疏远，不久彼此就打起仗来，用周天子的力量也无法压制住。封建在最初的时候还好，可是，将来就叫人担心了。因此，我们必须用郡县制实施直接统治，不让皇太子或功臣做诸侯，但是可以把征来的租税给他们。”多数大臣都反对李斯的意见，依然主张封建制。可是，秦始皇毅然采纳李斯的郡县制方案。当时秦始皇只有三十九岁。
秦始皇首先把全国分为三十六郡，而后再把郡分为县，郡设守跟尉，由中央政府任命，完成了中央集权的统治体制。
秦始皇是个精力十足的人，一切事情都由自己裁决，据说，他一天若不亲自裁决重达一百二十斤的文件，就睡不好觉。在这以前，由于天下分成七国，因此度量衡等一切事物，各国都不相同。这对统一帝国的施政很不方便。秦始皇首先统一了度量衡的单位。接着又实行“车同轨”，因为中国黄土地带的道路，车子走过之后会留下很深的沟，车轨若不一致，情况会更糟。接着又统一文字，把六国的文字写法都按秦的写法统一起来，这也是文化上的大事。
秦统一六国以前，各国的币制都不相同，有刀、布、圆钱、铜贝（铜制的贝）等。刀流通于齐、燕、赵等北方国家，布流通于韩、魏、赵，圆钱流通于秦等西方国家，铜贝则流通于楚等南方地方。此外，从战国时代起，金也被用作高值的货币，称为百金、千金，但其单位也不统一。为了使这混乱的局面得以消除，秦始皇以金为上币，以半两铜钱为下币。币制的统一使全中国成为一个市场。上面这些统一政策可以说是秦始皇最伟大的贡献，中国的统一规模大致也决定于此。从这些方面看来，我们似乎不能不说秦始皇是个伟大的政治家，虽然他本身有许多缺点。
秦始皇为了建立秦国的权威而自称“皇帝”，并废除谥号，认为谥号是“子议父行，臣议君”的不敬行为，因而自己的名应该由自己来取。同时又制定了“朕”、“诏敕”、“制”等天子专用语，以表示天子的威权。此外，他为了使自己的功业能永垂不朽，使自己神圣化，便在泰山等名山竖石自赞。在巡行的时候，他也常向人民颁示道德上的训词，譬如会稽山石碑便刻有一段话，大意是：“有孩子的寡妇再婚，是对死者的不贞。严内外之别，禁淫泆，男女都需贞洁。”这段话也可以说是道德的统一。此外，秦始皇为了便于统治六国的豪族，把全国约十二万户的豪族都迁移到首都，一方面便于就近监督，一方面又可使首都显得壮大热闹，这是“本大末小”的中央集权思想的表现。
