从厦门到长汀行程八百里，要渡过鹭江、九龙江，越过崇山峻岭。本来就断断续续的公路，为防止日军登陆，早被挖成一段段的城堞，不用说行车，徒步也得弯弯曲曲地走。加上土匪出没、车辆罕见，三百多名师生肩扛手提行李和书籍，走了整整二十三天才到达长汀。一九三八年一月十二日，图书、仪器、标本、设备等陆续运到。等掉队的老教授和女生到齐，萨本栋的清点结果是：学生二百三十九人，教职员工八十三人，其中教授十八人，副教授四人，讲师八人，助教十四人。这就是厦门大学的全部家底。
经过多年的红白拉锯战、多达五次的“围剿”和“反围剿”，古汀州的文化已遭到重创，建筑被毁、人文凋零，按周辨明博士的说法是，“举目凄凉无故物”。
厦大校址位于北山麓文庙、万寿宫一带，与长汀中学校舍紧密相连。学校以长汀文庙为办公场所，借一座破楼做女生宿舍，租一家饭店给教授安身栖息。萨本栋和太太黄淑慎，儿子萨支唐、萨支汉全家四口住在破落的仓颉庙，收拾出两间空房凑合成卧室和饭厅。从十里洋场的厦门，到穷僻落拓的长汀；从雕栏石砌的高楼大厦，到画栋剥落的破败庙宇；从富贵繁华到简朴寒碜，这其间，转变得太惊人了。许多女生脑筋拐不过弯来，走进校门擦的不是汗水而是泪水。
萨本栋顾不了女生的眼泪，他首先要解决同学们的肚子问题，这些小青年正是长身体的年龄啊。萨本栋拜访专员秦振夫、县长黄恺元和几家被拉锯战吓破了胆的幸存富户，多方化缘，派人到产粮区采购糙米。山城长汀比厦门冷多了，刺骨寒风钻进破宿舍楼，吹得衣衫单薄的外来学子无处躲藏。当食堂新砌的灶台煮出热气腾腾的糙米饭时，同学们敲响搪瓷碗欢呼雀跃，有沙子、含泥土的糙米饭在这帮饥肠辘辘的年轻人看来，胜过满汉全席。萨本栋看在眼里，既欣喜又心酸。不，这样会营养不良的。
萨本栋又将驻军赞助来的两麻袋黄豆，交给伙房并交代一定要煮烂。走出茅草搭盖的食堂，萨本栋还是不放心，倒回去叮嘱师傅：“一定要煮烂啊，越烂越好。”师傅说：“萨校长，黄豆太烂就难吃了。”萨本栋说：“我不是要同学们觉得好吃，而是要他们多吸收营养。”学校给学生提供早餐配黄豆、中餐配青菜的食谱，饭不限量，可以放开肚皮吃，节假日还有豆腐和肉丝，基本保证了学生的身体健康需要。在那个民族危亡的特殊年代，这可是天堂般的日子。
好了，学生说得上是有饭吃有课上，可是实验室怎么办？没有实验室，教学无法开展，那些费了九牛二虎之力从厦门搬来的玻璃仪器也派不上用场。萨本栋与化学系主任刘椽教授一起，带领师生将长汀的一座监狱改成了实验室。萨本栋对这个宽敞的实验室很满意。这里桌椅齐备，大多数实验一人一组，每个学生都有机会独立操作。
萨本栋来不及高兴问题就又来了，实验要用水，长汀没有自来水，怎么办？大家在实验室后面堆个土墩，用陶瓷大缸储存清水，再用竹管导进来。热源要靠酒精灯，可是去哪里找酒精呢？大家想到长汀的泥炉、木炭，问题是炭炉温度难以调节，做饭可以，做实验是行不通的。经过几个月的摸索，酒精分馏器终于制成，每天可以从客家米酒提炼出三至五升酒精，解决了酒精灯的燃料问题。
师生们还自己动手，自制出实验用的酸碱。萨本栋厉行节约，实验时，蒸馏水要从洗瓶吹出一点细流，倒出来就浪费了；配好的药品要滴出来，不能直接倒出来。由于萨本栋和老师们的精心设计与有效管理，在艰苦卓绝的环境下，理工科的同学们得到了应有的实验训练。
长汀没有电，萨校长将政府配给自己的小汽车上的发动机卸下来，作为发动机，连接交流发电机，向教室和阅览室供电，给同学们的学习带来光明。
教材不够，学生们轮流阅读，人停书不停。中文类的教材干脆让学生自己抄上一遍，以强化记忆。
战乱让多少家庭流离失所，许多同学到了长汀就再也联系不上父母，有的同学家里本来就穷困，即便家里过得去的，钱也汇不到这个千里之外的山城。如此这般，使得大部分学生成为特困生。萨本栋这个年仅三十五岁的校长，就成了同学们眼巴巴的指望。为了让这些受伤的心得到安慰，萨本栋制定措施：学生可以申请战区学生贷金，每月八元，毕业后就业时清还。
为了给学生提供更多的兼职机会，萨本栋放下博士校长的身段，四处求爷爷告奶奶，把学生介绍到校外兼职工作，解决了他们的燃眉之急。长汀中学就像是厦门大学的附属中学，除了黄恺元县长兼任校长和数学老师林钟鸣外，其他主要老师都是厦大来的。当年在长汀中学读书的著名画家罗炳芳对厦门大学中文系的朱一雄同学心存感激，认为没有他的绘画指导，自己就不可能考上中央美术学院。厦门大学在校生的兼课，提高了长汀中学的教学质量，当时的福建，除了省教育厅督办的永安中学和福州一中外，就推长汀中学。
政府经常不能及时拨下经费，为维持员工生计，萨本栋率先执行减薪，按三至五成支领校长薪俸。为节省经费，萨本栋规定领导和教授不得安插自己的亲属在学校工作。萨本栋的夫人黄淑慎毕业于北京师范大学，是标枪名手，虽然当时厦门大学很需要体育女教师，但萨本栋带头遵守规定，让太太担任完全义务性质的女生指导员，不领一分薪酬。
艰危的时局、简陋的条件、匮乏的物资，使得师生从信念到风尚都发生彻底的转变。全校上下提倡朴实的学风，全力加紧研究学术与培养技能，师生们埋头苦干，目的是要培养一大批基础知识扎实、实践能力过硬的毕业生，以拯救国家民族。这就是萨本栋的梦想——读书救国。
