改革方案认为，法国现行的高等教育体制，是综合大学和大学校并存的“双轨制”。这种在法国特定历史条件下形成的独特教育体制始于18世纪中叶，其发展经历了两个多世纪。随着历史的演进，大学成为法国高等教育民主化的体现，而大学校则代表了法国的精英教育，传统上与企业界保持着密切联系。这两类学校在办学模式、条件、教学、学制、管理等方面区别甚大，而又长期互相“隔绝”。1968年和1984年两次高等教育改革虽然开始打破大学和大学校之间的壁垒，二者在教学和研究方面互相配合，但仍保留各自的基本特点。为适应当代知识创新和科学技术飞速发展的特点，大学与大学校应加强合作力度，发挥各自优势，相互靠拢，成立共同的“高等教育园区”（PRES），并组建由多个大学、大学校或高等教育园区共同组成的“省区大学园”（PUP）。省区大学园所属的学校并不要求地理上分布在一个省或一个大区内，它可以通过内部网络集中边远地区的学校，甚至一些周边国家的学校，协调课程设置、教学与科研，教师相互流动，共建等值的学位文凭，实行资源共享等。方案设想法国将来应有8个分布均匀的优秀省区大学园。省区大学园有利于大学和大学校实现优势互补，有利于提高法国高等教育的整体办学效率和竞争力。
改革方案提出改革大学现行学制，将大学原来的三个阶段改为新的三阶段，即3（年学士）—5（年新硕士）—8（年博士）学制。新的大学学制，有利于法国高等教育结构改革，便于与欧盟及其他国家的学制接轨和学位对等。方案提出由大学和大学校共同组建博士学院，共同培养新硕士和博士。
改革方案强调，建立高等教育的欧洲模式，从现在起逐步协调一致欧洲的高等教育，首先协调法国的大学、大学校和欧盟其他大学的课程。欧盟内各国的学生要长时期地到另一国学习，或至少到另一国学习一个学期，建立欧洲的学位文凭，如果暂时不能在欧洲所有国家内有效，就先在部分国家里生效。要建立欧洲高等教育统一标准，进行共同的评估。为促进大学发展，建议成立独立的民间高等教育评估机构——高等评估院（ASE）（1984年后曾组建过国家评估机构），其成员由教师、研究人员、管理人员和校外（企业）人士组成，每五年一次对高等教育系统进行评估，分出等级，评估结果与各校教育拨款挂钩，并通过国际互联网加以公布。
另外，改革方案主张改革大学校的招生和运作方式；强调教育公平和民主的原则；强调教育要向世界开放，尤其要吸引外国特别是欧洲的留学生和专家来法国学习或工作；强调创新以及高等教育和企业的结合；强调实验室、图书馆资源的共享，扩大校长自主权以及交换和流动教师；改革现有学制；扩大研究生院规模；保证终身教育，所有劳动者在其职业生涯的任何时候都可以再回到大学学习。努力提高教学质量等等。
（四）《波隆那宣言》
作为欧盟的主要发达国家之一，法国在欧洲教育一体化的进程中有着举足轻重的地位。1998年《建立高等教育的欧洲模式》的改革方案被提出来以后，法国一方面积极参与促进欧盟教育一体化的各个项目和计划的规定，另一方面积极改革国内高等教育的学制和文凭制度，以实际行动推动欧洲教育一体化的进程。
1999年6月19日，欧洲29国教育部长在意大利波隆那共同签署了《波隆那宣言》，即“创建欧洲高等教育区域的宣言”。计划在2010年之前建立一个欧洲的高等教育区域。该宣言旨在：增强各国高等教育毕业证书的相互理解性和可比性；实行本科与研究生两级培养体制；采用欧洲学分转换系统（ECTS）；增强大学生在欧洲范围内的流动性；促进终身学习实践的发展；克服影响大学生、教师、研究者及行政管理人员流动性的障碍，增强学术流动性；加强教育质量保障领域的合作，制定具有可比性的测评标准和方法；加强高等教育领域的“欧洲意识”，增强欧洲高等教育在国际教育服务市场上的品牌效应。各欧盟成员国为实现以上目标的过程被称为“波隆那进程”。《波隆那宣言》之后，欧盟各国部长约2年左右的时间召开一次会议，共同商讨创建欧洲高等教育区域的相关事宜，以促进欧洲教育一体化的进程。法国则逐步将“波隆那进程”的要求引入其高等教育改革中，出台一系列法规，其中最引人注目的是2002年4月8日发布的法规。这些法规有力地推进了法国高等教育的学制及文凭制度改革。
在学制改革方面，法国首先于1999年8月在原学士（licence）和博士（doctorate）学位中间增设了一项新的硕士（mastaire）学位。其次，1999年11月又引进了职业学位（licence professionnelle）以符合欧洲在第一阶段学习中增加职业教育的要求。为防止因称呼不同而在国际领域内引起误解，2002年4月将Mastaire改为“Master”。从2002-2003学年开始，在硕士中又划分为职业项士和研究硕士。2004年秋季，法国已有13的地区实行“358学制”（也称作“LMD学制”）。至2005年，法国所有大学完成学制改革，统一实施“358学制”，即：大学本科为3年，毕业时获学士学位，继续攻读到第5年毕业获硕士学位，其后继续攻读到第8年毕业获博士学位。“358”学制的最大变化是以五年制的新硕士学位取代之前的四年制硕士学位。
在文凭制度改革方面，自2002-2003学年开始，法国所有高等学校完成相应改革，以适应欧洲学分转换制度（ECTS）的要求。
此外，作为欧洲高等教育质量保证网络（ENQA）的成员，法国通过国家评估委员会对高等学校和培训机构进行评估。该评估结果将作为法国中央政府对高等学校拨款和授权的法律依据。
在波隆那进程中，法国高等教育取得了明显的进步，国际化、规范化和职业化的程度获得新的进展。主要体现在四个方面：为取长补短，法国各类高等学校加强了校标合作；大学统一实行“358学制”，有利于法国大学的学制和文凭与国际接轨，甚至大学校也在努力向这一新学制靠近；法国大学的课程按照欧洲统一学分和统一学时的要求重新进行了梳理，使得法国大学同一文凭中的教学内容更为系统和合理；促进法国大学重视大学生的发展方向，增强了职业性。
法国高等教育长期形成的复杂体制，各类高等教育形式学制不同，使得法国在适应新的标准和要求面前有时显得力不从心。如比较突出的医学教育问题，通常医学院学生在结束第一年学习后在学年考试，这是一种高淘汰率的筛选考试，仅约四分之一的学生可以通过考试，继续医学的学习。筛选考试的存在使得法国医学教育要融入“358学制”显得比较困难。再如短期高等技术教育，本身也存在筛选，且学制只有2年，如何纳入新学制也是个问题。还有设置在优质高中内的大学校预备班、继续教育等均面临同样的挑战。
除了学制上的差异带来的改革困境，还有各项内部管理体制的差异也造成法国高等教育在波隆那进程中的种种不适。如在学籍管理方面，大学早已习惯了原来每年一次开学时的大批量注册，不适应新的大学生个人化的注册管理；双学期制和学分考核也增加了管理总量，尤其是在新旧体制过渡的时期，更容易发生混乱；大学和大学生对于学分制的成绩考核规则了解不够，致使漏考现象时有发生，影响了学校的考试管理秩序；等等。
（五）《大学自由与责任法》
虽然1968年和1984年的高等教育法赋予大学新的自治权，但直至2007年的《大学自由与责任法》颁布之前，法国大学实际上享有的自主权仍然非常有限。在财政方面，法国大学在法律上获得了自主权，但由于经费基本来源于国家，并且大部分为教师等人员工资，大学无权自行调整。大学可调整的财政仅限于自筹部分，这部分占大学经费来源的比例不大，通常为25%左右。在教学方面，法律允许大学教学自主并可以设立大学自己的文凭，但由于法国国家文凭所具有的强势地位，总是成为大学生追逐的目标，大学自己的文凭受到学生的冷落。大学要颁发国家文凭，必然要遵循国家相关教学要求，因此教学自主也被打了折扣。在人事方面，法国大学教师属于国家公职人员，任何大学都不可能将其裁减或撤职。受制于大学经费的考虑，大学也难以自行聘任大量其他教学人员做补充。
2007年5月，随着新总统尼古拉·萨科齐（Nicolas Sark zy）上任和新一届政府的组成，法国进入了“萨科齐时代”。面临一系列政治、经济和社会问题，法国新政府采取的第一个法律行动是高等教育改革。他们认为法国的综合大学在教育质量、就业率、科研能力和管理方面存在的弊端日益凸显，已极大地损害了法兰西高等教育辉煌的历史声誉，到了非解决不可的地步。为了重树法国大学品牌，振兴高科技含量的经济，在新任高等教育与研究部女部长瓦莱莉·贝克莱斯（Valérie Pecrésse）的积极努力下，《大学自由与责任法》草案于8月1日获得国民议会和参议会通过，并经总统批准，于8月10日颁布实施。该法案也被称作《贝克莱斯法》，它创下法国立法程序中少见的高效范例，凸显了新政府从高等教育着手，锐意变革，刻不容缓地重振法国的决心。该法案的核心思想直指大学的自主权，明文规定综合大学将享有最大的“自由”并承担相应的“责任”。
《大学自由与责任法》主要涉及两个方面的改革：一是进行机构改革，以建立更为有力而高效的管理模式；二是广开财路，在国家投入不减的情况下，为大学吸纳更多的外部资金。
法案赋予校务委员会更大的权力，并将其成员数量缩减为20～30人（之前为30～60人），其中教师及研究人员8～14人，校外人士7～8人，学生代表占2～3人，行政与服务人员占3～5人。与旧制相比，在这个新规定中，教师与研究人员保持了较大比例，增加了校外人士的比例，同时缩小了学生的比例。而增加校外人士（特别注明至少要有一位企业经理和一位地方政府负责人）的目的是保证大学与社会具有强有力的联系。
法案在大学校长选举、任期、资格等方面做出调整，并赋予校长更多的自主权。大学校长不再由校务委员会、学术委员会和教学与大学生活委员会全体成员组成的大会选举产生，而只是由校务委员会成员的选举产生。任期由5年变为4年，可连任。校长资格不必一定具有法国国籍，也不限于本校人员，但必须是教授、研究员或讲师等身份相当的人员。校长的权力也有所加强，他不仅可以决定奖励的受益人，能够聘用合同制的教师、科研技术人员和行政人员，还拥有对人事安排的否决权。
法案赋予了大学相当程度上的财政自主。它规定大学可以享有三方面的新权限：一是可以设立基金会（非法人赠与的大学基金会或由法人赠与的合作基金会），与企业建立合作伙伴关系，寻求国家预算以外的自有资金；二是享有预算和人力资源的自主管理权；三是国家把校园房产所有权转移给学校，由学校负责管理处置。也就是说，自治后的大学可以自行支配全部预算经费。法案还规定对赠与大学基金会的经费给予减税的鼓励。
法案调整了国家对大学的调控模式。国家对大学的拨款将更依赖于学校的业绩评估。根据教学与研究成果拨付的款项比例由原来的3%提升为20%，其余80%的款项也要根据大学的工作拨付。其中，教学工作的参照系数是大学生参加考试的数量，而不是以往的人学注册数量，科研工作依据的是教师及研究员发表的科研成果数量及质量。
法案还在如下几个方面做出重要的规定：允许由教师与研究员组成的、缩小的校务委员会组建选聘委员会，保证有效、迅速、透明地选聘特别需要的人才；将就业指导作为大学使命之一，要求大学关注大学生的就业问题，最大限度地减少学业失败和失业问题；大学生普遍担心的注册费仍由高等教育部统一决定，大学文凭也保留国家特征；规定了改革的日程表，要求所有85所大学在未来5年内完成新的自治；追加50亿欧元作为未来5年的改革经费（平均每年10亿欧元）。
《大学自由与责任法》是法国政府推进大学自治改革的大手笔，促使法国大学面临新的发展机遇。它解禁了长久以来没有触及的大学人事及财务管理权问题，旨在帮助综合大学走出治理结构的瓶颈，激发大学教师与研究员改善教学和进行科研活动的积极性，拉近大学与企业之间的距离，从而提高法国大学的国际竞争力。它的通过和实施是法国高等教育体制改革的一个重大突破。如果该法案能够得以顺利执行，法国大学将在人事管理、房产、财政等方面获得更大的自主权，大学校长也可能成为真正的管理者，将竞争机制有效引入大学之间、学科之间以及大学内部变显得顺理成章。同时，它也延续了法国政府关注学生发展的良好传统，直接把学生就业率、本科阶段学业成功率作为评估大学的重要指标。
经过对人力资源管理、财会管理、特色专业以及资讯系统管理四项标准的筛选后，有20所综合大学被选为首批实行自治的试点，它们自2009年1月1日起按照《大学自由与责任的法》实行自治。按该法规定，到2012年，法国所有83所综合大学必须全部实行自治。
