说刘宗周是熊开元背后主使自然是冤枉的，崇祯对大臣的处理也太过轻率。然而姜、熊案背后的人际关系盘根错节，此二人，尤其是熊开元，实在是幕后权力斗争被推到前台的人物。由此可见当时政治的混乱。崇祯皇帝本人承受着前辈给他积攒下来的灾难，内忧外患给他带来巨大的压力，使他内心十分焦躁不安，处事偏激多疑。然而他本人对此并无意识，只投射为大臣们的偏。从表现上看，他对大臣们充满了敌意，这一方面是因为觉得大臣们无用，不能帮他解决实际问题；另一方面是他本人已是一名焦虑症患者，他所承受的内外压力和挫败感需要用破坏来宣泄，大臣们无形中就成了他的移情对象。大臣们的直谏如果蕴涵了攻击性，很可能就会被心理已经十分脆弱和敏感的皇帝察觉并放大，引发他的自卫甚至攻击行为。如果大臣有了错误，就更难幸免。另外，处理大臣也是皇帝推卸责任的方法，他需要大臣去承担失败的责任和压力。这样就难免会恶化君臣关系，使得君臣之间的合作出现问题，而大臣之间又的确存在着因个人利害和意见不同形成的所谓“偏党”，相互拆台，其结果就是首辅像走马灯一样地因获罪而被换掉，可是换了谁都不管用。刘宗周自然早已洞察到了皇帝失去了定力，大臣们不能专心谋国，所以他曾经提醒皇帝要安心，不要轻易处理大臣，同时大臣们也要正心诚意。刘宗周的提醒不无道理，但是只这样说并不能缓解崇祯皇帝混乱的情绪，也很难使同僚摆脱已经深陷其中的政治漩涡。
对于刘宗周来说，被革职早已是习惯了的事情，认为自己是直道而行的他并不会因为离开了那个是非之地而感到过度沮丧。归野的刘宗周也自有乐地，他又可以投身学术了。在归家的途中，他收了曾极力申救自己的祝渊为弟子。祝渊，字开美，是刘宗周在世时最得意的弟子。从此直至殉国这一阶段是刘宗周学术发展的顶峰，宗旨明确而且日渐独立。此时的他完成了一系列重要著作，如《原旨》、《治念说》、《读易图说》、《易衍》、《古易钞义》、《大学诚意章章句》、《证学杂解》、《存疑杂著》、《中兴金鉴录》、《大学参疑》、写给董标的《心意筌蹄》等等。最能反映刘宗周本人，同时最系统地概括刘宗周哲学思想的《人谱》也最终修订完成。
崇祯十七年（公元１６４４年），是崇祯皇帝的最后时刻。灭亡他的不是离他最近的关外满洲八旗部队，而是李自成的农民军。是时，李自成的部队分兵两路，一路下真定，一路攻入了居庸关。
崇祯皇帝已经欲逃无路了。三月，李自成攻入了北京城，崇祯这个明朝最后的皇帝蓬发覆面，投缳于煤山的一棵古树下。大明朝灭亡了。
崇祯皇帝的自杀给了许多士大夫强烈的刺激，引起他们巨大的悲恸。崇祯在临死前说过“文臣个个可杀”这样的话，认为自己不是亡国之主，是自己“误听文官言，致失天下”，将亡国的责任推给了他们。这更引发了他们深深的自责。因此，那些一直认为自己忠心于社稷的文官们内心产生了很大的失调，在这种失调和亡国之悲的驱使下，许多士大夫选择了以死殉国。仅李自成进北京那天，便有倪元璐等１３名（或许更多）高官自杀。在随后的几天里，人数增加到了４０多人。当然这只是在京官员。消息传开后，自杀的官员和士人不断增加，其中一些人甚至同时杀害了自己的家眷。自崇祯皇帝开始，自杀就像推倒了的多米诺骨牌一样在全国扩散开来，激戾的晚明士气最后一次得到了猛烈的宣泄。一直以品节自高的刘宗周也是在这种氛围中以绝食的方式殉国的。
在崇祯皇帝自杀之后的一个半月，刘宗周才知道皇帝已经殉国。
此前，他只知道京师危急，还曾力劝浙江巡抚黄鸣俊出兵勤王，以为天下倡，但没有得到黄的响应。刘宗周遂大会乡绅，“痛言君父蒙难，臣子无坐视之理”，并为发义军勤王募款。五月初，门人董玚奔告北变。刘宗周得知后大哭不已，再次至杭州要求黄鸣俊一面发丧，一面提师北进，但北进之事还是没有得到响应。是时，绍兴知府于颖从南京来到杭州，与章正宸等公推刘宗周为盟主，又约总兵左良玉、刘泽清、郑芝龙等会师讨贼。几天后，南逃的福王起复刘宗周原官的诏书来了，举义兵之事则未果而罢。是时，刘宗周的声望极高，如陈子龙在给福王的奏疏中所言：
“宪臣刘宗周，老成清直，海内尽知”。他的被召也是福王拉拢一些士大夫必不可少的手段。但由于关于福王种种劣迹的传闻很多，加之迎立谁为崇祯的继任者似乎尚有其他可能，刘宗周并不愿意马上与福王合作。他拜疏请罪以辞征召，但福王不允，他便只好再次出仕。在去往南京的路上，他迁延了近三个月，仅在丹阳便待了差不多二十天。其间，刘宗周也给福王上了几封奏疏。一些是借病请辞的，另一些则探讨了明亡之因及福王应行之政。这反映了刘宗周进退维谷的心态。他谏言的奏疏既是对福王的试探，也是对福王的期望。他认为，崇祯朝的覆灭源于四种弊政：一是，治术坏于刑名；二是，人才消于党论；三是，武功丧于文法；四是，民命促于贿赂。
而为今之计，一要据形胜以规进取，二要重藩屏以资弹压，三要慎爵赏以肃军情，四要核旧官以立臣纪。此外，他还要福王诛杀内外不职诸臣。对于福王本人，刘宗周也有劝谏。他要福王“发明纲纪法度风俗人心之化”、“剖天理人欲之几”、亲贤臣君子、习万机庶务，如此则王道“自能通天下以推准动化”。刘宗周的不少建议得到了福王的嘉许。
然而南明小朝廷自身尚立足未稳，权力的争夺就已经不亚于晚明了，派系斗争十分激烈，反对党争的刘宗周也不免卷入其中。刘宗周尚未到京，便上疏参劾马士英、阮大铖等有所谓“定策之功”的人。是时，恰逢辅臣东林党人姜曰广和大学士马士英等有隙，阮大铖等便传言刘宗周的奏疏是受姜曰广的指使，也有人说此疏是刘宗周为在籍的礼部郎中周镳所激而成。可见，南明弘光一朝两党对立，互相拆台的局面从一开始就出现了，并且愈演愈烈。刘宗周疏入不久，恰逢浙江巡抚黄鸣俊提兵入觐，和京口防江兵冲突，于是又有传言说刘宗周欲协同黄鸣俊内除君侧，外讨诸镇。马士英震恐，急令黄鸣俊不得陛见。江北四镇之中的高杰、刘泽清甚至还企图刺杀尚未进京的刘宗周，结果因刺客为刘宗周气象所压而中止。
接下去就是双方唇枪舌剑的交锋。刘泽清和高杰、刘良佐等上疏说刘宗周自谓“草莽孤臣”，明示只承认崇祯皇帝，劝福王到凤阳是欲谋废立，同时也是要福王亲征的主谋。不仅如此，他们还指责刘宗周与姜曰广、吴甡等人同党谋逆，欲致他们于死地。刘宗周一面上疏请辞，一面进行反击。他首纠马士英“进无恢复之图，退鲜画江之计”，次参刘泽清以武臣而参文臣，对于其他指责皆出揭辩之。福王自然也不希望大臣相水火，对双方都出言慰解，但实际上还是偏向于马士英、刘泽清一方。不久，阮大铖拔用，刘宗周便再次请辞，并最终获得了福王的批准。不久，高弘图、姜曰广、陈子龙等人先后去位。此次政治斗争以马士英一方的胜利而告终，在任仅２４天的刘宗周再次告归故里。至此，刘宗周“通籍四十五年，在仕版者六年有半，实际立朝仅四年，而被革职为民三次”。
弘光朝的党争可以说是晚明东林党和阉党斗争的延续。因为导致晚明党争的因素仍在，朝堂之上的不少高级官员都是两派人物，彼此又都抓住了对方的口实，所以从利益集团、政治力量等方面看，都具备了引发大规模政治斗争的条件，甚至连高弘图这样欲从中润滑的人在这场较量中都自身难保。这场党争表现为所谓的“逆案”和“顺案”。所谓“逆案”是指东林党攻击马士英、阮大铖等人为阉党余孽，自不必多说；而所谓“顺案”则是阮大铖等人攻击当时以复社领袖周钟为代表的不少东林、复社中所谓“正人君子”归顺大顺一事。相对而言，纠“顺案”一方形势更为有利。在一次祭奠崇祯皇帝的仪式上，阮大铖说：“致先帝殉社稷者，东林也，不尽杀东林，无以对先帝于地下。”而刘泽清更是在姜曰广面前扬言：“我先时为东林所卖，被弹无完肤，不尽杀此辈不止。”而对于像刘宗周这样倾向于东林一方的官员来说，最不利的可能还是福王的出身，毕竟福王的父亲就曾经是东林党的对头。这使得东林一系的士大夫和福王之间产生一层隔膜，彼此的潜意识里对对方都不信任，而这一点正被阮大铖等人抓住并利用了。
党争所及，不仅限于谁应该对大明朝的灭亡负有更多的罪责，以及谁的操守有问题等等，更牵涉到许多现实问题，比如当时关于应该北伐还是划江退守的问题双方就展开了激烈的争论。刘宗周、陈子龙等人坚决主张北进，收复失地，为崇祯皇帝报仇；而马士英、阮大铖等则主张参照南宋故事，划江退守。刘宗周所遵循的是东林一系士大夫道义先行的原则，他甚至不满史可法战于江北以守江南的策略，因为这种战略的着眼点仍在守江南。他甚至主张福王御驾亲征以唤起民间忠义之气。其实，当时混乱的南明政权从政治、经济、军事等各方面都没有发动一场进攻的资本，要守住江南已经很困难了。刘宗周这样激进的主张虽很有感染力但无疑是十分危险和不明智的，而马、阮一系的毫无作为，甚至以笙歌犬马粉饰太平就更是坐以待毙了。
次年（公元１６４５年），即弘光元年，已经归家的刘宗周完成了他的《中兴金鉴》，可见他对福王尚抱有中兴的幻想。然而，此时已经焦头烂额的弘光皇帝是根本顾不上读书的。五月，清兵在攻下史可法把守的扬州后不久便顺势端了南明的老巢南京。落荒而逃的福王很快即被执杀，南明覆灭。
很难说南明的覆灭只是某几个人的责任。的确，福王绝非中兴之主，马士英、阮大铖之流虽也有些才干，但也不是什么守土能臣。
他们已经被无数史家所唾弃。但是作为倾向于东林一系和正直士大夫代表的刘宗周在此期间的一些做法也是值得商榷的。他的一些不切合实际的策略和主张似乎只是一些好听的名目，多半激于意气，却不可行；他过于严厉的君子小人之辨，及对小人的苛严也加剧了党争的烈度。李清曾说：“马辅士英初亦有意为君子，实廷臣激之走险。”刘宗周的一些言论和主张的确也有些过激。比如，他认为逃跑的官员“逃则可诛”，甚至“凡属吏之迁家属者，皆可诛也”。
这种恐怖的做法无异于自戕。道义被滥用，就会有不道义的成分。
道德的确是一种社会资本。当刘宗周使用这种资本的时候，表现出十足的自信和力量，甚至还带些攻击性。这种自信与力量来自于自身，也来自于文化。刘宗周和许多传统思想家一样希望通过道德手段解决社会问题，这无疑是把道德视为社会的根本。然而，他们却没有意识到，在如此混乱的社会环境中提倡道德是多么的苍白无力。
福王被杀不久，杭州便告失守，监国的潞王随即请降。曾经意气鼓荡、劝于颖据险守越的刘宗周也开始感到绝望了。在这个悲愤的思想家的观念里，“食人之食者，死人之事，分义然也”。于是，他下了必死的决心。自弘光元年六月十九日起，刘宗周开始绝食，七天后更是于酷暑之际勺水不入口。期间，弟子张应鳌问他：“今日先生与高先生（攀龙）丙寅事相类。高先生曰：‘心如太虚，本无生死。’先生印合如何？”刘宗周回答说：“微不同！非本无生死，君亲之念重耳。”在他的思想里，忠孝的重要性是超过了生死的，死于忠孝更是尽道而死，而高攀龙的话未免还是掺杂了些佛家的意思。
闰六月初八戌时，绝食二十日，勺水不入口者十三日的一代大儒刘宗周停止了思想。他死后，鲁王给了他“忠端”的谥号，唐王给了他“忠正”的谥号，清乾隆皇帝也谥之以“忠介”。综观刘宗周的一生，他最大的成就还是在学术上。他的殉国是在以生命证道。牟宗三给了刘宗周宋明理学“殿军”的地位，并感慨道：“蕺山绝食而死，此学亦随而音歇响绝。”按照刘宗周的孙子刘士林的说法，刘宗周的学生很多，“执贽弟子者，海内不下千人”，其中最为著名的有黄宗羲、祝渊、陈确、董玚、恽日初、张履祥等人。他们因着自身的倾向对师说作出不同的理解，蕺山学派也随之发生分化，最终随着理学的总体没落而渐趋消亡。在刘宗周绝食殉国近三百年后，为刘宗周重新编订《年谱》的姚名达认为：“传其道者，惟黄宗羲最正，邵廷采则其再传嫡派也，而恽日初、张履祥之流不与焉。”黄宗羲的确是中国思想史上卓尔不群的大师级人物，但其思想在继承师学的基础上别有开拓，已非蕺山学派所能范围。蕺山学派因黄宗羲而复振，也随黄宗羲学术路向的转变而衰落下去。
