僧肇将本迹理论发挥运用到佛教经学解释学中，以“本迹”的解释方法探讨“法身”观。在《注维摩诘经》中，僧肇说：“此经所明，统万行则以权智为主，树德本则以六度为根，济蒙惑则以慈悲为首，语宗极则以不二为门，凡此众说，皆不思议之本也。至若借座灯王，请饭香土，手接大千，室包干象，不思议之迹也。”《注维摩诘经·序》，《大正藏》第38册，第327页。僧肇把《维摩诘经》的内容分为“本”、“迹”两部分，维摩之所以能以居士之身，辩才无碍显示神通奇妙、示现种种不可思议之迹，那是因为他已经契证法身，被称为“法身大士”，具有不思议之本。“夫有不思议之迹显于外，必有不思议之德著于内。”《注维摩诘经》，《大正藏》第38册，第382页。故“本”与“迹”的关系是，“非本无以垂迹，非迹无以显本，本迹虽殊，而不思议一也。”《注维摩诘经》，《大正藏》第38册，第327页。“本”、“迹”是一对既相互区别，又相即不二的范畴。本是迹之体；迹是本之用，僧肇借此阐释法身之本与佛身之迹之间的关系，“夫圣智无知而万品俱照，法身无象而殊形并应”，“法身圆应，犹一月升天，影现百水也”同上，第333页。，“法身圆应，其迹无端”同上，第340页。，“佛身者即法身也”同上，第343页。虽然“关河”之学否定一切本体实有，视其为空无自性，但是在“本”、“迹”这对范畴上，“本”却被视为与“迹”相对的永恒不灭、真实不虚之本体；“迹”为虚假不实的现象。道生认为：“夫佛身者丈六体也，丈六体者从法身出也，以从出名之，故曰即法身也。法者无非法义也，无非法义者即无相实也。身者此义之体，法身真实，丈六应假。”虽说只有法身才是真实佛境，但是法身并非遥不可及，因为“法身在天为天，在人而人”，不可抛开丈六佛身而远求法身，丈六佛身即法身之显现。僧肇称之为：“诸佛平等，迹有参差”同上，第402页。，“佛无定所，应物而现，在净而净，在秽而秽”同上，第405页。唯有法身才是真正的不可思议之本，在经中所记维摩形象的种种变现，皆是不可思议之迹。
至南朝刘宋文帝时，随着《涅槃经》的译介完备，佛教思想界涌现出一批专门研习、弘扬《大般涅槃经》的“涅槃师”。南朝部分涅槃师围绕“南本”《涅槃经》，以“法身”观为核心，用“本迹”的解释方法阐释法身与应身的关系。如僧宗说：“又释应身无常，喻彼水流。法身常住，若彼金沙也。”《大般涅槃经集解》卷二，《大正藏》第37册，第384页。丈六佛身是诸佛法身应众生感应而生，故称应身，属于因缘所生法，性即无常；法身无生无灭、真实不虚，其性常住，故称真身。有佛出世，宣示法身常住之理，此如水中淘金；即使无佛出世，众生不解法身常住之理，亦如金性不改，丝毫不能改变法身常住之实。“若能说本不乖迹，解迹不背本，乃契中道也。”《大般涅槃经集解》卷五，《大正藏》第37册，第397页。 虽然应身以法身为本，是法身的彰显，但是如果执迷应身不知法身，或者执迷法身不解应身，皆非中道正见。
《妙法莲华经》(简称《法华经》)是中国佛教史上第一个宗派——天台宗的“宗经”。《法华经》关于“本已是佛”和“方便迹现”的说法，更激发了中国佛教思想界分本门、迹门解释该经的理论热情。在天台智的教观学说体系中，“本迹”理论是重要的经学解释学方法之一。智者于《法华玄义》、《法华文句》、《观音玄义》、《维摩经玄疏》等著作中，对本迹问题有非常详备的论述。其中《法华文句》以《法华经》的前十四品为“迹门”，后十四品为“本门”，并在《法华玄义》中对“本”、“迹”进行了深入解析。
首先，智者对本迹的概念作了定义：“所言本迹者，本即所依之理，迹是能依之事，事理合明故称本迹。譬如人依住处，则有行往之踪迹也。住处是所依，能依之人有行往之迹，由处有迹，寻迹得处。今以处譬所依之理本，人依行往之迹譬能依之事迹，是则由所依之理本，有能依之事迹，寻能依之事迹，得所依之理本。本迹虽殊，不思议一也。”《维摩经玄疏》卷四，《大正藏》第38册，第545页。在这里，“本”与“迹”之间被解释成“理”、“事”关系。“释本迹为六：本者理本，即是实相，一究竟道；迹者，除诸法实相，其余种种，皆名为迹。又理之与事，皆名为本；说理说事，皆名教迹也。又理事之教，皆名为本；禀教修行，名为迹。如人依处，则有行迹，寻迹得处也。又行能证体，体为本；依体起用，用为迹。又实得体用，名为本；权施体用，名为迹。又今日所显者为本，先来已说者为迹。约此六义，以明本迹也。”《妙法莲华经玄义》卷七，《大正藏》第33册，第764页。以下所引同。其次，智者分别在“理事”、“理教”、“教行”、“体用”、“实权”、“已今”六个方面详细展开论述天台本迹体义的丰富内涵。
这六对范畴在界定“本”和“迹”的关系中，将本迹的概念进行了充分的诠释。其中以“理”、“事”明本迹：“理”是实相，是无所住之空性理，即本；“事”是除实相之外的现象，即迹。“约理事明本迹者，从无住本立一切法。无住之理，即是本时实相真谛也。一切法，即是本时森罗俗谛也。由实相真本，垂于俗迹。寻于俗迹，即显真本。本迹虽殊，不思议一也。”换句话说，就是肯定真、俗二谛之间既存在根本区别，又有着高度的统一性。以“理”、“教”明本迹：“本”的内涵被扩展为既指理亦指事，实际以真俗二谛为本；迹则指佛所说之理与所说之事，即有关真俗二谛的各种言教。“理教明本迹者，即是本时所照二谛，俱不可说，故皆名本也。昔佛方便说之，即是二谛之教，教名为迹。若无二谛之本，则无二种之教。若无教迹，岂显谛本。本迹虽殊，不思议一。”以“体”、“用”明本迹：“体”指法身，以法身为本；“用”指应身，以应身为迹。“体用明本迹者，由昔最初修行契理，证于法身为本，初得法身本故，即体起应身之用，由于应身，得显法身。本迹虽殊，不思议一。”无法身之本，则无用之起；无应身之用，法身便无从显现。也就是，由本体起迹用，由迹用显本体，体用之间是相即不二的关系。以“实”、“权”明本迹：“实权明本迹者，实者最初久远实得法应二身，皆名为本，中间数数唱生唱灭，种种权施法应二身，故名为迹。非初得法应之本，则无中间法应之迹。由迹显本。本迹虽殊，不思议一也。”在时间上元初，佛所实得之法、应二身是真实不虚的，即本；期间，佛陀无数次示现有生、有灭，方便权施的法、应二身是迹。
综上所述，“本”与“迹”虽然根据语境的转换，其含义不断变化，但是每一组范畴之间又是相互关联的。无本则无迹，无迹亦不能显本。“本”与“迹”是不可思议之实相的一体两面。其中，体用与实权二对范畴，涉及真身和应身同本迹的对应关系。
智并不认同此前在讨论法身和应身的关系时，一概绝对的以法身为真、为本；从法身之本垂现的一切现象，都是应、是迹，由此得出真身与应身之间是静止的、一成不变的本迹关系。他认为，从本垂迹，由迹显本；本是迹之体，迹是本之用。本和迹二者的体用角色是可以互换的，本之体可以成为用，迹之用也可以成为体。总之，智的本迹理论以诠释“诸法实相”为立论的根本，详尽阐释了诸法实相与诸佛的关系，提出了他所理解的法身(佛身)观。诸佛之所以成佛无非是证得了诸法实相，并向众生宣示所证诸法实相之理。当下娑婆世界的佛法是经释迦牟尼佛宣示的，因此，构建释迦佛之“本迹”是天台宗哲学体系中本迹理论的核心。故智在《法华玄义》中分别开本门十妙和迹门十妙，对释迦佛于本迹两方面都作了系统阐述。佛陀既已久远成道，所以能够将权实之法和偏圆之教融会贯通、圆融利用教化众生，使之皆成妙法，然后垂行示现而有迹门诸法。智通过细致严密的逻辑结构，向人们揭示了佛法的博大精深和佛教的源远流长，但是这套精致的本迹理论却显然不是印度佛教所本有的，而带有鲜明的中国哲学特色。中国哲学范畴逻辑结构中“体用一如”、“体用一源”的思辨特征，在天台智的哲学体系中得到了最为充分、圆满的体现。
在中国思想史上历代对“道”的诠释使道虽有众义，但不离其一为 “理”，其二为“气”。庄子和韩非子作为中国哲学史上最早的《老子》思想研究者，以“理”解“道”，认为二者异名同实据董恩林先生研究统计，“道”的概念在《庄子》中出现了三百二十多次，“理”的概念出现五十多次；“理”在《韩非子·解老》中出现近四十次。《庄子·缮性》称：“非德，和也；道，理也。德无不容，仁也；道无不理，义也。”《庄子·秋水》：“知道者必达于理。”《韩非子·解老》更是说：“道者，万物之所然也，万理之所稽也。理者，成物之文也；道者，万物之所以成也。故曰：道，理之也。”等等(董恩林：《唐代老学：重玄思辨中的理身理国之道》第26页，中国社会科学出版社，2002年)。《管子·君臣上》也以“理”解“道”：“是故别交正分之谓理，顺理而不失之谓道。道德定而民有轨矣。”《诸子集成》第六册，第200页，岳麓书社，1996年。《庄子》、《管子》、《韩非子》中的“理”只是文理、条理、义理的意思，并不含有后来的《道教义枢》所谓“道者，理也。……言理者，谓理实虚无”的意思。
《老子》中虽有三处提到“气”，分别为“专气致柔”(《第十章》)、“万物负阴而抱阳，冲气以为和”(《第四十二章》)、“心使气曰强”(《第五十五章》)，但是并未对此进一步展开论述。而《庄子》却对“气”倾注了大量笔墨和关注的热情，庄子认为人和万物都为气所化，人之生则气聚，人之死则气散，乃至“通天下一气耳”。但是明确把“气”等同于“道”的思想却来自道教哲学，《老子想尔注》说：“道气在间，清微不见，含血之类，莫不钦仰。”“道气常上下，经营天地内外，所以不见，清微故也。”饶宗颐：《老子想尔注校证》第8页、17页，上海古籍出版社，1991年。在早期道教的造神运动中，老子被视为等同于“道”，老子变化重出是自然“气”化的结果。“道”、“气”、“老子”三位一体，这在《三天内解经》和《老子想尔注》中都有相关阐释。以老子变化为形式的道教天师道史观，为正一盟威之道的出现提供了神学基础。应当说“道”之“气”化说才是道教传统理论的核心价值所在，离开了“气(炁)”，道教义学从某种意义上也就失去了它自身独特的宗教价值之所在。
当道教被以“新天师道”的形式改造成为官方宗教以后，特别是在佛道论衡中，“道”多以虚寂之理的包装出现，逐渐淡化了“气”的本色。但这并不意味着在抽象的理论建构中，需要清洗掉神化老子的历史痕迹，《本际经·开演秘密藏品》说：“老子者道也。”然而，《本际经》所言“道”，从思想内容到思辨方法都毕竟借鉴、吸收“关河”之学较深，更倾向于中道正观诸法实相之“空”理。按《本际经》“法身”即“道体”的理论建构，“法身”的本质乃毕竟真空之理体。“道理”之说最终被《道教义枢》以理论形式确定下来，“道者，理也。……言理者，谓理实虚无”《道教义枢·道德义》，王宗昱：《〈道教义枢〉研究》附录《道教义枢》校勘。但是，这种有鉴于大乘佛教龙树中观学双遣双非的论证方式，所要印证的绝非是“道”的空无自性的结果，而是为了通过彰显“道”的虚通无碍、超言绝相的无规定性，反证遍在于万物之中，作为最高实有本体之“道”的真实存在。南朝宋隐士周颙与张融在切磋交流时就已经注意到了这一问题，周颙认为“言佛教者亦应以般若为宗。二篇所贵义极虚无，般若所观照穷法性。虚无、法性其寂虽同，位寂之方，其旨则别论。”《答张融书并问张》，《弘明集》卷六，《大正藏》第52册，第39页。般若学言“法性”，道家称“虚无”，根本区别在于“法性虽以即色图空，虚无诚乃有外张义”《重与周书并答所问》《弘明集》卷六，《大正藏》第52册，第39页。般若学主张“色不异空，空不异色”的即有而无，从“有”中体悟其“无”；而道家则强调虚无有“外张”功用，以“无”为体以“有”为用，以无论有说明有之所以为有的原因。此如金岳霖先生所说：“纯理底‘虚’只是相对于事实或这样的世界而说的话，若相对于现实，纯理不虚，不仅不虚，而且表示最普遍的道，最根本的道。”“万事万物之所不得不由，不得不依，不得不归的道才是中国思想中最崇高的概念，最基本的原动力。”“最崇高概念的道，最基本的原动力的道绝不是空的，……道一定是实的。”金岳霖：《论道·绪论》第12页、15页、16页，中国人民大学出版社，2005年。“道”是不存在而有。正因为“道”虚无，所以才能不为物所滞碍而永恒长存；“道”的无形无象恰好是最真实存在的表现，是存在者之所以存在的终极根源。这一思想成果被唐代道教义学所充分继承、发挥，成玄英直接把道等同于理，是“虚通之妙理，众生之正性也”《道德经义疏》卷十六，《道藏》第13册，第499页。、是“至理”、(《南华真经注疏·天地疏》)是“真理”《道德经义疏》卷上，蒙文通：《道书辑校十种》，第367页，巴蜀书社，2001年。，诸如此类的描述比比皆是。此后，李荣、唐玄宗、杜光庭等人，也都是沿着“道理”说的思路继续诠释，编织其学说体系的。《本际经》把对“理”的知性思辨导入其道体论，“道”既然就是理体，那么修道也就更侧重于由悟理而契道。《本际经》继承、丰富了由《升玄内教经》等所开创的凭借智慧解脱，升玄入妙的思想内涵。
可是，从上述唐代道教义学著作中所引用“法身”义理的情况分析，《升玄内教经》以“气”诠释法身逐渐成为唐代道教法身理论的主流。可见，“道气(炁)”是唐代道教义学中最重要的命题。如成玄英既崇尚“道理”说，也力推“道气”说。在他义疏的《老子》中，其云：“专精道气，致得柔和之理，如婴儿之无欲也。”《道德经义疏》卷三，《道藏》第13册，第380页。唐玄宗在《御注道德经》中，更是直接将道气(炁)称为万物生化本源。杜光庭则干脆说：“道者，虚无之炁也。”杜光庭：《太上老君说常清静经注》，《道藏》第17册，第183页。“道”的本质主要通过“气(炁)”表现出来。司马承祯在《服气精义论》中，又把道气论中“气(炁)”的意义进行了最为充分的论述。“道气(炁)”融本源义和本体义为一体，从本源层面讲，“道气(炁)”为万物生化之源；于本体视域，其为万物存在的本体与根据，遍在于万物，和万物构成了相即的关系。
这些都说明，唐代道教在借助李姓王朝的势力于政治上取得绝对优势地位后，道教思想界已经无意再在抽象的理论探讨和纯粹知性思辨方面继续和佛教纠缠、论衡，终究要回归修仙实践的宗教本位。
