皇宫殿上，展开一场对梁山是征剿还是招安的辩论，招安派占上风，徽宗派殿前太尉陈宗善办理此事，但高俅、蔡京耿耿于怀，分别派李虞候、张干办协助陈太尉，实际上破坏招安的实施。梁山忠义堂，时迁报来陈太尉等人到济州，宋江大喜，准备欢迎仪式，宋江命孙二娘顾大嫂布置厅堂准备酒肉筵席。命王英扈三娘整饰忠义堂里里外外搭彩悬花。命裴宣朱武率马步军各五十水泊前二十里伏道迎接御使，不许携带兵器。命阮氏兄弟准备大船在水亭前迎接，御使一到即刻护送上山。其余的兄弟随他和军师卢员外在金沙滩拜接。不料又引起部分头领的非议。忠义堂前，宋江迎接陈太尉的到来，阮小七命水兵把御酒搬进忠义堂，众头领跪听宣诏，只有武松、鲁智深、阮小二站立不动。唯独不见李逵。当诏书念至尽行剿灭，一个不留时，李逵从梁上跳下，撕了诏书，打了李虞候。李虞候发难，武松把刀架在他脖子上，他才不敢吭声。为缓解气氛，陈太尉令张干办赐御酒，不过，大半的御酒已被水兵吃掉，并以湖水充当，众好汉气极，鲁智深砸了酒缸。好汉们涌向陈太尉，幸有宋江保护才没有闹出事来。随后宋江送走陈太尉。
宋江送走陈太尉后病倒，担心从此断了招安的后路，吴用认为只有把官兵们打得一败涂地，才能赢得招安，梁山军又积极备战。戴宗回山寨复命陈太尉一回东京就被革职查办朝廷命高俅为大元帅调集大军征讨梁山太师蔡京命十节度使率兵会集济州听由高俅调遣各路兵马已在途中。忠义堂内，宋江命林冲、呼延灼、花荣带两千军马去济州城作战，并派阮氏兄弟接应。吴用认为在挪而不在战损高俅几员大将便可返回千万不可意气用事。花荣放箭射掉高俅的官帽，他们斩三个节度使，杀出重围，回了梁山。鲁智深、李逵等为他们庆功。金陵水军统制刘梦龙到济州，率官船进发，惜被梁山水军生擒，宋江放其回去，不过终被高俅所杀。后高俅在济州打造百只海鳅大船，亲自督战，但海鳅大船也敌不过梁山水军，高俅束手无策，与李虞侯一起被活捉上山。
高俅与李虞候被软禁，宋江吴用前来，表明若不愿久留，可送他们下山，高俅答应回京全力保奏，早日颁旨招安。期间，林冲执刀闯来，欲杀高俅。宋江大惊，抽剑挡在二人当中，后杨志、呼延灼等人赶来，抱走林冲，宋江送高俅下山之际林冲和鲁智深骑马追至金沙滩但高俅已乘船远去。林冲口吐鲜血栽下马来。鲁智深一拳击倒林冲所骑的马。宋江连忙叫人去叫安道全。吴用认为高俅出身市井无赖靠他无多大指望得另想办法，于是宋江让燕青再去京城找李师师，但李师师反流露出对燕青的爱慕。另蔡京与高俅密谋，趁江南方腊自立皇帝威逼江北之际，招安梁山，以盗制盗，让其两败俱伤。皇宫殿上，蔡京奏本，徽宗已从蔡京口中得知高俅兵败被擒，又被放走回京，遂准蔡京所奏，重用宿景（原著中为宿元景），命其上梁山颁旨。消息传来，宋江激奋难抑，挥笔放歌。宿太尉忠义堂颁旨，宋江等人连忙跪拜。而林冲则病倒在榻，在挣扎爬起时，从榻上跌下身亡。就在宿景准备辞别回京之际朱武慌慌张张的跑来说林教头不行了。宋江、卢俊义、吴用连忙赶到林冲屋内见林冲已死。宋江哭得泣不成声。
梁山众好汉向梁山泊创始人晁盖的灵位辞行。吴用、阮小二、阮小五、阮小七来到晁盖坟前吴用在坟前烧纸。阮小二、阮小五、阮小七哭得泣不成声。鲁智深提着禅杖在不远处林冲的墓碑前站着墓碑上刻着林冲之墓。鲁智深看了看丛怀里掏出一块金牌是朝廷发的鲁智深看了看金牌扔了提着禅杖走了。梁山军接受招安后，大队人马开到东京城外，在陈桥驿驻扎，征示皇本拟加官封爵，高俅从中作梗。蔡京则要梁山军马上去征讨方腊，经宿太尉金殿力辩，徽宗才对梁山军暂行安抚，并召宋江、卢俊义进官见驾。二人见了徽宗，受赐锦袍。在宋江、卢俊义进宫时，殿帅府李虞候到陈桥驿张贴告示，不准梁山人擅自入城，惹恼众好汉，经吴用按捺，才没有闹成事端。一军校何成因李虞侯克扣军粮军饷一怒之下杀了李虞侯后挥刀自刎。朝廷降旨，要梁山军南征方腊，吴用深知此是高俅、蔡京「以盗制盗」「以贼制贼」的阴谋，但也别无选择。
南征出征前，鲁智深借拜谒智清长老为名，再次皈依佛祖，留在大相国寺修行。燕青往御香楼辞别李师师，李师师为其祈祷，保佑燕青平安归来。南征之前，宋江军营大旗被狂风吹折，梁山众头领心情沉重。公孙胜也不辞而别仍去当他的云游道士。梁山军攻破苏州城，苏州守将方腊之弟方貌弃城南逃。苏州之战，双方死伤惨重，杨志断腿。而蔡京、高俅却在高俅府中为蔡京的「以贼灭贼」之策奏效而庆祝，同时蔡京命令高俅速命招讨张叔夜催促宋江于限期内攻克杭州，不得延误，加速宋江与方腊之间的自相残杀。宋江、吴用看出蔡京高俅的险恶用心，宋江冒着「私下议和」的罪名，想与方腊化干戈为玉帛。先派燕青与李逵进城，找庞氏兄妹疏通，以求言和。涌金门外，两军对垒，宋江、方腊各抒己见，谈判遂告失败。
