《黄帝内经》分为《素问》和《灵枢》两部分。
《素问》重点论述了脏腑、经络、病因、病机、病证、诊法、治疗原则以及针灸等内容。
《黄帝内经》基本理论精神包括：整体观念、阴阳五行、藏象经络、病因病机、诊法治则、预防养生和运气学说等等：
黄帝内经灵枢
“整体观念”强调人体本身与自然界是一个整体，同时人体结构和各个部分都是彼此联系的。
“阴阳五行”是用来说明事物之间对立统一关系的理论。
“藏象经络”是以研究人体五脏六腑、十二经脉、奇经八脉等生理功能、病理变化及相互关系为主要内容的。
“病因病机”阐述了各种致病因素作用于人体后是否发病以及疾病发生和变化的内在机理。
“诊法治则”是中医认识和治疗疾病的基本原则。
“预防养生”系统地阐述了中医的养生学说，是养生防病经验的重要总结。
“运气学说”研究自然界气候对人体生理、病理的影响，并以此为依据，指导人们趋利避害。
历代医家用分类法对《黄帝内经》进行研究。
其中分类最繁的是杨上善，分做18类；最简的是沈又彭，分做4 卷。
各家的认识较为一致的是脏象（包括经络）、病机、诊法和治则四大学说。
这四大学说是《黄帝内经》理论体系的主要内容。
脏象学说
脏象学说是研究人体脏腑组织和经络系统的生理功能、相互之间的联系以及在外的表象乃至与外环境的联系等等之学说。
脏象学说是以五脏六腑十二经脉为物质基础的34 。当然有关解剖学之内容还远不止此，但更重要的还是通过大量的医疗实践不断认识、反复论证而使此学说逐渐丰富起来的，最终达到了指导的高度。
《黄帝内经》充分认识到“有诸内必形诸外”的辩证法则，使脏象学说系统而完善。
脏象学说主要包括脏腑、经络和精气神三部分。
脏腑又由五脏、六腑和奇恒之腑组成。
五脏，即肝、心、脾、肺、肾。
六腑，即胆、胃、大肠、小肠、膀胱和三焦。
奇恒之腑也属于腑，但又异于常。
系指脑、髓、骨、脉、胆和女子胞。
这里边胆即是大腑之一，又属于奇恒之腑。
脏腑虽因形态功能之不同而有所分，但它们之间却不是孤立的，而是相互合作、相互为用的。
经络系统可以分经脉、络脉和腧穴三部分。
经脉有正经十二：手太阴肺经、手阳明大肠经、足阳明胃经、足太阴脾经、手少阴心经、手太阳小肠经、足太阳膀胱经、足少阴肾经、手厥阴心包经、手少阳三焦经、足少阳胆经、足厥阴肝经。
十二经脉首尾相联如环无端，经气流行其中周而复始。
另有别于正经的奇经八脉：督脉、任脉、冲脉、带脉、阴跷脉、阳跷脉、阴维脉、阳维脉。（注：“奇经八脉”一名始于《难经·二十七难》）
经脉之间相交通联络的称络脉。
其小者为孙络不计其数；其大者有十五，称十五络脉。
《灵枢·经脉》叙述的非常详细。
腧穴为经气游行出入之所，有如运输，是以名之。
《黄帝内经》言腧穴者，首见《素问·气穴论》，再见于《素问·气府论》，两论皆言三百六十五穴。
实际《气穴论》载穴三百四十二，《气府论》载穴三百八十六。
精气神为人身三宝。精，包括精、血、津、液；气，指宗气、荣气、卫气；神，指神、魂、魄、意、志。
精和气是构成人体的基本物质，气和神又是人体的复杂的功能，也可以认为气为精之御，精为神之宅，神为精气之用。
病机学说
研究疾病发生、发展、转归及变化等等之内在机理的学说称病机学说。
《素问·至真要大论》所说“审察病机，无失气宜”、“谨守病机，各司其属”都是此学说的内容。
1.病因：引起人发病的原因很多，《黄帝内经》将其归纳为二类。风雨寒暑实为“六邪”的概括；阴阳喜怒乃“七情”的概括；饮食居处即“饮食劳倦”。可以认为这就是后世三因说之滥觞。
2.发病：正邪双方力量的对比，决定着疾病的发生与发展，这就是“正气存内，邪不可干”之意45 。《素问·上古天真论》所说“精神内守，病安从来”，《素问·评热病论》所说“邪之所凑，其气必虚”等，都论证了这一点。
3.病变：疾病的变化是复杂的，《黄帝内经》概括病变也是多方面的，有从阴阳来概括的，用表里中外归纳的，用寒热归纳的，从虚实而论，实指邪气盛，虚指正气衰。概括说来，有正虚而邪实者，有邪实而正不虚者，有正虚而无实邪者，有正不虚而邪不实者。
诊法学说
望闻问切四诊源于《黄帝内经》。
1.望诊：包括观神色、察形态、辨舌苔。
观神色者，如《灵枢·五色》、《灵枢·五阅五使》和《灵枢·五色》所载，这些在医学上都很有意义。
察形态者，是察看人的骨肉皮肤而推断病情，在医学上虚实是错综复杂的，只有知其常，才能达其变。
辨舌苔者，如《素问·热论》、《素问·刺热论》和《灵枢》所载等等。
2.闻诊：包括闻声和嗅气味。
闻声音者，是听患者的声音而诊断病情。
其次是嗅气味，如《素问·金匮真言论》所说，肝病其臭臊，心病其臭焦，脾病其臭香，肺病其臭腥，肾病其臭腐。
3.问诊：问讯患者的自觉症状，以诊断病情。
4.切诊：包括切脉与切肤。《黄帝内经》言切脉最详，主要为：
（1）三部九候法：即分头手足三部，每部分天地人三候。
（2）人迎寸口脉法：即兼诊人迎和寸口两处之脉，互相比较。
（3）调息法：即调医者之呼吸，诊病人之脉候。72
（4）谓胃气脉：脉象之中有无胃气，至关重要，有胃气则生，无胃气则死。
（5）六纲脉：《黄帝内经》所载脉象很多，如浮、沉、迟、数、虚、实、滑、涩、长、短、弦、细、微、濡、软、弱、散、缓、牢、动、洪、伏、芤、革、促、结、代、大、小、急、坚、盛、躁、疾、搏、钩、毛、石、营、喘等等。但常以六脉为纲加以概括。
其次是切肤：肤泛指全身肌肤，按肌肤而协助诊断的内容很多，如“按而循之”、“按而弹之”等等。但论之最详细的是切尺肤75 。因为脉象与尺肤有必然的联系，故诊病时亦可互相配合。
治则学说
研究治疗法则的学说称治则学说。
1.防微杜渐：包括未病先防和已病防变77 。如“春夏养阳、秋冬养阴”等皆言预防疾病，有病早治防其传变。
2.因时、因地、因人制宜：
因时制宜者，是告诫医者用药勿犯四时寒热温凉之气。
因地制宜者，在治疗时不可一概而论，必须加以区别。
而《素问·异法方宜论》论述东南西北中“一病而治各不同”的因地制宜甚详，如东方之域，其治宜砭石；西方之域，治宜毒药；北方之域，治宜灸祔；南方之域，治宜微针；中央之域，治宜导引按偁。
因人制宜者，如《素问·五常政大论》和《素问·征四失论》所载。
3.标本先后：即因病之主次而先后施治。有关标本先后施治的大法在《素问·标本病传论》中叙述最详。
4.治病求本：这是《黄帝内经》治则中最根本的一条。《素问·阴阳应象大论》说：“治病必求于本。”
5.因势利导：在治病求本的基础上巧妙地加以权变。
6.协调阴阳：此为治疗之大法要义。
7.正治反治：正治亦称逆治，是与病情相逆的直折的治疗方法。比如“热者寒之，寒者热之，虚者补之，实者泻之”之类；反治也称从治，如“寒因寒用，热因热用，通因通用，塞因塞用”之类。
8.适事为度：无论扶正还是祛邪都应适度，对于虚实兼杂之症，尤其应当审慎。切记“无盛盛，无虚虚”，即使用补，也不能过。
9.病为本，工为标：《素问·汤液醪醴论》指出：“病为本，工为标。”这是说病是客观存在的，是本；医生认识治疗疾病，是标。医生必须以病人为根据，这样才能标本相得，治愈疾病。
10.辨证施治：《黄帝内经》虽未提出“辨证施治”一词，却有辨证施治之实。上述几点均含此意，而书中已有脏腑辨证、经络辨证、八纲辨证、六经辨证的内涵。
11.制方遣药：《黄帝内经》虽载方药无多，但其方药之理已具。
12.针刺灸祔：《黄帝内经》言经络、腧穴、针刺、灸祔者非常多，仅仅补泻手法就有呼吸补泻、方员补泻、深浅补泻、徐疾补泻95 和轻重补泻96 等，这些手法一直被后世所沿用。
学术思想
《黄帝内经》接受了中国古代唯物的气一元论的哲学思想，将人看作整个物质世界的一部分，宇宙万物皆是由其原初物质“气”形成的。在“人与天地相参”、“与日月相应”的观念指导下，将人与自然紧密地联系在一起。
一、“气”是宇宙万物的本原
老子在《道德经》云：“有物混成，先天地生。寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆，可以为天下母。”认为构成世界的原初物质是形而上者的“道”。
宋钘、尹文将这种原初物质称之为“气”。
《黄帝内经》受这些学说的影响，也认为“气”是宇宙万物的本原，“太虚寥廓，肇基化元，万物资始，五运终天”。
在天地未形成之先便有了气，充满太虚而运行不止，然后才生成宇宙万物。
这其实是揭示天体演化及生物发生等自然法则。在宇宙形成之先，就是太虚。
太虚之中充满着本元之气，这些气便是天地万物化生的开始。
由于气的运动，从此便有了星河、七曜，有了阴阳寒暑，有了万物。阴阳五行的运动，总统着大地的运动变化和万物的发生与发展。
二、人与自然的关系
《黄帝内经》认为人与自然息息相关，是相参相应的，自然界的运动变化无时无刻不对人体发生影响。
《素问·宝命全形论》说：“人以天地之气生，四时之法成”。是说人和宇宙万物一样，是禀受天地之气而生、按照四时的法则而生长。
人生天地之间，必须要依赖天地阴阳二气的运动和滋养才能生存。
人体的内环境必须与自然界这个外环境相协调、相一致，这就要求人对自然要有很强的适应性。
《灵枢·五癃津液别》说：“天暑衣厚则腠理开，故汗出。……天寒则腠理闭，气堕不行，水下留于膀胱，则为溺与气。”
这显然是水液代谢方面对外环境的适应。人的脉象表现为春弦、夏洪、秋毛、冬石，同样是由于人体气血对春夏秋冬不同气候变化所做出的适应性反应，以此达到与外环境的协调统一。
如果人们违背了春生夏长秋收冬藏的养生之道，就有可能产生病变。
就是一日之内、日夜之间，人体也会随天阳之气的盛衰而相应变化。如果违反了客观规律，也会受到损害。
黄帝内经的生命智慧
人与自然这种相参相应的关系在《黄帝内经》中是随处可见的。
无论是生理还是病理，无论是养生预防还是诊断与治疗，都离不开这种理论的指导。
三、人是阴阳对立的统一体
人是阴阳对立的统一体，这在生命开始时已经决定了。
具有生命力的父母之精相媾，也就是阴阳二气相媾，形成了生命体。
生命体形成之后，阴阳二气存在于其中，互为存在的条件。
相互联系、相互资生、相互转化，又相互斗争。
从人体的组织结构上看，《黄帝内经》把人体看成是各个层次的阴阳对立统一体，还把每一脏、每一腑再分出阴阳，从而使每一层次，无论整体与局部、组织结构与生理功能都形成阴阳的对立统一。
四、人体是肝心脾肺肾五大系统的协调统一体
《黄帝内经》所说的五脏，实际上是指以肝心脾肺肾为核心的五大系统。
以心为例：心居身中，为阳中之太阳，通于夏气，主神明，主血脉，心合小肠，生血、荣色，其华在面，藏脉、舍神、开窍于舌、在志为喜。在谈心的生理、病理时，至少要从以上诸方面系统地加以考虑才不至于失之片面。因此可以每一脏都是一大系统，五大系统通过经络气血联系在一起，构成一个统一体。这五大系统又按五行生克制化规律相互协调、资生和抑制，在相对稳态的情况下，各系统按其固有的规律从事各种生命活动。
五、生命观
《黄帝内经》否定超自然、超物质的神的存在，认识到生命现象来源于生命体自身的矛盾运动。认为阴阳二气是万物的胎始。对整个生物界，则认为天地万物和人都是天地阴阳二气交合的产物。阴阳二气是永恒运动的，其基本方式就是升降出入。
《黄帝内经》把精看成是构成生命体的基本物质，也是生命的原动力。
在《灵枢·经脉》还描绘了胚胎生命的发展过程：“人始生，先成精，精成而脑髓生。骨为干，脉为营，筋为刚，肉为墙，皮肤坚而毛发长”。这种对生命物质属性和胚胎发育的认识是基本正确的。
六、形神统一观
《黄帝内经》对于形体与精神的辩证统一关系做出了的说明，指出精神统一于形体，精神是由形体产生出来的生命运动。
在先秦诸子中对神以及形神关系的认识，没有哪一家比《黄帝内经》的认识更清楚、更接近科学。关于形神必须统一、必须相得的论述颇多，如《灵枢·天年》和《素问·上古天真论》。如果形神不统一、不相得，人就得死。如《素问·汤液醪醴》和《素问·逆调论》。
《黄帝内经》这种形神统一观点对中国古代哲学有非常大的贡献。
《黄帝内经》以五行为框架，以人体为主要研究对象，形成医学家所特有的天人合一的思想体系。
