上章回顾:主人公小恒在仅两岁时就被抛弃，被皮丘和一位流浪老人所救，爷爷辛苦地将小恒抚养长大，可是当小恒有能力报答爷爷的时候，爷爷却不幸离开了人世。紧接着，幽灵团又现身在了小恒和搭档皮丘面前……
隐形轿车行驶着，离盖迪古城区越来越远。不知行驶了多久，轿车来到了一处十分偏僻荒芜的山区，连一只野生精灵都很难见到。轿车没有停，反而加速驶进了一处“死路”（科技伪装）。隐形轿车通过一片紫色区域屏障后终于显出了原形。进入隐形的区域，似乎就到了幽灵团的一个秘密（分）基地。一切还是那么平常，看上去只是像一个废旧煤窑而已，空无一人。几个黑衣人下了车，带着昏迷的小恒和精灵们进入了其中一间瓦房。黑衣人从口袋里掏出一个遥控器并按下，瓦房内的一处地面突然塌陷，显现出了通往地下的路。一行人来到地下，地下的环境和地上相差甚远，连地板墙壁都给人一种高大上的感觉，相隔一定距离都有其他幽灵团士兵站岗。
走了一会儿，来到了一个大厅，大厅里陈设着各种各样的设备，很多穿着白大褂的实验人员在工作着。小队长独自来到可以观察到实验大厅所有情况的二楼干部工作室汇报情况。
“魔童大人，捕获任务完成了！共捕获皮丘5只，皮卡丘3只！”小队长敲门后进入办公室，朝坐在椅子上的幽灵团干部魔童敬了个礼。“很好，这样实验所需的皮丘数量就足够了，准备开始最终实验，测试皮丘是否符合幽灵觉醒条件！”魔童说完从办公室的衣架上拿起白大褂披上，准备下楼指挥实验。小队长也跟着下了楼。下楼途中，魔童瞟见了被绑住还在昏迷的小恒。“那个小孩是什么情况？”魔童问道。“是周围一个碰巧看到我们行动的小孩儿，好像是其中一只皮丘的主人。属下没敢独自做主，带回来询问您如何处置。”小队长回答道。“小孩子没有什么用处，但是他已经知道了我们的秘密，等实验结束后和失败品精灵一起处理掉！”魔童残忍地说道。“是！”小队长回应了一声。
魔童下楼集合了所有科学家，一起来到了实验大厅最大的一个仪器周围，士兵研究员开始分工启动仪器。在仪器正中央的玻璃罩内，关着大约20只皮丘与皮卡丘，随后新被捕抓过来的皮丘们也被关了进去。“开始实验！”魔童指挥一声，仪器各操作区的研究员开始行动，一起运作起来。四个电磁波照射天线对准玻璃罩内的精灵们！天线发出强烈的紫色辐射电流照射在精灵的身上，精灵们痛苦的哀嚎着。随着实验进行，反应也越来越强烈。一种黑暗力量显现在仪器中央处，渐渐的，黑雾，暗流种种恐怖的现象产生。看来，所谓的实验就是要用一种恐怖的黑暗力量吞噬小精灵以达到某种目的。而且，残忍的幽灵团明知道会有他们口中的“失败品精灵”会丧失生命，还不断进行着可怕的实验。
实验的噪音惊醒了昏迷的小恒。睁开眼看到眼前的情景，小恒直接大喊起来:“你们在干什么，快住手！大家的生命会有危险的！”小恒的叫喊当然不会起到任何作用。然而，此时令在场所有人意外的情况发生了。只见从团团黑暗的中心冲出一道黄色光柱，穿过黑暗，直接毁掉了一个照射电线！“怎么会这样！？先停下！”魔童大喊道。仪器停止运作，几个士兵马上拆卸掉被毁坏的电磁线，防止对整个仪器造成影响。此时查看玻璃罩内，大多数精灵身体变成了黑色，都已经昏厥甚至死亡。只有一只皮卡丘变成了紫色，双眼血红，趴着一动不动。另外，还有一只皮丘，外貌没有任何变化，气喘吁吁地勉强战立着！“皮丘！”小恒喊道，那只皮丘正是小恒的皮丘。同时，在场的人员也都明白，刚才的光能量正是这只皮丘所发出的。“快去联络报告给Boss，皮丘到雷丘一族也可适应我们的伟大的黑暗觉醒科技，另外，还有新情况，正在进一步实验中研究！”魔童命令道。一个士兵接过命令，朝大厅二楼跑去。“什么狗屁伟大，你们是在残害小精灵们的性命！”小恒喊道。魔童走向了小恒，拿手抬起他的下巴恶狠狠地与其对视，说道:“你小子胆子很大啊，也不看看自己什么境地，还敢叫嚣我们！”“你们到底是什么人？”小恒没有表现出一点恐惧或屈服，但是对于一个10岁的孩子来说，怎么可能不害怕。“那是你的皮丘，看起来它身上好像有什么秘密呢！让我好好替你检测一下它的能力！”魔童没有回答小恒，继续阴险地说道。“来人，更换新的设备！准备穿透摄像机，我要好好看看这只皮丘有什么本事！”魔童指挥道。士兵们马上按照指示行动，于是按照刚才的步骤，实验再次开始。在穿透摄像机显示的屏幕前，只见黑暗中的皮丘坚强地站立着，使出自己浑身的解数，身体放出黄色的光芒，完全驱散了向自己侵蚀的黑暗。“哦？有意思，这个能量不像是电系，倒像是相对罕见的光系。Pokemon的潜能真是无限大啊，这个世界难不成还有光系的皮卡丘？要是能把这神秘的力量为我们所用，哼哼！暂时停止实验！我要强化一下实验方案！”魔童说道，然后他叫来小队长，以悄悄话的方式命令些什么……
小恒也在魔童身后看到了一切，“皮丘！”小恒既对皮丘的力量感到惊奇，也十分担心看起来消耗非常大的皮丘。“我一定要坚持住，爷爷说过遇事不能放弃，我要救小恒！”一个声音传到了小恒的脑中。“这是什么？我竟然能感受到皮丘的心！皮丘，你为了救我，竟然这么拼命……”小恒奇迹般地与皮丘建立了心灵感应！“加油！皮丘！我们都不要放弃，绝对可以从这里逃出去的！我们可是答应过爷爷的！”小恒的想法似乎也传递到了皮丘。此时，几个士兵押上了小恒，不久设备中心的零件布置也发生了变化。玻璃罩被撤掉，皮丘被控制在设备中央，而他的对面小恒也被两个铁链禁锢双手悬挂在了对面。“把库存所有的电磁发射器都给我安装上，我倒要看看仅仅一只小皮丘能做到什么！”魔童下令道，“皮丘，算你有点能耐，但我相信当你看到你的主人在黑暗中融化后是不会再有力量支撑下去的，哈哈哈哈哈！”
下章预告:心狠手辣的魔童早已失去人性，小恒和皮丘深陷危机，危机时刻，皮丘进化，随后，更加的离奇的事情发生了！敬请支持下章:信念的进化，黑暗的暴走！
