批《水浒》《西厢》是金圣叹平生最大的业绩，也招致最大的攻击和批判。分别来自清代皇帝、御史、胡适、鲁迅和各色文人。
经过漫长的时间打磨和言文周转，一个人在多大程度上还是他本人，这是个问题。若想面对一个古代作家的真相，非得作一些清理不可。先要打开缠绕在他身上的种种包扎，具体的，就是要抛开所有的想当然的流言传说，直接细读他撰著的文本。关于他的旁证材料，非要好好计较计较才可以相信。
这样一段议论，是为了金圣叹，仅举一例，即可证明他被人为加工改造的可怕和可笑。金圣叹的遗言，有这样几种版本：
闻圣叹将死，大叹诧曰，断头至痛也，籍家至惨也，而圣叹以不意得之，大奇。于是一笑受刑。（《柳南随笔》）
临刑大呼曰：杀头至痛也，灭族至惨也，圣叹无意得之，呜呼哀哉，然而快哉。遂引颈受戮。（《豁意轩录闻》）
金圣叹临刑时饮酒自若，且饮且言曰，割头痛事也，饮酒快事也，割头而先饮酒，痛快痛快。圣叹平日批评诗文涉笔成趣，故临死不忘趣语，然则果痛耶快耶，恨不起圣叹问之。（《聊斋续编》）
而正本却是这样：“杀头至痛也，籍没至惨也，而圣叹无意得之，不亦异乎？若朝廷有赦令，或可相见；不然，死矣。”分别载于《哭庙纪略》《辛丑纪闻》，记录的是金圣叹致家人的信。“无意得之，不亦异乎？”是声明自己无罪，固然没有“无意得之，大奇”那样潇潇洒洒，那般“痛快痛快”“涉笔成趣”，却才是悲从中来愤从中生的真情实意，而且还是希望不死，并不指望“一笑受刑”。这些文人的编撰，倒不是无端而来的，是仿照了金批西厢中“不亦快哉三十三则”才改造出这临终一幕，而那一幕却恰恰是清初政治重案“哭庙案”的一幕。
金圣叹是“哭庙案”的主犯之一。顺治十八年，在顺治死的“国丧”期，金圣叹等苏州秀才为控告知县严刑逼粮，先借机控诉于官员“咸在”的巡抚大堂，再鸣钟痛哭于文庙，“维时相从至者千余人，号呼而来，皆欲逐任知县也”。巡抚朱国治却参奏他们“震惊皇帝之灵，罪大恶极”。是年四月，起草哭庙文的金圣叹于藏匿处被捕。七月十三立秋日，金同案人，并其他案共一百二十一人，被处决于南京。金的房产被抄没，家人均被流放。
临终前，金圣叹真正的遗憾，是批点才子书的计划未完成。绝命词说：“且喜唐诗略分解，庄、骚、马（司马迁）、杜待何如？”金三十岁左右即排举六部文学杰作为“六才子书”，并力图一一加以批点。它们分别是《庄子》、《楚辞》、《史记》、杜甫诗、《水浒传》、《西厢记》。最早批点完成的是《水浒传》，1641年，金批《水浒》刻本面世，是年，他三十三岁。五十岁时，评刻了《西厢记》。《唐诗解》《杜诗解》虽可以单独成卷，却都是未完成品。《左传》《史记》只批出一些零碎篇章，见于《天下才子必读书》（一部古代散文批点本）中，另有《左传释》四篇，《庄子》《楚辞》均尚未动手。
批《水浒》《西厢》是金圣叹平生最大的业绩，也曾招致最大的攻击和批判。这种批判，有来自清代的皇帝、御史和保守文人，也有来自胡适、鲁迅、毛泽东以及大陆学界。有些纯是政治性的攻击和利用，可以放过不提。学术上的批判重心就是他的“腰斩”名著的举动。金斩《水浒》五十回，斩《西厢记》第五本，都是文坛公案。
《水浒》出现过四种版本，即百回本、百十五回本、百二十回本，和七十回本。七十回本即金圣叹删节修改本，虽然号称古本，实际却是金将百二十回本，从七十一回之后腰斩，又将第一回改成楔子，而自行修订出来的版本。金本问世后，迅速成为最流行的《水浒》版本，“打倒了、淹没了一切流行的明代繁本、简本、一百回本、一百二十回本、余氏本、郭氏本……使世间不知有《水浒》全书者三百年，《水浒传》与金圣叹批评的七十回本，几乎结成了一个名词……金氏的威力真可谓伟大无匹了”（郑振铎语）。到民国初年百回本、百二十回本被重新发现以前，所谓《水浒传》即是金本。金本1641年问世，次年崇祯恰颁发“严禁《水浒传》”的诏令，指斥“《水浒传》一书，贻害人心，岂不可恨哉！”清代康熙、雍正、乾隆、嘉庆、咸丰、道光历朝，均有严禁《水浒》的诏令。乾隆十八年颁旨痛斥翻译《水浒传》的满员为“不肖之徒”。乾隆十九年，福建道监察御史胡定竟奏本中更明确说，《水浒》是“恶薄轻狂、业经正法之金圣叹妄加赞美”的“教诱犯法之书”。
与《水浒》一般，《西厢记》也是清代禁毁小说戏曲黑名单上的榜首作品。而书坊刊刻的《西厢记》，实际也都是金批《西厢》。民初原本王实甫《西厢记》被发现，钱玄同加以对照，结果发现“几乎是两部书”。戏曲舞台上演出的其实都是金本《西厢》。外文译本的《水浒传》都是金本《水浒》。从社会认可的程度看，金对两大名著的腰斩也罢删改也罢，都是成功的。
如果从艺术角度看，就连批判者也是认同金圣叹的腰斩之功的。七十回几乎容纳了《水浒》的全部精华；《西厢》前四本全部完成了人物性格命运塑造，第五本确系貂尾。在这个意义上，金圣叹是一位唯美主义者。
金圣叹不止于删，还动手修改，虽然都是细部手脚，却有点石成金的功效。他将高俅发迹作为第一回，起首是“话说故宋哲宗皇帝在时，其时去仁宗天子已远，东京开封府汴梁宣武军便有一个浮浪破浪户子弟。”这些其下加圆点字句就是金添加的，笔墨中将皇帝拉扯进来暗贬，表达他所谓“乱自上作”的深意。再以结尾为例，宋江等排座次诵誓词，原本是“宋江猥鄙小吏，无学无能，荷天地之盖载，感日月之照临，聚兄弟于梁山……若是各人心存不仁，削绝不义，万望天地行诛……但愿共存忠义于心，同著功勋于国。替天行道，保境安民。”用词卑猥，忠君为尚。金本改为：“梁山泊义士宋江（等一百零八人）……共立大誓：窃念江等昔分异国，今聚一堂，准星辰为弟兄，指天地作父母，一百八人，人无同面，面面峥嵘，生不同生，死必同死。既列名于天上，无贻笑于人间，一日之声气，既孚终身之肝胆无二。倘有心存不仁，削绝大义，外是内非，有始无终者，天照其上，鬼阚其旁，刀剑斩其身，雷霆灭其迹，永远沉于地狱，万世不得人身！报应分明，神天共察！”言语凛然，直见风骨。这一段文字，后来竟成为反清的天地会誓词的直接摹本。
全书之中，金圣叹对宋江动手脚最重，却几乎是用评语批示便将其性格心理联成一体，一个几乎全新的整体，真是好手段。宋江在浔阳楼醉题反诗，原系书中的一大疑点，很跳跃，因为此前的宋江并无什么深仇大恨，又鲜见造反之心，“血染”云云，确有些匪夷所思。金圣叹大致是由此一点上推下演，前后生发，批示宋江酒后吐真心，一贯地积极网罗游击战士，密谋大举，擅权诈之术，“真乃可爱”。虽然，金颇痛恨宋江伪善，以及架空晁盖，却终于大树宋江为一彻底的老谋深算的造反者。此种批评颇世故而精深。七十年代的“批水浒”，渊源之一就是金批的“宋江论”。
文学的批点方式本源于批点八股文章，所以对字句起伏搭配往往体察入微。金圣叹将这种传统发扬光大，从小说中总结出许多技术性的章法、篇法、句法、字法。他说“文章之事，关乎至微”，他更将细察的手眼深入到人物性格的表现上，总是能够于细微处拣出不合乎人物性格身份的瑕疵，再加修改。《西厢》之《惊艳》一折，他删去“回顾觑来”一段，认为此处是张生心中有双文（莺莺），双文心中尚无张生，所谓“临去秋波那一转”，纯是张生自己想当然。这种更改更合乎莺莺的身份，也更真实可信。原本写莺莺酬简赴约，说“羞人答答地怎生去？”接“[红云]有甚的羞？到那里则合着眼者”。红娘的话粗俗近乎不堪。金本改为“[红云]谁见你来？除却红娘并无第三人”，就得体了。原本红娘催促一遍，莺莺便动身，金本改为红娘连催四遍，莺莺才起身，这样更细腻地体现出这位相国小姐内心的紧张和犹疑。原本张生一见莺莺，就有“那一对小脚，价值百镒之金”的轻佻之喻，金本就手删去，以便维持他“并无半点轻狂、一毫奸诈”的完好书生形象。《请宴》一折，原本有这样的台词：“[红云]贱妾奉夫人之命特请先生小酌数杯，勿却。[末云]便去。”金本改为：“[红云]奉夫人严命……[张生云]小生便去！”把张生期盼之久急不可耐的心情凸现出来。原本中老夫人赖婚，张生的回答是“却不道‘书中自有颜如玉’，则今日便索告辞”，又迂腐又没脾气。金本改为“原来夫人如此，只不知杜将军若不来，孙飞虎公然无礼，此时夫人又有何说？”有理、有节、有锋芒，可见张生并非任人摆布之人。金圣叹的改动均是依据对人物心理的精心揣摩、细心考究，并且还将这些心理结撰成批评分布全书。
金对《西厢》第五本的处理，并未如《水浒》式的一砍了之，而是批点附录于后，将此本的劣短与前四本的优长分明对照，让读者自晓高低。就情节结构而言，郑恒的出场确是额外生事，而且由他一席谎话便令老夫人和莺莺改婚，也尽不合理。就语言而言，第五本也颇粗糙，不如前四本的精美贴切。全剧止于《惊梦》，是具有开放性的现代式处理。金圣叹的“腰斩”之举，确是斩得有理，斩得其所。
金圣叹成为本书的一大话题，不仅是因为他使《水浒》《西厢》另立新生，也不仅因为他的批点文字自成系统、是中国文学批评的一大巅峰表现，更重要的，是因为他的批评文字本身就是美不胜收妙趣横生的美文。周作人、林语堂都极佩服他替施耐庵作的《水浒传序》，以为是最好的闲话小品。《水浒》《西厢》卷首的大文，包括《唐诗解》《杜诗解》等卷中的长批短简，除小部分书生谬见之外，大都是颇有《世说》气象、晚明小品风貌的不可不读的上等文字。
小说批点始自李卓吾，但李批的《忠义水浒传》（百二十回本），且不说尚有真伪之辩，批点本身也多是史论式人物论赞，于德性着眼，于文学并不得力。到金圣叹手中，文学批点才蔚为大观。此后仿者蜂起，但都缺乏金的才情学识，不可同日而语。
圈点
群体事件 金圣叹不过是参与了一桩偶然的群体事件，做了传单起草人，反对的不过是当地政府官，却被视作反政府的大逆罪人而杀头，不亦痛哉。倘有开明领袖在，金圣叹可以完成批庄子批离骚批杜甫，做一绝大文化建设，不亦快哉。
断章取义 金圣叹擅断，《水浒传》被截去了五十回，《西厢记》被截去第五本。好在第五本尸体还在，却是因为他觉得其中尚有好文字。从文体家的眼光看，第五本确乎有多此一举的罪过，但应该是王实甫所写，因为他的上家“董西厢”已经是大团圆的路数了。
