圣祖把人数众多的副将以上的将吏和吴三桂的所有旧人、兵丁悉数调到京师，是给予妥善安排吗？不是。朝廷要对他们逐个进行甄别，分清每人“从逆”情罪轻重，把那些他们认为“可恶”的“从逆”者统统查出来，然后加以消灭。这些未载人清官方档案，因为杀的人太多了，有失清朝和圣祖的德政，故修史时，未编纂人。但至今当年被流放的吴三桂的部下兵了后裔们说：他们的祖先早就传下话，当年凡副将以上的将领都杀头了。他们并没有读清史，但说法却与清官方记载完全吻合。不过，清官方投说杀头。这是不言而喻的，无须说明，是尽人皆可以想见的。
该杀头处死的人员，包括其家属，依今天看，尚未成年的男孩（16岁）也在被杀之列，累计何止千百人！而被处死的人的家眷、亲属，无不受到株连，或死，或没官为奴，家产全被没收。要把这些人也算在内，又何止成千上万！圣祖及其统治集团这样做，实则是对已放下武器的投诚人员的一次血腥镇压，是一次胜利者对失败者的疯狂报复。圣祖的政策和行动，最深刻地反映了清朝封建统治者的阴险和刻毒的本性！
圣祖屠杀手无寸铁的人，株连无辜，又使幸免一死的成千上万的人被流放，世世代代遭受苦役，面永世不得翻身。吴三桂的藩众除被处死之外，不管官吏，还是士卒都被流放边地。东北是主要流放地。康熙末年，据“羁官”于辽东的王一元所见，沿途看到许多站丁。蓬头垢面，生活极苦，问及他们，都说原是吴三桂的部属，被发来塞外克站丁苦役。一些佐领一级的将官也同士卒一样地位，不过，这些士卒还保持着以往习惯，称他们为“老爷”。
一八八八年（光绪十四年），任职漠河矿局、办文案、交涉事的宋小濂，著有《北微纪游》，据他亲身经历，从伯都纳城（吉林省扶余市）至瑷珲计一千六七百里，共二十余个驿站，均为康熙年间抗击沙俄时所建。他曾询问过这些站丁，他们称：当年吴藩被平定后，其余党被遣发，赴极边充当站丁，他们是其后代。“他们非满非汉，至今（指清朝末年）子孙不得人仕途，贫苦之状难以言喻。”东北地区是发遣罪犯的“理想”之地，路远，荒凉，苦寒，足以实施惩罚。康熙二十一年初，圣祖东巡祭祖，至乌喇地方（吉林市），“见其风气严寒”，内地发遭流放犯苦不胜寒，颇动侧隐之心，指示以后发遣发到辽阳即可口但他强调，“反叛案内应流人犯仍发乌喇地方，令其当差。”吴三桂的余众自今辽宁、吉林，北至宁古塔、黑龙江沿岸，发遣东北各地为数相当多！
还有一些士卒被发遣到塞外喀喇河屯（今承德市滦河镇），从事看守行官的下贱职业。据调查，现居住承德市滦河镇一带，娄、刘、王、朴四姓，都来自云南，至滦河称宫省族，其祖先都是吴三桂的兵。平定叛乱后，他们被发遣到这里，不准当兵，只能看宫门打更，这一职业同站丁一样，为世袭，永远处卑贱地位！为谋生计，他们白天做小买卖，晚上打更。世代如此，直至清亡。
十五、盛衰成败，引得后人鉴
吴三桂掀起的一场政治的与军事的大动乱，在猛烈地持续丁八年之后，终于平息下来，又恢复了事变前的平静。它留下来的问题是，应当怎样看待这场大事变，以及怎样评价吴三桂。吴三桂起兵叛请，大致来自两个方面的原因。首先是主观的，以吴三桂为代表的原明朝一大批将吏，摇身一变而成为新朝的权贵、创建新朝的元勋。他们有自己的特殊利益。在他们看来，从清朝新主人那里得到的福贵、权力、地位都是理所应当的。他们与清朝的关系并非是休戚与共，鱼水交融，真正地融为一体，而是一种类似主顾的关系，他们受雇于清朝，自然要获取合理的报酬。面一旦停止这种报酬，如像对吴三桂等人那样，完全剥夺其利益，他们就会翻脸不认人，不惜孤注一掷，铤而走险。他们对清朝将损失掉什么，毫无痛惜之意。他们从半路加了这个政权，没有跟清朝结成那么深的关系。为保护政治上与物质上的特殊利益，是吴三桂悍然起兵的主观原因。
其次，从客观方面说，吴三桂起兵，有着广泛的甚至深厚的社会基础，这是推动他前进的基本动力。他在云南振臂一呼，天下响应，东西南北“在在鼎沸”。既然他反叛朝廷，何以如此得人心？这是因为刚刚建立起全国统治的清朝并未得天下之欢心，清兵南下屠杀过成千上万的汉人。前事不远，人们记忆犹新，那种亡国遗恨不会在短期内被消除。新来的统治者、清朝的封疆大吏、地方官府，并未给他们带来更多的光明，相反，想法鱼肉百姓。旧恨新仇，激起人们怒火中烧。他们响应吴三桂起兵，正是这种不满和愤怒的总爆发。这一点，圣祖也认识得很清楚，他说：“吴三桂初叛时，散布伪札，煽惑人心，各省兵民，相率背叛，此皆德泽素未孚洽，吏治不能剔罄所致。”这也是同题的症结之一。
这就不难解释，为什么已降清的将吏纷纷倒戈，百姓纷纷参军参战，在很短的时间，把清朝置于空前孤立、空前危机的境地。发动和领导这场斗争的，既不是普通农民，也不是一般的士人，却是原明的显官，当时显赫的亲王，他的部属骨干也都届于统治阶层的人物。他们同清抗争，不过是为一己集团的利益，并利用了人民的抗清心理来达到自己的目的。所以，吴三桂起兵不能说成是“起义”、抗清竹的正义事业。无论是吴三桂，还是耿精忠、尚之信及具有关联的一群人，无一例外地都是寄生的腐败的集团，他们还保持着原明的某些腐朽习性，力图维护以往的旧制度，保持着他们政治上经济上特殊权利。在他们的王府范围，实则带有农奴制的特征。不言而喻，以吴三桂为首掀起的这场斗争，最终不可能给人民带来好结果口广大人民群众中途抛弃了他们，原因即根源于此。
但是，战争具有一种伟力，它能把那些用行政命令而无法捎除的陈规旧迹一扫而尽。吴三桂发动内战，以巨大的力量冲击了清朝统治者强加给人民的某些不合时宜的枷锁，并打破它的统一，使之在新的基础上再统一，调整和修改以往不适应时代要求的政策，实行新的政策。无疑，这些都有利于社会生产的发展。同样，圣祖倾全国人力物力来进行这场战争，最终消灭了吴三桂等各个政治与军事政权。在中国土地上，彻底铲除了明末以来所形成的腐败的封建官僚兼地主的军阀集团。拔掉了植根在封建制度上的一个毒瘤，这也有利于社会的进步。
吴三桂以失败告终，是很可悲的。他本来有胜利的可能性。主要问题是吴三桂在军事上没有取得稳定的胜利，而所取得的胜利叉没能巩固下去。军事的失败，又根源于吴三桂的战略思想的错误。他从云南出兵，以闪电的速度直进至长江南岸，如果他能乘清兵未集，迅速渡江，进至黄河流域，截断清朝东南的漕运，号召黄河以北原明朝降官降将倒戈，进而再带动人民群众响应，将置清朝于极端孤立叉措手不及的困境中。如有可能，就进逼京畿，将迫使清朝统治者北迁，或许被逼回关东老家，也不是没有可能。可是，吴三桂没有这样做。他最大的失误是，驻足湖南而停止进兵，从而使清军集结，圣祖调兵遣将，从容部署赢得了时间。他在军事上陷入保守主义，消极防守巳得阵地，部队的锐气一落千丈。面圣祖则采取稳住长江防线，顶住湖南吴军的军事压力，从其两个德翼展开进攻，各个击破后，再集中全力对付湖南的吴军。这个战略击中了吴三桂的要害，可惜他至死不悟，听任清军的分进宰割！等到吴三桂死后，吴应期提出北进计划，为时已晚！
按照圣祖的战略计划，本来可以缩短战争的延续时间，有可能尽早结束。问题就出在他所任命的各路统帅、将军，大多是无能怯懦之辈，不敢向吴军进攻，以各种借口拖延进军时间。他们不以国事为忧，却如平日在京师那样恣意享乐，致使总攻时间一再延期，对峙局面也一再延续下去。从他们的怯懦无能，就给吴军战胜清军提供了难得的机会。吴三桂却没有利用！没有军事上的稳固胜利，就无法保持政治上的优势。
吴三桂的失败，还在于政治上的分散，没有形成一个核心力量。他跟各军事集团如耿精忠、孙延龄、王辅臣、郑之茂等，不过是一个松散的政治联盟，吴三桂的年号，并未获得他们的承认。因之也没有形成集中统一的指挥、统一的步骤，彼此不受约束，各立旗号，孤立作战。吴三桂仅仅以一纸之“札”，给某人一个名号，封个官职即万事大吉！就是说，没有一个统一的政纲。比如，他至湖南不进，意欲何为？是企图建立半壁江山？还是最终退回云南？人们并不清楚。没有目标的斗争，是盲目的、不清醒的、偏离方向的斗争。因此，他与耿精忠、王辅臣等都是各顾各的利益，形成不了一个有核心的统一支配的政治力量。王辅臣孤军战西北，终致被逼降；四川郑之茂等救援不成，也缩回四川束手待毙；孙延龄三心二意，被吴三桂干掉，自失一助；耿精忠独自挣扎于东南沿海，直至被歼灭，吴三桂爱莫能助，眼睁睁地看着自己的羽翼逐个被消灭，而他们被消灭之后，厄运便降临到他自己头上！
吴三桂这个人，反复无常，所谓见利忘义，备受人们谴责。明清之际的历史相当复杂，他处在这个环境中，以及他的特殊的机遇，思想不可能那么单一明了。在他身上，体现了时代的特征，构成了那个时代的集矛盾于一身的一大典型人物。他在明，有功于明，奋战山海关内外，阻击清军，保卫明朝江山社稷，人清，又建大功于清，首战山海关，大败李自成农民军，既为亡明报了仇，又为清人主中原首开胜利纪录。其后，他西征南讨，不遗余力。他为清朝打天下，清朝开国者和他们的子孙不应忘记，更不能一笔勾销！此事由于圣祖处理三藩问题不当，政策上有重大失误，即从根本上损害了三藩的利益，且违背已许下的诺言。圣祖即位时不过是一孩童，对前朝事没有经历，亦无体验，他还不懂得如何珍惜他们的利益，在不损害国家利益的情况下，如何加以保护。吴三桂顽强地维护他的特殊利益，当此利益一旦受到危害，便不惜孤注一掷，铤而走险。不管怎么说，激化成战争、并造成持续八年之久的战乱，圣祖和参与决策的人都不能逃脱责任。后来，圣祖的孙子乾隆颇有点求实精神，他对吴三桂的评价是：“功者功之，罪者罪之。”
清朝平定吴三桂之乱后，有一金陵人邵为章赴云南楚雄，调查有关吴三桂的事迹，题绝旬于壁上，表达了他的评说，现征引如下，作为结束：百万雄师睥睨间。先朝一胍绝南蛮。擒人即是人擒路，谁道天公不好还。行营历历草凄凄，铜柱摩崖手白题。虎豹无睛威尚在，老军犹说旧平西。
