这二三年间，魏忠贤深刻反省，恨自己色迷急进，而且可能切断他借助皇太孙上进的道路，又得夹起尾巴做人。但是不久，光宗突然去世，皇长子被立为皇帝，年号改为天启，他就是熹宗。
熹宗即位，按照惯例，要把侍候自己的太监安置在重要的岗位上，客氏也反复地劝说，熹宗任命魏忠贤为司礼秉笔太监。但是魏忠贤目不识丁，如何秉笔？真是荒唐！魏忠贤从此开始了乱政混世的七年。
魏忠贤的阴谋活动有个完整的计划。他大体上是前三年对内延下手，后四年是对朝廷开刀。他心狠手毒，秽乱春宫，在和客氏制服了内廷妃姨和小皇帝之后，就一步步地掌握了朝中大权。到了天启四年，忠贤大肆搏击群臣以后，大批无耻之徒，争相诌媚忠贤。围绕这个核心，形成了从内阁大学士到边关将帅的数百人庞大集团。其中干将首推崔呈秀，此人“卑污狡狯”，曾被高攀龙弹劾贪污，吏部拟处流放，呈秀求饶被拒，于是转投忠贤，叩头涕泣求救。当时，忠贤正寻求外廷援助，反击东林。“得呈秀，相见恨晚，遂以为腹心，日与计划。”成为忠贤后期外廷谋主。还有一个少年翰林冯铨，美容公子，人朝携带数双靴子，一会一换。“自顾其影，镜不离左右。”因其父弃地逃跑躲避金兵，被劾闲住。魏忠贤进香，冯铨跪在路上迎接。忠贤带他进京，起用为大学士，那时，他还不到40岁，破明史大学士年龄的最低记录。有的史料认为，他是忠贤的“龙阳君”
(即男妓）。倪文焕犯罪，认崔呈秀为父，崔呈秀转呈魏忠贤，亦被封官进爵。一个以私利为纽带集合起来的一群，必是藏污纳垢的垃圾坑。
魏党中见利忘义的小人比比皆是。70岁的刘志选，罢官30年，叶向高起用他为南京工部主事，方一上任，即攻击向高，取媚忠贤，又诬参张国纪，企图在倾覆皇后以后，分得一勺羹（张国纪乃张皇后之父）。曹钦程本是汪文言举荐为朝官的，却诬陷挤兑汪文言，忠贤连连提拔他官升三级。而王绍徽以尚书的高贵地位，却亲自下厨给魏忠贤炖猪蹄，被人讥称“炖蹄尚书”。
至天启五年以后，连忠贤也弄不清自己有多少党羽。据反魏派整理的名单，有以工部尚书兼左都御史崔呈秀为首的“五虎”，有以掌锦衣卫事田尔耕为首的“五彪”，有曹钦程等“十狗”，有石三畏等“十孩儿”，还有“四十孙”之流。崇祯二年定逆案时，列名人员高达261人之多。
这个阵容，实事求是地说，其中也不乏“人才”，可惜心术不正，其反动能量确是很大。他们帮助魏忠贤干尽坏事，也借助忠贤的力量做尽了坏事。禁城东角楼管事小宦官也常用忠贤名义杀更小的宦官，3年内杀了百多个。更不论其他。没有他们，忠贤不能倒海翻江；没有他们，忠贤又何以成为历史的大罪人呢？
魏忠贤保护党羽，但刻薄，不许有半点离心或者“拆群”的现象存在。魏广微参与制造“六君子”冤案，后来，其父一点骨血发挥点作用，上书请求交法律处分，不要让锦衣卫酷刑折磨，忠贤就下令批准他的“乞休”请求，赶回家去。曹钦程德行太坏，同类不齿，忠贤“责以败群，削其籍。”尽管这家伙哭哭啼啼父子之恩难忘”，忠贤也不为所动。因而魏党阵营比王振大，比刘瑾坚固，能量更是王、刘所不能比的。
忠贤十分注意武装力量，刘谨败事时，深夜束手就擒，尽管他自领内厂，设党羽掌握京营都无济于事。忠贤决心建立一支完全属于自己的“武装”。天启元年，他勾结大学士沈崔，鼓动皇帝设立“内操”。即从阉人中选拔士兵，由宦官任将校，驻扎禁城宫苑，隶属于司礼监和东厂。其武器装备都远远超过京营，因为兵仗局属于宦官24衙门之一。天启三年十二月他又亲自提督东厂。就个人素质而言，他比刘道要端严许多，深沉许多。三五年中，忠贤征服内廷，控制内阁，提督厂卫，豢养公卿，操纵第二武装，看来将“天下无敌”了。权势和罪恶的畸形发展必将给国家和历史造成巨大的灾难，其后果也一定是可悲的。
忠贤为人阴险狡诈，尽杀忠良。越来越成为众矢之的。他也张驽待发，而且毫不留情，他要用毒箭。他用心研究过刘瑾的教训：树敌多、杀人少。比如对杨一清，罢了官却不杀，以致东山再起，出谋划策，与张永一道弄得刘瑾千刀凌迟。忠贤深谙政治斗争就是你死我活，加上他那残忍的本性，使他一出手就显示出喋血嗜杀，从肉体上消灭政敌的“彻底性”来。魏朝、王安、宫妃等概不饶过，必杀之而后安。杀人就是为了夺权和权。
然而狡猾的魏忠贤并不蛮干，他是很讲究策略的。辅大学士叶向高“光明忠厚”，“朝士与忠贤抗者率倚句高。”忠贤虽然“默恨之”，并煽动指使“群阉围其邸大喿，”迫使向高“乞归”，然而魏忠贤仍然表面上“命加太溥，遣行人护归。”大学士刘一烃，抑制客、魏滥加荫赏，又请求把客氏赶出宫廷。“由是，忠贤辈大恨”，霍维华、张鹤鸣闻风攻击，也只是“传职允其去，又追夺浩命勒令养马而已。”至于天启初年前后任吏部尚书的周嘉漠、张问达、赵南星和左都御史邹元标这许多人正人君子、东林党人在位，阻碍着魏忠贤阴谋的实现。而忠贤仅仅矫旨给以优厚待遇和较高的荣誉，促使并允许他们体面的退休。但这并不说明魏忠贤心慈手软。他在谈到大学士朱国帧时说这个老头儿也不是正经人，只是还没把事情作绝，让他好生去吧。”原来他是度量再三，才放生的。看来，忠贤的髙明之处在于不做力所不及的事情。其理智足可以控制感情，不像刘谨凭感情用事像跪朝臣于奉天门外，逮300朝臣人狱，形式上轰轰烈烈，实质无济于大事；也不像王振冲动式地胡作非为。他在天启三年以前，尚没有能力整死东林党，非不想杀，是不能杀则不杀。
天启四年，魏忠贤把主攻方向移向朝廷，开始外线作战，方显出恶魔本色。
这场激战是在夏天揭开序幕的。春天，锦衣卫逮捕内阁中书（机要秘书）江文言，（这位汪中书是天启初年王安和刘一煜之间的联系人，因为他的努力形成了东林党控制政府的局面。）准备兴起大狱，打击朝臣。
虽然不久即开释，但震惊了东林党人，魏忠贤要开刀了。魏忠贤的活动已越出北京，每出必驷马扬扬，浩浩荡荡，不可一世，甚嚣尘上。这种示威性的张扬，引起朝臣的不安。六月，素以敏锐善察刚直敢谏着称的左副都御史杨涟首先发难，上疏参劾忠贤。列举其24大罪。诸如：破坏政体，排斥顾命大臣，交结阁臣，不容正色之臣，喜怒过于皇帝，伤害陛下妃嫔皇子，擅杀内臣，滥袭恩荫，兴大狱，更圣旨，用东厂快私仇，纵容奸细，创立内操阉兵，外出俨如圣驾，走马御前不自伏罪等等。同时请求驱逐容氏出宫，下忠贤刑狱。
杨涟疏成，准备面呈皇帝。谁知第二天熹宗克朝，他怕夜长走露消息，就连夜由会极门递人司礼监。魏忠贤听了十分惶恐，王体乾却浅浅扬眉一笑。趁天启苷“匠心独运”汗垂两鬓的功夫，体乾一本正经地读“二卄四罪疏”，要害地方必改的改略的略，反正皇帝心不甶焉，更不会拿到手去细看的。天启帝听得囫囵半片，波皱眉：“宫里的事儿，杨涟怎么知道的呢？问他。”第三天临朝，只见阉兵数百，刀剑斧瓜，不准言官奏事，杨涟无可奈何了。然而群臣激动，连上70余疏，皇帝哪里有耐心去听完，连说拟旨责备。”“忠贤既得瓦全，匣从此改心放手，为恶无所忌惮。”崔呈秀、冯铨已集合在忠贤膝下，劝他兴大狱用廷杖。忠贤不敢冒然，他要先做一个尝试，并且耐心地等待群臣淋漓尽致地把底露完。
魏忠贤的“尝试”选中了小小的屯四郎中管铸钱的万煜。他因请求内宫监把废铜交出来，遭到拒绝而上疏认为：魏忠贤一手握定废铜，目的在操天下之利，以及揽天下政权，这是奸雄用意。魏忠贤矫旨：廷杖一百。廷杖，是中国明朝特设的刑罚，大棒打屁股，正德以前，臀股包裹厚毡，示辱而已。刘瑾开始脱衣行杖。轻重全在监刑太监的口令上“打”、“着实打”、“好生着实打”，是“轻打”、“打残”、“打死”的三等信号。万煜被提到午门时，已被群阉拳殴奄奄一息，哪里经得住“好生着实打”呢，于是立毙杖下。杀鸡给猴看，廷臣被震慑了。几天后，又要杖责林汝嘉（叶向高的亲信），林逃亡，一百多阉兵围住叶府，登堂入室，谩骂追索。叶向高上疏要求魏忠贤“自请归私地”，圣旨却答以“忠贤勤劳”，于是叶向高愤而辞职。正直的旗帜倒了，邪恶的旗帜顾秉谦晋升为首辅。
魏忠贤得意了。双方准备着决战。这段时间，魏忠贤充分利用矛盾扩大阵营。明朝万历以后，党争渐渐激烈。那时，文选郎顾宪成因与内阁政见不一而被罢官。遂归无锡不再出仕，重修宋朝大儒杨时的东林书院，讲学于其中，并与高攀龙、钱一本等结为同志。
许多不满朝政有志再整朝纲的志士纷纷奔集东林书院，讲究“家事国事天下事”，议论时政点评人物，一时间成为正气之源。为淮抚李三才的去留问题，他们与朝廷展开大论争，被骂作“东林党”（封建社会，“党”是“团伙”的同义词）此后，与东林党对立的方方面面往往结成集团，专与之背反。论战和政治打击一直纠缠不休，直到明朝灭亡。
天启初年，东林党曾执政。天启三年京察，一批趋附邪恶的浙党昆党宣党官员被赶出要津。这些走投无珞的官员，作困兽之斗，奔走在忠贤门下。东林党人与反对派廷臣之间的矛盾，恰好被忠贤所利用。他树起反东林党的大旗，收编“散兵游勇”，措降纳叛，其中不乏鬼头鬼脑鸡鸣狗盗之徒。魏广微作缙《绅便览》，开列“邪人”名单，又手写应该起用而被东林压倒的人名单，抄送忠贤，王体乾、涂文雅又以小楷抄本，藏在袖中，作为优赏惩处的依据。
魏忠贤与东林党人的决战于天启四年秋拉开帷幕。九月，崔呈秀贪污案被高攀龙查实，革职听候处分。十月初一，皇帝百臣行祭天大礼，魏广微迟到，被魏大忠李应升抓住弹劾，内有“广微当退读父书，保其家声，勿倚三窟与言官为难，异日亦可见乃父于地下。”矛头所指已很分明。
魏忠贤狗急跳墙，说动皇帝把东林党首领高攀龙、赵南星、杨涟、左光斗。袁化中等罢官削籍，还有大批反魏朝官外谪或降职，正臣与秋叶一起纷纷飘落，以至“部署为空”。天启四年十月，魏忠贤决战获胜，终于控制了朝廷，但他决不做刘谨那样的傻事，决计彻底消灭政敌。从四年十月到五年四月，魏忠贤筹划着大规模剿杀。在组织上，他起用了反东林党人的丁绍拭、阮大铖等人阁或掌六部；在理论上，李鲁生提出“宅中而王，旨不从中出而谁出”，为魏忠贤用中旨（皇帝不经内阁会议直接下达的命令，已被客、魏利用）独裁制造根据；总体部署则是利用熊廷粥案为突破口来打倒杨涟等人。
所谓熊廷弼案原来是天启二年二月，明军在与后金对垒的战役中丧军6万，朝廷把经略熊廷弼下狱，判斩决。廷弼想托汪文言用4万银子贿赂掌权的东林党人以求缓刑，但没有真正实行。“五虎”首领锦衣卫指挥许显纯在东厂监督用酷刑逼汪文言诬供：杨涟等受熊贿赂。汪文言活活被打死，临死大叫：“天哪，哪有受贿的杨大洪（杨涟字大洪）啊！”许显纯捏造口供，相继逮捕了一大批东林党人。七月，逮捕杨涟、周朝瑞、左光斗、魏大中、顾大章、袁化中等，下在锦衣卫左狱。顾秉谦拟旨，五日一“追比”（用大刑逼退脏）。其实许显纯从七月初四到九月初四60天中已追比了24次，每次间隔只有两三天。第一次追比受刑后“诸君子头色墨而颠秃，裳上脓血如染，两狱卒挟持才能移步”。第二次则“股肉俱腐”。第五次“杨公大号无回声，左公声哟哟如小儿啼”。第六次“杨左伏地若死人”。七月，杨、左、魏一同被杀在狱中。不久袁、周也先后被暗杀。只有顾大章交付法司为斩刑，自缢而死。杨涟最惨，“二囊压身铁钉贯手”。死者无葬处，还活着的老母寡妻栖宿城楼。最先识破客魏，最先打击客魏的干臣死了，尸体出狱时以席绳捆，“尸虫沾沾坠地”。魏大中的儿子、《核舟记》的作者魏学伊为父冤而哭死。其实，熊廷粥早年曾攻击东林党，魏大忠是坚决主张斩熊廷粥的。八月，熊廷弼——代帅才被斩于菜市口。魏忠贤收到一箭双雕之效。为这“功劳”，皇帝先赐客魏金印各一颗，每颗金重200两，印文“钦赐顾命元巨忠贤印”。那时，皇后之宝只是梨木雕刻，可见客魏地位已到何种程度。
大狱之后，开列黑名单之风盛行。崔呈秀作《天鉴录》，王绍徽叙《同志录》，韩叙造《点将录》，《点将录》把《水浒》中人物绰号加在东林党人头上，颇有儿戏国事味道。魏忠贤的心腹太监各抄一份，藏在抽中，按名捕杀。魏忠贤下令拆毁天下所有的东林书院，无锡的东林书院夷为平地。天启五年十二月，用皇帝名义发布《东林党人榜》，列名三百余人。下令“生者削籍，死者追夺，已削夺者禁锢”东厂横行，不容人说话。中书吴怀贤读杨涟“二十四罪疏”拍案叹息叫好，竟被杀、抄家。
天启六年三月，魏忠贤指使浙江织造右监李实，再次弹劾东林党人，并按名捕治周起元、高攀龙、周宗建、缪昌期、周顺昌、黄尊素、李应升。除高攀龙在家投花池自杀外，其余六人都被许显纯暗杀在狱中。他们都是反客魏的重要人物。周宗建捶杖几死时，许骂日：
“你还能说魏公不识一丁么？”缪昌期曾策动反魏，拒绝给魏忠贤写碑文，又替杨涟起草“二十四罪疏”。他们都从容赴难。周顺昌临命不顾家人悲号，从容为寺僧书写扇面“小云楼”并识日月，投笔出门就捕；李应升“登舟作赋，略无抑郁之色”。当时，东林党人代表着正义和清明，德望极高。魏忠贤的党羽在杭州和苏州逮捕周顺昌和黄尊素时，遭到民众的围攻。后来，魏忠贤处死颜佩韦五人。散文家张傅为之作《五人墓碑记》，五人与“七君子”俱流芳千古。
这时的魏忠贤堪称位极人臣势焰烛天。
史料上未见有魏忠贤大规模敛财的记载，也未见籍没财产若干的记载。他到底是一种什么心理在支配呢？其实，魏忠贤志在天下，有了天下，什么能没有呢？
苔不能巩固政权，敛财还不是替人家敛，而自己则只能敛到怨和仇吗？刘瑾不就是这么一头蠢猪么！魏忠贤要的是权势，争的是根基。
天下不乏媚臣佞人，他们称誉这个大太监为“厂臣”，而且不放过任何一个机会来巴结他，为其邀功请封。肃宁县新修城墙，要为他加功；抓住个假间谍，也说亏“厂臣指授机宜”请封其为伯爵，赐田700顷；皇宫新大殿竣工，晋忠贤上公，赐田2000顷，赐铁券；袁崇焕保住宁远城，自然也是“赖厂臣安攘天下”，加思三等；更可笑的是雷震火药库失火，仪仗大象受惊跑上大街踩死百姓，火扑灭，象也被捉住，爪牙们觉得机不可失，赶忙上颂，“赖厂臣……”大奸惑主，天启帝临死时还嘱咐为忠贤晋王位。魏忠贤的女婿外甥、亡兄娘舅也一并沾光。客氏家族当然也是气势不凡。明朝276年，封为国公的一共15人（太祖开国功臣10国公，永乐2国公，景春1国公），连太祖的谋士刘基也只封为诚意伯，可见封公封侯是极其谨慎的事。从景泰至天启178年仅封两公，都封在短短一年，且集中在魏家。魏忠贤自以为真的功高万代了。
