那是在1179年的南宋，朱熹走马上任南康军事。辗转数月，朱熹在三月三十日这天到任。十月十五日下元节他来到白鹿洞故址，眼见书院荒凉的景象，不禁感慨万千。但书院的周边环境令朱熹欣喜不已，“观其四面山水，清邃环合，无市井之喧，有泉石之胜，真群居讲学、遁迹著书之所”。他随即决定对书院加以修复。朱熹一面分派军学教授、星子知县等人筹措兴复诸事，同时又将自己复兴书院的设想上奏朝廷。
此时的白鹿洞书院，原来的建筑早已无存，仅余瓦砾榛荆，茂草荒丘。尽管南康正遭旱灾，财政困难，但朱熹还是集资筹款，建起了屋宇20余间。第二年，书院初步修复。朱熹主持祭祀先圣先贤的开学典礼，升堂讲学，并写下了《次卜掌书落成白鹿佳句》：
重营旧馆喜初成，要共群贤听鹿鸣。
三爵何妨奠萍藻，一编讵敢议诚明。
深源定自闲中得，妙用元从乐处生。
莫问无穷庵外事，此心聊与此山盟。
在主持白鹿洞书院期间，朱熹很注意学田的设置，认为“这是维持书院的久远之计”。他制订了购田计划，筹集了一部分购田资金。
为了充实图书，朱熹还发文，向各地征集书籍，甚至连结识未久的陆游也成为他求书的对象。
朱熹主持书院时，还制定了一套详细的藏书管理制度，设有“管干”一职，专门对书籍进行日常管理。至于大规模的校勘、清理、曝晒等工作，就临时由山长组织人员进行。晒书一般是在每年的农历六月初一、十五。
当时，岳麓书院只有学生10余人。朱熹在总结前人办学所订的规制以及禅林清规等经验的基础上，制定了《白鹿洞书院揭示》：
父子有亲。君臣有义。夫妇有别。长幼有序。朋友有信。
右五教之目。尧、舜使契为司徒，敬敷五教，即此是也。学者学此而已。而其所以学序，亦有五焉，其别如左：
博学之。审问之。慎思之。明辨之。笃行之。
右为学之序。学、问、思、辨四者，所以穷理也。若夫笃行之事，则自修身以至处事、接物，亦各有要，其别如左：
言忠信。行笃敬。惩忿窒欲。迁善改过。
右修身之要。
正其谊不谋其利。明其道不计其功。
右处事之要。
己所不欲，勿施于人。行有不得，反求诸己。
除了制定学规，朱熹还制定了课程，将《四书》作为基本课程，并尚需学习《五经》、《楚辞》以及古代诗、文。
为了学院的发展，朱熹试图聘请一些有名的学者到白鹿洞书院讲学，但均未成功。于是他只得自兼洞主，自为导师，亲自讲学。此时，在白鹿洞书院讲学的尚有刘清之，以及朱门弟子林泽之、黄粹、王阮等人。
正当朱熹主持白鹿洞书院时，南宋理学代表人物陆九渊自金溪来访，朱熹请陆氏赴白鹿洞登台讲学。他的“君子喻于义，小人喻于利”讲得举座动容，甚至有感动得掉下眼泪的学生。
朱熹也认为陆九渊讲得非常好，“切中学者隐微深痼之病”。并对自己过去没有讲得这么深刻感到惭愧，朱熹还表示，一定要与大家一起虚心向陆九渊学习。
于是，朱熹请陆九渊将讲稿书写下来，这就是著名的《白鹿洞书堂讲义》，朱熹请人将其刻石并写了《跋》，并作为文献保存在书院，以励后学。后来，陆九渊在白鹿洞书院期间，就哲学问题，与朱熹又进行了一次深刻的探讨，这就是“白鹿洞之会”。
与此同时，朱熹还请南宋理学家另一派代表吕祖谦为白鹿洞书院修复工作写记。朱熹在求记信中，希望此记“非独以记其事”，且“使此邦之学者与有闻焉，以为人德之门”。为此，二人书信往复，讨论记文措辞，然后定稿刻石。
朱熹又致书吕祖谦说：“白鹿洞书院承为记述，惟使事之本末后有考焉！而所以发明学问深浅之序尤为至切，此帮之士蒙益既多，而传至四方，私淑之幸又不少矣！”
当时，吕祖谦为了调和朱熹“理学”和陆九渊“心学”之间的理论分歧，使两人的哲学观点“会归于一”，就出面邀请陆九龄、陆九渊兄弟前来与朱熹见面，陆氏兄弟便应邀来到了鹅湖寺，双方就各自的哲学观点展开了激烈的辩论，这就是历史上著名的“鹅湖之会”。
朱熹和陆九渊的哲学观点虽有异同，但是彼此却无心结，反而增加了彼此的友谊。无论是鹅湖之会，还是白鹿洞之会，都是我国古代哲学史、书院教育史上的大事，是先贤们探求真理，广博学问，摒弃门户之见，倡导百家争鸣的善举。
朱熹在主持白鹿洞书院期间，开展了多种形式的教学活动，包括“升堂讲说”、“互相切磋”、“质疑问难”、“展礼”等。《朱子读书法》六条，就是“循序渐进”、“熟读精思”、“虚心涵泳”、“切己体胸察”、“着紧用力”、“居敬持志”。以学生认真读书，自行理会为主要形式。
朱熹每有闲暇，就与生徒们优游于山石林泉之间，寓讲说、启迪、点化于其中。朱熹在白鹿洞书院创立的书院规制和教学模式，成为后来书院建设的榜样。
为了使书院拥有合法地位，朱熹还上书孝宗皇帝，乞赐敕额及“九经”注疏，但未果。后来，朱熹离开南康，改任浙东提举。他趁允许奏事的机会，再次向孝宗申请：
今乃废而不举，使其有屋庐而无敕额，有生徒而无赐书，流俗所轻，废坏无日，此臣所以大惧而不能安也。
这一次，孝宗皇帝经过“委屈访问”之后，才勉强准奏。朱熹离去以后，白鹿洞书院的院宇屡有兴修，教学、祭祀活动亦继续维持和发展。
1217年，朱熹之子在以大理寺正卿的身份知南康军。他继承父志，重修白鹿洞书院，使之规模宏伟为他郡所不及。朱熹的门人黄榦在《南康军新修白鹿书院记》中写道：
榦顷从先生游，及观书院之始，后三十有八年，复睹书院之成。既悲往哲之不复见，又喜贤侯之善继其志。
意思是说，白鹿洞书院因朱熹而始建基，而由其子最后完成，时距朱熹仙逝已17年了。
朱门后学黄轸、陈文蔚、李燔、方岳、饶鲁等先后在白鹿洞书院讲学，培养了余阶、江万里等知名学生。
至1241年，宋理宗赵昀在视察太学时，亲自书写了朱熹所订的《白鹿洞书院揭示》。此后这个揭示被摹写传抄在各地的学校和书院中，使之成为御颁共同遵行的“教学方针”。
朱熹制定的教规得到皇帝如此的赞赏，遂成为各地书院教育乃至于学校教育的最高准绳和法则，影响广远，波及天下。理宗时，白鹿洞书院始设官治理。
白鹿洞书院因朱熹而享盛名，朱熹对白鹿洞书院的复兴，意味着我国书院制度的成熟。因此，王昶在《天下书院总志》序中称白鹿洞书院为“天下书院之首”。
朱熹晚年定居建阳考亭讲学，四方学子不远千里前来求学，研究理学，著书立说，与蔡元定等创建学术史上令人瞩目的“考亭学派”，考亭也因此喻为“南闽阙里”，建阳称为“理学之乡”，也因朱熹、蔡元定、刘爚、黄榦、熊禾、游九言、叶味道史称“七贤过化”之乡。每年的清明节前后，普天之下的朱子后裔都会前来祭祀拜谒，他所创立的南宋理学备受推崇。
