1994年，第四次圣杯战争结束后，卫宫切嗣在原藏山种下一颗瘤，预计在三十到四十年后，这个瘤对山体的日渐改变会导致大空洞崩溃，连带大圣杯法阵被完全破坏。
2004年，第五次圣杯战争爆发，圣杯被卫宫士郎的Sevant—saber再次破坏。
2023年，大空洞即将崩溃，小圣杯却在这时突然再次提前出现。
在小圣杯即将出现之际，一股强大的魔力突然出现于中华大陆，在无任何召唤仪式下一个神秘的圣杯悄然出现，并在无形之中慢慢形成。
大圣杯受到影响，被迫在中华大陆上才能召唤Sevant。
就这样，在第六次圣杯战争即将爆发之时，中华大陆迎来史上第一次圣杯战争，即自然圣杯战争。
但因大圣杯在第三次圣杯战争之后，发生质的变化，成为此世全部之恶的诅咒，两个圣杯相互影响，在自然圣杯战争的过程中，诺邪恶之力（如大量的人死亡）产生过多，则死亡与毁灭之杯降临，如果没有上述意外发生，则自然圣杯降临。
一旦小圣杯（此世全部之恶的诅咒）降临并被Master接受后，死亡与毁灭之杯直接降临。同样如果小圣杯被毁坏，死亡与毁灭之杯将不会降临。
此次圣杯战争的不同点
①提前降临，与上次圣杯战争爆发之间只间隔十九年。
②选定的Master和Sevant共十四组（自然圣杯与大圣杯各七组）
③降临的圣杯有三种
④自然圣杯在没有任何的召唤仪式下出现，是史上第一次圣杯自主召唤。
