通过制定一系列汉化与封建化的制度，拓跋珪的北魏开始发生了质的变化，其生活方式由游牧为主逐渐转变为游牧与农耕并存。这就使他能够稳定地控制住新近从后燕手中夺取的并州、冀州、幽州等地，进而谋取天下。短短十几年间，北魏便在拓跋珪的领导下成为乱世中最夺人眼目的希望之国。他于天兴元年（公元398年）在平城即皇帝位，成为北魏的开国皇帝，也就是魏道武帝。
制度之后，便是文化。拓跋珪虽然武功盖世，却也不得不佩服中原地区有不少聪明之士，于是他问一位叫李先的博士：“天下什么东西最好，可以提高人的聪明才智呢？”（恐怕这也是很多人所关心的问题了）李先是个读书人，当然不假思索地答道：“莫过于书籍了。”
拓跋珪又问：“那什么书最好呢？”
李先说：“那就得数经书了，这种书不仅可以教人思考问题的方法，还会讲授做人的准则。”
拓跋珪的兴趣来了，继续问道：“天下有多少书籍呢？朕若想收集，如何才能收全呢？”
李先笑道：“自从有了早期的书契（也就是指刻在器皿、龟甲、竹片等等上面的文字），每朝每代都会增加许多书籍，算到今天，也已经不计其数了。如若主公有兴趣，可以命各州郡县下去搜索，只要有心，收集起来却也不是难事。”
拓跋珪大喜，就下一道命令，让各地官员在民间大规模地搜书，并全部送往国都平城。（这次收集并不算十分成功，连年战事，即便有人有心藏书，也很难保证这些书不遭受战火的侵害。但不管怎么说，拓跋珪以统治者的身份发动全社会的力量，收集了一定数量的典籍，他对于十六国南北朝时期的文化保护与整理工作还是作出了相当的贡献的。）
“以汉制汉”，是拓跋珪统治关东地区汉人的基本指导方针，这也是他之所以能够强过以前诸多中原胡人政权的根本所在。（比如前后燕是典型的家族政权，一家兴则天下兴，一家亡则天下亡；前秦则是企图在文化尚未认同的情况下，盲目推动民族迁徙，最终导致了失败。）
然而他毕竟是第一位走入中原的漠北鲜卑领袖，对于汉人，他不可能做到十分的信任与亲近。从前面与李先的问答之中也可看出，他的学识修养极少，早年所受的文化教育也有限，对于汉人的制度与文化的理解，常常局限于肤浅的表面形式，而不会明白其优越性所在。文化背景的差异，使得文化融合的初期必然经历可怕的阵痛，这是拓跋珪当年面临的问题，也是今日多元文化冲突中现代人类所面临的难题。这些问题交织在一起，加上拓跋珪性多猜忌（多数胡人君主共同的性格缺陷），终于酿成了多起悲剧，而拓跋珪本人也因此不得善终。
北魏攻打后燕国都中山时，曾一度缺粮，老百姓都不愿意缴粮租，拓跋珪向群臣问计。汉人谋士崔逞说：“收取桑椹也可以充作粮食呀，古时候飞鸮（即猫头鹰，其叫声很难听）食椹而改音，《诗经》里是有明确记载的。”（飞鸮食椹而改音的典故，见于《诗经·鲁颂·泮水》的“翩彼飞鸮，集于泮林，食我桑椹，怀我好音。”原意是赞颂鲁侯伯禽的美德，这里当然是被崔逞曲解了。崔逞也是清河大族崔氏的一支，在中原以德才着称。
对于北魏军在战争中的暴行，他是心知肚明的，但是又不可能直截了当地向拓跋珪指出，所以就采用了这种方式谏言，既帮助拓跋珪解决问题，又不伤体肤地提个醒儿。）
拓跋珪没读过《诗经》，不懂这一套，军中既然需要食粮，也只好让老百姓以桑椹作租，心中则十分痛恨崔逞用猫头鹰来侮辱进入中原的鲜卑人。崔逞担心魏军劳民动众，又说：“可以让当兵的乘着时节自己去林子里采摘桑椹，过时就落光了。”拓跋珪很怒，说：“仗还没打赢，就让士兵解甲入林，采摘桑椹，成何体统？你这是什么话嘛！”于是对崔逞怀恨在心。
几年后，姚兴攻打东晋的襄阳，东晋守将郗恢向北魏将领、拓跋珪的堂弟拓跋遵求救，信中说：“贤兄（指拓跋珪）虎步中原。”拓跋珪很不满意，认为这是东晋将领轻视他的表现，命令崔逞和另一名谋士张衮回信，指明了要在信中使用贬损东晋皇帝的称呼。信写完一看，崔逞、张衮把东晋皇帝叫做“贵主”，拓跋珪那个气呀，说：“让你们这些人在信里把晋人贬一顿，你们竟敢称呼‘贵主’，哼哼，和那个‘贤兄’还真是天生的一对啊！”新账旧账一起算，把崔逞赐死，张衮贬职。
这次事件大大毁坏了拓跋珪在汉人中间的形象，可谓遗祸无穷。后来东晋宗室司马休之等人因桓玄之乱打算投奔北魏，由于听说了崔逞被杀之事，十分害怕，最终决定改换门庭，去了后秦和南燕。拓跋珪知道真相后十分后悔，这以后才对犯错的北方士人格外宽容。
多年战事使拓跋珪的精神一直处于高度紧张的状态，他担心自己未老先衰，就服用一种叫做“寒食散”的药物。这是当时流行于汉族士人中的药物，主要用于排解心理上的焦虑和不安（可见是有闲阶级的喜好之物，普通老百姓连饭都吃不饱呢，哪里有工夫吃这种药）。这种药本来是东汉名医张仲景首创用来治疗伤寒的，可经过改造却成了一种古代毒品，吃了之后容易上瘾，而且容易发作。发作起来是个什么现象呢？其实就和狂躁症的症状差不多：全身发热、躁动不安、狂奔暴走，等等。拓跋珪服药一多，药性的发作自然就越来越频繁，他常常几日不醒，或者几日不食，甚至一个人无缘无故地自言自语，脾气更是暴躁不安，喜怒无常。渐渐地，他的疑心病达到了无以复加的地步，靠近他的人有时会无故被他当场刺死（这一点很像晚年的曹操，滥杀无辜，心狂意乱，作为一代君主，这些特性都逃不过后人的诟病。顺带说一句，拓跋珪与曹操在经历上也确有相似之处）。大臣们因为不经意的一句错话，就可能被他处死，就连他的亲人功臣也不例外。拓跋遵因为酒后失礼，就被拓跋珪赐死；司空庾岳由于服饰艳丽、举止傲慢，也被拓跋珪处死；拓跋珪的另一名堂弟，曾在征燕战争中立下汗马功劳的卫王拓跋仪见拓跋珪诛杀大臣，心中自疑，就带着家人想逃出国去，却被拓跋珪派人追回赐死。
北魏民心陷入动荡不安之中，国内又不断出现天灾，拓跋珪了解到这些情况，虽有认错之意，却十分消极，没有什么补救的手段，他唯一的顾虑是皇位的继承权问题。他立长子拓跋嗣为太子后，因担心将来出现母后专权的现象，决定参照汉武帝杀钩弋夫人的旧例，将拓跋嗣的亲生母亲刘贵人杀死，这就是北魏后世一直承袭的“子贵母死”的制度。应该说，这一制度客观上对于后来北魏政权的稳固起到了一定的促进作用，但在当时遇到了小小的麻烦。拓跋嗣是个十分孝顺的孩子，在宫中日夜啼哭，拓跋珪知道后十分生气，命令拓跋嗣立即进宫。拓跋嗣的手下都说：“皇上现在脾气不好，又发着火，进宫必有不测，不如先找个地方暂且躲起来，等皇上怒气消了再进宫。”拓跋嗣觉得有理，就悄悄出宫，隐匿在外。
太子失踪，拓跋珪更是受了刺激。他的另一个儿子清河王拓跋绍是个典型的游街串巷的无赖公子，其母贺氏是拓跋珪母后的妹妹，也就是拓跋珪的亲姨母。拓跋珪年轻时在贺兰氏的部落中见她长得十分漂亮，也不顾及她已是有夫之妇，便要把她娶来，贺太后反对，劝他说：“绝对不可以，她长得过于漂亮了，而且已经有了丈夫，不可以做这样的事。”拓跋珪不听，派人暗杀了姨母的丈夫，把她强行娶来，生下这个“逆子”。
拓跋绍整日里打劫行人，以此为乐。拓跋珪听说后很气愤，把他倒吊起来扔到井里，即将断气时才捞出来。为了这个儿子，拓跋珪与贺氏夫人常常吵架，吵得不可开交，终于有一天，实在不耐烦了，索性将她囚禁起来，准备处死。
贺夫人也不甘心坐以待毙，她秘密托人捎信给拓跋绍，让他来救自己。年仅十六岁的拓跋绍，于是带着自己的手下与宫人宦官组成的“杂牌军”，连夜翻墙入宫，一直冲到拓跋珪居住的天安殿。拓跋珪末年的暴躁情绪已经造成了宫中的恐怖气氛，守卫们人人自危，竟不敢阻拦，只有人大声叫道：“贼人来啦！”拓跋珪从梦中惊醒，见势不妙，到处寻找防卫的武器而不可得，这位三十九岁的开国皇帝就这样死在了亲生儿子的手中。
（拓跋珪一生，年轻时是武功，初步奠定了北魏的生存空间；中年后有一定的文治，开始积累一个朝代的文化底蕴；可惜末年还是逃不过性格的宿命，其行为某种程度上也破坏了前期的成果。不过，他所遗留下来的这个新帝国，已经足够子孙后代经营开发一段时间。拓跋氏所面临的次一课题，是如何将拓跋珪的基业发扬光大。）
