九月二十九日，太后、皇上安抵京城北门，恭亲王率王大臣出城迎接。东太后传旨，令各王起身，恭王谢恩，随鸾舆入城。怡、郑二王见城外总是军营，心中惶恐，遂回原邸安歇一宵。次早起身，方思入朝，见恭王奕、大学士桂良等带侍卫数十走来，便道：“有旨，着怡王解任。”怡王道：“我奉大行皇上梓宫，哪个令我解任？”忽见郑亲王亦走来，见两人相争，不知何故。恭王见郑王亦到，说道：“真巧。现奉谕旨，着怡、郑二王解任。”郑王笑道：“上谕须要我等拟定，这谕旨是哪里来的？”恭王道：“现放御宝在上，难道不遵么？”怡王问：“此印何来？”恭王道：“大行皇帝临终时，亲给两宫太后。”怡、郑二王道：“太后不能解我的任。
皇帝幼冲，更不必说。”恭亲王闻言大怒道：“你两个敢不接旨么？”
怡、郑二王道：“无旨可接。”恭王道：“这御宝是先皇传授下来，你敢不算么？”喝令侍卫将两人拿下。怡、郑二王道：“我两人得何罪过？”恭王道：“你听着。”遂宣读谕旨。二王道：“你捏词祸人，同你去见太后。”恭王遂令侍卫将二人牵出，送宗人府交宗令看管，回宫复旨。毕竟西太后辣手，将怡、郑二王先革去爵职，复着宗人府会见九卿严行议罪，另派睿亲王仁寿、醇亲王奕让，速将肃顺拿问。睿、醇二王奉旨，带侍卫百名出城，托以迎接梓宫为名，诱擒肃顺。行百余里，正遇梓宫。两王下马，肃顺亦下马相见，礼毕，二王又至梓宫前行过礼。肃顺欲探鸾舆消息，并问两宫太后及皇上安，二王说安，醇亲王奕说到驿站再谈。及至馆驿，奕起身道：“有旨拿革员肃顺。”肃顺大惊道：“我犯何罪？”
奕道：“多呢，至宗人府再谕。”肃顺絮絮叨叨，也不多辩，命侍卫押着肃顺，连夜进京。次日，便降旨将肃顺革职，交宗人府议罪。家产即着员发抄，即授恭亲王奕为议政王，在军机处行走。过二日，梓宫至德胜门，太后及皇上出宫跪迎，奉梓宫入禁城，停乾清宫。于是王大臣、大学士、都统等，请太后垂帘听政，并拟新皇帝年号。初拟“祺祥”二字，嫌其意义重复，两宫太后命军机大臣改拟。议政王窥太后慈怀，拟以“同治”二字进呈。西太后见“同治”二字，寓意正合两宫同治，遂以明年为同治元年，颁告天下。次日，即降旨一道，宣布载垣、端华、肃顺三人跋扈不臣，罪大恶极，有负先皇付托之重，免其凌迟，均着斩立决。三人既死，个个不敢违忤。清朝大政，一切皆归西太后慈禧独断；东南军务，专责成两江总督曾国藩，令他统辖苏、皖、赣三省，并浙江全省军务，所有四省巡抚提镇及以下官员，皆归节制，此样重大责任，从古未有。
且说湖北巡抚胡林翼，自太湖还援湖北，收复德安、黄州等处，积劳成病，得咯血症，竟殁于武昌，遗疏荐李续宜代己职，朝旨准允，即命续宜为湖北巡抚。曾国藩以辖地太广，特荐左宗棠督办浙江军务，朝旨令左宗棠赴浙剿灭，提镇以下，悉听宗棠调遣。
却说曾国荃自克安庆，只望一鼓歼贼，遂与国藩会商进攻江宁。国藩恐兵力不足，令国荃回湖南招募湘勇，以厚兵力。朝旨赏国荃头品顶戴，任浙江按察使；授鲍超浙江提督，恰是叫他援浙。是时浙江巡抚已改任王有龄。贼酋李秀成、李世贤，一窜安徽，一窜江西，皆被左宗棠、鲍超两人杀得无处可入，仍窜浙江。
时曾国荃于湖南募来数万湘勇，与曾帅会商进攻江苏。曾帅檄调各路兵马，分路进剿。自己居中指挥，真是万旅丛集，眼见太平天国保不住了。军事倥偬，捷报飞陈：都兴阿克天长，左宗棠克遂安，曾国荃、国葆连克数城，彭玉麟克巢县、和州、太平府等城。多隆阿击败陈玉成于庐州，玉成遁走，往依练总苗霈霖。玉成不知霈霖已受胜保招抚，被霈霖拿住，解胜保营，转解京师。有旨将玉成正法。后来霈霖复叛，胜保亦因被逮，此事不提。
却说太平天国辅王杨辅清被鲍超击走，国荃、国葆遂进克株陵、大胜两关，驻兵雨花台，合攻江宁城垣。洪秀全焦急万分，急调李秀成、李世贤两军前来入援。秀成先至，径扑国荃大营，连攻数日，不得一利。其后世贤又到，拥众十余万，来助秀成攻国荃大营，总被国荃杀退。国荃虽受伤数处，犹然忍痛抵御。太平军死有三四万，国荃营兵也死有千余人。贼酋见不能胜，设法断国荃饷道。守饷道的乃是国葆，早已布置严密，屡攻不克；国荃又分兵援助，阵阵得胜。相持四十余日，太平军实支持不住，遂分途溃去，其围遂解。初国藩闻警，焦灼之至，欲分兵往援，奈无兵调遣，即申表请救，朝廷连一兵皆无，只好自己设法。今闻国荃大捷，心甚安慰。
且说李鸿章带领淮勇，与程学启同到上海。现毛酋据住苏州，与上海毗连，欲东图上海，扩充势力。今鸿章到沪，与苏淞道吴煦，及程学启、郭松林等会商，联络英、法各军，设会防局，分防抵御，以期肃清贼党。即檄调美领事华尔来营，用好言抚慰，并令他倾心练勇。华尔见鸿章很客气，遂满口应允。即募兵三千，归华尔督练，叫作常胜军。华尔本得罪本国，逃匿上海。今见鸿章倾心待他，他也就尽心为中国办事。适朝旨授鸿章署江苏巡抚，鸿章接篆后，令参将李恒嵩会同华尔，并联络英、法兵，进攻各县。
正布置出发，忽报李秀成已攻下太仓，后进兵攻嘉定，洋兵大败，嘉定已陷，现攻青浦。
鸿章遣程学启往击，又檄英、法两提督援救。时英、法兵正攻奉贤，接文即回兵往救，正遇秀成大战，法督中弹死，英督遂退，美督亦走。秀成进攻上海程学启营，学启因兵少不敢迎战，防守甚固，秀成扑一阵，死一阵，尸与濠平。秀成将借尸登城。忽一声炮响，学启抬头一看，见鸿章亲自督师来援，遂大呼出击。太平军见众兵施威，大骇而走。鸿章遂与学启合兵，奋力追杀，连复嘉定等县。伪慕王谭诏洸听陈炳文合集败残太平军，从太仓入犯。鸿章令华尔往救，中炮弹而死。遂令美人白齐文统领其众。哪知白齐文一味坏极，闭城索饷，纵兵抢掠。鸿章撤退，反投秀成。
又被浙军擒住，溺水而死。一时苏淞所属县城悉皆克复。所有伪降贼酋，按名检阅，尽数正法；其余贼兵降者免死，不降者并皆杀讫，申表奏捷。旨下加太子少保衔，诸将亦皆升赏。遂分军两路进攻，一路鸿章自领，进攻常州，一路由程学启进攻浙江、浙西，势如破竹。至攻嘉兴，不料被黄文金自湖州来援，学启中弹而亡。鸿章攻常州，连日不下，愤甚，遂调回嘉兴兵，并力攻城。
鸿章首先士卒，诸将奋勇，一齐登城，城遂克复。所擒敌酋，均皆斩首，江苏全省，除江宁一城，余都尽平。
却说翼王石达开自江宁出走，入江西，走湖南，皆不能立足，后至广西，遂自树一帜，与秀全已不通信。心想独霸一方，非联络川、滇大寇不可，遂乘机入蜀。时清廷令骆秉章督川，命他先剿川寇蓝大顺、李永和，再专擒达开。时正逢达开入川，秉章素知达开生平，与幕友刘蓉商议，将计就计，逼达开至柴打地方，于老鸦河擒之，解至成都，讯问后，即行磔死。
洪氏所有要地，均被曾、左、李及诸将荡平，现只有一江宁，余者虽分奔各省，已势成弩末。秀全见悍酋已尽，穷蹙万分，即将各处头目一律封王，以期再图振举。时国藩闻各处皆克，只江宁未下，即激励诸将，节节进攻。李秀成由上海败后，奔入江宁，此时见大势已去，遂劝秀全迁都避难。秀全不允，秀成贻书世贤，叫他就食江西。自己留守江宁，屡扑国荃大营，均被杀退。国荃新募兵勇已训成劲旅，国藩即檄知杨载福、鲍超、彭玉麟等诸将，分路进攻，截太平军援路。再令李鸿章助攻江宁。国荃费多少心机，好容易把江宁城围住，江宁一破，大事定矣。今见鸿章前来，恐他分功。哪知鸿章亦因自己是国藩所荐，也不愿分国荃功，遂托病在身，延久不至，并将各项经费拨充国荃军饷。国荃闻知甚感，即鼓励将士攻克地堡城，即龙膊子山阴坚垒（太平军改的别名），由城上造起炮台，用炮向城内轰击，城内惶恐。又值城内粮草尽绝，不独军民忍饥，连天王府亦无食。到同治三年五月，秀全挨不得苦，遂饮毒自尽。
秀全弟仁发、仁达等，扶立秀全子福瑱嗣位，年十六岁。国荃闻信，饬军土猛攻不息，又掘地道三十余处。地道告成，国荃悬重赏，进前者有功，退后者必诛。军士一齐奋呼，遂从诸将攻破各门，搜杀三日，死太平军十余万人。幼主福瑱乘夜从攻破地方遁走。遂飞报国藩，由国藩申奏，旨下论功行赏。国藩移驻江宁，令将秀全死尸掘出，焚骨扬灰。并将洪仁发、仁达、秀成等正法。只洪福瑱不知去向。不料洪福瑱逃入湖州，依黄文金。为左宗堂、李鸿章探知，率兵往攻，文金又走淳安，遇黄少春，与战，中炮而死。福瑱逃至石城县杨家牌地方，亦被黄文英擒住，解送南昌巡抚沈葆桢处，当即正法。一班首领同时授首。其余各省太平军首领亦次第荡平。此时正是同治四年十二月。
太平军虽尽数歼灭，不料又有捻军出来。清廷命僧王格林沁及湖广总督官文会剿。究竟捻军能灭与否，且听下回分解。
