贞观二十二年（648），太子李治（即后来的唐高宗）为纪念其亡故的母亲文德皇后而奏请修建了一座佛寺，寺址选在长安城东南的晋昌坊。这里北面遥对着大明宫的含元殿，东南临著名的曲江池风景区，南面又有杏园，环境十分优美。早在隋代时，这里就曾建有无漏寺，但在唐代初期便废毁了。
李治建造的这座佛寺，因为有了一个无可反驳的理由，于是便不惜挥霍，全部选用精良木材来造作。寺院建成后，取名为“慈恩寺”，意思是追念文德皇后的“慈母之恩”。面积达到342亩，竟占了半个晋昌坊。僧人约有300多人。其院落有元果院、太真院、浴室院、端门、西院、南池等十多个，僧房达1'897间，可谓重楼叠阁，尤其是翻经院更是“虹梁藻井，丹井云气”，富丽堂皇。许多名画家如尹琳、吴道子、阎立本、郑虔、王维等都为寺院绘制了精美绝伦的壁画。为了进一步提高慈恩寺的威望与地位，唐太宗遂敕请当时著名的玄奘法师从弘福寺中迁往慈恩寺，并任上座，从事译经事业。慈恩寺因玄奘法师的莅临而永载史册。
玄奘法师（约600-664）就是明代小说家吴承恩的小说《西游记》中唐僧的原形。唐僧取经的故事，就是根据玄奘的经历而创作出来的。唐僧，是指唐朝的和尚。但在《西游记》问世之后，唐僧就成了玄奘的专称了。而且因为他精通佛教的典籍，故又被称为唐三藏，或三藏法师。三藏是佛教对其全部典籍的概括，包括经、律、论三个部分，好像我们所说的“全书”。玄奘俗姓陈，名（huī），今河南偃师人。出生在一个非常贫苦的家庭，父母在他未成年的时候便去世了。玄奘13岁出家，20岁在成都受具足戒，取得正式僧人资格。为了研修佛学真谛，他先后遍访名师慧休、道深、道岳、法常、僧辨、玄会等，学习《摄大乘论》、《杂阿毗昙心论》、《成实论》、《俱舍论》以及《大涅槃经》等经论。经过多年艰苦的学习之后，他发现众家的观点并不一致。为了弄清其中的缘由，树立正宗，他产生了去佛教原生地印度求取佛经的念头。这时正值印度僧人波颇蜜多罗来华，说那烂陀寺的戒贤法师所讲授的《瑜伽师地论》可以总括大、中、小“三乘”。于是，唐代贞观元年（627），玄奘向唐太宗递了呈表，请求允许他西行取经。唐太宗与玄奘十分投缘，认为西行之路漫长艰险，经过再三考虑，他不同意玄奘的意见。然而，玄奘决心已定，悄悄带领一行人马，不辞而别，离开了长安城。经过4年的长途跋涉，终于在贞观五年（631）抵达了印度，在当时的摩揭陀国那烂陀寺驻足，拜戒贤为师，潜心研习佛经以及佛教的因明、声明等学科。那烂陀寺的僧侣们对玄奘十分尊崇，将他选为通晓三藏的十德之一。
当时印度有一位国王，称戒日王，信奉印度教湿婆派，但对佛教及其他宗教也采取扶持政策。由于与玄奘有所接触及了解，戒日王决定以玄奘为论主，在其都城曲女城召开一次佛学论辩大会。参加者有五印18位国王、3'000位大小乘佛教学者及2'000位外道人士。玄奘讲论，任人问难。但在18天的大会中，竟无一人能将他驳倒。一时，玄奘名声大震，被大乘尊为“大乘天”，被小乘尊为“解脱天”。
贞观十九年（645），玄奘回到了阔别已久的长安。带回佛教各派经律论共520箧，657部。人们扶老携幼，涌向道路两旁，迎接他的归来。热烈的场面蔚为壮观。唐太宗接见了他，请他入住长安弘福寺，翻译佛经，并由朝廷供其所需。唐三藏除了译经外，还将自己的取经见闻口授给了弟子辩机，写成了《大唐西域记》一书，真实而生动地记录了110个国家的情况，为后人研究中亚、南亚以及西南许多国家的古代历史、地理提供了不可多得的史料。
玄奘法师来到慈恩寺后，唐太宗又同时选派了数百名著名的学者和名僧前来入住，协助玄奘法师译经。从此，玄奘法师在慈恩寺中度过了他19年译经生涯中大部分时间。除译出了74部梵文经典外，还创立了中国佛教一大宗派—慈恩宗，或称唯识宗，不仅使慈恩寺成为长安三大译经场中最负盛名的寺院，而且声名远扬朝鲜、日本等国。朝鲜僧人窥基、日本僧人道昭都曾慕名前来慈恩寺，前者在帮助创立唯识宗的过程中作出了卓越的贡献，并在回国后创建了朝鲜的唯识宗。而后者则回日本创立了日本的慈恩宗，一直流传至今。
唐以前的佛经翻译多由西域梵僧主译，到唐代，虽然懂梵文的中国僧人数量增加了，但像玄奘这样精通梵、汉两种语言文字者却不多，加之玄奘译经时的态度严谨，舍弃了前代生硬直译以及由译经人随意增减的方式，使他译出的佛经既忠实于原意，又不失中国风格，因而开创了译经工作的新局面。如“印度”的国名，就是玄奘首先正确译出的。唐太宗曾为他翻译的佛经作序，写了《大唐三藏圣教序》一文，之后，太子李治读序后，又为其作了《大唐三藏圣教序记》。并将两文命著名书法家褚遂良书写，分别刻于碑石之上。现仍立于大雁塔南塔门东西两侧的砖龛中。
玄奘法师共译出佛经75部，1335卷，计1300多字，是中国历史上译经最多者。与东晋的鸠摩罗什、南北朝时陈的真谛、唐中叶的不空，合称为四大翻译家。另外，他还将《老子》一书译成了梵文，这是前代译师未曾做过的工作。
唐高宗永徽三年（652），玄奘法师为了防止经本散失及火灾的毁坏，上书请求高宗允许他建造一座石塔，安置佛经。高宗认为建造石塔耗工太多，耗时又长，建议改为建造砖塔，塔址选在慈恩寺的西院。玄奘法师依据西域佛塔的形制，亲自设计并参与了该塔的建造。塔建成后，取名“雁塔”，共有5层，高180丈，塔基各面均为140尺，并有相轮、露盘。
雁塔名称的由来与“雁为比丘落命”的故事有关。据说，在帝释山的东峰有一座小乘佛教寺院，寺中的僧侣开三净食，即吃三种肉。后来渐渐吃不到三种肉了。有一天，有一位和尚在院中行走，忽然看到一群大雁飞过来，他就开玩笑地说：“今天众位和尚没肉吃了，菩萨应该知道我们正饿着肚子啊。”话音刚落，就见领头的大雁俯身冲下来，坠死在他面前，意思是请他吃了它。和尚甚感惊讶，慌忙报告寺中住持以及众僧，大家都说这只大雁是菩萨的化身，是如来佛在想方设法教导他们不杀生。于是，他们决定放弃小乘，改信大乘。为了铭记这只大雁的教导之恩，便在它坠死的地方建了一座塔，取名雁塔。以后，各地建置佛塔亦多有依据这个故事来命名的，雁塔成为一个泛称。玄奘在印度游学时曾参观过该塔，在他的《大唐西域记》中亦曾有过记载。玄奘本是大乘的信徒，因而在建造慈恩寺塔时亦将该塔取名为雁塔。后来，为了与荐福寺中的雁塔作以区别，遂将二塔分别冠以“大”、“小”之称，成为大雁塔与小雁塔。
不幸的是，大雁塔的建造由于只是外层包砖，内部填土，因而不够结实，仅过了50年左右，塔便开始坍塌了。在武则天长安年间（701-704），塔被彻底拆除并重修。同时，塔的造型风格也作了改变，不再仿西域的制式，而是按照当时中国流行的楼阁式木塔样式，用砖砌出柱、檐、斗拱，作仿木结构来建造。塔的高度增加到300尺，共10层，各层设楼板、扶梯，可以盘旋而上。塔底层的四个拱门上都有青石门楣、门框，门楣上有线刻殿堂建筑图及佛像图，尤其是西面的阿弥陀佛说法图最为精美，传为阎立本所绘。门框外侧刻有卷叶蔓草，内侧刻护法天王、金刚力士。登临塔顶凭栏遥望，长安风光尽收眼底。随着科举制度的发展，自唐中宗神龙年（705-706）后，考中进士的人们便盛行到大雁塔下题写自己的名字，这就是所谓的“雁塔题名”，也是当时人们光宗耀祖的时髦话题。
慈恩寺与大雁塔由于其建置的特殊原因和在社会上的影响，在唐代始终受到保护。“会昌法难”时期，曾命令拆除全国的佛寺，而慈恩寺却仍被列入保留佛寺之列。直到唐末，朱温强迫唐昭宗迁都洛阳，并令拆迁宫室及长安居民屋舍，慈恩寺亦在此时开始拆迁，导致了寺院的衰落。再经金、元时代的战乱，更是遭到了致命的毁坏。现在寺院的规模基本上是明代固定下来的。寺内建筑全是明、清遗物，规模只限于大雁塔所在的西院范围内，占地约50亩，相当于原寺面积的12.5%。而大雁塔最晚到唐天宝十一年（752）就只余7层了。五代时后唐的安重霸又修缮了该塔。北宋熙宁年间（1068-1077），大雁塔曾遭火灾；明嘉靖二十九年（1550）又在塔身外面紧砌了一层新砖，用以加固。今日的大雁塔基本上保存了唐代重修后的形制以及后唐整修时的风采，塔通高64米，逐层内收呈角锥状巍然屹立于慈恩寺内。
今天，大雁塔的名声远远超过了慈恩寺。然而，它与玄奘法师和慈恩寺所构造出来的那条不可分割的链条却始终剪切不断。斯人已去，其地犹存，古人失去三藏法师时的哀惋与现代人对三藏法师的钦叹是不能够放在天平上称量的。
