然而，这种呼声在强大的宗教势力面前太微弱了。除了像巴黎大学医学院和蒙派尔医学院这种为数不多的大学，有每年解剖一具死刑犯尸体的“特权”外，其他大学和科研单位一律不许解剖人尸。维萨里曾对此抱怨说：“我在巴黎大学医学院四年，只参加了两次尸体解剖，真是少得可怜！没有人指给我看过一次骨骼、肌肉（除了一些撕烂的腹肌），更谈不到血管。
”在这种无法做人体解剖和无良好防腐技术的情况下，为了揭开人体结构和奥秘，为了避开宗教的迫害，他只好别无选择地偷偷进行这类活动。于是出现了前面的黑夜盗尸、挑灯夜战等情景。
然而，维萨里唯物主义、不迷信权威的治学方法却不受欢迎。他曾在课堂上与教授们发生过盖伦是对还是错的争论，由此引起了迷信盖伦权威的守旧派的仇恨和攻击。1537年巴黎大学医学院拒绝授予已完成学业的维萨里以学位，于是他被迫于当年离开巴黎，去了威尼斯共和国的帕多瓦。好在1537年12月6日，当时相当开明的帕多瓦大学敬慕他的才华，破格授予他医学博士学位，并聘他为外科兼解剖学教授。在教学之余，维萨里全力投入人体解剖工作，经过5年的奋斗，28岁的维萨里终于在1543年6月在巴塞尔出版了《人体构造》。
划时代的巨著《人体构造》共分7卷，其内容分别是对骨骼、肌肉、血液、神经、消化、内脏、脑和感觉器官这7个系统的论述。它在历史上第一次较全面、系统地揭示了人体内部的真实构造，许多应用至今的解剖学名词、概念，如胼胝体、鼻后孔、砧骨等，都是他在此书中提出来的。这部书的问世，标志解剖学已进入近代解剖学的新起点。为此，人们把1543年称为医学中近代解剖学的诞生之年，他也被尊为“近代解剖学之父”。
《人体构造》在用解剖学“事实说话”的同时，还指出了盖伦以及他继承的亚里士多德等人的200多处关于人体解剖学方面的错误。例如，男孩比女孩多两个牙齿的错误；盖伦认为《圣经》上说上帝抽出亚当的第一条肋骨造出夏娃，因而男人的肋骨比女人少一条；盖伦认为人的腿骨像狗骨一样是弯的；此外，亚里士多德诸如“心脏是生命、思想和感情活动的地方”
这类错误观点，也被维萨里纠正——大脑和神经系统才是这些高级活动的场所。
还值得一提的是这本书中附有人体结构的300多幅精美的插图。这一点超过了任何一本此前的解剖学著作，这是因为西方在德国古腾堡（1400~1468）在15世纪中叶发明近代印刷系统之前，有插图的书籍很难保持原样流传。而对解剖学来说，插图之重要是无须赘言的，于是维萨里的书便绝妙空前了。著名的意大利画家提香的一位高足担当了绘图工作，在有绘制解剖图基础和有人体解剖实践的维萨里的指导下，插图画得极为清楚、准确、精致，以致今人还对当时印出的这些插图赞叹不已。
有趣的巧合是，1543年5月，哥白尼就在纽伦堡出版了他的天文学划时代巨著《天体运行论》，两者出版仅相差约1个月。于是1543年被科学家们大书特书：这一年，哥白尼动摇了神学的宇宙体系，维萨里则动摇了“圣贤”盖伦的“神”的人体构造模型。其实，这个“巧合”也有必然性：冲破中世纪的黑暗，科学的曙光必然在“文艺复兴”的黎明时到来，而旷世奇才必然在这个群星灿烂的时代光芒四射。
与《天体运行论》相比，《人体构造》的范围更狭窄些，而且在影响人的世界观方面没有那么广泛深远，也没有那么革命。然而，即使这样，《人体构造》和《天体运行论》一样，书和作者都厄运难逃。
《人体构造》不但没有给维萨里带来应有的声誉，反面招致保守派的谩骂和攻击。他们暴跳如雷，甚至到了发狂的地步。例如维萨里在巴黎大学时的老师、著名解剖学家雅可夫·西尔维就说“疯狂代替了维萨里”，骂维萨里是“疯子”、“狂人”。他认为盖伦绝对不可能有错误，维萨里解剖人体得出的事实与盖伦的说法不符是“人体结构有了改变”，不是盖伦有错；大腿骨是直的而不是盖伦所说的弯的，其原因是“近代人穿细腿裤的结果”。宗教界的恐惧和恼怒也自然产生，因为他们奉为“圣明”达1 000多年的权威盖伦被推翻了，“圣经”被证明有误了，宗教裁判所的禁令被摧毁了。但宗教界还有一个“撒手锏”，那就是凭借手中的权力进行“合法”的迫害。于是《人体构造》被宗教书刊检察机关列为禁书，各种迫害和非难接踵而来。
不过，面对这些攻击、谩骂、非难、迫害，维萨里并没有屈服。他毫无惧色地回击说：“我要以人体本身的解剖来阐明人体的构造。盖伦所进行的尸体解剖不是人的，而是动物的，特别是猴子的。这不是他的过失，因为他没有其他机会。但是现在眼前有了人体器官可供观察却仍然坚持错误的那些人，才是有罪过的。难道为了纪念一位伟大的活动家，必须表现为重复他的错误吗？决不可不进行自己亲身的观察，只坐在讲坛上重复讲书本里的内容，像鹦鹉一样。那样对听讲人来说，倒不如向屠夫学习更好些……”
1544年即《人体构造》出版的第二年，备受攻击、非难的维萨里被迫离开帕多瓦大学去了西班牙。在那里呆了20年。在此期间，他赢得了查理五世皇帝的信任，并担任了他和他的继承人菲利普二世的御医。不过，宗教反动势力并没有因此而放过他。一次，维萨里在为一位年轻的贵族女子作死后的验尸解剖后，竟被宗教反对势力借机无中生有地诬为对活人进行解剖，杀人致死。于是宗教裁判所借此提起公诉，最终判维萨里死刑。幸好西班牙国王了解实情，出面干预，才免了他的“死罪”，但“赎罪”的条件是，必须去基督教的圣地耶路撒冷“朝圣”，以示“忏悔”。于是他于1563年离开西班牙宫廷，去耶路撒冷，途中他又重访了帕多瓦。一路上他仍坚持宣传自己的学说，还经常解剖病死者的尸体来寻找病因。不幸的是，他从巴勒斯坦的耶路撒冷返回欧洲的途中，他所乘的船在希腊南海岸遭到风暴袭击，船遇难翻沉，他被海浪冲打到赞特的爱奥尼亚群岛上，幸免于海难。然而，死神还是召见了他：身患重病的维萨里在岛上备受折磨之后，长眠于异国他乡。他的同伴为他举行了庄重朴素的追悼仪式，最后把他葬在赞特岛上圣母教堂的公墓里。
维萨里的悲剧使科学的曲折之路、科学家的艰辛之旅再次凸现在我们面前：发现问题难，有时让别人相信自己的发现更难，特别是在宗教势力严格控制下的欧洲这类环境下，要人们相信与宗教教义、与传统观念相悖的理念更是难上加难。
“纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行”。维萨里研究人体构造的成功表明，要想获得真理就必须实事求是，尊重而不是无视客观事实——这是科学精神的精髓；不迷信权威，亲自参加实践活动。他的成功还表明，只有勇于同传统观念决裂，敢于蔑视像反动宗教势力这样的邪恶势力，才能攀上科学的高峰。
维萨里的悲剧命运并非绝无仅有，而仅仅是他同时代进步医学家命运的缩影，造成这些悲剧的根本原因是黑暗的封建社会下邪恶的教会势力及顽固而强大的保守势力。
布鲁诺至死不渝
到意大利必去罗马，去罗马必去百花广场。百花广场又译鲜花广场或繁花广场，它与阿根廷广场仅咫尺之遥。这美丽、圣洁的名字与它的平静和并不起眼似乎很不相称。在400年前，一位不屈的伟人在这里大义凛然地英勇献身，从此，百花广场也显得更加美丽动人且闻名于世。
这个伟人就是乔尔丹诺·布鲁诺。布鲁诺1548年1月出生在意大利南部那不勒斯城附近诺拉小镇的贫苦农家。这块丰腴而富有灵气的土地养育了他的驱体，古老而苦难的南方大地则孕育了他的雄心壮志，锻造了他捍卫思想自由的坚韧刚毅的品格。
布鲁诺曾就读于那不勒斯。由于家境贫寒，父亲不得不把年仅10岁的布鲁诺送到修道院去做工谋生。他在修道院一直呆到28岁，因为对穷人来说，这几乎是除当兵以外惟一的选择。
1565年，17岁的布鲁诺进入那不勒斯多明我修道院，成为一名正式僧侣——多明我会的会员。他不但攻读神学，也同时研究希腊、罗马和东方的哲学、文学。由于他顽强而刻苦地学习，24岁时便被授职修士，成为当时知识渊博的学者。
在文艺复兴运动趋于衰落，复辟势力日益猖獗的这个时代，繁重的劳动和清苦的修道院生活没能使布鲁诺屈服，反而磨炼了他坚强的意志。但中世纪基督教的宗教教义却高于高高的修道院围墙，使他的精神受到严重的束缚和压抑。像驴、骡一般的僧侣，与热情似火、爱知识似阳光的布鲁诺，是多么不调和啊！于是布鲁诺不顾教会的戒律清规，千方百计找一些进步的书籍偷偷阅读。一天，他读到了哥白尼的《天体运行论》，一下子就被深深地吸引住了。
哥白尼学说中的革命精神强烈地感染着布鲁诺，而学说中科学而精辟的论证、严正的立场，使他为之倾倒。这对受文艺复兴思想影响、对基督教中世纪的一切传统均持怀疑态度、极力提倡思想自由、宣扬无神论的布鲁诺来说，无疑是如虎添翼。于是宣扬日心说以至进一步宣扬宇宙无限的思想，便成了他的终身大业。
每当夜阑人静僧侣们都入睡以后，年轻的布鲁诺却挑灯追寻着科学的真理。随着对真理深入的认识，叛逆的火种在他心里萌芽、成长。
一天，布鲁诺根据《圣经》上诺亚方舟的故事，编写了一则反对教会的新寓言故事，结果惹出一场大祸。
《圣经》上诺亚方舟的故事梗概如下。据说由于人间充满强暴、仇恨等罪恶，上帝大为震怒。他要把这败坏的世界一举消灭，但他要把他认为是惟一的好人诺亚保留下来。于是他对诺亚说：“我要让泛滥的洪水毁灭天下所有的生灵。你可带上你的家人进入方舟，并且带上每种有血有肉的动物公、母各一个。”诺亚依上帝之令建造方舟，并告诉人们赶快悔改，以便求得上帝宽恕，否则大祸将至。可是人们已习惯了原来的生活，认为诺亚的“洪水将至”是危言耸听，并讥笑诺亚头脑有病，于是照样玩乐。120年过去了，诺亚终于造成了一只庞大的方舟，他和全家以及一对对动物都住进了方舟。人们看到后更是大声嘲笑诺亚有精神病。
又过去7天，人们再次集结到诺亚的方舟前去嘲笑时，倾盆大雨从天而降，持续了40个昼夜。整个人间成了水乡泽国，万物被洪水吞没。洪水150天后才开始退落，诺亚才驾着方舟回到陆地。
布鲁诺自编的故事如下：避难漂流在诺亚方舟上的动物们开展了一场题为“世界上谁最圣洁”的辩论。有的说上帝最圣洁，因为他创造世界，造福万物；有的说圣母玛利亚最圣洁，因为她生了耶稣，拯救世人；有的说诺亚最圣洁，因为他建造方舟，拯救了大家；也有的说鸽子最圣洁，因为它美丽善良，祥和平安。在争论不已，难分高低之时，一个动物却说：“只有驴子最圣洁，因为它忍辱负重，粗食力大，埋头苦干，从不自夸。”布鲁诺此时感叹地写道：“噢，神圣的驴子一样的愚蠢，神圣的不学无术，神圣的痴呆和虔诚啊：你使得人们的心地这样的纯良，在你面前，简直没有什么智慧与知识。”
在这篇寓言中，布鲁诺不但尖锐地抨击了那些闭着眼睛重复《圣经》教条的僧侣学者们，连罗马教廷，连一向被人们顶礼膜拜的古希腊权威亚里士多德也一并被讥讽或怀疑：连西方视为“最蠢”的驴子都比他们圣洁！
这还了得！一个教士竟敢不守教规，反对教义。于是罗马教廷收到布鲁诺是“异端邪说”、列有130条罪状的控告。接着，布鲁诺就被修道院监视起来。
1576年，布鲁诺毅然逃出修道院，开始了流浪生活。他在意大利各地流亡了3年，但这些地方和那不勒斯别无二致，镇压“异端”的机构——宗教裁判所遍布全国，他没有立锥之地。
他不得不离开自己可爱的家乡，逃亡到举目无亲的阿尔卑斯山那一边的外国去，寻求正义和真理。从1578～1591年这13年间，他的足迹遍布整个欧罗巴：日内瓦、土鲁斯、巴黎、伦敦、马因茨、威斯巴登、马尔堡、威登堡、布拉格、法兰克福……
在这13年的流亡岁月中，布鲁诺发展了哥白尼学说。通过思辨得到了宇宙无限的概念，因而人们公认他是一位伟大的科学家、思想家和哲学家。其思想对后来的莱布尼兹、荷兰著名哲学家斯宾诺莎（1632~1677）产生过很大的影响。
哥白尼的贡献是推翻地心说，建立日心说，这已经使传统势力和教会不快。布鲁诺则走得更远，他认为宇宙是无限的，太阳只不过是无数恒星之一，并不是宇宙的中心，宇宙没有中心，宇宙中可供生物生存的星球是很多的。这当然更是罪不容诛。1583年，布鲁诺开始在伦敦写成了哲学著作《论原因、本原和太一》和《论宇宙的无限和诸世界》，于1584年出版。这两本书都宣扬了他的上述观点。
哥白尼的日心说摧毁了地心说，使人们摆脱了教会精神枷锁的束缚，开辟了各门科学的新时代，布鲁诺对此赞赏道，哥白尼的学说“如同一道霞光，它的出现应当使数百年来埋藏在盲目、无耻和嫉妒愚昧的黑暗山洞里的古代真正科学的太阳也放射光明”。不但如此，他并不拘泥于哥白尼的封闭有限宇宙的天球模型，勾勒出开放无限宇宙的图景。在大约300年后，他这一超前时代的构想，得到了科学界的公认。其标志之一是，1889年6月9日，在百花广场上，树立起布鲁诺的铜像，六千多名来自世界各地的人参加了揭幕典礼。
然而，布鲁诺的学说严重触犯了教会的教义，危及教会的利益。罗马宗教裁判所和教会暴跳如雷，派人到处捕捉他，但却一次次扑空。对于这种危险，布鲁诺却坦然面对，毫不畏惧地继续战斗。
由于教会和宗教裁判所对在国外鞭长莫及的布鲁诺无能为力，便设下了一个罪恶的圈套，将布鲁诺抓获。
