从1949年蒋介石离开大陆去台湾，到1988年1月13日蒋经国因病去世，蒋氏父子统治台湾长达40年。在这40年当中，海峡两岸在军事上对峙，在政治上对立，在意识形态上对抗，但是在一个重大原则问题上，即在“一个中国、走向统一”的问题上，始终具有高度共识和默契。双方斗争的实质只是“法统”之争，即究竟谁代表中国、谁统一谁的问题。大陆方面坚持“一定要解放台湾”，台湾方面蒋介石生前坚持“军事反攻大陆”、“汉贼不两立”，到蒋经国时代主张“三民主义统一中国”、“自由民主统一中国”，但目标都是追求统一。两岸双方都坚决反对“两个中国”、“一中一台”和“台湾独立”。两岸在这个大是大非的原则问题上，立场完全一致。
蒋介石在台湾执政时期，为了稳定国民党政权，伺机“反攻大陆”，把维稳和强军作为施政的核心。为集中资源，巩固政权，他对台湾长期实行严厉的军事戒严和军法管制，剥夺了台湾人民的民主自由权利，这种超高压的独裁专制统治，必然导致台湾民众对国民党当局的强烈不满甚至仇恨。
蒋经国接班以后，深知当时的台湾社会现状和民意，如何化解台湾人民与当局之间的历史恩怨和严重对立，自然成了蒋经国晚年反复思考和难以回避的一个重大问题。但蒋经国应是一位有远见卓识的政治家，在他的晚年以超乎寻常的勇气，克服各种阻力，做了三件历史性大事。
第一件事，在上世纪七十年代初期他任“行政院长”时，就开始大力引进外资和西方国家的先进生产技术，提拔重用了一批懂经济、金融、科技的专业人才，如孙运璇、王作荣、赵耀东等，在新竹设立科技园区，以交通、能源为重点规划十大建设项目，并亲自到台湾各地考察，把台湾的经济发展作为头等重要的大事来抓。结果很快见效，到八十年代，台湾地区和新加坡、韩国、香港地区一起成为“亚洲四小龙”，台湾的GDP和人均生产总值出现了大幅跃升。台湾经济的快速成长，人民生活的不断改善，显然对改变蒋家及国民党在台湾人民心目中的形象，起到了极为重要的作用。
第二件事，在蒋经国的晚年，当时他已接近八十高龄，仍以惊人的胆识和勇气，冒着巨大的政治风险，对台湾的政治体制进行重大改革，宣布结束长达38年的军事“戒严”，结束“军事管制”，开放党禁、报禁，允许民众游行、集会自由，放开新闻言论控制，使台湾从国民党独裁、专制的威权体制，转变为相对宽松的多党竞争的西方民主体制。尽管这是在台湾人民反蒋、反国民党独裁专制斗争的压力下被迫作出的选择，但要迈出这一步还是非常不容易。这一步从表面看引发了台湾政局的动荡，民进党对此也不领情，但从长远来看缓解了国民党与台湾民众的深刻矛盾，使得台湾民众长期积压下来的对蒋家的怨气和愤恨提前释放。如果不是蒋经国生前作出此项重大决断，他去世后国民党会如何变化、台湾的局势会如何发展则很难预料。当然蒋经国的这一改革，对国民党在台湾的统治带来了一个巨大的冲击波，它导致了国民党2000年的下台，即台湾的首次政党轮替。如果不是陈水扁的贪污腐败和搞“激进台独”，国民党在八年后能否重新上台，即出现第二次政党轮替，尚难预料。
第三件事，就是1987年11月7日台湾当局宣布开放大陆去台老兵回大陆探亲。这是蒋经国生前最后作出的一项具有历史性意义的决定。蒋经国是1988年1月13日因病突然去世，与台当局开放老兵探亲只相差两个月时间。台湾开放老兵探亲，是60多年来两岸关系发展变化的一个分水岭，是两岸民间交流的一个起始点，是国共两党关系缓和并开始逐步改善的风向标。可以说，没有蒋经国当年的开放老兵探亲，就没有后来的两岸民间大交流，也没有今天两岸经贸的大合作，至少不能发展得那么迅速。
开放老兵探亲还有一个重要意义，就是在两岸隔绝了38年之后，重新恢复台湾与大陆之间的脐带联系，以平衡台湾岛内日益发展的国民党政权本土化、台湾化的分离倾向，有利于维系海峡两岸同属一个中国的架构。这一点对后来遏制李登辉、陈水扁的“台独”分裂具有重要意义。
1985年邓小平在会见外国客人时，曾经这样说过：台湾只要蒋经国在，我不担心台湾“独立”的问题，如果蒋经国不在了，台湾就有可能出现“独立”的危险。果不出其所料，蒋经国去世、李登辉上台之后，台湾就出现“台独”分裂的乱相。
直到今天，台湾岛内有攻击国民党的，有攻击蒋介石的，有攻击李登辉的，但很少有攻击蒋经国的。
蒋经国是因心脏病突发淬死，显然对身后的权力交接来不及作出具体安排。当时台籍的李登辉作为“副总统”仅具有象征性意义，党、政、军、特大权分别掌握在大陆籍的李焕、俞国华、郝柏村、蒋纬国四人手中。时任国民党秘书长的李焕，从四十年代江西赣南起就追随蒋经国，鞍前马后四十年，是与蒋经国患难与共、深得蒋经国信任的心腹老臣；“行政院长”俞国华是蒋经国的表兄弟，是蒋极为信赖的掌柜；执掌虎符、手握重兵的“国防部长”郝柏村，曾任蒋介石的侍卫长，对蒋家绝对忠诚；掌握情治系统的“国安会”秘书长蒋纬国，则是蒋经国同父异母的亲兄弟。但是，看起来是一个非常稳固的权力架构，由于四人之间未能团结协调，低估了李登辉的智商和能量，结果让李登辉利用矛盾，分化瓦解，各个击破。李登辉在下台之后，有一次公开表示，他接班不是蒋经国生前的安排，而是靠他自己努力才获得最高权力。由此可见，李登辉绝不是个等闲之辈。
李登辉上台之初，毕竟羽翼未丰，权力地位尚未巩固，因此大体上还是延续蒋经国的政治路线。他上台后做的第一件重要事情，就是于1991年5月1日宣布终止自1947年在大陆南京就开始实行的“动员戡乱时期”，并废除1948年南京“国民大会”通过的“动员戡乱时期临时条款”。
终止“戡乱”，意味着台湾国民党当局正式承认了大陆共产党政权的合法性，不再视大陆共产党为“叛乱团体”，也不再视共产党员为“匪”。这为后来日益扩大的两岸民间交流排除了法律上的障碍，为大陆具有共产党员身份的同胞进入岛内打开了绿灯，更为后来的国共接触商谈创造了必要条件。
为了适应“终止动员戡乱”后的新形势和两岸关系的新变化，台湾当局于1991年成立了“国家统一委员会”，并于1992年2月通过“国家统一纲领”。“国统纲领”在当时台湾朝野尖锐对立的情况下，各党派团体能就此达成共识，实属不易。“国统纲领”文字不长，堪称精品，它的重要意义在于它坚持了台湾与大陆同属于一个中国的立场，并明确了海峡两岸分三阶段最后走向统一的目标。尽管“国统纲领”在某些方面存在消极的内容，但它的基本面是积极的。
正是因为有了“国统纲领”，才有了1992年底大陆海协会与台湾海基会在香港达成的“九二共识”，以及1993年5月在新加坡举行的“汪辜会谈”。陈水扁上台后不久，违背自己上台时作出的“四不一没有”的承诺，终止了“国统会”和“国统纲领”。马英九上台之后，至今未能将此恢复，实在是一大遗憾。如果马英九上任后能适时对“国统纲领”进行解冻，无论对台湾的政治定位和台湾民众的国家民族认同，还是对两岸关系的长远发展，都具有极其重要的意义，国民党的大陆政策也就有了明确的方向和目标。
随着李登辉在国民党内高层的权力地位逐渐巩固，他的“台独”分裂倾向也日益暴露。在他的纵容下，原来分散在美国、欧洲、日本等地的“台独”分子纷纷回到台湾岛内，“台独”活动也从原来的“地下”慢慢走向公开。从“一国两府”、“一国两实体”到“阶段性两个中国”等奇谈怪论也充斥台湾政坛媒体。1995年李登辉访问美国康奈尔大学，终于引发了大陆及海外华侨、华人的反“台独”的浪潮，也加剧了台海地区的紧张局势。1996年3月，为了震慑“台独”分裂势力的嚣张气焰，大陆在台湾海峡的澎湖及台湾东北角的彭佳屿附近海域，举行了一次导弹实弹射击演习。
1998年秋，随着中美之间关系趋向缓和，两岸关系也出现了某种程度的改善，台湾海基会董事长辜振甫应海协会会长汪道涵老先生的邀请，来大陆访问，汪道涵会长也愉快地接受了辜振甫董事长的回访邀请，准备于1999年秋天赴台进行访问。
就在两岸关系开始出现解冻的关键时刻，李登辉于1999年7月通过接受“德国之声”电台专访，抛出了臭名昭着的“两国论”，使得汪道涵老先生最后未能踏上台湾宝岛，成了他终生的一大遗憾。在十年后有一次李登辉对媒体公开承认，他当年抛出“两国论”，目的就是要阻止汪道涵访台。
李登辉在位12年，他的战略目标主要有三个，一是实现国民党政权在台湾的木土化；二是在台湾实行西方欧美式的政治民主化，即在台湾建立起所谓“政党政治”体制，说白了即“两党制”；第三是实现“台独化”，即先制造“两个中国”，再过渡到“一中一台”，最终建立“台湾共和国”。他的前两个目标基木实现了，后一个目标当然不可能实现。
到2000年台湾“大选”时，李登辉考虑接班人的重要条件，一是必须要台湾本省人，二是要能够继续执行他的“台独”路线。因此，他绝对不能容忍一个大陆籍的、认同“一中”的宋楚瑜去选“总统”。对李登辉而言，宋楚瑜要什么都可以商量，就是不能给他台湾最高领导人的职位。在李登辉看来，不论国民党、民进党，哪个党上台已经无所谓，只要符合他的两个条件即可。这也是最后导致2000年台湾“大选”民进党陈水扁上台的重要原因。
与陈水扁相比，李登辉是一个懂战略、有谋略，有定见、有手腕，也有耐心的人。为了达到某个目标，有时他会妥协，但原则问题上他很坚持，不会退让。他在陈水扁当政时倚老卖老，频频下指导棋，抨击陈水扁“选举有方、治国无术”，指责陈水扁搞“激进台独”是操之过急，认为“台湾独立”应分步骤、分阶段进行，先有个和平过渡时期，再慢慢实现独立，这些都充分说明李登辉与陈水扁相比，更老谋深算，更擅长权术。直到现在他90高龄，每次出来讲话，还是能够精准击中要害，思路清晰，只是他走上了一条逆历史潮流而动的、妄图分裂中国的道路，当然只能以失败告终。
2000年3月民进党陈水扁的上台，不仅对国民党造成极大冲击，对整个两岸关系、对台海和平也产生重大影响。当时对大陆的影响主要有三点：第一，大陆被迫冲到了反“台独”分裂的第一线，因为原来国民党在岛内一线反“台独”，突然间这条防线垮掉了。第二，民进党主张“台独”，不承认一个中国，也不承认“九二共识”，因此民进党上台后，海协会与海基会之间的商谈将不得不停止。第三，过去民进党在野，搞“台独”活动资源、能量有限，突然间陈水扁成为台湾“三军统帅”，掌控台湾几十万军队，“台独”对大陆已构成现实的、巨大的危险。
民进党是在没有充分做好准备的情况下仓促上台执政的，因此陈水扁上台后首先需要稳定岛内局势、巩固领导地位，加上美国的因素，他在就职演说中作出了“四不一没有”的承诺，即表示在他任期内不会宣布“台湾独立”，不会改变“中华民国”称号，不会把“两国论”纳入“宪法”，不会在台湾搞“统独公投”，也没有废除“国统会”和“国统纲领”的问题。
但陈水扁在2004年连任之后，错误估计形势，加速了“台独”分裂的步伐，并选择了“法理台独”的模式。他拟定了推动“法理台独”的具体时间表，即2005年开始启动，2006年完成“法理台独”规划方案，2007年在“立法院”或经“全民公投”通过，2008年5月民进党如继续执政就实施新的“台独宪法”。
陈水扁的倒行逆施，不仅导致两岸关系进入高危期，也加剧了与国民党之间的矛盾。陈水扁“麻烦制造者”的形象，也恶化了美台之间的关系。
2005年4月，国民党主席连战访问大陆，与中共中央总书记胡锦涛在北京举行历史性会见，并发表了包括反对“台独”在内的“五项共同愿景”。国共两党在坚持“九二共识”、反对“台独”、争取两岸关系和平发展等重大问题上，达成了高度共识。在海外，五千万华侨华人先后成立了一百多个“反独促统”组织，用各种方式强烈表达了反对“台独”的立场。在岛内，百万“红衫军”走上街头，要求陈水扁下台的声浪此起彼伏。台湾工商界人士也对两岸关系的高度紧张忧心忡忡。陈水扁在岛内外已经彻底失去人心，成了孤家寡人，在2008年“大选”中民进党遭受失败也是必然结果。
