为进一步加强中共对于政府工作的直接的和全面的领导，1953年3月10日中共中央做出关于撤销中央人民政府党组干事会的决定。决定指出：为了加强中央对于政府工作的领导，以及便于政府各部门中的党的领导人员能够有组织地、统一地领导其所在部门的党员，贯彻中央的各项政策、决议和指示，今后政府各部门的党组工作必须加强，并应直接接受中央的领导。中央人民政府党组干事会已无存在的必要，应即撤销。与此同时，政务院各委的党组组织，暂时仍存在，直接受中央领导，并分管其所属的各部、会、院、署、行的党组。凡不属于各委而直属于政务院的其他部门，如外交、民族、华侨、人事等部门的党组，则直接接受中央的领导。
对此，中央人民政府党组干事会书记周恩来于3月24日发出《关于撤销政府党组干事会的通知》。他在通知中阐明：“（一）政府党组干事会自即日起正式撤销，今后各党组及党组小组均由中央直接领导。（二）凡有关各委及各部门党组的人员变动及其他有关组织问题的各项事宜，自即日起应直接向中央组织部请示和报告。”
中央人民政府党组干事会的撤销，使政府党组系统的构成及运行方式发生了根本变化。第一，从政府党组系统的构成来说，随着中央人民政府党组干事会的撤销，政府党组系统由此前的三个层次变为两个层次，自1949年以来形成的以政务院党组干事会作为中共中央在政府中的最高一级领导机构的形式宣告结束。第二，随着中央人民政府党组干事会的撤销，周恩来所担任的政府党组干事会书记的职务也相应取消，此前其作为政府内党的系统的实际负责人的职权亦不存在了。第三，从政府党组系统的运行方式来说，随着中央人民政府党组干事会的撤销，各委员会分党组干事会和各部党组小组均接受中共中央的直接领导。中央政府各部门的工作，经由各委员会分党组干事会和各部党组直接向党中央、向中央主席毛泽东请示汇报。政府各部门党组领导人及成员的提名与审查批准，亦由此前的政务院党组干事会负责转变为由中共中央统一负责。
在加强对政府工作的直接全面领导的同时，中共中央也对自身领导体制和领导方式进行了调整和完善。1953年3月后，中共中央政治局和书记处作为国家最高决策中心，直接对政府汇报的各方面情况进行集中处理和指导、批示，政府各部门则根据中共中央做出的决议负责具体办理和执行。
同年11月中央办公厅就今后工作问题向中共中央提交了一份计划报告。报告的一项重要提议就是将过去按地区分工改为按部门分工，由办公厅第一办公室工作人员分工负责并逐步建立和党群各部委、中财委各办公厅、国家计划委员会以及总理办公室的经常联系。其具体分工情况如下：（1）中央组织部、纪律检查委员会、全国总工会、青年团中央、全国妇联、总理办公室和中财委（劳）第五办公厅，由李波人、陈友群、王青林与之联系，主要由李波人负责；（2）中央农村工作部和中财委（农）第四办公厅，由何均、刘文伯、彭达彰与之联系，主要由何均负责；（3）中央统战部和中财委（资）第六办公厅，由田家英、何载与之联系，主要由何载负责；（4）国家计划委员会和中财委（工）第一办公厅，由李东冶、何均与之联系，主要由李东冶负责；（5）中财委（财）第二办公厅和中央宣传部，由邓力群、李智盛与之联系，主要由邓力群负责。文教委员会、政法委员会和中财委（交）第三办公厅，因力量不够暂不联系或少联系，待人员增加后即建立联系。
建立由中央办公厅对党政相关部门联系的工作体制，实际是将中共中央对政府工作的集中统一领导落实到具体操作层面的一项重要措施。中共中央于12月22日批准了办公厅的报告，并下发通知指出：“（1）请党、群各部委（联络部除外）、中财委各办公厅、国家计划委员会和周总理办公室即关照本部门有关同志开始与中央办公厅第一办公室建立联系。（2）请党、群各部委（联络部除外）、中财委各办公厅、国家计划委员会及中央人民政府各部党组通知各该单位的机要部门将报告、指示、文件、简报、内部刊物和有关资料单独发给第一办公室一份。”
中共中央对政府工作的集中统一领导落实到具体操作层面的另一项重要措施是建立分部分级管理干部制度。
所谓分部管理，就是根据中共中央于1953年11月做出的《中央关于加强干部管理工作的决定》，按照工作需要将全体干部划分为九类，在中央统一领导下由党委组织的各个部门分别管理。具体分类情况如下：（1）军队干部——由军委的总干部部、总政治部和军队中的各级干部部、政治部负责管理；（2）文教工作干部——由党委宣传部负责管理；（3）计划、工业工作干部——由党委的计划、工业部负责管理；（4）财政、贸易工作干部——由党委的财政、贸易工作部负责管理；（5）交通、运输工作干部——由党委的交通、运输部负责管理；（6）农、林、水利工作干部——由党委的农村工作部负责管理；（7）少数民族的党外上层代表人物，宗教界的党外上层代表人物，各民主党派和无党派民主人士，华侨民主人士，工商界代表人物，协商机关、民主党派机关、工商联、佛教协会、伊斯兰协会和回民文化协会的机关干部——由党委统战工作部负责管理；（8）政法工作干部——由党委政法工作部负责管理；（9）党、群工作干部和未包括在上述九类之内的其他工作干部——由党委组织部负责管理。
所谓分级管理，就是在中央及各级党委之间建立分工管理各级干部的制度。凡属担负全国各个方面重要职务的干部均应由中央加以管理，其他干部则由中央局、分局及各级党委分工加以管理。中央及各级党委管理的干部，有很大一部分是互相交叉的，也就是说有很多干部同时由两级或三级党委管理。凡属这种情况的均应由最上级的党委主管，下级党委协助管理，即下级党委应从监督、了解、教育、鉴定等方面来协助上级党委管理这些干部，并可对这些干部的任免、调动提出建议，但任免、调动这些干部的决定权属于最上级的党委。
按照决定要求，在九类干部中，除军队干部仍由军委有关部门负责管理外，其余八类均分别由中央及各级党委的有关部门负责管理。此后，根据需要在中央及各级党委原有的组织部、宣传部、统战部的基础上，逐步增设了工交、财贸、文教、政法等新的工作部门，以分门别类地管理各方面的干部。由此，新中国的干部人事管理格局基本确定：即由中共中央及各级党委的工作部门，负责管理政府机关、党群系统和企事业单位中担任主要领导职务的干部；由地方各级党委工作部门，综合管理地方政府机关及企事业单位的一般干部工作，地方各级人民政府的人事机构进行协助；由中央国家机关各部委和企事业单位中的干部人事机构，负责办理本系统、本部门干部工作方面的具体行政事宜，并按照干部管理权限，在党委（党组）领导下，分管一部分干部。
中共中央组织部在《关于政府干部任免手续的通知》中进一步明确规定：今后凡属中央人民政府或政务院任免范围的干部，在中央人民政府或政务院任免之先，仍需分别按党内管理干部的规定经过审批。属于中央管理范围的干部，由省（市）委报中央局核转中央；属于中央局管理范围的干部，由省（市）委报中央局，俟中央或中央局批准后，再交由同级人民政府人事部门办理提请任免手续。经过1953年这样一轮调整，中共中央从体制上确保了对政府工作的集中统一领导。但同时“以党代政”、“党政不分”的问题出现了，政务院作为最高国家行政机关，在领导国家政务方面失去了许多本应承担的职责。此后，政务院颁布的法令、决定大大减少，政务院总理周恩来的职权亦不如1952年之前，而毛泽东作为中共中央主席和中央人民政府主席，对中央人民政府及政务院工作的领导职权得到了增强。
