“除此之外，顶多再讲到历代的城址各有什么改变，最古的北京城到底在什么地方，现在的北京城是什么时候开始建造的，到如今又曾经过什么改变。”侯仁之认为这种思路最大的问题是，了解这些知识对我们了解北京这个大都市的发展有什么帮助？
而在历史地理学的视野中，侯仁之认为了解北京这个大都市的发展，则必须追问几个问题：
北京最初的聚落是什么时候出现的？它为什么在这块地方出现？
这块聚落的性质是什么？什么时候才开始获得了它在政治上的重要性？
它在政治上的重要性又如何逐步得到发展，以致成为全国的行政中心？
它在成为全国的行政中心之后，它的政治首都的机能又如何得到发展？
这些最基本最重要的问题，却是没有一个能被传统的以行政区划演变为主的“沿革地理”的研究所能回答的。
仍以北京为例，今日之北京，已经和3000年前的原始聚落时期有天壤之别，但3000年前的原始聚落为何会在此植根萌芽？而3000年间，沧海桑田，白云苍狗，如何知晓3000年前的情形？
“研究今天的地理，主要考直接观察，但研究3000年前的地理，就无法直接观察，需要从事这项工作的人不仅受到地理学的训练，还要受到历史学的训练，他的工作是属于地理范畴，但是他的主要资料却是从历史上得来的。他工作的目标，不外借助地图和文字把3000年前的地理情况重新构造起来，使今日的地理情况还它原来的面目。”把这种地理上的“复原”工作，在地理学的研究中已经独树一帜，侯仁之把这称之为过去时代的地理研究，或简称为“历史地理”的研究。
（3） 为“历史地理”正名
鉴于“沿革地理”和“历史地理”很容易被混淆，概念混用，甚至让人误以为二者本为一体。侯仁之决定为“历史地理”正名。
正名先从教育开始。他建议大学历史系中所列为选修课的“中国沿革地理”，改为“中国历史地理”。“其内容不以历代疆域的消长与地方行政区划的演变为主，而以不同时代地理环境的变迁为主，这样应该从史前时期开始，举凡每一时期中自然和人文地理上的重要变迁，如气候的差异、河流的迁移、海岸的伸缩、自然界动植物的生灭移徙以及地方的开发、港口的分布、交通的状况、都市的兴衰等等，凡是可能的都在讨论范围之内。”
同时，由于条件所限，当时开一门“中国历史地理”并非易事，侯仁之开始为此努力准备，开始了一些有关历史地理的研究和探讨，这些工作已经超出了以前的“沿革地理”的范畴，为历史地理学的发展开拓了一个良好的开端。
例如他关于“历史自然地理”的研究。历史时期海河三角洲的成长究竟有多快速度，是海河河口治导中需要参考的重要问题，渤海湾西部海岸线的变迁因直接有关华北平原生成的探讨，具有学术意义。侯仁之根据可靠文献撰写了《历史时期渤海湾西部海岸线的变迁》一文，推翻了此前最为流行的错误判断，得出可靠结论：“今日之海河，至晚在三国时代已经见于文字记载，现在天津所在的地方，可以认为大约是两千年前海河开始形成的三角洲，天津以南4米等高线的地方，大约和两千五百年前的海岸线约略相当。至于天津以北，根据近年来发掘的考古资料，战国时代的海岸线应靠近现在宁河镇、南郊一带。到了九百多年前（北宋初），天津以下海河入海之处，约在今军粮城附近，自此以南的海岸线，也可大致推求。”
再如他关于“历史经济地理”的研究。侯仁之的研究中，有一大块是从历史地理的角度来研究北京原始部落的兴起和发展，以及在发展过程中的若干地理问题，他发表了《北京海淀附近的地形、水道和部落》、《北京都市发展过程中的水源问题》。前者阐述了该地区地理特点的形成，聚落以及园林的分布规律，后者则是针对北京的水源问题，从都市发展过程中，总结了过去开辟水源的经验及其规律，提出今后“北京湾”周边水源综合开发的重要意义。
十多年的集聚之后，1991年侯仁之在《再论历史地理学的理论与实践》中明确提出申请，在北大扩建原有的“历史地理研究室”为“历史地理研究所”。
针对他的建议，1992年5月8日，北京大学决定在城市与资源学系“历史地理研究室”的基础上成立“北京大学历史地理研究中心”，便于吸收相关学科科研人员参加工作。
（4） 如何研究“历史地理学”
作为一门科学，有其自身的“方法论”，侯仁之对此非常注重。
他认为，历史地理学的研究要凭借历史资料，但仅仅这样远远不够。“就整个历史地理学的研究工作来看，可以有一部分人集中力量于文献资料的室内分析，但总的来说，野外考察是无论如何也不可或缺的。”
他自己的理解是，历史地理学的研究对象虽然是历史时期的地理，但其若干特点以及变化的诸因素，仍然保留到今天。不注意这些，而一意从文献资料中去探讨过去的情况，是很难求其近的。反之，如果详细加以参考，既能比较真实地复原过去，又能揭示当前地理特点的形成与发展。所以，在历史地理学的研究中，野外考察仍然十分必要。
当然，历史的文献资料虽然重要，但涉及的范围和数量究竟有限，单凭这些不完全的文字记载，企图复原过去的地理面貌，显然是不够的。
实际的情况是，若干历史地理问题，尽管不见于文字记载，但在实地考察中仍然会被发现，并能求得解决。
因此，侯仁之一直强调，历史地理工作者，应该保持一定的时间，走出书房，在实地的考察中，去开阔自己的科学视野，并运用现代地理学的知识和技能去发现问题，解决问题。
实际上，对于侯仁之本人来说，一直是“文献研究”和“野外考察”两条腿走路，知行合一，言传身教。
2.环境变迁：走出小书房，跳出故书堆
（1） “榆林三迁”的辨伪故事
在中国历史上，“榆林三迁”的传说，流传甚广。即便是西方文献，也多有记载。
所谓“榆林三迁”，多指内蒙高原上的大沙漠不断南移，已经迫使榆林城三次向南迁移，以逃避流沙的威胁。
具体地说，就是榆林的流沙都是从西北大漠吹过来的，强烈的西北风和北风吹动流沙滚滚而来，直逼榆林城下。
但侯仁之对此持怀疑态度，来到榆林城。他想知道：为什么在榆林城未建立之前，这里不曾有流沙袭击呢？
随后的考察得出的结论，让他大吃一惊，之前的传说竟然是不靠谱的。
明代初期，榆林不过是个小村子，后来明政府在此修建长城，榆林村因靠近长城，临近榆溪河边，沿河谷是一条南北通道，所以逐步发展成一个军事重镇。明政府沿长城设置了“九边总督”，榆林为其中之一。
由村庄演变为城堡后，榆林曾于1472年、1482年两次向北扩建，1492年、1515年两次向南拓展，1567年又加筑了南面的外罗城。
但，《榆林府志》中只有1472年、1492年、1515年三次拓建，叫做“三拓榆城”。
侯仁之怀疑是后世把“三拓榆城”误叫做“榆林三迁”。
但是，这并不能说明什么问题，尤其是榆林的风沙危害无法解释。这些沙子从何而来呢？是大漠南移的风沙吗？
侯仁之发现，出榆林城北行不远，有一处地方，遍布汉代瓦片，附近有一处新石器时代的遗址，还发现有汉墓，墓门石刻非常精细，刻有农业生产的内容。
从当地的新石器时代的遗址到汉代的遗址所反映的情况看，那一带早就有农业发展，可是现在却到处都是积沙。
据侯仁之对当地民众的走访，发现这属于“就地起沙”，也就是说，原先不是沙漠的地方，由于不合理的开垦，破坏了原先的植被，因而沙漠化就地而起。
当时在长城的驻兵，实行就地屯垦的办法以解决军粮问题。大量开垦之后，又加上到处砍伐薪柴，对当地的林木破坏严重。
后来，长城防务逐渐废弃，屯军逃亡，农田荒废，强烈风蚀之下，就地起沙。所谓“就地起沙”，是当地民众的俗语，是说表层薄土之下，本来掩藏着沙子，来源于早期的湖泊沉积，叫做“暗沙”，地面的林木被砍伐后，经强烈风蚀，表层土遭到破坏，随着“暗沙”被翻上来，成为“明沙”。
后来谈起这个故事，侯仁之感叹说：“富有智慧的农民给我上了很好的一课，我永远都不会忘记。”
（2） 莫待“沙深三尺，马不能行”
事实上，侯仁之在对西北地区多次野外考察后，深深意识到防沙的重要性和紧迫性。
以史为鉴，他指出由于对自然规律认识不足，没有充分吸取历史时期的深刻教训，人为破坏森林、草原的现象十分严重。
通过榆林从一个军事重镇演变为一个控制沙漠的前沿阵地的过程，他提出要在东西之间比万里长城还要长过一倍的地带上，营造防护林体系的计划，正式名称是“三北”防护林体系的营造计划，所谓“三北”指的是华北、东北和西北。
当时有人把这一防护林体系叫做“绿色长城”，侯仁之并不认可，他认为可能会引发误会，以为这也是一道像长城一样的林带，其实，这是在各个地段上要因地制宜，作出不同的规划和形式的安排。
关于历史地理学在沙漠考察中的任务是什么，一直是有争议的。
侯仁之在通过对宁夏河东沙区、内蒙古西部乌兰布和沙漠、鄂尔多斯高原南部毛乌素沙带等地进行历史地理学的考察研究后，提出历史地理学作为一个专业，参加沙漠考察不仅是应该的，也是必要的。
一般说来，历史地理学主要是研究历史时期地理的变化，其目的在于更好地、更全面地认识今日地理的形成和特点。
“其实对于任何事物的研究，如果抛开其发展变化的具体过程不论，单从今日的现状来加以考察，都不可能得到真正的、全面的认识。沙漠作为地理学研究的对象，除去它的现状之外，还必须了解它的过去。它的过去可以上溯到地质时代，那是古地理学应该研究的范畴，至于历史地理学，则是研究沙漠在人类历史时期的变化——特别是由于人类活动所导致的沙漠的变化。这一时期沙漠的变化，直接影响到沙漠现状的形成和特点。”侯仁之提出，历史地理学研究者必须勇敢地打破旧传统，坚决地走出小书房，跳出旧书堆，努力开展野外的考察研究工作。
为此，他分别于1961年和1965年在《光明日报》发表《沙行小记》和《沙行续记》。
在写榆林城的《塌崖畔》中，他不无惆怅地写道：“当我们满载着猎物（考古文物）缓慢走下这黄沙弥漫的山岗时，山脚下如锦似绣的小河谷里正在西斜的阳光下闪烁着一片耀眼夺目的光辉，这时我不由得暗自想道：当新石器时代的人们开始住在这里的时候，他们举目四望，从山岗到河谷所能看到的又是怎样一幅景象呢？至少这漫山遍野的黄沙是不存在的吧？”
不再重现历史上的“沙深三尺，马不能行”，或许是侯仁之将历史地理与沙漠考察相结合的最大愿望吧。
