从2001年1月1日开始用车辆购置税取代车辆购置附加费。2001年是征收的第一年，当年征收车辆购置税254.8亿元，占总税收的1.68%；2003年征收474.3亿元，占总税收的2.32%。2007年征收876.5亿元，占总税收的1.83%。从绝对量看，自征收以来，征收额就呈不断上升趋势。从相对量看，2003年所占比例最高，之后呈下降比例。这主要是由于车辆购置税的增长幅度小于总税收的增长幅度所致。
综上所述，一方面，尽管车船使用税税额和车辆购置税绝对额逐年上升，但相对数量却递减。换句话说，利用车船使用税和车辆购置税来减轻大气污染、保护环境的作用有限。另一方面，车船使用税和车辆购置税都与车船的实际使用强度没有直接关系，不能体现出公平合理的原则，即谁用路多，谁就多交税。
（四）城市维护建设税
城市维护建设税是我国为了加强城市的维护建设，扩大和稳定城市维护建设资金的来源，而对从事工商经营，缴纳消费税、增值税、营业税的单位和个人征收的一个税种。城市维护建设税是1984年工商税制全面改革中设置的一个新税种。1985年2月8日，国务院发布《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》，从1985年度起施行。1994年税制改革时，保留了该税种，作了一些调整，并准备适时进一步扩大征收范围和改变计征办法。根据1985年的暂行条例，纳税人所在地在市区的，税率为百分之七；纳税人所在地在县城、镇的，税率为百分之五；纳税人所在地不在市区、县城或镇的，税率为百分之一。
从数据可以看出，城市维护建设税每年征收的税额不高，不超过总税收总额的4%，但其税款具有专款专用的特点，专门用于城市的公用事业和公共设施的维护建设，包括城市住宅、道路、桥梁、防洪、供热、轮渡、园林绿化、环境卫生以及公共消防、交通标志、路灯照明等公共设施的建设和维护，此项税收为城市污水的集中和处理、生活垃圾的处理、集中供热、清洁燃料供应提供了稳定的资金来源，进而对城市的水和大气质量改善起到了重要的作用。据有关资料显示，城建税用于环保投资部分已占到总环保投资的35%左右，占城建税收入的45%，可以说这项税收是最接近环境税的税种。
（五）土地使用税
土地使用税，是指在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，以实际占用的土地面积为计税依据，依照规定由土地所在地的税务机关征收的一种税赋。由于土地使用税只在县城以上城市征收，因此也称为城镇土地使用税。从1994-2007年土地使用税征收额和占总税收的比例，可以直观地看到土地使用税的变动趋势。从数据可以看出，城镇土地税占总税收的比例不到0.8%，即使是07年执行新的征税标准以后，占总税收的比例仍然只为0.78%。这主要源于现行城镇土地使用税税额偏低。鉴于城镇土地税总额和比例都较低，因此难以起到合理用地和保护耕地的作用，难以有效遏制因滥用土地而对环境造成的破坏，发挥调节作用的力度不足。再加上征税范围较窄，仅限于对城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用的土地征收，农村非耕地得不到保护。
（六）存在的问题
1、消费税
现行的消费税税率偏低。如木制一次性筷子税率仅为5%。据资料显示，全国每年约消耗一次性木筷450亿双，而每加工5000双木制一次性筷子，就会消耗一颗30年树龄的杨树。因制造一次性筷子，每年将毁掉森林3.6万亩。按照一双筷子价值两分钱来计算，5%的税率分配到每双筷子上不过一厘，抑制作用并不明显，企业自身可以消化。
现行的征税范围狭窄。消费税税目中涉及到生态环境的产品只有烟、酒、汽油、柴油、汽车轮胎、摩托车、小汽车、鞭炮烟火、木制一次性筷子、实木地板等十种商品，而一些易污染环境或导致环境资源严重浪费的消费品却没有列入征税范围，如电池、剃刀、一次性商品、塑料制品等。这些一次性商品在使用时对环境的污染很大，西方国家已经将其列入征收范围。
生态补偿功能有限。1993年《中华人民共和国消费税暂行条例》实施以后，能源消费系数不降反升，并且于2004年达到了1.59的峰值。这说明消费税的生态补偿功能有限，人们消费能源产品获得的产出远远高于需要补偿的，所以对能源产品的索取越演越烈。虽然之后逐年下降，2008年更是降到历史新低0.44，但是这种下降和消费税关系并不大，因为消费税占总税收的比重逐年减少，1994年达到9.5%，2008年则只占到3.3%。
2、资源税
征税出发点不当。我国征收资源税的出发点是调节在我国境内从事资源开发的企业因资源条件差异而形成的级差收益，主要意图是创造公平的税收环境，没有充分考虑到环境保护和生态补偿的功能，无法发挥很好的生态补偿作用。
征收范围过窄。资源，是指可利用的自然物质。包括土地资源、矿产资源、水资源、森林资源、生物资源、气候资源等。而这些资源由于人们的使用会使环境的自我修复能力下降，过度利用则会带来严重的生态破坏。但是从我国的资源税制度来看，只对矿产资源和盐征税，其他均未列入征税的范畴。征税范围狭窄不利于对整体环境资源的保护，不能体现资源税生态补偿的功能。
计税依据不够合理。我国资源税以应税产品的销售数量或自产自用的移动数量为计税依据，这将导致两个不良后果：第一，按销售量或移送量征税，使得企业对开采而无法使用的资源不承担任何税收，容易导致开采者滥采，造成资源的极大浪费。第二，资源税单纯地从量征收，征税额与矿产品市场价格以及矿山企业盈利无关，资源税调控企业作用有限。
生态补偿功能有限。从1994年开始，资源税税收的征收总额逐年上升，1994年是45.5亿元，2007年就已经达到261.3亿元；但占总税收的比例却从0.9%下降到0.53%。这表明，资源税征收额的上升速度远远落后于资源开发强度，资源税额生态补偿功能有限。
3、车船使用税和车辆购置税
计税依据不合理。新车船税主要目的是为改善地方公共道路和保养航道提供资金，其计税依据主要是以车辆载客数和船舶净吨位为标准，与车船使用强度（如行驶公里数、汽油使用量等）无关，环保意义不明显，不能有效地体现生态补偿的原则。从数据来看，车船税占总税收的比例大致在0.13%-0.22%之间，征税额最多达到68.2亿元，生态补偿功能很有限。
二、收费制度
（一）排污收费制度
作为环境保护的重要制度，排污收费依靠经济手段有效地减少环境污染。在实施后的三十多年来，该制度一方面强化了企事业单位的环境保护意识，以收费的形式将外部效应内部化；另一方面推动了企业采取低碳环保技术降低污染排放量，从而实现全社会的节能减排。
我国的排污收费制度可以追朔到刚刚改革开放的1979年。当时，国家出台了《中华人民共和国环境保护法（试行）》，该法已经明确提出要收取排污费。企事业单位是否缴纳取决于其排放量和排放浓度是否超过国家标准。而排污收费制度以专门法律法规的形式出现则要推迟到1982年。当年，国家颁布了《征收排污费暂行方法》。在实际的征收过程中，该制度不断发展和完善，具有划时代意义的则是2003年《排污费征收使用管理条例》的发布。紧随其后的是《排污费征收标准管理方法》和《排污费资金收缴使用管理方法》等配套章程的出台。根据《排污费征收标准管理办法》，主要有污水排污费、废气排污费、固体废物及危险废物排污费、噪声超标排污费共四个排污收费项目。
据1995-2008年我国排污费的征收情况可以看出，从1995-2008年，我国排污费收入总额呈逐步上升趋势，有1995年的37.1亿元增加到2008年的185.2亿元，十四年间增长了400%。交纳排污费的单位呈现先上升后下降的趋势，并于2003年达到峰值103万个。2003年以前，排污费主要是由超标排污费、污水排污费、二氧化硫排污费和四项收入组成，并且超标排污费占到接近50%的比例，其次是四项收入。2003年7月1日之后，实行《排污费征收使用管理条例》，排污费的构成发生了变化，调整为污水排污费、废气排污费、噪声排污费和固体废物排污费四个部分。其中废气排污费所占比重最大，并且逐年递增，近三年都保持在70%以上。
综上所述，随着《排污费征收使用管理条例》的推行，我国的排污收费制度呈现出三大特点：
第一，排污收费标准的3个转变：1.超标收费向总量收费转变。1979年的《中华人民共和国环境保护法（试行）》和1982年的《征收排污费暂行办法》都只对“超过国家规定的标准排放污染物”收取排污费。新《条例》则提出，排污者按照大气污染、水污染、固体废物污染、噪声污染的数量缴纳，意即只要排污就要缴纳排污费，不再限于超标收取。从历年排污收费的构成可以看到，2003年7月1日之前，比例最大的部分是超标排污费，新《条例》提出之后，排污费构成中就没有超标排污费这一项目了。2.单一浓度确定标准向浓度与总量相结合确定标准转变。《征收排污费暂行办法》的排污费征收标准的主要依据是浓度，不同级别的浓度对应不同等级的收费标准。此时的征收重点在浓度的高低。新《条例》出台之后，在排污种类和数量的前提下，还特别规定，对于超过排污标准的水污染和噪音污染，实行更高标准的惩罚性收费。3.低收费标准向补偿治理成本的目标收费转变。按照新《条例》的说法，国务院价格主管部门、财政部门、环境保护行政主管部门和经济贸易主管部门，根据污染治理产业化发展的需要、污染防治的要求和经济、技术条件以及排污者的承受能力，制定国家排污费征收标准。
第二，排污费征收使用实行收支两条线管理。2003年7月1日之前，征收的排污费作为环境保护补助资金，由环境保护部门会同财政部门统筹安排使用。环境保护补助资金可适当用于补助环境保护部门监测仪器设备的购置。2003年7月1日之后，按照“环保开票、银行代收、财政统管”的精神，将单位缴纳的排污费全部交给财政部。财政部将这部分资金作为环保专项资金的一部分，统一做好预算，统一支出使用。环境保护执法所需经费列入本部门预算，由本级财政予以保障。排污费必须专款专用，用于减少环境污染。如治理全国性的重点污染、治理区域性的环境污染、能够降低环境污染水平的新技术新设备的开发和使用等等。任何单位和个人不得截留、挤占或者挪作他用。
第三，加入了《罚则》部分，规范了执法行为，构建了监督保障体系。新《条例》对未按照规定缴纳排污费；以欺骗手段骗取批准减缴、免缴或者缓缴排污费；环境保护专项资金使用者不按照批准的用途使用环境保护专项资金三类行为规定了相应的罚款标准。对应当征收而未征收或者少征收排污费；对环境保护部门、财政部门、价格主管部门工作人员的违规行为规定了处罚的具体措施。
（二）矿产资源补偿费
矿山资源补偿费是国家地矿及财政部门依据《矿产资源补偿费征收管理规定》，向采矿人征收的一种费用。目的是维护国家对矿产资源的财产权益，并促进矿产资源的勘察、合理开发和保护。根据国务院1994年颁布的《矿产资源补偿费征收管理规定》，在中华人民共和国领域和其他管辖海域开采矿产资源，应当依照本规定缴纳矿产资源补偿费。矿产资源补偿费按照矿产品销售收入的一定比例计征。企业缴纳的矿产资源补偿费列入管理费用。征收的矿产资源补偿费，应当及时全额就地上缴中央金库，年终按照规定的中央与省、自治区、直辖市的分成比例，单独结算。中央与省、直辖市矿产资源补偿费的分成比例为5：5；中央与自治区矿产资源补偿费的分成比例为4：6。根据财政部、国土资源部2001年《矿产资源补偿费使用管理办法》的规定，当年中央分成所得的矿产资源补偿费由财政部在下一年度支出预算中安排使用。矿产资源补偿费年终结余，可结转下年继续使用。矿产资源补偿费纳入国家预算，主要用于矿产资源勘查支出、矿产资源保护支出及矿产资源补偿费征收部门经费补助。
