慈禧太后在光绪八年（1882），重用其貌不扬而志高心雄的阎敬铭（字丹初）整饬户部，牵出了早已结案的云南报销案一事。此事涉及现任军机大臣，原户部尚书王文韶和宗亲景廉。面王文韶又是恭王一系的军机大臣沈桂芬的门生，随后，就有御史邓承修、张佩纶等人上奏弹劾军机，王文韶引咎辞职，补上了两朝帝师翁同和与潘祖荫。从而使恭亲王脸上不光彩。
法国在光绪九年至十年（1883—1884），侵略越南，刘永福率黑旗军大败法军，击毙法军司令李维业，一时间朝野上下主战声调颇高。但主持军机处和总理衙门的恭王对战事并不乐观，不愿轻易言战。被暂时胜利冲昏头脑的慈禧太后，不满恭亲王“维持和局”的主张，直接派醇亲王参与筹划战事，李莲英则指使拜把兄弟刚毅密使御史吴峋上折称“枢臣皆疾老疲累”，要求撤换全班军机参劾恭王。
在慈禧太后决定对法一战之际，法军由孤拔率领，攻占了越南首府顺化及大片越南领土，使滇、桂边防骤然出现危机。有个宗室左庶子盛昱上奏请求将“军机大臣交部严加议处……责令戴罪立功。”折子经李莲英转呈慈禧后，却留中不发。李莲英进言道：“老佛爷，这可是个绝妙机会。何不借此让醇壬取代恭王。有七爷在，还愁不能左右军机吗？”
慈禧太后说：“就怕七爷身份有所不便。”
李莲英接着说：“这有何难！七爷在幕后指挥即可，而老佛爷只要抓牢七爷就行了。”
慈禧太后说：“小李子，怎么让七爷明白此中意思，就看你的了。”
此时李莲英唤来徒弟李三顺：“快去找孙大人来。”
这“孙大人”乃是工部左侍郎孙毓汶，为人奸猾，工于心计，为恭王所不齿。他对醇王是刻意奉迎，对李莲英极力巴结行贿。慈禧寝宫有座精美的西洋自鸣钟，就是孙毓汶送给李莲英，又由李莲英孝敬给他主子而送的。
孙毓汶急急入宫，与李莲英见面后又塞给一张银票。
“自家兄弟，何必这么客气。”李莲英收起银票，诡秘言道：“孙大人，时机来了，老佛爷想改组军机处，总得找可靠的人你去找七王爷商议商议，明早让七爷递牌子。这事办好了，少不了你的好处。”孙毓汶连连点头，“多谢李总管栽培，我这就去办，忠心效劳。”
醇亲王十年来似乎与政事隔绝，自儿子入承大统，至高尊荣也为他带来至深警惕。如今静极思动，也深知自己不能像恭王那样以亲贵领军机。而孙繁汶却另有说辞：“朝廷少不得王爷，成宪亦未见得不可变更。只要找些肯听话的，一样能大展王爷的抱负。”醇王明白慈禧太后看中自己的原委所在。经过密谋，次日，撤销全班军机和新的枢臣名单的上谕同时发出，以礼亲王世铎为领班军机；孙毓汶以工部侍郎在军机行走。同时，另一道谕旨给军机处：“遇紧要事，与醇亲王奕譞商办。”
王世铎，为人怯懦而毫无主见，亲贵王爷中最无架子的是他。一次李莲英给他按礼跪安，他竟还之以跪，一时传为京中笑料。上谕发出后，有人开玩笑说，王世铎是当初那一跪得来的回报而得志。
光绪十一年（1885），中法战争之后，醇王建议设海军。清廷遂设立海军衙门，由李鸿章专司其责，以醇王为总理大臣，节制沿海水师。
慈禧太后在光绪十三年（1887）的一天傍晚，躺在摇椅上，对为她捶腿的李莲英幽幽的说：“小李子，皇上年满16岁了，该成亲了。”依照清制，成亲意味着皇帝亲政。李莲英明白主子的心意。“老佛爷，按老规矩该给皇上成亲了。不过，到18岁册立皇后也不算晚呀！”
慈禧太后说：“对，到18岁。再过两年也不晚。不过，皇上16岁了，我再垂帘听政，似乎说不过去。”
李莲英凑到慈禧耳边说：“奴才知道。16岁的孩子还不大懂事。”慈禧便高兴地拍了李莲英的腮帮子。
慈禧太后隔日上朝后，下谕道：“明年归政。”醇王及大臣们相继上疏，光绪帝亦再三恳请太后继续训政。
经一番文章作过之后，慈禧便应许继续训政。
慈禧太后仍然心事重重，两年训政总要结束的，这以后的日子怎么打发……她想得直叹气。李莲英见主子愁眉不展，便传来李三顺学狗叫狗跳，想博主子欢颜一笑。结果使慈禧太后更心烦，斥令都滚蛋。李莲英叩头如捣蒜，连称“奴才该死！奴才该死！”过了一会，慈禧见李莲英坐在宫外流泪，满脸委屈之相，不由心生怜爱。“小李子，起来，这宫内也太闷人了，咱们去御花园溜弯去。”
慈禧太后来到御花园，李莲英便说：“老佛爷，快看，多漂亮的牡丹花！”慈禧过去一看，“真是白带你来这么多趟，连牡丹和海棠都分不清。”“我的眼怎能和老佛爷比呢。”李莲英的话，使得一旁的李三顺有所醒悟，明白了李莲英为何在老佛爷面前久宠不衰的意图。
慈禧他们回到储秀宫，已是掌灯时分。李莲英伺候慈禧太后漱洗上床，试探地说：“老佛爷，您日理万机不辞辛苦，皇上也该体谅才是。南方长毛闹事那些年，多亏老佛爷您镇得住，否则半壁江山就难保了。如今您又培育了皇上，照历朝祖宗的规矩，皇上该修座园子，奉养老佛爷才是。”
慈禧太后说：“如今朝廷正在难处，又是赔款，又是办海军，我怎能提修园子的事呢？”
李莲英边看慈禧太后脸色，边说：“朝廷处处想省，打了胜仗，还要老佛爷拿出自己钱赏他们。就说马尾那里吧，办了个船政局，造了十几条船，半天功夫就叫洋人轰了个精光，几百万银子扔进了大海。奴才真正心疼。钱扔在水里，还听个响声。几百万银子造兵船，影儿还没见，就都没了。也不知那是些什么船，值不值那些个钱。有得他们胡花，还不如老佛爷您来花。”
慈禧太后说：“难为你这么明白，可同治十二年（1873）的事你也知道。一想起来，我就伤心。”
那年重修圆明园引起的风波。当时，恭王和慈安东太后极力反对，事情泡了汤。李莲英得知此事，精心地说：
“就依老佛爷您的功绩，即便今天恭王仍在军机，也不便说什么的。况且如今是老佛爷您一人拿主意，事情一定能办得顺顺溜溜的。”
慈禧太后说：“对，趁这会我一个人拿主意，我一定为自己好好拿个主意，可是钱呢？”
李莲英忙答：“找七爷和李中堂他们要呀。李中堂上折说办海军，一条铁甲船就是一两百万银子。不过也不见得真要那么多。只要七爷和李中堂手紧一点，无论如何也可以省得出一座园子来。”
李莲英这句话使慈禧太后恍然大悟。用偷梁换柱的办法，一面办海军，一面修园子，一切工料费用，都开在海军经费中。等生米煮成熟饭，还有谁敢拆园子不成。
慈禧太后这夜美梦接连不断，睡得香甜。
慈禧太后第二天上朝，发下两道上谕：一大建海军以张国威；二修缮三海以奉慈养。
立山是蒙古人，籍属内务府，与李莲英关系非同一般，因而连续四年外放苏州“织造”之职。这位立山颇为能干，在织造的绸缎花样上下功夫，不断翻新，专门送往宫中供慈禧太后和皇上之用，颇得慈禧嘉奖。立山每次进京，总少不了以高级绸缎和银票孝敬李莲英。李莲英与立山兄弟相称，有时还留他在宫中一起吃饭。立山外放四年，发了不少财，但这毕竟不是长久之计，便产生回京打算。有李莲英关照，慈禧太后将立山调入京师，派任内务府堂郎中，这是握内务府实权的职位，勤勉一些，几年就可升为二品的内务府大臣。立山是内务府的红人，修缮三海一事由他一手经办，醇王名为主持而已。其实办海军是虚，修三海也不实。慈禧太后真意是在大修清漪园上。在三海工程进行中，李莲英和立山就已踏勘好了清漪园的工程，图纸、材料等一切都在暗地里准备妥当。在三海的修缮即将竣工时，便动工修建清漪园。
修建清漪园资金只能暗地筹措。起初，由立山挪用内务府的款子，又借修三海之便，为清漪园买了许多木料，但这远远不够。于是，慈禧和李莲英打上了李鸿章的主意，只好求李鸿章帮助。
慈禧太后在光绪十三年（1887）夏，单独召见醇王，告知清漪园修缮一事。醇王已有所闻，心中虽不愿意，但却不敢像恭王那样公然顶撞这位心狠手辣、喜欢奢华的太后。
慈禧太后见醇王欲言又止，便忙说：“户部已拨巨资给了北洋，可海军到底建成什么样子，我想让小李子跟你一道去李鸿章那里看看。别把银子白白扔了。你通知李鸿章作一下准备。”
醇王一听让李莲英随行，忙说；“莲英乃三品顶戴，随臣视察，怕太招摇。”慈禧说：“那就让他戴六品顶子去好了。”醇王也就明白了此行的目的，勉强答应了这件事。太监出京检阅水师，岂不是唐朝宦官监军之祸重现吗？但自从慈安东太后暴毙，恭王开却以来，慈禧太后在朝中唯我独尊局面形成已久。说李莲英随行检阅，醇王只好将责任全部承担起来。
醇王与李莲英抵达天津后，李鸿章就用定远舰接待他们去旅顺检阅海军。北洋舰队中最大的舰是定远舰，购自德国。舰上最大的一间舱房是管带（舰长）室，经过布置作为醇王卧室，次大的舱房，原为李鸿章专用，特意留给李莲英。一身灰布行装的李莲英，由天津海关道周馥，亲自带李莲英进舱，李莲英问：“周大人，这间舱如此讲究，大小也跟王爷那间差不多，莫非舰上的舱房都是这个规格？”
周馥回答：“舰上的规矩是最好最大的一间给管带，就是王爷那间。其次大的这一间是给管驾的。”
李莲英又问：“那李中堂呢？”
周馥说：“中堂是主人，用的比这两间小些。”
李莲英直摇手说：“那怎么可以？我怎敢僭越，破坏朝廷体制。请周大人替我换一间小的。”
周馥大感意外，“这是李中堂交待布置的，李总管不必过谦。”
李莲英回答：“李中堂看我是太后跟前的人，敬主而尊仆，但我自己明白轻重分寸。若真没地方可换，也不打紧，我看王爷舱里那间套房，四自落地，倒很清爽，我就在那里打个地铺吧！”
周馥欲笑不敢答言，只好去请示李中堂再说。
李鸿章一听，脸色郑重，对一班心腹道：“他是三品大员，却肯委屈戴这六品顶子，此人不比安德海，你们须小心侍候。”周馥便将自己的舱房让了出来。
醇王一觉醒来，已是次日早上六点钟，李莲英也已在侍候洗脸水了。看他有条不紊，联想到太后，醇王立生警觉。“莲英，歇着吧！你也是李中堂的客人，不必为我张罗。”
李莲英说：“老佛爷交代过我，让莲英侍候七爷。就是老佛爷不交代，莲英也该如此呀。”
醇王再三劝说，李莲英才歇手，但已将一应所需物品放在醇王床前，并规矩地垂手侍立一旁。这与传闻中飞扬跋扈的样子相去甚远。李鸿章来给醇王请安，李莲英也给李鸿章请安，一点也无大总管的架子。这倒使李鸿章想起几年前的一件事。
李鸿章在光绪初年，已是朝廷要员，他进京想面见两宫太后，陈奏与日本交涉及台湾和沿海防务事宜，请求拨巨款振兴洋务以扬国威。进京时他带了不少银子，从军机到六部小堂官，都备有“红包”。依照定制，疆臣进京未见驾前，不会客亦不拜客，由崇文门直接往宫门请安，然后回贤良寺行辕歇息，等待陛见。可李鸿章的请安折子上去三天仍不见宣召，李鸿章又上第二道折子，仍不见音。李鸿章在纳闷，莫非两宫太后故意冷落？
最后只好破例面见恭王，恭王气愤而言：“八成又是那狗奴才作梗！”李鸿章再问是谁？军机大臣宝望才说是慈禧太后身边的太监李莲英，大概是上次你晋见时少给了见面礼，招来如今的报复。李鸿章恍然大悟之后，便差人送去5万两银票。第二天，即召陛见，但李鸿章心中气愤难遣，堂堂一品大员，文华殿大学士竟受制于一个搞皮硝出身的阉人，有机会非出这口气不可接到醇王要来的消息，李鸿章觉得吐这口恶气的机会来了，可以利用言路上参慈禧太后一本，就是落得安德海那样下场，也煞煞他的威风。与安德海的张狂截然不同，此人城府之深，只笼络交结，不马虎大意。李鸿章派周馥接待，借此机会探听李莲英来的意图。
可是，周馥哪是李莲英的对手，反让李莲英套出了不少秘密。他喝着周馥特意送来的上等法国葡萄酒，漫不经心地问着北洋的收支、购船的经费等问题。周馥卖弄地说出北洋的款子都存在汇丰银行，买船通过银行进行。
李莲英问：“外国银行的利息比咱们的银号钱庄要高一些吧？”
周馥答道：“也不见得。主要是因为银行可靠，洋人做买卖最看重主顾。如果你有钱存在银行，不仅靠樽住，使有入去查阅，们也会保密。”
李莲英问：“就是说，钱存在洋人银行里，除了本主外，无人知道？”
周馥说：“是的！李总管想把钱存到那里？在下愿代为引见。”
李莲英又问：“难道奉旨去查也不行吗？”
周馥回答：“是的！”
李莲英便道：“那不成了抗旨吗？”这时周馥的心眼才活动了，开始有所警惕，暗自后悔把北洋的“底子”
抖给了李莲英。周馥急忙解释说：“其实也不全是我说的那个样子。外国银行由他们的公使管辖，咱们太后的懿旨行不到洋行那里，也谈不上什么抗旨。”李莲英说：
“周大人，我想讨教一下，跟外国银行借款行不行？”
