三
崇祯十七年（1644年）三月，李自成率农民起义军攻破北京，崇祯帝在煤山自缢，太子出走，下落不明。明朝宗室及部分大臣纷纷南迁，议立新君。当时，群臣争论的焦点是立潞王还是立福王。属于东林一派的大臣如兵部尚书史可法、詹事姜日广等主张立潞王，认为潞王更有才德，且与明末引起激烈党争的三案无关。而福王好色贪杯，与三案直接有关，容易引起新的党争。但凤阳总督马士英认为“立亲则一、立贤则乱”，福王是神宗的孙子，潞王是神宗的侄儿，按伦序应立福王。阮大铖深知福王对东林不满，认为若福王继位，则逆案可翻，他就可以东山再起了。他开始积极活动，竭力支持马士英等人拥立福王。他又通过南京守备太监韩赞周遍结群阉，并嘱阉人向福王陈诉往日东林党如何危害其祖母郑贵妃及其父朱常洵，以加深福王对史可法等东林党人的反感。他又为马士英出谋划策道：“国方有难，先立君者功高，当今天下清议归史君，而君握重兵于外，若不早图，将为人副，莫若约黄得功、刘良佐与之分功，而招高杰、刘泽清以佐之，兵势在我，史君无能为也。然后我与君左提右掣，挟天子以令东南，万世一时，在此举矣！”
五月，马士英联络一些高级将领，以武力威胁，拥立福王登基，在南京成立新朝廷，年号弘光。
起初，马士英曾保举阮大铖出山，遭到众人的反对，认为逆案不可翻。但阮大铖并不甘心，他四处活动，拼命送礼。他先给马士英送去加官进爵金天宫一座，五彩锦蟒一件，闪红宫锻四匹，紫金如意锞十锭，继给司礼太监、秉笔太监各送白银五百两；又在端午节出入于各衙门行贿，联络关系。最终得到弘光帝的同意，赐阮大铖朝服，并命他冠带到京陛见。九月，阮大铖被任命为兵部右侍郎。不久，又兼右金都御史巡闽江防。第二年，又晋升为兵部尚书兼右副都御史。阮大铖在被废斥十七年后终于东山再起了。
四
弘光帝继位时，已是天崩地裂，四面楚歌。他本应团结群臣，励精图治。但他却整日沉湎于醇酒美人中，毫无振作之气。许多大臣上疏劝他不饮酒或少饮酒，他根本不听。他以大婚为名，在南京、苏州、杭州等地挑选“淑女”，弄得人心惶惶。有记载说：“因奉旨选婚，越中嫁女如狂，昼夜不绝。”这也为一些大臣逢迎拍马提供了机会。阮大铖等人分别从民间购求美女，进献给弘光帝。即使这样，弘光帝仍不满意，甲申（1644年）除夕，他悄然不乐，大臣们都因兵败失地叩头谢罪。
但弘光却说：“朕未暇虑此，所忧者梨园子弟无一佳者。”
在这种情况下，掌握朝廷实权的马士英、阮大铖等人也是醉生梦死，利用手中的权力大肆贪污。他们打着“兴复”、“助饷”的幌子，到各处去搜刮钱粮，增加和提高税收，还别出心裁地取消通过考试录取生员的制度，以纳银代替考试，只要交纳三到六两银子，就可做生员，不管其品行学业如何。他们公开卖官鬻爵，给许多官职定了价，只要出钱，就可以买到官做。自然这些人当上官后，要把自己的银子再想办法捞回来。一些人为了当官，大肆贿赂阮大铖和马士英。阮大铖甚至得意地说，他接受行贿是“不纳不已”的事儿。
他们讲究排场，不知节俭，日常费用全都按国家太平盛世的标准，耗费无数，国家财政空虚。他们便开始卖官，且开出低价招徕买主。阮大铖公然把行贿作为理财的妙方，凡是查处降补的官员，纳足够的贿赂才给以任用。江西总督袁雏咸奏其部将以有功当擢总兵，阮大铖要价三千，不给，也就始终没给敕印。阮大铖对人说：“国家不愁没钱，就说巡按弹劾推荐一事，不以贿兔，就以贿求，只要让纳银若干，对应弹劾的免弹劾，不应推荐的让推荐，推而广之，国库就充实了。”当时有人作一词云：“有福自然轮着，无钱不用安排。满街都督无人抬，偏地职方多无赖。本事何如世事，多才不如多财！门前悬挂虎头牌，大小官儿出卖！”
五
弘光政权建立于风雨飘摇之际，农民起义军力量尚很强大，清兵更是虎视江南，随时准备南下。但马士英、阮大铖等人不但没有团结一致，力图光复河山，反而处处植党营私，排斥异己。弘光朝建立不久，姜日广等大臣就被排挤去职，史可法虽在扬州督师，也被左右掣肘，难以施展。
阮大铖与马士英沆瀣一气，党同伐异，排斥东林党人，特别是阮大铖，由于他名列逆案，多次遭东林党人的抨击，更对东林及复社有切骨之仇。他仿效魏忠贤，恢复了东厂缉事的特务机构，大肆捕杀迫害东林、复社人士，周镳、雷演祥就在此时被杀，复社骨干顾果、左光先、陈贞慧被捕，险些被杀，复社另一骨干侯方域侥幸逃脱，幸免于难。
就在阮大铖疯狂打击东林、复社人士时，南京城内忽然出现一位名叫大悲的狂僧，胡言乱语，被总督京营戎政的官员逮捕，阮大铖想借此捕杀东林党人。他编造出十八罗汉、五十三参之类名目，并将史可法、高弘图、姜日广等人的姓名写上，偷偷放入大悲袖中，想借此杀尽东林党人。只因马士英不愿兴大狱，才只杀大悲了事。
阮大铖还继续干起阉党时代的勾当，编制了一本黑名单，叫做《蝗蝻录》、《蝇蚋录》，以东林为蝗，复社为蝻，附从者为蝇为纳。经过一系列排挤、打击，东林党人终于或去职或逃亡或被杀，从此一蹶不振。
这时，清兵在北方纵横驰骋，势如破竹，步步紧逼。阮大铖等不是积极布防清兵，而是把重点放在阻止左良玉兵东下上。左良玉为明大将，拥兵三十万，因军饷不继，军人四处抢掠，被称为饿兵。左良玉对马、阮专权素怀不满，声称要到南京筹备军需。恰在这时，南京城里又出现了所谓“真假太子案”，有个自称是“太子”的人突然出现于南京，弄得满城风雨，直接威胁到弘光帝及马士英、阮大铖等人。因为弘光之所以能继位，是因为太子出走，下落不明；马、阮之所以左右朝政，是因为拥戴弘光。如果承认这个“太子”是真的，就要承认其王位继承权。太监们说太子是真的，马、阮坚持说是假的，并下狱严刑审讯。左良玉以“清君侧”为名，东下讨伐马士英、阮大铖，南京城内慌成一团。阮大铖下令以数十万军队在南京西面沿江布防，对付左兵，阮大铖也亲自带兵前往参战，仅派三五千人北上防范清兵。左良玉在东征途中病死，其子左梦庚在采石被阮大铖击败，阮大铖被弘光帝加封太子太保。但清兵趁江北空虚，迅速南下，攻打扬州等地。史可法坚守孤城，最终城破被俘，不屈而死。
五月初十日，清兵渡过长江直逼京口，马、阮大惊失色，忙收拾金银细软和万贯家财弃城逃亡。弘光帝和皇后妃嫔也连夜逃走。阮大铖苦心经营的石巢园被人一把火烧掉了。
阮大铖跑到浙江，起初想投靠金华督师朱大典，士民得知，将其赶走；后来他到严州（今浙江建德附近）投靠方国安。清兵渡过钱塘江，他率先剃发降清。清人授予他内院职衔，他感激涕零，说：“我是个有血性的人，明析恩仇，虽中明朝进士，但被人罗织罪名，沉抑下僚三十年，抱恨终身。”他表示，将“抒赤竭忠，誓捐踵顶，以报兴朝”。他自请为前驱，攻破金华，入城后恣意烧杀抢掠。当时兵荒马乱，百姓相率逃亡，清兵吃饭都成问题，但阮大铖每到一处，必大吃大喝以炫耀，还时时为清兵唱唱小曲，以示其风雅。
随后他又随清兵攻打福建。清兵攻打仙霞岭时，照顾阮大铖年老有病，让他暂住衡州。阮大铖惊恐万状，生怕被丢弃，说：“我有什么病？我虽年已六十，仍能挽弓骑马，我看入闽易如反掌。我跟你们说，我仇人太多，这是复社东林诸奸人有意诋毁我，请你们不要听信。”
到了仙霞岭，阮大铖为证明自己没病，下马步行上岭，一路领先，不想突然发病，死于道旁。也有记载说，阮大铖降清后，又与南明隆武政权联络，被清人发现。他怕清人加害，便在游山时投崖自杀，被清人戮尸。
