新督政府的两院及两派
由于法军在前方连连失利，国内的各派对此非常不满。在这样的背景下，举行了共和七年花月（1799年5月）选举。这次选举同样是按共和派的意志进行的，和上一次选举没什么两样。军队的失利、各派的怨言，令督政府焦头烂额，无力应付，西哀耶斯接替了依法辞职的勒贝尔。在关键时刻，勒贝尔总能顶住压力，力挽狂澜。如今他的离开，绝对是督政府的一大损失。对于督政府来讲，西哀耶斯的到来，也不是什么好消息，西哀耶斯是一个反对政府最坚决的人。督政官受到温和派和极端共和派的联合质询，主要是关于共和国当前的内外形势。两院宣布处于长期开会状态后，巴拉斯离开了。结果，特雷拉、梅兰和拉雷韦耶尔这几个旧督政府的支持者成了两院发泄愤怒的对象。特雷拉曾先后担任立法职务和督政府职务，但由于间隔时间不满一年，两院以不合宪法规定为理由，罢免了他的职务。前司法部长戈伊埃接替了特雷拉的职务。梅兰和拉雷韦耶尔虽然没有被免职，但两院发言者猛烈抨击他们，企图逼迫他们自己辞职。各督政官人人自危，向两院递送咨文进行辩白，并要求和衷共济。牧月30日，来自卡尔瓦多斯郡的共和派代表贝特朗在审查了督政官们的建议后，认为这些督政官已经不能保持他们的职位了。由于他们已经丧失了为祖国做好事的能力，现在，无论是同僚、代表还是群众，都不再信任他们。既然如此，他们就不能执行法令。现在，督政官们应该自觉结束政治生涯。在勒贝尔任期届满、特雷拉被免职、巴拉斯离开的背景下，梅兰和拉雷韦耶尔只得作出让步，辞去督政官的职务。
通过这次联手行动，共和派和温和派都有不小的收获。穆兰将军和罗歇－迪科分别被选进督政府。共和三年成立的督政府在牧月30日（6月18日）的事变中解体，这样令各派都不满意的政府是没有长久生命力的。在这一时期，督政府杀了许多立法机关中的人，立法机关则把督政府赶下了台，国家的两大权力机关谁也没有遵守宪法的规定。
在牧月30日胜利以后，西哀耶斯试图作出一些改变，尽力消除督政府的痕迹。他对当前局势的判断十分准确，不过美中不足的是他的性格有些急躁，甚至有点固执。他希望尽快结束革命，为此他搬出了最后确定的宪法。1789年6月17日，西哀耶斯曾建议建立国民议会，替换已有的三级会议，同时，对国内的行政区划进行改制，废省建郡。他的提议大大促进了1789年的主要改革。自此之后，西哀耶斯一度销声匿迹。实际上，这是他的高明之处，他正在等待国家结束革命状态，步入建设时代。后来，在第一任督政府中，西哀耶斯担任驻柏林大使期间，成功地劝说普鲁士保持中立，得到人民的认可。在回国后，由于勒贝尔离开了政府，各派也已经斗争疲惫，看到时机成熟，他便担任了之前曾一直拒绝的督政官，准备着手建立最后的和平与自由。他的依靠对象十分明确，在督政府中是罗歇－迪科，在立法机关中则是元老院，在外面则是温和派的群众和中等阶级。如今，这些温和派和中等阶级希望恢复原有的宁静秩序，也希望政府能够强硬有力，安定人心。他们要求建立一个没有政敌、能够兼顾各方利益、实现各自主张的新政府。看到军队在革命中发挥的作用十分突出，西哀耶斯认为自己也有必要依靠军队的力量，儒贝尔被他相中，随后被任命为阿尔卑斯方面军的总指挥。但是，共和三年宪法的支持者依然大有人在，比如戈伊埃和穆兰、两督政官、五百人院和政府外的马内日派等。极端共和派组成了一个新的俱乐部，其主要成员分别来自萨耳姆俱乐部、先贤祠俱乐部以及老雅各宾俱乐部。这些都是以前各个时期的残余人物，他们极力宣扬共和派的主张，对低层阶级的民主主张并不认可。
在新改组的内阁中，共和派和温和派都占有一定的席位。司法归康巴塞雷斯负责；内政归基内特负责；在塔列朗未就职以前，雷纳尔临时负责外交；财政归罗伯尔·兰代负责；海军归瓦特里的布尔东负责；陆军归贝尔纳多特负责；警务先是由布基尼翁负责，后来又由南特的富歇负责。
这一次，巴拉斯保持中立，在立法议会、督政府和内阁的两派中间寻求平衡。他并没有一个坚定的政治观点，而是擅长顺势而为，主动向能够取得胜利的那一派靠拢。从5月31日事变开始，到热月9日事变，再到果月18日政变，再到牧月30日事变，他的身份多次变换，先后是山岳党的民主派、山岳党的反动派、反对保王党的革命派督政官、极端共和派督政官。如今，巴拉斯看到事情的变化有可能会导致波旁王朝复辟，就派出代理人戴维·莫尼埃谈判恢复君主政体，并设法同有权继承王位的路易十八联系。这时他的身份，已经变成了反对共和三年宪法的保王党的督政官。
看到第二次反法同盟的军事胜利后，法国国内的保王党蠢蠢欲动。国内强制发行的公债，要求每个流亡者家庭向政府提供人质保证的严酷法令，终于令他们再度掀起武装暴乱。在法国的南部和西部，保王党分子成群结伙，日益猖獗，并爆发了一些小规模的武装冲突。他们认为，只要俄国军队一来，复辟君主制度指日可待。对于所有的党派来说，这绝对是一个争权夺势的好机会。谁要是在这个时候收拾了乱局，就掌握了整个法国的主动权。实际上，每当政府濒临崩溃的时候，各个党派都在虎视眈眈，他们静静等候，伺机而动，准备夺取最大化的利益。
波拿巴与西哀耶斯的合作
国外的形势原本也不乐观，幸好这时法军在莱茵河上游和下游这两个主要边境地区的战场上取得了一定的胜利。在占取意大利以后，反法联军准备一鼓作气，借道瑞士和荷兰，然后直接攻入法国境内。他们前进的脚步被马塞纳和布律纳两位将军挡住了。这两位将军打破了法军接连失败的僵局，阻挡了联军节节胜利的进攻。马塞纳向科尔萨科夫、苏沃洛夫展开了大规模长时间的密集攻势。十二天之后，他们的努力得到了回报。俄军在康斯坦茨和苏黎世之间接连失败，整个反法联军的士气低落不少。约克公爵在荷兰被布律纳击败，被迫停止了入侵的脚步，退回到军舰上去了。当然，战争也不是一边倒的局面，法军的意大利方面军就没有这么顺利了，在诺维战役中，亲自追击奥俄联军的儒贝尔将军不幸阵亡，好在尚皮奥内及时部署，法国的边境上才没有出现防守的漏洞。没多久，法军就越过边界。现在，法军改变了以前屡战屡败的局面，重新获得了优势，掌握了战争的主动权。反法联军在接连失败后也增强了进攻力量，采取的进攻战略也更富侵略性。
国内的形势并没有发生像战场上的改变，党派纷争依旧继续，人民的不满日益增强，整个社会依然处于一片混乱不安之中。共和派内部也分为温和派和极端派，两股力量的斗争更加激化。西哀耶斯反对极端共和派的措施还在继续实行。在8月10日事变纪念日，雅各宾派也曾遭到他在练兵场上的极力攻击。波拿巴由于征服过意大利，另外在埃及也是战功赫赫，再加上他个人的才干和性格，得到了人们的拥戴，所以在五百人院中享有极高威信。在这次集会上，他的弟弟吕西安·波拿巴宣称法国又受到恐怖的威胁了，他还把恐怖时期描绘了一番。与此同时，贝尔纳多特被西哀耶斯免去职务。在西哀耶斯同意的前提下，马内日俱乐部被富歇封闭了。出于对恐怖时期的忧虑，感到有些害怕的群众站到温和派一边。极端共和派本打算宣布“祖国在危难中”，再一次发动群众，但没能成功。
儒贝尔去世以后，西哀耶斯急需一名新的将军来执行他的计划，保护共和国。但是，眼前的几位将军都不是合适的人选，奥什在一年多前死了，莫罗则不太可靠，马塞纳缺乏政治头脑，贝尔纳多特同时也是拥护马内日派的。由于没有找到得心应手的人选，西哀耶斯的政变计划只能一推再推。
