上命大学士薛国观拟谕，不当上旨；上怒其不恪遵，自取易之，以授国观。及改入，复不称；遂大怒，令五府、九卿议处。定国公徐允桢等会议：国观当令致仕。刑科给事中袁恺又劾国观罔上妒贤，傅永淳等皆其私人；议罪不足蔽辜。癸酉，国观免。前丁丑秋同相者六人，诸相皆罢，独国观秉政；以不次拔自外僚，上颇向用之，而狼戾忮害。因拟票事，言者劾其纳贿有据，被斥。
戊寅，巡抚延绥右佥都御史刘令誉奏言「开渠导河得水田万亩备救荒」之策；命渐广之。
中书舍人沈廷扬运万石自淮安庙湾出海，十日抵天津。
己卯，辑「武经七书大全」。
漕河涸。
秋七月庚辰朔，京省蝗；命顺天尹发钞六十锭收之，并禳蝗。
癸未，皇五子薨，諡曰「悼灵王」。初，疾甚，忽言九莲菩萨来云：『上薄待戚属不改，殇折且尽』！上闻之，大惧。九莲菩萨者，孝定皇后李氏因梦奉祀之；后薨，像在宫中，跨凤九首。至是，内臣托皇子神其事，上实未尝至疾所也。初，籍武清侯李氏；至是，命复爵，免籍其赀。
戊子，上谕：『朕念皇考、皇妣，终身蔬食布衣，以尽孝思』。少詹事李绍贤上言：『天子临御万方，不宜澹漠自苦』；不允。
初，中书舍人许曦卿讦郑鄤事，词连贡士钱霖子钱尚宾争父婢操刃；上并逮尚宾，惧逃山东诈死。刑部主事沈延禧纳其赂，欲脱之；事泄，下延禧狱，刑部尚书甄淑亦罢。
己丑，发二万金赈顺天、保定。
辛卯，官军败贼于兴山，斩三千余级。时张献忠、李自成、罗汝才、刘国龙皆号剧寇，去年国龙降于杨嗣昌，汝才势孤，遂奔四川。平贼将军左良玉乘贼饮半边山，袭破之。
苍梧教谕谢允上言五事：先身范、核士行、正文体、定学规、重名器；从之。
临清副总兵黄胤恩上「海运图」曰：『难易不可不审，省费不可不较。河渠浅涩，必力加挑浚；而海则无籍也。河水旱干，又必远借湖泉；而海又无籍也：此难易审矣。登莱陆运所费三緍，天津海运不及二钱：此省费较然矣』。因列上九议。
刑科给事中袁恺复劾去辅薛国观出都门，车载极伙，所受诸臣贿赂不可胜计；遂下镇抚司，鞫国观从役。初，上召国观，语及朝士婪贿；对曰：『使厂卫得人，朝士何敢黩货』！东厂太监王化民在侧，汗出浃背；于是专侦其阴事，以及于败。
丁酉，以李觉斯为刑部尚书。
癸卯，杨嗣昌战再失利，奏引罪；发五万金犒师。
是月，总兵曹变蛟、左光先、吴三桂合御清兵于黄土台；凡三战松山、杏山皆捷。
八月庚戌朔，皇第七子生——皇贵妃田氏出。
辛亥，以王道直为左都御史。
定淮、扬海运五万石。
己未，户部主事叶廷秀请宽黄道周忤旨，杖之，削籍。
庚申，发仓粟赈河东饥民。
纂修「玉牒」成。
丙子，吏科给事中戴明说上言：『荒极盗起，蠢动累告。皆缘抚、按有司素不休养，饥荒不恤，招徕无策。迨盗起议剿，死于锋镝者，此百姓也；用兵加饷，死于追呼者，亦此百姓也。今乞责成抚、按诸臣以恤荒弭盗为第一事』。上是之。
加福建参将郑芝龙署总兵。
戊寅，发帑金三万赈真定、山东、河南饥民。
九月己卯朔，大学士薛国观削籍，吏部尚书傅永淳罢，下左副都御史叶有声于刑部狱；以通贿薛国观也。时株连甚众，松江知府方岳贡征上海积逋忤中书舍人王陛彦，称岳贡馈国观七百金；命逮岳贡。
李自成入四川观音岭、三黄岭，又入净堡。初，自成犯大昌，杨嗣昌与平贼将军左良玉扼贼于巴西、鱼复诸山，不得逸。自成在围中食尽，屡欲自经；亲从者双喜辄囗救之，因令军人尽杀所掠妇女，以五千骑突围而南。
丁亥，郏县盗李际遇等众至五万，总兵王绍禹遣游击高谦击之，斩一千余级。
辛卯，谕灾荒停刑；其事关封疆及钱粮、剿寇者，限刑部五日具狱。
上以太阳经度旧法于春、秋二分各迟二日及冬至时刻互异，令监局诸臣加订。
命有司祭难民、瘗暴骸。
御史魏景琦论囚西市，斩御史高钦舜。工部郎中胡琏等以下十五人已论辟，忽内臣本清衔命驰免，因释十一人；景琦明日具奏。初，上谕囚或声冤者，停刑请旨；景琦仓卒不辨。上怒，命下狱。
戊戌，以李日宣为吏部尚书。
革、左、金、王诸寇走英山、霍山间，迫凤阳；命抚、监协剿。
辛丑，折征江南绢布等岁课，免陇西五县逋赋。
工部请祈榖，奉配太祖高帝，仍遵新号行事；焚库内旧神版。
冬十月戊申朔，命抵通州漕米每石带练米八升——以山西、河南饥，十五年为始；余从明年。
诛总督尚书熊文灿。
壬戌，出帑金万两市旧棉衣二万给京师贫民。
丁卯，工部请浚胡良河；从之。
逮前总河道工部尚书周鼎。鼎去任年余，以河淤逮之。时见任张国维，不问。
癸酉，兵科给事中张缙彦上言：『广西巡抚林贽为安南头目郑梉代请王爵。臣考安南自莫登庸纂逆，降封都统。迨后黎宁居漆马江，以延黎祀。至黎维潭，逐莫民，岁贡方物；神祖嘉其忠顺，准袭都统使。今之请封，何功也？虽朝廷「字小」，不靳殊典；而荒夷要挟，岂可徇情！使郑梉得其志，将遂悍横，忧及中土；即欲以茅土之券塞谿壑之欲，岂可得哉』！上是之。
上念悼灵王灵异，命礼臣议孝和皇太后、庄妃、懿妃道号。
十一月己卯，追封悼灵王为「玄机显应真君」。礼科给事中李焻言：『诸后祀在奉先殿，传之天下万世；似宜仍前徽称，不可崇邪教以亵圣号』。不听。十二月，改封「通宣显应悼灵王」，去「真君」号。
诛钱尚宾，刑部主事沈延禧囗戍；刑部尚书甄淑亦下狱——明年，死狱中。
户部尚书李待问请损交际、裁工食，为恤穷补匮之计；从之。
壬午，廕故大学士张居正曾孙同敞中书舍人。先，崇祯二年十二月，廕嫡孙綮珩中书舍人。
壬辰，监生涂仲吉奏言：『黄道周通籍二十载，半居坟庐；稽古著书，晨夜不辍。孤宗独立，门无杂宾。其一生学力，止知君亲；虽言尝过戆，而志实纯忠。今喘息仅存，犹读书不倦：此臣不为道周惜，而为皇上天下万世惜也！昔唐太宗恨魏征之面折，至欲杀而终不果；汉武帝恶汲黯之直诤，虽远出而实优容。皇上方欲远法尧、舜，奈何智出汉、唐贤主下！断不宜以党人轻议学行才品之臣也』。通政司格之，不上；仲吉遂劾通政司施邦曜遏抑言路，再救道周。上怒，下狱杖之，论戍。
工部主事李振声请限品官占田，如一品田十顷、屋百间，二品以下递减；命部议覆之。
十二月乙卯，命陕西守臣以前大学士薛国观入京即讯。
丙辰，谕刑部系囚早结，毋延毙。
丙子，内丘土寇千余人据神头村，总督杨文岳遣总兵虎大威袭斩数百级，乃平。
是月，征调宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、密云总兵唐通及曹变蛟、白广恩、山海关总兵马科，辽东总兵吴三桂、王廷臣合兵十万、马四万、骡一万，刻期出关。初，清兵屯义州不出，洪承畴驻宁远，以刘肇基短于调度，斥去，以王廷臣代之；左光先遣归，以白广恩代之。而兵部谓清兵虽退，尚在义州，各边进兵之数恐尚单薄，来春宜调宣府、大同、密云、保定之兵，合关门、辽左之众以厚其力；从之。遂命户部输饷自天津海运、草束召买，于蓟、永、关、辽共八镇兵出塞。
是年，两京、山东、河南、山西、陕西、浙江大旱，蝗。至冬，大饥，人相食，草木俱尽，道殣相望。湖州太守陆自岩以浙西灾，特疏请量折；不许。既而上以礼科给事中沈胤培奏，特许麦折十之三；自岩竟尽杀之，不以闻：浙西大扰。
