南澳在闽、广之交，夙为盗贼逋薮。先年山寇吴平、许朝光、海寇曾一本、林道干等聚众为乱，荼毒生灵，至合两省会剿始平。万历四年，建议善后，题请设协守漳潮副总兵官专驻南澳，始创城镇，无事坐镇弹压，有警督兵穷追，兼制两省，事权归一，居然海上一重镇也。所辖南澳游兵、拓林守备二游、防倭中哨二游、福广二营陆兵。
按癸酉志，南澳去玄锺澳口约三十余里，属广东饶平。洪武间，居民负险作乱，遂墟其地。其澳周围六、七百里，有青澳、后泽澳，夷船多凑泊于此，而深澳尤为形险，小舟须鱼贯而入，官兵攻剿，势甚掣肘。嘉靖间，潮州府用木石填寨澳口。未几，倭人用善水者捞起木石，澳口复通。嘉靖四十四年，剧贼吴平鸠集结巢，大兵征剿，贼党虽散，其地尚为贼窝。万历初，同知罗拱辰相视其地，议设参将一员统兵屯札。筑城三座：一在深水澳，一在云盖寺，一在龙眼沙，互相联络，立墩台瞭望，调兵哨守。计三处田约四、五万亩，可召军民给牛耕种。罗公当时计划，可谓周悉。自后题设协守副总兵驻扎，遂岿然重镇矣。
