乾隆五十一年，逆匪林爽文滋事，城毁。荡平后，公中堂福奏请移设离旧县十五里之埤头地面，仍用刺竹栽插为城，建门楼四座。嘉庆十年冬，洋匪蔡牵扰台，城又陷，荡平后，钦差大臣赛以埤头离海较远，不能兼制海口，古人建县兴隆，大有深意，既可控山，亦可控海。奏请移回旧城。事平，埤头居民祗将残缺竹城补葺，安士重迁，延未移建。
道光四年，又有贼匪杨良斌之变。于是，有官民捐资移建之议。道光五年，摄理台湾府方，详照原奏，就兴隆旧城基址，移向东北，将龟山围入城中。城身俱用打鼓山石砌筑，计丈周围八百六十四丈，城基挖深三尺，用石填砌，以固根本。平地度以弓步量明，底宽一丈五尺，顶宽一丈三尺，自地至顶，筑高一丈四尺，雉堞高五尺四寸，统计一千四百六十八堵，并细按方隅，分筑东西南北四门。建城楼，并筑水洞，以通城内沟洫；仍相度扼要之区，建筑炮台四座，以当其冲。即于是年七月十五日兴工，至道光六年八月十五日一律完竣，计费工料番镪银九万二千有奇。（道光十年四月初五日杨文显、吴尚新、蔡国香同采）
