到了八月二十九日，北军的火力越来越猛，张勋又开条件，招降何海呜，何仍置之不理。张尧卿托词募兵，混出城外，韩恢也避匿不见。何见大势已去，催令商会缴齐款项以便出走。商会已缴过七万，仍缺三万，实在是想不到办法，只能再等几天。于是，何海鸣将所有兵队移扎城南，打算款项一到手就一挥出城，避开死路。等到九月一日，款项尚未缴齐，北军已经攻进城里了，南京城城墙被大炮炸开数丈。何海鸣见军队溃散便从南门逃脱，后来也航海出洋，与一帮亡人逋客，一起做海外华侨去了。
张勋、雷震春二军一进城，就在城里遍插红旗。他们无暇追敌，而是借着搜剿的名义，挨门逐户随便闯入。只要有箱、笼等物便用刀劈开，不管银饼、纸币还是黄白钗钿，都随手取来塞入怀中，就连裘衣缎服也要挑取几件拿走。如果有人阻拦，不是一刀，就是一枪。最可恨的是，瞧着年轻妇女，他们便随意猥亵、污辱。南京人原以为北军入城可以少点灾难，不料火上添油，比此前何军在的时候还要淫凶，尤其是蓝衣辫发的悍卒更是无恶不作，大家只好逃入洋人教堂请求保护。洋人颇加怜惜，答应收留。当时，青年闺秀、半老徐娘也不怕抛头露面了，相继跑入教堂。无奈教堂狭小人多，容不下这么多妇女，先到的还可以促膝并坐，后到的只有挨肩立着。那辫发兵追到教堂外面，只能遥望窃视，终究不敢强行闯入。北军要杀就杀，要夺就夺，要抢就抢，要奸就奸。第一天已是淫掠不堪，第二天更为厉害，到第三天简直是明目张胆，尽情抢砸民商的箱柜，连幼女老媪也要受他们的糟蹋。想当初扬州十日，嘉定三屠，也不过这般血幕！
张勋、雷震春二军在南京城内淫掠三日后，才有军令到来，严禁扰民，违令者斩。第四日，张大帅入城，士兵一个个都遵规守令，不敢再胡作非为。当时，南京人民都怀疑士兵劫淫三日的行为是受张勋暗示。其实张勋在城外，并非没有下军令，不过所有部众都阳奉阴违。直到抢劫两天后，外国医院内一个叫马林的医生，实在看不下去，跑到城外报告张勋，劝他尊重人道，严申军诫。张勋当时还说部属不至于那样，只派兵官入城弹压，再颁禁令。这时，全城居户已经十室九空，所有妇女人等，或死或逃，掠无可掠，淫无可淫，自然应令即止了。冯国璋也率军进城，当即会同张勋、刘冠雄、雷震春联衔告捷，电致北京政府。当天晚上，就接到袁总统的复电，免不了对所有将领加官晋爵，同时下令严捕乱党首领。接着，袁总统又发来两封电报，一是免去程德全江苏都督一职，一是任命张勋为江苏都督。张勋喜如所愿，当然快慰。只是南京百姓受了张军的荼毒无从控诉，只能自认倒霉。然而，就在这场掠城的暴行中，却有三名日本商人也被杀害，日商也被抢掠。日本政府岂肯善罢甘休，立即向中国政府提出严重交涉，一要政府谢罪，二要严办凶犯及当地官员，三要重金抚恤及悉数赔偿。袁总统忙令李盛铎南下调查，酌量赏恤；并命张勋速查凶手，从严治罪，同时面向日使道歉。
此事一出，张勋也觉得不安。而且冯军入城，秋毫未犯，南京人多慕冯怨张。于是，张大帅也易威为爱，特派宣慰员十多人挨家挨户去道歉，并下令凡有收藏人民衣物的，限三日内缴至商会，逾限不缴，查出以军法处治。第二天，就有衣物被抛弃在路边。商会命失主认领，哪知所有物件都是些敝衣粗服、旧铜烂铁，不值多少钱。小户人家出去检认，还能找到几件；富家大户仍然一物没有，只能空手而归。
冯国璋、刘冠雄二人奉命回任，雷震春代任巡阅使。江苏民政长改任韩国钧，并督办皖北、江北剿匪事宜。东南一带暂时平静。
四川陆军第三师师长熊克武响应东南，占据重庆，宣告独立。熊本打算顺流而下，联络湘军，进窥湖北。不料，湘军已取消独立，湖北边防又很坚固，几乎无隙可乘。于是，熊克武派弟弟熊克刚带领党徒，携款到湖北，动员宜昌、施南军队。熊克刚行经巴东县时被驻防的第十团二营军队抓获，营长殷炯立即上报。黎元洪下令，把这些乱党就地正法。袁总统听说熊克武叛变，忙命黎调军西征，并会合云南、贵州、湖南三省助剿重庆，四川省都督胡景伊也遣兵出击。小小一个熊克武，怎能敌得住五省人马？熊克武只好电告川省，自请求和。四川都督勒令交出乱首，才代为调停，熊克武不从。川军于是进逼重庆，贵州省都督唐继尧也派了混成协一队援川。熊克武孤危得很，忙派人四处活动，仍没什么效果，只有川边经略使尹昌衡的部下，军法局长张煦被熊勾结，准备起事。尹昌衡正出师驻边，留张煦驻丹巴县，照顾饷械。张煦趁机鼓动众人响应熊克武，还自称川边大都督北伐司令，将所辖的两个营和渝中三千余党羽编成混成旅，从丹巴日夜兼程返回泸城，攻入观察使颜镡署中。尹昌衡的父母以及一妹一妾也在泸城，均被张煦软禁起来。张煦致书尹昌衡，迫令他反抗中央，声称如有不从，便屠戮他全家。
尹昌衡得知警情后，立即率领数骑奔回泸城，行至泸定桥时被张煦兵截住。尹一看，原来该兵管带是周明镜，便大呼道：“周管带，你为何反抗中央？”周明镜见是尹昌衡，也不敢抗拒，挺身上前，行过军礼才答道：“都督前来，莫非还不知道独立的事？”尹道：“我正为独立而来，须知螳臂当车，不屈必折。试想东南数省，彼也讨袁，此也北伐，眼下听说都已失败，难道我川省一隅，能独立起来吗？昌衡是本省人，做本省官，不忍我故乡父老、旧部弟兄同归于尽。所以孤身来此，与诸君讲明利害，听我今日，否亦今日，请你等自酌！”周明镜慢慢答道：“都督嘱咐，不敢不听，请都督入营少憩。”尹便驰入军营，又对众士兵道：“弟兄们来此当兵，在家的父母妻儿，今朝盼望你做队长，明朝盼望你做团长，此后还盼望你连步升官，光耀门楣。岂可为了一时意气，自投死路不顾家室？今日的事情与前日亦大不相同，前日是满人为帝，始终专制，不得已起革命军；今日是共和时代，总统是要公举，做了总统也是有年限的，任满便要卸职。何况现在的袁总统还是临时当选，不是正式就任，就是他违法行事也不过几月而止，大家何苦发难，弄得身家两败。而且五省人马相逼而来，眼见得寡不敌众，徒死无益，空落得父母悲号，妻子痛泣！”说到这里，几乎哽咽不能成声，泪也随之而下。众兵士听了此话，不由得被他感染，全都垂头暗泣。尹昌衡又朗声道：“我言已尽于此，请弟兄们自行酌夺，信我尹昌衡的就站在左边，信他张煦的就站在右边。”大家都走向了左侧。尹昌衡立即发令东进，并将所说大意录述成文，到处张贴。
行了大概五里地，又遇到赵城、王明德率兵前来。尹昌衡命周明镜出马晓谕，力陈利害。赵城、王明德不肯服从，命部众开枪，哪知部众已经离心，多是面面相觑，不肯举枪。等赵、王再下令时，部众竟驰过了桥，投入尹军军中。尹原打算督领过桥，不料骤雨倾盆，天色昏黑。忽然传来一声怪响，好像天崩地塌一般，尹急忙命前队探视，原来是桥梁木板被敌人拆断了。尹昌衡立即命兵众修搭桥梁，渡桥追敌。
到了第二天早晨，赵城和王明德被擒获。尹昌衡与二人本是熟识，也不细问，就将他们斩首，枭示军前。等尹军赶到泸城时，川边大都督北伐司令张煦已逃之夭夭，不知去向了。幸亏尹父母家属不曾被害，总算骨肉团圆，合家庆幸。尹昌衡悬赏万金缉拿张煦，又电达北京，详陈泸城肇乱及戡定情形。
熊克武失去了臂助，愈加惶急。贵州省都督派遣的黄毓成有意争功，步步进逼，历拔綦江、熊家坪诸要隘，进捣重庆。川军也自西向东，日夜兼程。黄毓成听说川军马上就要到了，昼夜攻扑。熊克武料到孤城难保，竟夜开城门，独自逃生。贵州军一拥入城，除揭示安民外，立即电京报捷。袁总统自然心慰，免不了照例下令，授黄毓成勋五位。
后来，袁总统又命黄毓成为四川重庆镇守使，川境也一律肃清。不到两个月，革命军完全失败，所有革命人士都被袁政府斥为乱党，并下令通缉。此外，河南新蔡县、浙江省的宁波和广西的柳州刚起来独立，就被政府军镇压了下去。
