顺治二年五月初十，南京城里已是处于失控的状态。连日来警报迭至，先时传明镇海伯郑鸿逵等以舟师大军驰援至南京附近，驻守于瓜洲、仪真和清军相抗，让城中军民的情绪为之一振。因为南京的官员早就知道郑鸿逵和其兄长郑芝龙在江浙和福建一带雄踞多年，拥有舰船几千艘，兵将数十万，而他们的舰船长年横行于海上，对擅长于海战的西夷荷兰都屡战屡胜，每艘舰船上都装备有数尊红夷大炮和数十尊佛朗机炮，火力大得惊人。有这样的大军协防南京，南京的军民自然是放心不少。但紧接着就传来郑鸿逵大军遭到清军水师偷袭而败往通州的消息，这坏消息几乎完全摧垮了人们的意志，以至于城内开始大乱。而当清军已达镇江的消息传来后，街面上更是出现了许多的抢劫事件，一些明军也参与了其中。
这日夜里，已如热锅上蚂蚁的朱由崧令太监韩赞周将马士英和阮大铖急招至宫内御书房。当马士英和阮大铖见到头发凌乱，正在书房里来回走动的皇上时，所有的侥幸和希望都化为了乌有。
见马士英阮大铖正要叩拜，朱由崧不耐烦地摆手制止，而后走至二人跟前，用一双急切的眼睛盯着马士英问道：“现今清军已至镇江，守和已无一可言，朕决意御驾亲征，济则可保社稷，不济亦可全身。你等看是远往云贵，还是近去武林？”
马士英一听此话，顿时感到从南京脱身而走的良机已到，连忙跪下启奏道：“皇上圣明。皇上若是御驾亲征，依臣所见，此事万不可张扬。现忻城伯提督南京，军权尽在其手，然臣观赵之龙已显降清之意，若将亲征之事告知于他，恐皇上走之不成。不若密带皇眷和绝少文武向往芜湖，那靖南伯黄得功一片忠心，可保陛下无虞，届时他事再为谋之。”
朱由崧觉得马士英的主意不错，于是赶紧叫王世礼和韩赞周传下密令。至二鼓时分，朱由崧束装跨鞍，携太后、姚妃等内眷，随着马士英阮大铖等和百余名御林军，偷偷从通济门出得南京，径奔芜湖而去。
那马士英虽说贪贿弄权，倒也长着一双识人之眼。忻城伯赵之龙在清军攻破扬州后，果不其然地就谋划着降清之事，但碍于朱由崧仍在南京，若是降清必然要将其缚往清营，赵之龙正纠结着如何既不落下千古骂名又能顺利降清之事，以至于坐于大轿中的他因踌躇思虑而没有觉察到今天的上朝鼓并未被敲响。
当赵之龙走进皇殿之前，已闻得大殿内人声鼎沸，走进殿内一看，只见一班文武正在交头接耳地议论着，台阶之上，哪还见皇上的影子？就连平日朝会上站于皇上身边的太监，也消失得无影无踪。
赵之龙赶忙向身边的官员打听，方知朱由崧已经离开了南京，据防守城门的将领禀报，今日凌晨阮大铖拿着圣旨率百余人出了城门。
正在议论纷纷的官员，当确知朱由崧已弃满城军民逃离时，一时大哗，官员们纷纷离朝而去。赵之龙见此，急忙将还在朝堂的几位将领唤到一起，对他们进行了一番布置。
此时南京的百姓也听到了皇上已经离京的传闻，一时间男女蜂拥出门，扶老携幼者不可胜数，更有那小脚妇女，金莲踯躅，跬步难行，各城门处均人潮汹涌，被挤之倒地者哀声盈野。
时近午时，各城门守军接到赵之龙的命令将城门关了起来，同时城内各处也贴满了安民告示，明军也自各个营中来到街边巷里，进行维护，赵之龙令手下将几个被抓到的抢劫人犯绑至街市斩首示众，民心才得稍安。
数日之间，赵之龙及一帮勋戚和文武大臣就和清军达成了开城投降的事宜。一些官员和士人，闻之将降，纷纷闭门不出，也有一些自杀殉国。越其杰、袁枢等就绝食于家中，更有一乞丐者于百川桥上题下一诗，而后跳桥而亡。其诗曰：
三百年来养士朝，如何文武尽皆逃？
纲常留在卑田院，乞丐羞存命一条。
顺治二年五月十五日，雷电轰鸣，暴雨如注。正午，南京城的洪武门被徐徐地打开，忻城伯赵之龙率魏国公徐允爵，保国公张国弼，隆平侯张拱日，临淮侯李祖述，怀宁侯孙维城，灵璧侯汤国祚及大学士王铎，礼部尚书钱谦益等一班勋戚和官员手捧舆图册籍冒雨淋漓褰裳地跪于城道两边，恭迎着豫亲王率清军进城，明朝的南都陷落。
自扬州被清军攻破后，多尔衮就料到南京被攻占就是早晚的事情了。因为各种线报表明，那朱由崧就是一个骄奢淫逸，只会享乐的昏君；而马士英阮大铖又党同伐异，与东林党那班大臣势同水火，相互倾轧；各处明军多数也是只会欺压百姓，而在清军面前消极避战，只图自保。但如此之快地拿下南京并且是不战而下还是多少有些出乎他的意料。
由于攻克南京这件天大的好事，顺治皇帝传旨在这天举行专门的“御前听政”，这日早晨，身穿八团龙服的多尔衮很早就来到了太和殿，三院六部的一班满汉大臣见摄政王来了，赶紧列班站好，同摄政王一同等待皇上的驾临。正在等待之际，只见一人从大殿外进得门来。此人进来后，首先向站于右边的汉人大臣拱一拱手，随即往满蒙大臣的班中走去，多尔衮定睛一看，原来是礼部右侍郎孙之懈，只见他身着满官朝服，顶带下拖着一根细长小辫，有些得意地迈着八字步想站入那满蒙大臣的班中。可那班满蒙大臣恃着傲气，将孙之懈推了出来。孙之懈露出苦笑，只得又走向汉大臣班中，此时汉班中的冯诠、李建泰等一些降清的明朝官员还是明朝服饰，见孙之懈如此下贱邀宠，于是个个紧紧相靠，让他不能进得班中。正在孙之懈进退不得、万般尴尬狼狈之时，忽听得一声高叫：“皇上驾到！”
只见福临在两位宫内太监的引导下，进到了大殿之内，然后在太监的搀扶下慢慢坐上了大殿正中的宝座。
众臣见皇上坐定，赶紧一起跪下高呼道：“吾皇万岁，万岁，万万岁！”
那孙之懈由于没有入得班中而一时竟手足无措，于慌乱时偏偏又被正在下跪的一满臣的胳膊肘给绊了一下，一时收脚不住，从后面趔趄着奔到御前，结结实实地摔了一个“狗吃屎”，痛得趴在地上“哎哟，哎哟”直叫。
福临本是年幼小儿，哪里见过如此好玩之事？此时看见一个老头在自己面前摔得鼻青脸肿，于是拍掌大笑道：“真是好玩，真是好玩！”
跪着的大臣们见孙之懈在朝堂上突然跌倒而丑态百出，原本想笑，可忌惮于皇上和摄政王威仪，俱强忍着不敢出声，此时见皇上如此，也都发出了哄笑之声。
趴在地上的孙之懈见群臣都在看自己的笑话，心中已是恼羞成怒，但此时不敢有丝毫表露，于是赶紧装出一副无所谓的神情，向大笑不止的福临叩头道：“皇上大军攻克福藩窃据的南京，乃大喜也！”接着将眼睛看了一看两边跪着的大臣自嘲道，“小臣能博得皇上开怀，亦是喜上添喜。”
这家伙什么无耻的事都做得出来，说得出口。站着的多尔衮从心里鄙夷孙之懈，虽见孙之懈的丑态令人发笑，但他还是控制住情绪，神情严肃地走至御前奏道：“皇上，奴才等还有要事启奏。”说着将眼神扫向站于福临右边的太监李晟。
李晟见多尔衮眼中露出一股寒凌之气，立即感到心中发怵，于是赶紧大声唱道：“众位平身。”
