“墨菲斯托让你来的？”
“是的，他让我把这封信交给您。”
一些组织试图抓住布鲁斯·班纳，他们想要搞清楚布鲁斯·班纳能够变身土黄色巨人的原因。这其中就包括了以X教授和万磁王为首的兄弟会。兄弟会是一个十分古老的组织，它成立于第三文明纪元末期，而现在则是第五文明纪元初后期。这是一个比成立于第四文明纪元中后期的神盾局都还要古老的组织。兄弟会的创始人叫做萨姆，他本是一个街头混混，但是却被一个名为“天神”的外星种族中的一个名为“贝利亚”的邪恶科学家抓住，并成为了这个邪恶科学家的无数个实验品之一。实验最后成功了，萨姆获得了强大的力量，他化身死亡使者，杀死了所有贝利亚的手下和失败品，并带领着其它成功的实验品回到了地球。无数年后，贝利亚大闹地球，为了对付贝利亚，萨姆组建了兄弟会。但是很可惜的是，兄弟会依然没有成功阻止贝利亚的恶行。第三文明纪元最终灭亡在了贝利亚手中。在第三文明纪元的灭亡快要到来的那一段时间，萨姆制造了一个小型空间，并让一些兄弟会的精英成员进入了其中。这些人成功抵达了第四文明纪元初期，并在第四文明纪元的世界中逐渐发展壮大。
兄弟会中的某些人似乎想要脱离组织，自己出来单干。但他们的心思被人猜透，这些人被囚禁了起来，等待最终的审判。但他们依然逃了出来，他们坐着飞船一路去往了遥远的土星。但他们没有抵达土星，他们的飞船坠毁在了泰坦星之上。他们遇到了正被“邪恶的永恒一族”统治的泰坦星当地土著。这些土著的首领叫做塔纳托斯，他的儿子叫做萨诺斯。塔纳托斯接待了这些来自遥远的未知的星球的来客，并希望他们能够帮助自己等人。最终这些泰坦星土著在地球来客的帮助下推翻了永恒一族的统治，而地球来客们为了解救那些类似于曾经的泰坦星土著的种族而成立了一个名为“神盾局”的组织。这个组织最开始不叫做神盾局，而是叫做圣盾兄弟会，但后来为了有别于兄弟会，于是在多次更名后终于改成了“神盾局”。而此时刚好是第四文明纪元的中后期。第四文明纪元最终灭亡于星际霸主亚当手中，而亚当也和第四文明纪元一起逝去了。他的一缕残魂化作收藏家亚当，到处收藏来自过去的文明纪元的遗物。
兄弟会和神盾局都抵达了第五文明纪元初期，并一直不断地发展着。而现在，兄弟会一直在收拢着那些天生拥有特殊能力的异人和后天被动激活自身特殊能力的异人，这些异人大多数都不受世俗之人待见，处境十分堪忧；神盾局受到世界各个国家的支持和制约，建立了诸如穹顶、立方、豪宅以及深空等监狱用来关押那些强大的罪犯。其中穹顶又叫做地心城市，位于一座庞大的死火山之中；立方又叫做立方体迷宫，被放置于广袤的撒哈拉沙漠之中；豪宅又叫做深海要塞，位于马里亚纳海沟深处；深空位于水星的“卫星”众神殿旁边，所以又被称为“众神殿守护者”。
众神殿由活到第五文明纪元的萨诺斯建造，其中摆放了诸多他的同伴的遗骸，也包括了他的父亲塔纳托斯的遗骸。萨诺斯一直在寻找如何复活他父亲塔纳托斯的方法，甚至愿意为此付出一切代价！无数大能猜测，第五文明纪元极有可能会灭亡在萨诺斯之手，但是没有一个人愿意出手对付萨诺斯。
第五文明纪元最开始的时候，地球上的人类受到来自仙和神的统治，此时兄弟会和神盾局都没有出世。后来，兄弟会和神盾局相继出世，打跑了仙和神，使得地球上的人类获得了自由。在那以后，无数的组织相继建立，但很少有能撑上一段时间的。过了无数年后，也只有神矛局、天锤局、红色闪电、人民保卫力量以及黄道十二宫这五个组织一直存在着。
其中神矛局受神盾局影响很大，他的创始人张衡建造了一座浮空山，并取名为蓬莱，神矛局的总部便位于蓬莱之上。天锤局创始人叫做诺曼·奥斯本，是奥斯本集团的创始人，他的儿子小诺曼·奥斯本却成为了致命的恶棍绿魔。绿魔组建了天行者，这是一个实力强大的杀手组织，他们认为自己是在“替天行道”，却不知他们只是在“草菅人命”！红色闪电的创始人叫做詹姆斯·巴恩斯，他是一个来自遥远的赛博坦星球的外星人，当他抵达地球后，他便逐渐开始拥有了强大的力量。当时的他只是一个小孩儿，在受到了来自红色政权的全面洗礼之后，他成为了红色政权的支持者之一。为了剔除红色政权中的不坚定之人，他成立了红色闪电。而当红色政权彻底被瓦解之后，他便带着红色闪电开始在全球范围内打击犯罪。人民保卫力量最初只是一群山贼，他们的创始人是十兄弟，一对十胞胎，个个都有着强大的力量。这群山贼在被招安之后，便将名字改为了“人民保卫力量”，由华夏最高领袖统帅。黄道十二宫最开始只是一个杀手组织，但是当天行者出现以后，其他的杀手便越来越不好混了，于是黄道十二宫众人便跑去当起了雇佣兵。如今，黄道十二宫是地球上最强大的雇佣兵组织，没有之一。
爱德华背着长弓开始做起了城市英雄，“死亡射手”这个称号便被不明真相的吃瓜群众安在了他的脑袋上。不久后，死射爱德华接到了来自神盾局的邀请，但他拒绝了。神盾局没有放弃，多次派人接触爱德华。
惩罚者弗兰克在捣毁一处“枪手帮”的据点的时候遇到了手和会派出的兽，在一番缠斗之后，弗兰克被兽杀死。弗兰克的尸体被放进了停尸间，而他的灵魂则进入了天堂。但天堂不愿意接纳弗兰克，认为他杀戮过多，没有资格进入天堂，于是弗兰克被踢进了地狱。而当弗兰克进入地狱后，他发现这里到处都是罪人。于是弗兰克重操旧业，一路杀杀杀，直到杀得地狱十室九空。这时地狱三魔头之一的墨特终于坐不住了，他试图杀死弗兰克，但他最终死在了弗兰克手中。弗兰克的灵魂沾染了神血，发生了本质上的变化，成为了一个新神预备役。他从地狱中走出，重新回到了人间，只为扫荡世间一切罪恶。而墨特死后，他的灵魂一分为三，邪恶的那一部分依旧叫做墨特，善良的那一部分则自称为巴尔，而最后那一部分则进入人间投胎去了。
