铜墙铁壁坚固的暗夜地下关押室中，三个暗夜死士士兵从天而降，以无穷的力量瞬间不到两分钟的时间打败了看守员们，把一个犯人劫走了，称他为华宇少爷
柯林觉得张侦探员可能是自己的亲身父亲，所以她一直在很激动的查探着，看是谁把她放入的孤儿院可是汪琦知道这件事背后的答案却又不能多说些什么。
神秘特工队接受了关于暗夜劫人的案子，并且从中了解到暗夜士兵由刘浩明的血清已经解决了会防毒的问题，也就是说现在的暗夜死士士兵已经不会中毒，暗夜实验室又重新开始。
汪琦决定要尽快找到何岩和这些暗夜死士士兵以免犯罪进一步扩大，同时汪琦也找来一个人回来帮忙，以彼之道还施彼身，这人就是杰森。杰森重新以不同的身份进入神密特工队，想和大家一起合作解决这个案子，杰森不明白他的能力会用到什么地方，汪琦告诉他会用在适当的地方。蒙思和柯林帮助杰森测量一些身体的状况，不明白他之前是如何稳定下来毒扩散的速度，汪琦告诉他们是他们原来设计的枪打中了杰森稳定住了血清，从而救了他，但是蒙思和惠子羞愧不已。蒙思和惠子重新为杰森设计了一套战服，以助于他能更好的的发挥力量而投入战斗，这时候汪琦已经查到关于暗夜实验室的具体位置开始行动。
柯林感谢冰也帮她找寻失散多年的父母，顺便柯林把监狱的探监的录像调出来，从而知道了这件案子和千里眼有关系。汪琦和杰森来到暗夜实验室，想要制造更多的防止暗夜士兵的迷香，并且准备开始正面迎击暗夜死士。
在实验室中，暗夜士兵与神密特工队正面战斗，汪琦受了很严重的伤但是同时也制服了一个暗夜士兵，但是主谋用电脑控制暗夜士兵的死亡开关而杀死了他。
就在暗夜士兵死亡前的录像中，汪琦和杰森发现了没注射血青剂却还没有死的何岩，他们都认为何岩是他们通向第三阶段的钥匙。何岩问为什么自从上次Y车站见惠子一面以后就再也没见过，汪琦鼓励何岩让他有勇气重新面对惠子。何岩好不容易鼓足勇气给惠子打电话，却发现暗夜的人就在惠子旁边并提出人质交换。可就在人质交换过程中，他们发现，暗夜的目标并不是惠子而是死过一次的何岩，汪琦很内疚决定回头救出何岩的时候，实验室发生了爆炸，何岩在支离破碎的碎器片中消失了，待汪琦和其他队友反应过来的时候，何岩已经不在了，他被暗夜的死士绑架带走了。
