神奇宝贝卡洛斯地区
卡洛斯联盟结束之时，闪电队的阴谋终于展开，无数巨大的异常藤蔓席卷城市，在小智和艾岚的合力下，打败了闪电队头目弗拉达利的神奇宝贝，可是却让弗拉达利趁机逃走。
另一边，莎莉娜和玛侬在博士布拉塔诺和丰源冠军大吾的陪同下，在闪电队的基地里找到了玛侬的哈力栗，可是在调查巨石的时候，巨石突然出现异常，把哈力栗吸进体内，并且变成了基格尔德的模样。
现在巨石版基格尔德正朝着百刻市前去，目的是为了吸收之前从宇宙掉落在那里的，巨大结晶体的能量，一旦两者相遇并且融合，整个地球都会被毁灭。
听到这个消息，小智等人决定阻止这样的悲剧，于是跟艾岚等人一起前往巨石基格尔德的所在地，阻止它继续前进，而莎莉娜他们也一直跟在巨石基格尔德后面，放出神奇宝贝尝试阻止，等小智他们过来。
没过多久，小智等人坐着飞机赶了过来，也放出神奇宝贝加入战斗，但从巨石基格尔德生长出来的藤条令他们无法接近，救出在里面的哈力栗，小智版甲贺忍蛙在众多神奇宝贝的协助下，用水手里剑标出了哈力栗目前的位置。
神奇宝贝们朝水手里剑的方向前进，但始终无法接近巨石基格尔德本体，反而被藤蔓抓住，幸亏卡洛斯的道馆训练家们，和卡洛斯冠军卡露乃及时赶到救场，众人一起商讨对策。
“主人，我们要这么等着，不帮忙吗？”在安全的悬崖边，希卡露看了看下方的战斗，询问旁边的墨莎“还是没到时机？”
“还没到时机，等他们把哈力栗救出来后，再出面帮忙吧。”墨莎点头，看着下方的小智，勾起笑容“是小智的话，不会有问题的，只是……”
墨莎抬头看向在实时直播的火箭队，无奈道“得想办法，把这直播关了才行，虽然这个世界是我的管辖世界之一，但我们的存在，还是不要让太多人知道比较好。”
“我们明白，等会主人要出面的时候，我会把他们的直播关了的，请主人放心。”莜栖出声道。
“嗯。”墨莎点了点头，看向准备战斗的小智等人，轻笑“小智，要加油哦！等你们救出哈力栗，剩下的，就交给我吧。”
小智等人商量好对策后，一起朝巨石基格尔德前进，在道馆训练家们和冠军等人的协助下，小智和艾岚顺利进入巨石内部，小智掩护艾岚去救哈力栗，自己和神奇宝贝们留下对抗巨石内的结晶体。
在小智的掩护下，艾岚终于救出了哈力栗，两人和神奇宝贝们逃出了巨石基格尔德，而巨石基格尔德没有了哈力栗，也停下了前进和攻击的动作，待在原地不动了。
哈力栗救回来了，剩下的就是把巨石基格尔德毁灭，神奇宝贝们一起发动最大绝招攻击巨石基格尔德，后者倒下后，却突然又站了起来，原来是弗拉达利控制了巨石基格尔德，继续他的计划。
“莜栖，让直播停下来吧。”墨莎突然开口，莜栖点头应道“是，主人。”
在安全角落实时播报的火箭队，突然有人凭空出现，两人一猫抬头，一个陌生的女性对他们笑道“不好意思，接下来的情况，我不能让你们泄露出去了，所以，请你们先睡下吧。”
说完，火箭队便直接昏倒在地，喵喵手上的摄影机，也被来者关机了，随后火箭队被来人传送到了其他安全的地方，远离了战斗。
弗拉达利操纵着巨石基格尔德发出巨大的能量波，瞬间摧毁了大部分土地，而众人与神奇宝贝在光墙的保护下，虽然没有被消灭，但多多少少受了伤，但他们没有气馁，而且选择继续战斗，为了保护世界，他们不会倒下。
“你们做的很好了，谢谢你们，撑了那么久。”这时一个声音插了进来，打断了战斗，众人闻声望去，只见三名手拿武器的少女，围着中间穿白色连衣裙的女性，戒备的看着弗拉达利。
“你是……墨莎姐姐！？”小智认出了墨莎，顿时惊讶道。
“小智，好久不见，你变强了。”墨莎走到小智面前，抬手摸了摸他的头，又看向皮卡丘“好久不见了，皮卡丘。”
“皮卡皮卡！”皮卡丘高兴的叫了几声，这时小智想到现在的情况，急忙道“墨莎姐姐，现在不是说这个的时候，这里危险，你赶紧离开这里吧！”
“我是来帮你们的，为什么要走呢？”墨莎笑了笑，转头看向站在巨石基格尔德头上的弗拉达利，抬手指着他，轻声道“毁了巨石，抓住他。”
“明白！”希卡露和夜弥手持武器向巨石基格尔德冲去，众人震惊了，小智慌道“墨莎姐姐，她们……”
“别急，小智。”墨莎笑着拍了拍他的头“她们两个……不是普通人哦！”
于是众人便看到了前所未有的一幕，夜弥的死神之镰一挥，伸过来的异常藤蔓瞬间粉碎，并且没法再生，而希卡露踩着藤蔓冲到弗拉达利面前。
在他惊慌失措的目光下，希卡露狂妄一笑，抓着弗拉达利的领口把他扔了下去，下方的莜栖挥动权杖，用藤条捆住了弗拉达利，并把他手上的装置拆了下来。
希卡露跟下方的夜弥对视一眼，圣剑和死神之镰挥舞，巨石基格尔德被直接摧毁，并且是粉碎性的，由于墨莎的介入，弗拉达利的阴谋就这样被终止了。
“主人。”莜栖拿着装置走向墨莎，将装置递给她，后者接过后看了一眼，便转头看向小智，笑道“小智，你把这个毁了吧。”
“啊，好。”小智愣了一下，点了点头，看着墨莎把装置抛向空中，命令皮卡丘和小智版甲贺忍蛙用绝招攻击，摧毁了装置。
“那么现在……该轮到你了。”墨莎垂眸看着地上的弗拉达利，后者撑着地面，脸色愤恨“你到底是谁？凭什么破坏我完美的计划？！”
“我是谁其实并不重要，重要的是……”墨莎蹲身看着他，淡淡道“没有我的允许，谁都不能破坏和毁灭这个世界，无论是谁。”
“呵，你是什么身份，敢这么说话？”弗拉达利不屑一顾，嘲讽道。
“基格尔德。”墨莎没有正面回答他的问题，而是起身叫了基格尔德，两只小软从柚丽嘉怀里跳出，蹦跳着来到墨莎面前，恭敬的对她鞠躬“拜见帝王。”
