得知了8th的日记能力是通过博客日记的主服务器增加日记持有者，雪辉、秋濑等人把“战场”选在了离手机信号塔很近的高坂家。
原以为只要切断信号，子日记持有者便不能使用未来日记。这时，一直追踪雪辉的由乃突然出现，而更让人意外的是来袭的爱和马克是真正日记持有者7th，他们引爆高坂家，并夺走了雪辉和由乃的日记。
在雪辉决定要变强时，爸爸的出现让雪辉非常开心，但他并非单纯来看望自己的儿子，而是和11th达成协议要毁掉雪辉的手机为自己还债。
7th从由乃的未来日记上看到有11th?的消息便威胁雪辉带着爸爸来到樱见塔。7th拿出两部假的手机作掩护，但还是被由乃发现，她直接冲到手拿捧花的爱面前抢回手机，此时，樱见塔在另一位日记持有者的引爆下崩坏。
7th带着雪辉的爸爸逃到塔顶，准备用降落伞逃跑，由乃和雪辉紧随其后，按照由乃的计划，他们将爱打伤并挟持为人质。混乱中，雪辉的爸爸抢到降落伞逃跑，降落时被雪辉的妈妈看到并追上去询问雪辉的情况，为摆脱纠缠，雪辉的爸爸把妈妈杀死。
作为苦工，周雅收下了雪辉妈妈的灵魂，而马克把埋在废墟下的爱，雪辉和由乃救出，他抱着死去的爱葬身樱见塔，雪辉和由乃顺利逃出，于是周雅背包儿里又多了两个灵魂。
一年前，由乃就已经暗中观察雪辉。为准备文化祭，老师让雪辉和他将要表白的对象若叶一起去采购，由乃扮成兔子人偶从中阻拦，看到若叶拒绝了雪辉，才放心回家。
而等待由乃回家的则是被自己关在笼中不知不觉死去的父母。回到现在，为找出爸爸杀人的证据，雪辉跟踪爸爸到神社，就在爸爸表明从新做人时，突然有人冲出杀死爸爸，为救死去的父母，雪辉决定要成为神。
周雅也不好打扰雪辉的决定，因为已经下定决心帮他了，如果自己这时出现告诉他，她可以复活他父母与其他人的话，那么神的宝座或者说时空王的灵魂，可能与周雅失之交臂，所以周雅什么都没做。
樱见市市长以涉嫌藏匿毁坏樱见塔主犯为由解除母亲之家，其实，他就是为了得到8th日记的11th。
为保母亲之家，8th和雪辉联手袭击11th，可雪辉是按照由乃的剧本与8th结盟并故意掉进11th的陷阱，背叛了8th。绝望的8th坐上了11th的车逃跑，由乃和雪辉一路追赶。就在由乃将要击毙11th时，秋濑赶来告诉雪辉了一个关于由乃身世的秘密。
不过周雅没有功夫看这些，因为她正从那些灵魂之中挑出那些猪脚记得住的人，因为这是他成为神后要复活的人，虽然周雅已经达到银月级，但是要挑这些灵魂还是得费一番功夫。
虽然雪辉听到这个秘密很震惊，但他还是选择相信秋濑口中这个假冒的由乃，二人逃跑。11th企图利用8th的日记和?holonⅢ让樱见市市民全部变成子日记持有者，建立起由预知能力者组成的王国。
得知计划的9th极力阻止，可她没能逃过11th日记的监视，在四方塔上破坏holon时，西岛为救9th而死亡。另一边，以9th行动为诱饵的雪辉和由乃也进入四方塔开始了行动。
由乃救出日向等人后找到8th，但因秋濑的保护，她未能杀掉8th。而被雪辉和9th追杀的11th躲进我妻银行的双重门里，想要打开大门就需要由乃父母，由乃和11th视网膜认证才行。
9th要杀死雪辉，最后她引爆了心音炸弹，9th死亡但是对大门一点作用也没有。这时由乃赶来，她让雪辉去毁掉南塔的holon，自己留下了对付11th，让11th意外的是这个“冒牌”由乃居然打开了大门，11th被由乃杀掉。Deus死期将近，世界开始崩坏，8th将秋濑带到Deus面前。
周雅收到了一份灵魂，因为9th暗中被时空王救走了，因为时空王发现了……当然，这是后话了。
秋濑得知自己是Deus创造出的存在，而且自己所有的行动也都是神的意志，Deus毁灭前让秋濑回归到全宇宙记录，除非他能证明自己的存在。
在8th的帮助下，秋濑凭借自己的意志成为子日记持有者，重新回到世界。他要从由乃的手中夺回雪辉，但在由乃的怂恿下雪辉杀死了8th和日向等人，秋濑也被由乃重伤，临终之际，秋濑用手机留下一条奇怪的信息。
而作为苦工的周雅则是又收集了几条灵魂。周雅只想说，别人来到动漫世界不是休息，就是淘宝。自己倒好，当起苦力来了。
之后周雅就把自己的手机摔碎，一股巨大的力量将周雅的身体粉碎，那巨大的痛苦比毒力淬体还要疼上十几倍！这时出现，周雅的面前是两个选项，
1、退出此副本
2、死亡（可复活）
周雅选择了复活，因为神的灵魂还没有到手，这个世界里唯一最有价值的也只有神的灵魂了。
7月28日世界毁灭，在此之前雪辉决定好好爱由乃，并把happy?end提前一天。放松警惕的雪辉把自己从秋濑手机上看到的，关于由乃曾经是神，并且这个时间是从未来倒回来的“二周目的时间”的事情告诉了由乃。
这时，由乃却突然抡起斧头砍向雪辉。危机时刻姆鲁姆鲁出现，引导雪辉看过去的影像，雪辉终于知道了所有事情的真相，不过周雅，可没有功夫看那些，当时空王死了的时候，周雅己经将时空王的灵魂收集到了。
原来一直在雪辉身边的由乃是从一周目世界穿越而来并已成为了神，为了和雪辉在一起，她杀死了和雪辉同处于二周目世界的由乃并将其取代。如今由乃必须杀掉知晓一切的雪辉，这时9th突然出现救走雪辉。
Deus死前将自己一半的知识和力量托付于9th，希望她把游戏引向正确道路。他们随由乃到了三周目世界，看到这个世界受着虐待的由乃，雪辉出手相救。
雪辉带着三周目的由乃逃到学校，但仍没能摆脱由乃的追杀。一阵搏斗之后，发现自己还喜欢着雪辉的由乃不忍下手，便将雪辉置于一个没有自己的幻想空间，在这个空间里，雪辉可以实现他所有的愿望。另一方面，解除封印的姆鲁姆鲁，将赶来救雪辉的9th打的半死，由乃再次将刀刃对准了三周目世界的自己。
面对着那个对未来充满希望的自己，由乃有所动摇，同时，姆鲁姆鲁发现因果律开始混乱，所有日记持有者的未来都在发生改变?。但为了继续游戏能再和三周目的雪辉见面，由乃还是决定杀死三周目的由乃和父母，就在这时，雪辉冲破幻想空间，阻止了由乃。为保雪辉，由乃选择了自杀，雪辉成为了二周目的神，孤独的活在二周目的世界。而在三周目的世界，大家都平静的生活着，雪辉虽然成为了二周目的神，但因为二周目的我妻由乃的自杀而一蹶不振。
