后汉的灭亡与信奉道教的黄巾之变有密切的关系。同样，东晋的灭亡也跟信奉道教的孙恩之乱有紧密关系。孙恩本是琅琊人，他的家庭代代都信奉道教。叔父孙泰从道士杜子恭学得道术，在会稽一带传道，被当地老百姓奉若神明。信徒们不仅奉献财产，甚至连子女也奉上，以求多福。会稽王司马道子把他流放到广州，但是他在广州也获得了许多信徒。孝武帝听说孙泰知道“养性之方”，就把他召还。司马道子也任他为官，于是各阶层中信奉道教的人越来越多。会稽王的长子司马元显常常去拜访他，要他传授秘术。
孙泰眼见政治越来越腐败，于是煽动百姓，募集军队，计划举兵叛晋。三吴（吴郡、吴兴、会稽）官民附从者甚多。但是，事机不密而外泄，孙泰被司马道子杀害。孙恩逃到海上。信徒们听到孙泰被杀的消息时都认为孙泰并没有死，而是升天做神仙去了。于是，他们集资送给孙恩。孙恩倾力集结亡命者，以伺复仇的机会。他不时听到吴郡、会稽一带的人民因受不住司马元显的暴政而欲有所动。于是，他下令攻击浙江，杀上虞县令，袭击会稽。当时守会稽的是道教信徒、书法名家王凝之。他认为只要请来鬼兵，一切都可安然无恙，因此对守备方面的巩固并不十分用心。会稽终于被孙恩攻下，王凝之一家老小都被杀害。
孙恩占领会稽以后，各地的道教信徒都一齐起事，杀害地方官员，孙恩的声势更为浩大，兵员达几十万人。这些被称为“长生人”的军队毫不慈悲地杀戮反对者，甚至连婴儿也杀。军队所过之处都被掠夺、烧毁。跟随孙恩军队的妇女，有的还把幼儿投入水中，并声称：“你们先到仙堂等我，我马上就去！”
过没多久，东晋的平乱军纷纷杀来，孙恩等人再度逃到海上。第二年，又登陆浙江，流窜各地，逼迫建康。建康虽然没被攻下，但在各地的争夺战中，东晋的著名官员牺牲的非常多。也因此，刘裕才逐渐出人头地。最后，孙恩的“长生人”军队被刘裕等将领击退。公元402年，孙恩自杀于海上，几百名信徒追随其后投身海中。他们认为这样可以成为“水仙”。
当时，东晋朝廷已为军阀桓玄篡夺。江南一带重要地区荒废不堪，人民饥苦难忍。在这种状态下，讨伐刘恩有功的刘裕也跟新当皇帝的桓玄对立起来，最后导致了刘裕的篡晋。
