第一，甲骨文在发现初期，并没有被认为是一个重要的历史文献，并没有作为国家文物而被纳入到公共学术资源体系中，只是私人收藏品。因此，甲骨文毁坏流失的数量之大，已无法评估。事实上，早期的收藏者，如王懿荣、刘鹗、端方等，都是有着强势社会资源的人物，他们在学术界或者官场并不是没有发言权，将甲骨据为己有，要么说明他们尚未形成公共理念，要么说明他们并未特别重视。
第二，即使像孙诒让、王国维、王襄、罗振玉这样的大牌学者，也缺乏科学精神。他们还是旧式知识分子，从书本到书本，内心轻视实地踏勘，否则一定不会连个出土地点都搞不清楚，尽听古董商人的鬼话。倒是有经商才能的罗振玉最终发现了小屯，也正是这个罗振玉，在甲骨文发现初期，给出了很多开创性的判断，最终帮助他一跃成为一代国学大师。
1908年罗振玉发现了甲骨文出产地之后，由于缺乏政府保护，甲骨文开始更大规模地流向民间，从考古学的角度看，发掘现场遭到严重破坏。由于利益驱使，农民们纷纷以锄头上马，在自家田地和院落中大举挖掘，所得甲骨“往往盈数车”。全国的古董商人，包括加拿大、英国、美国、日本、俄罗斯等国的一些学者或古董商人，都加入到搜求甲骨的大军中。据胡厚宣和李济的分别统计，1899年至1928年，私掘且流向民间的甲骨数量高达10万片。这10万片甲骨虽然有不少著录出版，但大部分未能著录，且今日不知何所终，几乎所有甲骨都没有地层关系信息、出土位置信息，就更谈不上考古发掘报告了，给甲骨学研究造成了巨大的不可挽回的损失。
这种局面在1928年彻底结束。当时，中央研究院傅斯年正负责筹建历史语言研究所，他派遣董作宾考察小屯，董作宾迅速给出了明确结论——甲骨挖掘确犹未尽，且痛陈：“长此以往，关系吾国文化至钜之瑰宝，将为无知之世人私掘盗卖以尽，迟之一日，即有一日之损失，是则由国家学术机关以科学方法发掘之，实为刻不容缓之图！”
1928年，对于甲骨学，是一个极其重要的转捩，其功臣就是董作宾，董氏也将甲骨学作为其毕生投入的学问，是甲骨文研究者中影响最大、贡献最多的学者，当然，也是受到诘难最多的学者。
1928年至1937年，中央研究院历史语言研究所共组织了15次对安阳殷墟的科学发掘，成果丰硕，获得甲骨25000片（其中著名的YH127坑，一坑出土甲片达17000余片、完整龟板300余片）。更为重要的是，由于殷墟的发掘，中国终于引入了现代考古学的理论与实践，甲骨片的出土已经与其他的相关考古发掘形成一个整体，甲骨文的研究也摆脱了古文字学的范畴，而成为甲骨学。
这一时期，甲骨学成为一门时尚学问，人才济济，为数不少的研究者还具备了西学修养，创造性的认识层出不穷，堪称甲骨学的黄金时代。董作宾、郭沫若、唐兰、商承祚、容庚、陈梦家、胡厚宣，成为这一时期甲骨学者的代表。
这一时期的研究成果主要体现在：
1、断代与分期。甲骨出土众多，虽然已经大约知道乃是盘庚迁都至殷墟之后的晚商遗物，但更为细致的分期将对商史研究起到更大作用。1931年和1933年，董作宾先后给出了甲骨断代的八项标准和十项标准，后者以世系、称谓、贞人、坑位、方国、人物、事类、文法、字形、书体等区分甲骨文的所属时期，最终，甲骨文被划分为五个时期。这个分期学说目前仍旧得到沿用。
2、甲骨理化生物特征分析，通过科学分析可以得知甲骨的来源以及甲骨的整治技术。通过化学分析和生物特性比照，得知大部分龟甲来源并非于中原地区，而是福建、台湾、广东、广西、云南、海南等南方诸地。
3、通过对甲骨文契刻规律的研究，发现了商人占卜刻辞的程序、文例等很多特征。比如龟甲和兽骨上的契刻文例就明显不同。
4、深入的文字考释。由于前人已经辨释了相当规模的文字，在进一步文字考释的过程中，需要更多的智慧、更深厚的古文字功底，而这恰恰是甲骨文研究的趣味所在，读出新的字或者发现已经读出的字的问题，是颇有成就感的，那时，很多大家之间相互论战，好不热闹。这种读出新字的成就感，直到今天还吸引着一大批甲骨文爱好者，其中有一些最终可能成为甲骨文专家。
5、利用甲骨学的商史研究不断扩展和深入。事实上，作为商代的文献，甲骨文的终极价值当然是商史研究，然而，由于直到今天，甲骨文的性质实际上还很难讲清楚，甲骨文还不能被系统通读，也就严重制约了甲骨文在商史研究中的广泛运用。
1937年至1949年，战争使得国人自主的科学发掘停滞。
新中国成立后的第二年，1950年的春天，中科院考古所（后转入社科院）即展开了新的科学发掘。最大批量的收获分别是1973年的小屯南地甲骨出土和1991年的花园庄东地甲骨出土。建国以来，共出土甲骨6000多片，其中有字的完整甲骨400多片。另外，新中国在殷墟以外的其他地方还发掘出商代甲骨，并且，还发现了早于和晚于商代的甲骨。
