动植物保护体系建设，涉及工程技术、组织管理、社会服务、机制变革和技术创新等内容，是一项庞大的社会经济系统工程。其核心内容是实施植物保护、动物保护和水生动植物保护三大工程。我国植保工作，明确提出了两大突出问题：一是病虫监控预警体系不够健全、病虫防治手段落后、外来检疫性有害生物检疫能力较弱、农药安全性管理和基础条件差距明显；二是农药管理存在农药产品质量不高且利用率低、病虫抗药性增强造成防治难度加大，植保机构管理体系不健全和农民科技素质差以致农药保用水平低等问题。这两大“病因”，显示出搞好我国植物保护工作的艰难和迫切性，这也是农业部决心启动植保工程二期建设的原因所在。
国家将重点投资建设重大农业有害生物预警与控制、优势农产品有害生物非疫区建设、农药与农械安全监管、有害生物治理综合示范和技术创新与支撑等五个领域。看得出，这是一个全方位建设的大工程、实工程。
动物保护这一块，既是保证畜禽养殖业持续增长的关键措施，又是保障食品卫生安全的有效手段，还是增加农民收入的重要来源。
与前两个工程不同，水生动植物保护在我国是一项始于上世纪80年代后期的新型农业保护体系。特别是1998年开始针对我国水产品出口贸易不断受阻和水产品药物残留日益严重的形势，国家开始实施《全国渔业动植物保护工程》，取得了很大成效。由于起步晚，保护体系还不健全，基础设施也薄弱，远远滞后于我国渔业发展和公众健康安全需要。该工程规划建立健全适应我国渔业发展的水生动植物保护体系，使我国水生动植物防疫能力显著提高。
实施“三大工程”，重点在于完善六大基础系统。它们是：重大病虫害监测预警系统，动植物病虫害防治系统，动植物病虫害检疫监督系统，农药、兽药安全使用与监控和残留监测系统，动植物保护技术支撑系统，动植物保护物资保障系统。
（四）农产品质量安全体系
农产品质量安全，是当前政府重视、社会关注和全球瞩目的热点问题，也是农业发展新阶段，提高人民生活质量和提高农产品国际市场竞争力、实现农业增效和农民增收必须着力解决的关键问题。农产品质量安全建设是一项系统工程。从农产品质量安全管理全程控制的理念看，该体系建设应当坚持源头管理、过程控制、市场准入相结合的思路，抓住关键的影响因子和制约环节不放松，逐一加以规范、规定和细化。按照“巩固、健全、提升”的方针，明确提出，以抓源头管理，推动试点示范，推动农产品质量安全相关措施的全面落实；以例行监测，推动稳定的制度化建设；以进出口农产品质量安全管理，推动整体农产品质量安全水平的提高。重点抓好四大建设：一是全面加快标准制修订进程。加快农产品标准制修订与健全农业标准化技术委员会的步伐。二是加强检验检测体系建设。加快部级、省级、市（县）级农产品质量安全监督机构的建设与农产品质量安全例行检测制度建设。三是加强农业标准化生产示范基地建设。四是加强农产品认证体系建设。需要指出的是，每一项建设实际上都是一个很大的系统工程，包含了十分丰富的内涵。
到2010年，我国基本形成与国际水平对接的农产品质量安全体系。基本做到基础支撑有力，保障措施配套，全程监管规范，应对国际竞争成效显著。
（五）农业信息和农产品市场体系
现代农业建立在信息和市场的网络基础之上。信息贯穿于现代农业的全过程，维系着现代农业和每个领域。市场在资源配置中发挥着基础性作用，是引领现代农业发展的重要管道。以信息化带动农业现代化是世界上许多国家的成功之路，是我国统筹城乡经济社会发展，建设现代农业的必然要求。国家将以农业信息采集传输、储存开发、发布服务为重点，建立部、省两级农业数据中心，开发整合信息资源，完善信息服务网络，选建遥感监测地面样板县，提高农业信息化水平。升级改造农产品批发市场，发展农产品新型流通方式，建设产品营销促销服务平台。这些建设内容既是现代农业的基本保障要素，也是实现政府对农业宏观调控的内在要求。
创新农业信息体制的关键，是政府和市场要有合理的分工，加快信息服务主体社会化进程，使信息从机关走向社会。在强化政务信息、为宏观决策提供信息支撑的同时，政府要退出微观领域，建立“政府推动、市场引导、多元参与”的农业信息服务主体构成模式，实现资源共享，以提高农业信息资源的全面性、时效性、科学性及可用性。
近期，将改造一批农产品批发市场，包括中央扶持的30个农产品产地批发市场，完善市场基础设施和质量监测设施。同时，建立现代物流配送中心，发展连锁经营和电子商务，推进大宗农产品期货交易和新型流通方式，并强调，要加强农产品公共营销促销服务系统的基础设施和组织建设，开展国内外农产品营销促销服务。
农产品商场是农业信息的重要来源和传播渠道，信息化是农产品市场改造升级的重要内容。两者相辅相成，相互促进，这种相互关联的密切关系，才使得农业信息与农产品商场共同组成一个完整有效的农业支持体系。
（六）农业资源与生态环境保护体系
农业资源与生态环境保护体系是农业可持续发展的前提条件。面对资源和生态环境的严重破坏，人类几乎在一夜之间认识到：只有改善人与自然的关系，实现由“人是自然的征服者”向“人是自然的伙伴成员”态度转变，建立以尊重自然和保护为前提的“天人合一”和谐状态，才能走可持续发展道路。到2010年全部农业资源与生态环境保护体系建设主要完成四大目标：一是在资源保护上，建立一批农业野生植物原生境保护点（区），抢救收集濒危野生生物资源，使60%以上的珍稀水生野生动植物和特有鱼类资源得到保护。查清外来入侵生物。新建一批农业、草原和渔业自然保护区。草原严重退化区、生态脆弱区和重要江河源头的草原植被有所恢复。建设一批沃土工程和旱作节水农业示范基地。二是在环境治理上，摸清农业环境污染底数，治理农业面源污染面积1200万亩；70%的规模化畜禽养殖场废弃物得到资源化利用；优势农产品产地环境安全基本得到保障。三是在生态建设上，实施生态农业示范、保护性耕作示范和农村沼气建设工程，使生态农业示范县达到500个，保护性耕作面积达到1800万亩，新增以农村沼气建设为重点的生态家园示范户1436万个。四是在监测预警上，形成完善的农业、草原和渔业监测预警系统，开展农业和渔业环境质量、草地资源、野生植物资源、外来入侵生物和转基因生物的监测预警，为政府提供决策依据，提高公共服务水平和能力。
在健全法规、完善制度方面，内容主要包括三个层次：一是要加强立法工作，抓紧制定《外来入侵生物防治条例》、《全国农业生态环境保护条例》、《野生动物保护法》等法律法规，制定《农产品产地环境保护办法》、《基本草原保护管理办法》等配套规章。同时，积极引导地方出台地方性法律法规，健全法制体系。二是要依据相关的法律法规，制定《全国生态农业发展纲要》、《中国水生生物资源保护国家行动计划》和《全国外来入侵生物防治规划》等，建立和完善生态农业认证制度、渔业许可制度、禁渔期和禁渔区制度、水生野生动植物保护管理制度、基本草原保护制度、草蓄平衡制度和禁牧休牧制度等。同时，要修改和制定相关标准、技术规范和操作规程，合理使用化肥、农药。三是要规范执法程序，加大执法力度，做到农业资源与生态环境保护有法可依、违法必究。四要认真履行国际环境公约中的有关义务。
与此同时，国家将要建立农业资源与生态环境保护的管理和监测预警机构，形成职责分明、运转协调、反应迅速的组织保障系统，明确责、权、利，防止职责“缺位”；积极争取扩大国家对退耕还草、农村沼气、渔业转产转业等建设的投入，并将其作为长期的支农项目。借鉴国外经验，利用WTO“绿箱”政策，对农业资源保护、面源污染防治等给予必要补贴，逐步完善农业资源和生态环境保护补偿机制。积极配合有关部门制定投资、税收和价格等方面的优惠政策，按照“谁投资、谁受益”的原则，吸引社会、企业和农民投入，建立多元化投入机制。采取措施，吸引国际组织和外国政府对我国农业资源和生态环境保护事业的投放；加强科技创新，着力对水、土、气和生物资源节约与合理利用，农业污染防治、生态恢复与重建、外来入侵生物风险评估与防治等关键技术进行科技攻关。加速科技成果转化和推广，充分发挥科技在农业资源和生态环境保护中支撑的作用。
（七）农业社会化服务与管理体系
农业社会化服务与管理体系由服务和管理两个系统构成，是科教兴农和依法治农的重要载体。组织实施基层农业实用技术推广服务网络工程、国家级渔港工程和农业执法服务基础设施工程突出公益性技术服务和农业综合执法，重点强化队伍建设和能力提升，围绕构建多形式、多样化、多层次和公正、规范、高效的体系目标，创新管理体制和运行机制。近期目标是，重点改革完善600个基层农技推广服务站，建设1000个农业科技示范场，农民专业合作经济组织服务设施建设800个，在100个县开展农业综合执法改革试点，完善相关设施设备。优先建设沿海地区中心渔港16个、一级渔港16个，建设内陆重点渔港25个。对农机装备给予适当扶持，改善监理条件和手段。
三、加快农产品流通和检验检测设施建设
（一）加快农产品流通体系和设施建设
农产品流通设施，是农产品流通的载体，是连接农业生产和城乡居民生活消费的重要环节，也是社会基础设施的重要组成部分。加快农产品流通设施建设，对实现农产品流通的现代化，促进农村经济发展，增加农民收入，扩大就业，提高城乡居民的消费质量和我国农产品的竞争力，都具有十分重要的意义。
在继续搞好集贸市场和批发市场建设的同时，注重发挥期货市场的引导作用，鼓励发展现代物流、连锁经营、电子商务等新型业态和流通方式。改造现有农产品批发市场，发展经纪人代理、农产品拍卖、网上交易等方式，增强交易功能。加快建设以冷藏和低温仓储运输为主的农产品冷链系统，对农产品仓储设施建设用地按工业用地对待。重视发挥供销合作社在农产品流通和生产资料供应等方面的作用。鼓励邮政系统开展直接为农民生产生活服务的连锁配送业务。加强农业信息化建设。气象工作要加强对农业的服务。各省、自治区、直辖市要加快开通整车运输鲜活农产品的绿色通道，抓紧落实降低或免交车辆通行费的有关规定，并尽快实现省际互通。
（二）要加强农产品检验检测基础设施建设，保障食物安全
我国要进一步加强质检体系建设和完善，全面提高检验检测能力和水平。突出与食用农产品和大宗出口农产品质量安全直接相关的检验检测能力建设，加强基层质检机构的建设工作，完善仪器设备等检测手段。要深化监测工作，进一步延伸监测区域，扩大监测范围，加强对产地环境、农业投入品和农产品的监测。依据监测结果，开展追查和检查，追溯不合格产品源头，采取针对性措施，从源头上解决问题。加大监测信息发布工作力度，发布农产品、农药、兽药等检测信息。继续探索农产品质量安全监管的有效途径，特别是针对我国一家一户分散生产、经营的产销方式，积极探索适合我国国情的农产品质量安全监管手段和方式。提高进出境检验检疫装备和检测技术水平，增强防范和处理外来有害生物入侵的能力。
加强农产品质量安全工作，实施农产品认证认可，实行农产品市场准入制度。农产品市场准入，是指按照《农产品质量安全法》的规定，对经认证的无公害农产品、绿色食品、有机农产品和经检测符合国家质量安全指标要求的农产品准予入市销售，对未经认证或经检测不合格的农产品，禁止进入市场销售，禁止生产、销售和使用高毒、高残留农药，提高农产品质量安全执法力度。
积极推进农业标准化，推行农业标准化生产。要按照市场准入及相关规定要求，指导和督促农产品生产者建立生产档案，科学使用农业投入品，严格按标准化的要求组织生产，从源头上把住农产品质量安全关。要加快推进无公害农产品、绿色食品和有机农产品认证，加强对已认证农产品的监管，为市场提供更多的优质安全农产品。要引导和鼓励龙头企业、农民专业合作经济组织与农产品市场建立对接或者签订销售合同，通过“场地挂钩”或“场厂挂钩”等方式实现农产品产地准出和市场准入的有机结合。
