一些党报集团进行了局部改革，但是党报与子报之间仍存在事业单位性质的母子报关系，这造成子报发展空间狭小的问题，成为业界广为关注的改革热点问题。随着党报集团产权关系改革揭开帷幕，党报与党报集团复杂的产权关系及党报集团内部复杂的管理体制也受到关注，并开始梳理。
一些党报集团的组织架构做了调整，以原报社为出资人，组建核心企业和子公司，在集团内部实行以资产为纽带的治理结构，党报在党报集团也独立核算，只作为集团的一个核心报刊。例如浙江报业集团，实行“一媒体一公司”，建立资本纽带，在集团内成立媒体运营公司，包括《浙江日报》在内的各报刊都组建了相应的媒体公司，钱江晚报社成立钱江晚报有限公司，浙江日报社则成立浙江日报新闻发展有限公司。
另一方面，经营与管理两分开的管理体制初步完善。在两分开以前，报社或报业集团的每一个报纸都是宣传和经营合为一体，这种过于强调“块”的结构模式虽然有利于在局部范围内经营媒体，但是长期以来形成了重采编、轻经营的格局，而且无论是经营还是采编都感到难以集中精力。这一时期，随着文化体制改革试点报社试点改革的成功，党报陆续转变为经营与管理两分开的管理体制。
其次，党报运行机制创新。这一时期，党报内部机制创新更为引人注目，多数党报开始革新报社内部运行机制，以提高组织效率。
采编机制方面，采编分离机制、采编流程管理等都进入编辑部管理视野。2005年初，人民日报社编委会决定在新闻版全面实行编采分开，编辑部各专业部门不再编辑新闻版，全部移交给总编室编辑。总编室负责编辑要闻版和新闻版（不含国际要闻和国际新闻），不再承担采访任务。编委会还要求仍由各部门负责编辑的专版周刊，在主办部门内部实行编采分开。《解放日报》则尝试改变编辑流程。以往编辑流程重点落在“三校”、“核红”上，而现代媒体运作更要让读者在阅读之后有所收获，更讲究有效实用，所以《解放日报》重视选题策划和一审，以这两个环节促进稿件的质量。
多种媒介的融合趋势也带动了党报采编机制的创新。例如，解放日报集团2007年从所属各报选出24名精干记者，在完成报纸写稿任务的同时，每天从新闻现场把最新的新闻以最快的速度用电话、电邮、短信、MSN等方式发给数字传播中心，然后由数媒中心编辑、配发到解放网、I-news等新媒体上，通过网络媒体让新闻滚动起来。《广州日报》在国内率先成立了滚动新闻部，“报纸＋网络＋手机”组合播报立体新闻。
经营机制方面，以资本为纽带，实现跨地区、跨媒体横向发展是这一阶段很多党报集团的目标。党报集团跨地区经营也带来党报经营机制的改变。例如，2002年江苏省宿迁市委机关报《宿迁日报》被并入新华日报报业集团，市级党报与省级党报的联姻引人注目。新华日报报业集团通过纵向整合改善和增强了自己的产业链结构，也给《宿迁日报》带来新的资源。此外，党报也积极发展数字报业，介入网络等新媒体的经营，并形成融合发展的机制。
发行机制方面，这一阶段较为突出的是自办发行的产业化。
一些党报对现有的发行部门进行规范的公司化改造，而发行公司发展壮大之后，进行多种经营，搞物流配送，增加送奶、送水、送书、送票等服务项目。报纸发行网络由单纯的发行网转变为复合型的多功能物流配送网。例如，《杭州日报》、《解放日报》的发行部门都改造成为发行公司。
此外，这一阶段广告机制、后勤服务机制、人事管理机制等也都有所革新。
第二节 党报机制体制创新的经验分析
一、党报机制体制创新的成就
党报机制体制创新30年取得了令人瞩目的成就，概括起来说，机制体制创新阶段性地实现了党报社会效益和经济效益的双赢。
机制体制创新30年，党报立足于现实，探索出有中国特色的运作模式。这一模式是党报生存和发展的保障。有学者概括了党报集团机制体制创新的主要模式：“母报事业制，子报企业化；母报抓导向，子报走市场；母报走公订，子报上报摊；母报跨地区跨媒介，子报挂牌上市。”这一模式体现了30年来党报集团机制体制创新的基本思路，亦可看出党报主报机制体制创新的特点：党报机制体制创新是在一社两制的框架下完成的，主报与子报各自承担不同任务，错位发展。应该说，一社两制模式的成功是党报坚持以实践标准为创新标准的结果，这一模式充分体现了党报机制体制创新的智慧和首创精神，是党报发展壮大的现实选择，正是这一模式使党报30年来取得重大成绩。
党报机制体制创新30年来的最重要的成就体现在以下两个方面：
首先，在社会效益方面，党报为解放思想、坚持改革开放、促进社会和谐营造了良好氛围，为开创中国特色社会主义事业的新局面提供了强大思想文化保证。党报始终是全国安定团结思想上的中心。党报肩负着以正确的舆论引导人、巩固和壮大国家主流舆论阵地的重要使命，党报机制体制创新始终本着求真务实、审慎稳健的原则，创新成果主要体现在党报新闻宣传工作、舆论引导工作的实际效果中。一方面，党报在应对复杂局势、围绕中心工作、服务大局方面有所突破。改革开放30年，中国社会发生了举世瞩目的变化，经济发展，社会进步，政治稳定，国际影响力不断增强，但是也涌现出很多新问题，形势更为复杂。30年机制体制创新，增强了党报判断复杂局势、驾驭复杂问题的能力。面对我国和平发展进程中面临的前所未有的机遇和挑战，党报始终与时俱进，从大局出发，发出主流、团结、鼓劲的声音。另一方面，党报与群众的鱼水关系有新突破。服务群众是党报的任务所决定的，是党报机制体制创新必须坚持的方向。党报在这一方面也有很多亮点：例如党报新闻宣传工作正在从以传播者为本位转为以读者为本位，党报通过编前会、评报制度等机制把党中央对新闻宣传工作的指示和精神渗透到新闻报道之中；例如改进会议和领导人报道，改进突发事件的报道，改进文风等。
其次，在经济效益方面，党报最重要的成就是实现自收自支，并且经营收入连年提高。1957年之后的20多年里，中国报业的财政体制以政府供给为主导，报业属于国家机关，财政拨款是报业生存的主要经济来源。全国仅《人民日报》、《解放日报》等少数大报依靠发行收入做到日常收支的基本平衡，多数报纸依靠发行收入不能自给自足。而1978年后的30年间，党报完全成为自收自支单位，而且，很多党报还取得了良好的经济效益，例如《广州日报》目前日发行量达到165万份，广告营业额过17亿元，连续十余年居全国报业第一名。数据显示，“全国省级党报营业额平均数：1979年每家约为675.7万元；1989年每家约为4282万元（十年增加了五倍多）；1999年每家约为22897万元（再过十年又增加了四倍多）。”即便是经营困难的党报，也借由“母报抓导向，子报抓创收”这一主报子报联合出击的模式获得了生存发展的空间。目前，西方有宣传和舆论引导任务的媒体都仍以官方投入为主要资金来源，例如法国《人道报》是法国共产党财产，以法共经费为财源，代表美国官方宣传倾向的“美国之音”以政府拨款为主要财源，而我国党报完全实现了自负盈亏，一些党报还取得了较好的利润，这不能不说是党报机制体制创新最了不起的成就。
以经济效益来支持社会效益，又以社会效益去赢得经济效益，党报机制体制创新30年实现了经济效益和社会效益双赢，这一阶段性的胜利是党报机制体制创新的重大功绩。
二、党报机制体制创新的经验
（一）以加强和保障党报功能发挥为首要目标
党报机制体制创新30年最大的特点是始终本着有利于发挥和强化党报的功能这一原则，这是党报机制体制创新成功的根本保证。
党报承担着宣传党的理论、路线、方针、政策的重要使命，加强和保障党报功能的发挥是巩固党的执政地位的需要。对舆论的引导能力是党的执政能力建设的重要组成部分，尤其在现阶段，社会思想观念多元化，更显示出党报对社会舆论进行正确引导的重要性和迫切性。
党始终重视对党报改革的指导。邓小平、江泽民、胡锦涛等几代领导人对宣传工作都有过重要讲话，强调党报要加强党性原则。2001年，中宣部、国家广电总局、新闻出版总署专门下发了《关于深化新闻出版广播影视业改革的若干意见》（以下简称《意见》），《意见》对新闻出版广播电视业改革的指导思想和方针原则做出明确规定。“改革必须坚持党性原则，团结稳定鼓劲、正面宣传为主，牢牢把握正确导向。新闻出版广播影视业既有一般行业属性，又有意识形态特殊性，既是大众传媒，又是党的宣传思想阵地，事关国家安全和政治稳定，负有重要社会责任。无论什么情况下，党和人民喉舌的性质不能变，党管媒体不能变，党管干部不能变，正确的舆论导向不能变。”《意见》还规定，要加强党对新闻出版广播影视业改革的领导，始终掌握对重大事项的决策权，对资产配置的控制权，对宣传业务的审核权，对主要领导的任免权。2008年1月，胡锦涛同志同全国宣传思想工作会议代表座谈，再次强调要掌握宣传思想工作领导权。
胡锦涛同志站在党和国家事业长远发展的战略高度，精辟论述了宣传思想工作在全局中的地位和作用，充分肯定了党的十六大以来宣传思想工作取得的新成绩，深刻阐明了宣传思想工作面临的新形势新任务，为做好当前和今后一个时期宣传思想工作指明了方向。胡锦涛同志提出要“深入把握新形势下宣传思想工作的特点和规律，改进宣传思想工作的领导方式、组织方式、工作方式、管理方式，形成鼓励创新创造的法制保障、政策体系、激励机制，充分运用先进技术手段丰富文化的生产方式和表现形式，极大丰富文化品种、样式、载体、风格，让一切创造活力竞相迸发，让一切创新才华充分施展，让一切创新成果得到尊重，努力使精神文化产品和社会文化生活更加丰富多彩”。这一讲话也指明了党报机制体制创新的基调和方向。
党报机制体制创新实践始终未偏离党报的核心任务和功能，在重大选择面前，始终以党报的政治任务为先。例如，在党报发行机制创新过程中，党报始终坚持党报发行是一项政治任务，致力于建立党报发行的长效机制。这也是为什么大多数都市报搞自办发行，但是党报发行却采取了不同策略的原因。《天津日报》等党报自办发行成功，取得了良好的效果，但是一些党报出于政治安全及自身实际情况的考虑，寻求不同的发行模式，亦值得肯定。《福建日报》2003年曾出现发行量下滑态势，但是《福建日报》分析后得出的结论是，集团内各报发行交叉面太小，作为面向全省均衡发行的省级党报，如果用支付给邮局的25％的费率来自办发行，不可能做得比邮局更好，还可能拖累其他子报；而要达到邮局遍布全省末梢的投递水准，其发行成本可能每年要增加1000万元以上。最终《福建日报》选择了继续与邮局合作，并以双方结成战略合作伙伴的方式签订了三年的合作协议。再如，在人事机制改革方面，党报坚持机制创新的目标除了提升党报工作人员业务能力外，还注意在思想理论领域和意识形态斗争比较复杂的形势下，提高党报新闻工作人员的政治素质。《湖北日报》注重队伍建设，以深入持久地开展“三项学习教育”活动，不断增强新闻队伍的内在动力，不断健全和完善新闻人才教育和培养的长效机制，为集团可持续发展提供智力支撑，其经验曾被中宣部在全国新闻战线推广。
（二）诱致性变迁为主，强制性变迁为辅
党报机制体制创新的另一经验是诱致性变迁为主，强制性变迁为辅，这保护了党报自主创新的积极性和首创精神。
制度变迁是制度的替代、转换与交易过程。制度变迁理论是新制度经济学体系的核心部分。经济学家道格拉斯·C.诺思认为，制度变迁的诱致因素在于主体期望获取最大的潜在利润。所谓潜在利润是指在现有的制度安排结构中主体无法获得的利润。从理论上讲，有许多外部事件能导致利润的获得：规模经济、外部经济内部化、对风险的分散和克服、交易费用转移与降低等。
新制度经济学中有两个关于制度变迁的著名模型：诱致性制度变迁模型和强制性制度变迁模型。诱致性制度变迁指的是现行制度安排的变更或替代，或者是新制度安排的创造，它是由个人或一群人，在响应由制度不均衡引致的获利机会时所进行的自发性变迁。
