顺治十二年乙未（附称永历九年）正月初四日，洪善回覆『地道已经完备，请元帅发令』。煇遣中协陈谦领兵马为先锋，看今夜火发城崩，其势稍止，乘便而入；其余将士悉撤开埋伏。是夜煇令周围掌号呐喊，城内疑为攻城，各饱食登城，以备守御。至二更，善烧着火心。少顷，霹雳一声，如天崩地裂，烟灰蔽天，飞石遍野，城裂百有余丈，兵民死者不计。少顷稍止，陈谦督兵进城。煇亦领各镇砍四门而入。知县陈有虞闻城破，自缢而死。天明，甘煇安民毕。先是，甲午年十一月朔日，有个不衫不履丐者，左手持双筷、右手执一碗，将筷打碗，从东北走过西门，又从北门走过南门。如此者三日，忽然不见。人咸不解，多以为狂。独有林姓一人，忙挈家逃匿山中。及城破之后，方忆前日之丐者乃异人也。持筷打碗，犹旋东西南北而走者，明是指人「快快走」也。但时人愚不知，惜哉（附记：右都督黄廷统十八镇攻粤东潮之饶平县乌石楼。其石楼小而且坚，内请平和人朱亮为师，指画守御之策。廷百计攻之，不下，反失镇将江龙。是时洪善亦在其间，廷令善开滚地龙。亮观其攻打少缓，举动可疑，讶曰：『必用滚地龙法也』！楼中人民惊惶。亮曰：『毋忧！可周围放缸盛水，他若果用滚地龙，其水必动』。既而，果见东南角缸水不时摇动。亮就动处令人凿去，就地将所填火桶、地雷尽行搬出；然后填塞其道。迨及发火，寂然无声。不但不破其楼，而且助其许多火药。廷知内有能人，遂撤师而回。故为将者不在兵多，实在算胜。观朱亮之调度料敌，可见为将之一斑。惜其不用于世而泯没也）！
甘煇既得仙游，遣人报捷，屯劄城中。闻油潭里活阎罗王志章有先知识，斋戒往谒，行弟子礼。叩问其平生、功名、寿算如何。志章书一帖示之，乃『位至崇明，寿至崇明』八个字。煇拜受而宝藏之（煇后果位至中提督，永历封为崇明伯。从成功犯江南，由崇明县而入，被梁化凤所执，不屈而死，功痛惜之）。煇措征粮饷船料，携尚书唐显悦全家出厦门。
二月，太监刘玉自安隆所奉永历诏，从粤东龙门航海到厦，成功率文武恭迎跪接。宣读毕，遂请帝安，并询：『迩来恢复事体如何』？玉对曰：『定南王孔有德征粤西，分师从衡州、宝庆、永州而进，旋为李定国所败，帝于是稍安。但孙可望与李定国二人恃功，骄悍不睦，终非国家之福』。成功曰：『当此之际，内无贤相匡其君，而运筹帷幄乏其人；外有骄将，兵无纪律；又不积储粮饷以足兵食，谋扼险阻以图恢复；而乃恃功立党，致使英雄失望，人心瓦解，将何以望中兴哉』？玉顿首曰：『藩主所言，可谓明见万里』！功又问：『龙门一路，行走阻滞若何』？玉曰：『乘间道，乡人相引，尚可往来』。功时以事繁，而无专责，随设六官董理：用潘庚钟为吏官、郑擎柱为礼官、洪旭为户官、陈宝钥为协理礼官（钥字蓼屏，隆武举人，系泉之晋江人），以张光启为兵官、程应璠为刑官（璠，浙江人，武进士，官都督，甚有机略经济之才），以冯澄世为工官、常寿宁为察言司。又设「储贤」、「育材」二馆。令思明州知州邓会劝学取士，得黄带臣、洪初辟等四十人，次第转六官之内办事；或外为监纪，或为推官、通判不等。
四月，擢郝文兴为左提督、万礼为后提督。改王秀奇为右提督、林胜为戎旗镇、黄昌为援剿左镇、黄梧为前冲镇。筑浯州新城。
五月，南征勤王，总督林察、周瑞等舟师次虎头门。侦知李定国战败、梧州失守，不敢进兵，还师。功责其迟滞失策，各戴罪立功。加都事吴慎为户官。议北上恢复，拜定西侯张名振为元帅，忠靖伯陈煇副之，统二十四镇入长江。加户官洪旭为水师右军、北镇陈六御为五军戎政同行，相机进兵。又遣中提督甘煇为总督，王秀奇副之，领二十镇，为北上应援。前提督黄廷为帅，后提督万礼副之，领二十镇南下。甘煇舟师将至舟山，遇暴风，收入温、台地方。台州总兵马信遣心腹将王英驰书币交好约降，未果。煇仍将舟师出，令拱旭于舟山由岑江口登岸。守兵无几，不敢交战，弃垒遁，报镇将巴臣功（功，山西人，勇猛机谋），遂分兵守御，遣人请援。既而张名振、阮骏、陈六御、周瑞等咸顺风毕至，分道堵截，攻击不息。六御遣监督李化龙招臣功，臣功忖不能守，遂降。迨至回师，甘煇引见成功。功授臣功为铁骑镇，改名「臣兴」，授定北将军。令陈六御等统师至舟山协守（六御，都督陈谦之子，颇有勇略，后卒于战功。用其弟陈为言为总兵）。
六月，孟兵部至福州。总督李率泰遣官齎书至厦门说成功曰：『激切再书，无非早定海上之议、早报圣明之念，以早结尊公父子忠孝之局耳。何足下举动依然毫厘千里耶？天下事，情理与势耳。尊公位列大臣之上，令祖母年迫风烛之期！念漳、泉寸土，为足下胞胳所〈疒〈癶上土下〉〉，即祖宗庐墓所依，足下咫尺弄兵，荆棘其上；在尊公之魂梦一刻未安，令祖母之寝食一刻不乐！足下将泰然波涛之间，自谓功名富贵之计得乎？此情理之绝无者也。更有虑者，固山枕戈久矣。今大师驻马于漳畔、劲旅露刃于泉南，有不能顷刻待。盖不佞意主于抚，固山力主于攻。在足下夸浮恍惚，不佞焉敢执为必抚而止于攻？倘一攻而缓，抚局之成犹可言也。一攻而遂，成抚局之变；则尊公前此之绸缪与不佞后此之挽回，俱无所用矣。此又势之了然者也。足下家报所陈，皆足以启群疑之诽而激圣明之怒。缮疏而入，几费踌躇。然一片苦心，不得不为足下所言再为披沥。所云「不知有父久矣」；此言一出，不但伤天性之恩，且贻后世之刺。尊公身为明季重臣，国亡而择主，非背国而事仇也。足下前无顾命、今无共主，何得灭不可易之亲，而从不必然之议也？古之求忠臣于孝子者，几无据矣！至今犹屡执此「三省相畀」之说，胡为乎来哉？今天下中外，帖然十载。而足下身羁海甸，犹欲招徕之。以大一统之势，谁敢取臣服之版图？惟正之赀赋而轻议畀乎？且从来无此庙算、无此边筹也。即如足下所云，亦可笑矣。无三省，则舍我而忠于彼；将有三省，即弃彼而忠于我。此皆拂情影借之言，知非足下之心也。但念朝廷加恩一番、尊公经营一番、不佞来此区画一番，天下事宁可瓦全，勿为玉碎？足下或谋之族党、或谋之老成，务为开心见诚，勿得藏头掩面！勿再以必不可告之言、必不可为之事，徒费口舌、徒滋议论，而终于坐失机会也！不佞言至此，力已竭矣。他日见尊公于班联之间，亦可告无罪矣。至进止之事，则有固山并诸大人。成败之局，则关乎足下一门父子兄弟。不佞虽膺其职，其肯尽任其咎乎？惟足下裁之』！功览毕，掀髯而笑曰：『彼欲以劲旅挟吾。吾岂惧一固山哉』？厚待其使，答以『叶、阿二大人至京复命如何，然后再作商量』。不报书。前提督黄廷师从揭阳港登岸，屯劄桃花山。潮州总兵刘伯禄进兵救援，列营于鹰嘴浦。左戎旗林胜密令军士每人要沙土一袋，填塞壕沟，砍栅破垒。伯禄果无备，二更仓卒而遁。廷遂合南澳忠勇侯陈霸等众，围揭阳，守城、知县弃城去。普宁亦继陷。
叶、阿二大人至京复命。部议以成功骄兵无状，反覆不定，置其父同安侯芝龙于高墙、戍其胞叔芝豹于宁古塔（豹封澄济伯。因护庇施郎，成功怒之。后见成功以马得功事杀芝莞，其令太严，不私其亲，于是乘招抚，挈龙妻颜氏自安平入泉州投诚，移居京都）。又令贝勒世子罗托统满、汉官兵平海至闽。
成功侦知，遂集参军并诸提镇议曰：『今日招抚不就，贝勒统兵已到，有何良策』？左提督郝文兴挺身曰：『自古道「水到土压，兵来将当」；此不易之理。今贝勒师来，焉可坐视？兴虽不才，愿为先锋，前去破敌』。陈尧策曰：『策自来愧无寸长，既左提督肯去，策愿同行立功，以图报效』。冯澄世曰：『二公所言，领兵破敌，其气可夺三军，固是为将本分。但彼弓马娴熟，若欲陆战，人马驰驱，诚恐胜负未卜。况彼粮饷充足，四方云集，万一失其锐气，不特人心摇动，而且军威难振。以世管见，不如全师暂退厦门，坚守各岛，养精蓄锐，修备战舰，南北巡视，以待彼军。若论彼兵，水战非其所长。况波恬浪静之时，彼犹有头眩晕吐之苦，安望其能御敌？此乃保全军士，以逸待劳之法也。未知诸公以为何如』？成功曰：『战者譬如逐鹿，未知得于谁手。退者可保无虞，澄世之言实乃料己料人之至论，深合吾意』。遂飞檄与兄泰：先将安平家资，尽移过金门安顿；毁其居第，坠其镇城（芝龙置第安平，开通海道，直至其内，可通洋船。亭榭楼台，工巧雕琢，以至石洞花木，甲于泉郡。城外市镇繁华，贸易丛集，不亚于省城）。又令杜煇传谕泉属士民：『有愿相从者，悉渡金、厦两岛居住，令黄昭拨船接应。如不愿从者，速远避山中，恐遭兵马蹂躏』。空其库藏，坠惠安、同安诸县城为平地。又驰令与林俞卿、林世用等移家眷于海澄，摧漳州府城。成功领兵回厦门，仍遣郝文兴统其所部守海澄。擢海澄知县黄维璟为察言司（察言司者，稽察各文武得失，即如通政司也），以丙戌举人林昌为海澄知县。差张英督造高崎、竹坑一带沿边炮台烟墩，修拾熕船战舰。通行南澳陈霸，防备碣石苏利、南洋许龙二处会师。又令铜山张进整船宫仔前，以作南澳救援。令陈六御、阮骏、张名振等把守舟山乌洋。调洪旭、甘煇、林胜诸提镇回师。旭次台州港，总兵马胜献城降；同旭回见成功，功授胜中权镇、征卤将军印。
九月，左提督祥符伯郝文兴病故。功哭祭甚哀，厚恤其子。令王秀奇代守海澄。
十月，张名振自长江直抵定海关，守关将张鸿德降，功授德前锋镇。
十二月，贝勒提师至泉，大奖韩尚亮坚守功，寻而擢尚亮海坛总兵。贝勒知成功退守金、厦，坠倒诸城，笑曰：『海贼无伎俩矣』。即令府县兼工修筑城池，督造战船。遣使齎谕到厦招成功。功拒而不纳，使者回。贝勒复易函致书，令再往。功厚待其使，以叶、阿前议复之，不报书。
顺治十三年丙申（附称永历十年）正月，平南王尚可喜拨左翼镇右营徐有功统步骑，合潮镇刘伯禄，恢复揭、普诸邑，师札揭阳城西。屡遣骑哨挑战，追之，即退。二十二日，援剿右镇黄胜、殿兵镇林文灿、前冲镇黄梧适在埔上操演，伯禄率骑兵过西门，左先锋镇苏茂欲出兵与战。金武镇郭遂第曰：『列阵过桥，胜则犹可；倘若少怯，其桥又狭，难以退，其将如之何』？黄梧曰：『战则必胜，何用退兵』？茂以为然，发令前进。对敌逾时，忽徐有功从旁冲出合击。茂阵大乱而溃，溺水死者不计其数，黄胜、林文灿二镇咸亡焉。独郭遂第全镇近桥急抽回，无失。前提督黄廷时守东门，闻报，出兵欲夺伯禄营。禄方抽回兵马。苏茂、黄梧才收残兵。廷即申揭阳失机事状于成功，功遣兵官张光启按揭察访战败情由。
二月，又令五军总制张英，再督杜煇、林胜诸镇往助黄廷。伯禄闻知，乃截港为营，严禁各乡接济；如违，罪同叛逆。廷等兵众食难。正踌躇间，忽成功谕到：调苏茂、黄梧、杜煇回厦门，黄廷、林胜下粤东，往侦永历信，以便勤王。廷至碣石，攻苏利。
三月，陈六御报定西侯前军总督张名振病故，成功以陈六御统其众。水师前镇阮骏侦定海关造船五百只，欲攻舟山；请援。功遣张鸿德、马胜协守。
四月，贝勒得各澳船只已备，令韩尚亮为先锋会攻。成功令林顺、陈等、萧泗、杨祥、林明、陈泽七镇，领大熕船十四只，前往围头，坐上风以待。又令陈魁、苏茂、陈煇、陈斌四镇，共配大熕船十二只，出泊辽罗。令兄泰率舟师应援。再令万礼、黄梧、黄安、蔡文、林逊五镇带船十只、快哨十只，巡哨高崎、浔尾及圭屿一带，以防海澄诸港。仍檄南澳陈霸、铜山张进为备。又令翁天佑、王秀奇巡视厦门。韩尚亮等师出泉围头，相遇大战。援剿左镇王明同信武镇陈等冲〈舟宗〉入击，沉船数只。林顺又合攻，尚亮急退，泊围头。贝勒闻尚亮失利，亦率诸船而出，寄碇于围头。是夜忽狂风大作，凡满、汉配在船者，咸受颠播之苦，眩晕颠倒，支持不住，每迫舵工拢船近岸。舵工告以海船不比河船；况明日就要打仗，所有杉板业都佩起。今如此波浪，虽放得杉板，亦拢不得上岸。看风若稍止，自然无眩吐之苦。既而风愈狂，大雨又淋漓，涛浪滔天。船不成〈舟宗〉，或断碇者，或拖碇者，声遍海上，各为飘散。船〈舟宗〉相触，损坏过半。天曙，回南方定，贝勒乃率韩尚亮等而退。时有船被风飘出金、厦各岛，被获见成功，功令割其耳鼻、断其手掌，差船渡过沿岸放回。盖欲压其「嘉禾断人种」为「断人掌」之谶也。
