命常青督师渡台剿贼，以李侍尧为闽浙总督、柴大纪署理水师提督、郝壮猷署理陆路提督。先是，提督黄仕简、任承恩渡海后，观望失机；大纪督率官兵、义民收复彰化、凤山、诸罗、鹿仔港、竹堑等处，郝壮猷在南路亦颇有斩获。帝闻之，故解仕简、承恩任，而有是命（续东华录、清史纪事本末）。
免福建台湾府属本年额赋（东华录）。
三月十日，凤山城复陷，游击郑嵩死焉，壮猷遁归府城。承恩至鹿港，距大里杙贼巢仅四十里，亦不敢进。爽文之乱也，适当漳、泉二府人械斗之后；爽文既漳籍，泉人不从乱。贼遣伪官来鹿港收税，泉民林凑等起义，一鼓擒之，故鹿港海口未失，贼所畏惟泉人也。及水、陆两提督兵至，泉人争思助官兵杀贼；两提督不知驱策，彼此观望，坐失事机。上闻之，改授江南提督蓝元枚为福建陆路提督。时谕旨谓大纪、壮猷因仕简、承恩等观望，不无效尤，解大纪署任（圣武记、续东华录）。
谕：福建陆路提督，前因柴大纪守城出力，本欲将伊擢授。但柴大纪于林爽文等滋事之先，不能豫为防范，以致逆匪蔓延，本即有罪；且台湾原设兵额一万余名，该镇督率守城之兵不过一千余名，此外兵丁见作何用，并未据柴大纪奏及，实有应得之咎，不当复邀优擢（东华录）。
四月，命总督常青为将军，督办台湾军务。复调广东兵四千、浙兵三千、驻防满兵一千，以福州将军恒瑞、陆路提督蓝元枚为参赞。寻改授元枚水师提督、柴大纪署理陆路提督，逮治黄仕简、任承恩、郝壮猷等，寻斩壮猷以徇军中（圣武记、续东华录）。
五月，常青、恒瑞至南路，离府城十里，遇贼万余；甫交绥即退，又请增兵。贼以其暇，得蚕食各村，胁其不从者辄焚劫。于是泉人亦附于贼，旬日十余万，庄大田驱以攻府城。其党锡舍攻大南门；番妇金娘以画符为女军师，攻小东门；北路贼许尚等分攻大、小北门。锡舍弟达德劝锡舍降，遣庄允赴府告其族庄子才；为廷理所执，审问得实，使子才作书谕之。锡舍乘间由大南门入，常青令率党出城建功，大田犹不知也。贼四面攻城，及夕将退，锡舍倒戈相向；廷理等乘势追杀，贼大败走。锡舍仍往扎大湖；自是贼匪或时出侵扰、或假道攻击，俱先期预知者，锡舍败其谋也。林爽文攻诸罗；诸罗据南北之中，爽文必欲陷之。自六月中攻围，昼夜不息，赖大纪力守之，为府城屏蔽。又攻盐水港、鹿仔港以断府县饷道，大纪皆分兵击夺之；决其堰涧，破其炮车，以守城兵四千抗贼数万，先后百余战，屡擒伪降谋内应之奸细。又因粮于贼，屡出奇兵，夺其峙积。上以大纪用法严明，命载入行军纪律，为各省法，授参赞大臣。常青遣总兵魏大斌、参将张万魁、游击田蓝玉、副将蔡攀龙、贵林等三次往援，皆为贼所截，张、魏、田、蔡仅得入城，损兵大半，贵林及游击杨起麟皆被戕于贼。诸罗围日密，城中以地瓜、野菜、油囗〈米凡〉充食。大纪告急之文，用小字书寸纸，募人间道夜行，始得达府。常青复催恒瑞自府城、总兵普吉保自鹿港进援，各有兵五、六千，畏贼势不敢进；恒瑞复张皇贼势，奏请兵六万。上知诸将不足侍，诏解常青、恒瑞之任（皇朝武功纪盛、圣武记）。
六月谕：柴大纪自驻守诸罗以来，屡次将贼败退，实属奋勉可嘉；柴大纪着即补授福建陆路提督。但柴大纪任台湾总兵已经数年，于该处情形较为熟悉，将来剿贼完竣，所有善后事宜，正须该提督随同常青悉心筹办；柴大纪着以陆路提督兼管台湾镇总兵事务，所有福建陆路提督事务着常泰暂行署理。
调陕甘总督嘉勇侯福康安乘驿来京，面授方略，疾驰赴台为将军。七月，以内大臣超勇侯海兰察为参赞大臣，声言调兵十余万。柴大纪赏给壮健巴图鲁名号、蔡攀龙强胜巴图鲁名号（皇朝武功纪盛、圣武记、韫山堂文、续东华录）。
八月谕：蔡攀龙自到台湾，屡次奋勇杀贼，着有劳绩；海坛镇总兵员缺，即着蔡攀龙补授，以示奖励。
九月谕：据柴大纪奏，官军在诸罗城外剿杀贼匪，城内绅耆铺民挑送饭食、凉水，兵丁得不饥渴。又据常青、李侍尧等奏，牌腹村义民运粮接济诸罗城中各等语。前曾降旨蠲免台湾本年应征钱粮，着再加恩，将五十三年分台湾府属应征钱粮亦概行豁免。
谕：福建水师提督员缺，着柴大纪调补；其陆路提督员缺，即着蔡攀龙补授，并着授为参赞（以上东华录）。
十月，所调蜀番及粤西兵五千先至。有旨：官兵不必至府城，当即向鹿港进发。福康安中途闻贼势盛，奏请增兵而后进；上严饬之，命颁内库所藏右旋螺带往渡海。会飓风，不得渡，守风于崇武澳。二十八日，忽得顺风，一昼夜数百艘尽抵鹿港海口，樯竿如栉，列数里。贼闻之，不测多寡，谓真有十万兵至，始惧，各村庄被胁者望风解散。大兵声言直捣贼巢，而阴趋县治（皇朝武功纪盛、圣武记）。
谕：成都将军鄂辉见在带领四川屯练兵丁赴台湾剿捕贼匪，鄂辉久历行阵，于军旅较为谙习，亦着授为参赞，协同福康安筹办进剿。
初，上命柴大纪捍卫兵民出城，再图进取。十一月，大纪奏言：诸罗为府城北障，诸罗失则贼尾而至府城，府城亦危。且半载以来，深壕增垒，守御甚固；一朝弃去，克复甚难。而城内外义民不下四万，实不忍委之于贼，惟有竭力固守待援。上览奏堕泪，诏曰：大纪当粮尽势急之时，惟以国事民生为重；古之名将，何以加兹？其改诸罗县为嘉义县，封大纪一等义勇伯，世袭罔替，加太子少保衔；并令浙江巡抚以万金赏其家。
八日，福康安等起行。大兵六千，义勇千余，遇贼仑仔顶。海兰察率巴图鲁侍卫数十冲贼阵，矢无不中，贼披靡。海兰察笑曰：『此一群犬耳，何畏』！遂怒马杀入。贼分伏竹蔗林邀截官兵，官兵五队分战，再败之牛稠山。即日，海兰察抵嘉义城。次日，福康安亦至；复乘胜追贼，克之于斗六门，遂捣大里杙。大里杙已筑土城，颇坚整；贼犹万余迎敌，乘官兵未集，先来万炬索战。官兵千骑伏沟塍闲，铳矢从暗击明，发无不中；贼遽灭火，鸣鼓来攻。复寻鼓声击之，贼旋败旋进，步骑鏖战竟夜。黎明，遂克其巢。爽文已携家走集集埔，乃通生番隘口也；据溪岸垒石环数里。
谕：嘉义县城被贼攻围已阅半载，而民人等共知大义，帮同官兵奋勇把守，久而益坚；着再加恩将嘉义县五十四年应征钱粮再行豁免（以上东华录）。
十二月五日，官兵攻集集埔，伐箐腾险而上，杀贼千余；又破余贼二千于小半天。爽文先匿其孥于生番社，而自与死党数十窜箐谷。十三日，先获其孥（皇朝武功纪盛、圣武记）。
谕：福康安等调度有方，用能克敌致果，迅奏捷音，自应优加宠锡。福康安、海兰察俱系侯爵，着晋封公爵，各赏红宝石帽顶、四团龙补褂，以示优异。其鄂辉、舒亮、普尔普等及巴图鲁侍卫章京并在事出力之镇将弁员等，俱能率领兵民，鼓勇奏绩；着查明咨部，一并从优议叙。
命福建督、抚及水陆提督轮年赴台湾稽查，停止巡台御史之例；并嗣后台湾道、府缺出，请旨简放，着为令（以上东华录）。
谕军机大臣等：德成自浙江差竣回京，偶询及柴大纪平日居官声名如何；据奏：风闻柴大纪自复任台湾总兵以后，纵恣自大，且居官贪黩，较之地方文职尤甚。并将台湾所辖守兵，私令渡回内地，贸易牟利；驻守之兵，所存无几。上年逆匪林爽文等滋事不法，其始不过会匪党伙，听从附和，人数无多；因存城下兵无几，不能实时搜捕。贼匪纠众肆扰，距府城止三十余里，而柴大纪尚不思前往堵御；经永福催令出城，始与打仗。又因兵少败衄，以致贼匪益肆猖獗，不可复制等语。是柴大纪贪纵废弛，酿激事变，已属确有可据。福康安于柴大纪种种劣迹，自必有所见闻，即应访查明确，将其实在款迹，据实参奏；乃仅称沾染绿营习气，狡诈难信，而于柴大纪平日如何侵贪激变之处，并未逐款指出。试思柴大纪守城有功之人，若止凭含糊无据之词，岂能将伊治以无名之罪？今朕于召见德成，无意中偶然询及，始悉此等情节。所有德成指出柴大纪各款，及此外有何别项劣迹，并着福康安、李侍尧各行严查密访，据实参奏，不得再有瞻徇（圣武记、东华录）。
五十三年（一七八八）正月四日，林爽文潜出觅食，海兰察擒之于老衢崎。而庄大田之在南也，虽与林爽文同逆，又各自号召不相下；乘官兵未南下，益焚掠聚粮为旅拒计。已又思出降；计未定而福康安已于十六日至牛庄，大田仓猝出拒，败而走。官军连蹴之于大武垄、大目降、南潭、中洲、大小冈山、水底寮，累战皆捷。极南有地名郎峤者，负山临海，最辽阻；庄大田力不支，与其党潜匿焉。福康安先遣水师由海道绕而截之，于是自以大兵环山围之；贼冲突不得出，阵杀者数千、溺海者数千、擒而戮者亦千余，庄大田并其母皆就获。凡傅会之严烟、刘升、陈泮等，均槛送京师。台湾平（皇朝武功纪盛、圣武记）。
初，康安之解诸罗围也，柴大纪出迎，自以参赞伯爵，不执櫜鞬之仪；康安即劾其前后奏报不实。上以大纪固守孤城逾半载，非得兵民死守，岂能不陷？若谓诡谲取巧，则当时何不遵旨出城？其言粮食垂尽，原所以速外援；若不危急其词，岂不益缓援兵？大纪屡蒙褒奖，或稍涉自满，于福康安前礼节不谨，致为所憎，遂直揭其短，殊非大臣休容之度。又福康安抵诸罗后，凡有攻剿，皆不派柴大纪、蔡应龙；而于拥兵不救之恒瑞，非惟不劾，且屡叙其战功，曲为庇护。至是，据琅玕奏：风闻柴大纪私令守兵渡回内地贸易，每月勒缴银钱；又驻守嘉义县时，系畏贼不出，并非实心守城。又据李侍尧奏：台湾戍兵多有卖放私回，以致缺额。其留营当差之兵，亦听其在外营生，开赌窝娼、贩卖私盐，镇将等令其每月缴钱，经年并不操演。经李侍尧咨查，始据柴大纪开报，见戍兵实止共有七千五百名；此外则以伤亡散失，无可查核为辞。前岁贼匪滋扰府城时，柴大纪恇怯不敢出战，经永福等面加诮让，始带兵出城等语。奉旨：柴大纪着革职拏问，交福康安逐一严审明确，定拟具奏。至福建水师提督员缺，着蔡攀龙补授；所遗员缺，着梁朝桂补授（圣武记、续东华录）。
以台湾用兵，免福建晋江等八县本年额赋十分之三、浦城等十二县十分之二。
谕：柴大纪既贪纵酿变于前，复狡诈欺罔于后；其前此接奉谕旨不肯出城一节，自系因郝壮猷前在凤山弃城逃回，即于军营正法，柴大纪心怀畏惧，恐罹重辟，是以不敢轻离该处。设非朕严申军纪，于凤山失事时即将郝壮猷按律办理，则柴大纪怯懦畏葸，未必不为郝壮猷之续。今既查明种种劣迹，自应彻底严办。
又谕：柴大纪婪索金银五、六万之多，且豫行寄信家中，属伊子先行防备。见据琅玕在其屋后地平之下，起出金锭银两；可见柴大纪勒索所属、剥削兵民，贪婪激变种种款迹，已确凿可据。
三月癸亥朔谕：柴大纪前在嘉义县防守，未经带兵出城一节，经福康安等查明，防守嘉义县俱系义民之力，其未经出城亦系义民不肯将伊放出，伊亦畏贼不肯带兵出城。柴大纪前次所奏，全不足信。是柴大纪恇怯无用，又复狡展欺饰，并守城亦无寸功足录矣。
谕；台湾获盗，无论首从，皆按律正法。俟五年后，再照旧例分别奏请（以上东华录）。
泉州各庄，赐褒忠、旌义里名；漳州各庄，赐名恩义村（瞥记）。
四月谕：台湾逆匪滋事，其始不过无藉匪徒，邀集伙党，倡立会名，尚无聚众谋逆之事；前年闽省办理杨光勋械斗夺犯一案，该省文武各员惟思将就完结，并未将逃逸匪犯实力缉拏。又柴大纪贪纵营私，永福近在同城，又有奏事之责，并不参奏，亦未据实揭报。该省督抚、该道于堵御贼匪固为出力，但核其贻误地方之罪，究属功不掩过。永福着革职，送交刑部治罪；臬司李永祺于覆审时不即严切根究，殊属徇纵，着一并革职，留于台湾效力赎罪；该抚徐嗣曾平时漫无觉察，并着交部严加议处。
五月，福康安等奏：台湾改建城垣，用砖既难拉运，用石尤易矬蛰；请筑土城，高一丈八尺为率。除南北东三面依照旧基外，惟西面一带濒海应收进一百五十余丈：共添建城楼八座、卡房十六座、兵房八座。至凤山县城偪近龟山之麓，地势低洼，请移于十五埤头街地方，仍用刺竹围插；其旧城基址与彰化县西八卦山，均应添设石卡一座，驻兵防守。
癸酉谕：前因台湾戍守兵丁，向内地各营分拨前往，远涉海洋，纷纷更调，且义民出力者甚多；是以谕令即在台湾募补，以归简便。今据福康安等体察舆情，若先尽义民挑补，既恐未谙军纪、不能得力，又恐招募漳、泉之人太多；请于内地征兵内详加挑选，照依戍兵额缺，令其顶补，自属实在情形。其熟番既可招募，并请将集集埔等处空余田地拨给番民，自行耕种；仿照屯田之例，将壮健熟番挑作屯丁，设立屯弁管束，自应如此办理。至台湾无藉游民不安本分，武断一方，名为罗汉脚；此等恶习最为可恶，与四川囗〈口固〉噜匪犯无异。见经大加惩创之后，不可不实力查拏，务使不复有此项名目，方为妥善。
