六月谕：福康安等奏称，向来台湾各营，自总兵至守备衙门，皆有兵丁听候差遣，分为旗牌、伴当、内丁、管班四项名目，各有目兵管领；总兵署内多至三百人，副将以至守备依次递减，至少亦有三十余人。请嗣后将四项名目全行禁革。从之。
又谕：前将万锺杰补放台湾道时，特令加按察使衔，原欲令该员遇有应奏事宜，得以自行陈奏。嗣后遇有补放台湾道员者，俱着加按察使衔，俾得自行奏事。
七月谕：柴大纪在台湾总兵任内，任意废弛营伍，纵容兵丁赃私累万盈千。迨贼匪窃发，并不实时带兵亲往扑灭；复托词回城调兵，迁延时日，以致酿成贼势。及收复嘉义县城时，又不并力追剿，与贼以暇，致贼人复得占踞斗六门、大里杙等处，修筑抵御。种种贻误军机，经福康安等定拟斩决，解京办理。朕以柴大纪情罪重大，本应立正典刑；其在嘉义奏称不忍以十数万生灵委之贼手、情愿固守之处，虽查系义民不肯放出、皆属谎词，朕究念其尚有守城微劳，欲俟解到覆讯后，加恩从宽末减，改为监候。兹据军机大臣等覆讯，柴大纪复思狡展，翻供低赖，岂可复从宽典？柴大纪着照所拟，即行处斩，以为昧良狡诈退缩者戒！
十月谕：据徐嗣曾奏，柴大纪所奏正法及戮尸各犯内有许怀等三十五名本系误拏，经知县陈良翼审属良民，据保释放；柴大纪必欲回护原奏，按名正法。争执再三，复令该县扶同捏报，始准释放。是柴大纪妄奏冒功，几令无辜良民数十人陷于重辟，情节尤为可恶。着将柴大纪之子查明发往伊犁，给与兵丁为奴，以示惩儆。
五十五年（一七九〇）三月，免福建台湾府属应征供粟，其官庄租息银免十分之三。
十一月，徐嗣曾卒，调浦霖为福建巡抚（以上东华录）。
五十七年（一七九二）六月，台湾地大震（东溟文后集）。
六十年（一七九五）三月甲子，台湾匪民陈周全作乱，陷鹿港。乙丑，攻彰化，陷之。先是二月，南路凤山匪民陈光爱谋反，攻石井汛，未破被获，斩其党数十人，众溃，事且定矣，捕少懈。已而内地米贵，商船争集；台米亦贵，石米钱五千文。北路彰化游民聚众抢夺，知府遇昌，右营游击陈大恩驰往，擒治十数人，晓谕彰鹿有榖之家出粜，市价平。三月，遇昌回郡，大恩留彰化弹压，陈周全遂为乱。周全，同安人，生长台湾。乾隆五十七年回籍，与同安匪民苏叶谋反未成，事败逃至凤山，与陈光爱结会；再败，逃至彰化湖仔庄泉州人马江家，复与潮州人陈容（郎陈光辉）、漳州人黄朝、黄亲分漳、泉、粤三股各招千人作乱。周全称长，拜晋江人洪栋为军师，陈光秀、许篇、阮四、吴加令、杨成隹皆封伪将军。诡言内地朱一贵之后朱九桃有海船数千，将以三月十五入鹿港；令旗书「大盟主朱」，又刻木印四角刻「竖仰攻济」四字，中为桃形，桃中刻小「朱」字，其党皆以朱为号。至是，洪栋定计，先攻鹿港。彰化城中闻鹿港有贼将起，游击陈大恩以兵二百人往备。有告城中匪民吴添应贼者，反捕之，交县收讯，复出城驻札。是夜，贼遂起。黎明，攻破鹿港，围同知署。同知朱慧昌有勇力，持刀御贼，杀毙贼目陈光秀；众贼齐入，遂遇害。鹿港营亦破，游击曾绍龙、外委任尚标皆战死。大恩闻变，还屯八卦山，为城声援。署副将张无咎、署知县朱澜闻城中有贼，惧不敢守，出奔八卦山。贼趋攻彰化西门，都司焦光宗拒守，炮伤贼颇多。贼绕攻八卦山，大雨，官兵火绳淋湿，鎗炮莫施；贼乘雨夺山，殊死攻。大恩见事急，燃火药自焚，无咎、澜被害。城中见八卦山火起，无固守心。贼遂入，典史费增运、千总郭云秀、吴见龙皆战死；都司焦光宗自刎未死，民人匿之。贼释囚，掠仓库，出榜安民。郡贼因乘雨攻山，衣湿，就周全取衣；周全令各当铺暂借。众贼因肆掠，民大怨，乃相谋逐贼矣。
初，彰化获吴添，供有海盗船进鹿港，定日攻鹿港，彰化并有沿海匪民附和。翼日，果有贼陷鹿港之事。丁卯，营、县报至，原任凤山县张植发自彰化奔郡，言内地红头贼船约数十号，俱穿白布囗〈衤领〉褂，本地附和匪徒以白粉涂株衣衫为号，其势甚炽；初不知贼首为陈周全也。郡议以郡城根本重地，林逆之乱，台湾道杨廷理固守得民心；与中军游击潘国材留守，哈当阿、遇昌以游击麦瑞水陆兵九百人剿贼，使安平副将陈上高哨船赴鹿港堵截。连日夜大雨，戊辰至湾里溪，水涨不克进，遂驻之。是日，斗六门贼王快数百人与陈周全应，乘雨夜攻斗六营；守备吴大瑞出援彰化未返，千总龙升腾御之，贼退。次日复至，从贼益众；畏营中鎗炮，以方棹侧转车输木上，铺浸湿棉被，贼藏棹后推拥而前。升腾约军士持鸟鎗不发，度贼近，升腾亲燃大炮击棹破，乃排鎗齐发击贼，死伤甚众。又先日，因雨预备斗篷一百具，以是兵带雨战，火绳不湿；贼败。守备吴大瑞兵亦至，贼走散。时升腾兵仅百人，破贼千余。
汀州府同知沈扬以督、抚委查工程至彰化，遇变，避匿城中民房，密与贡生吴升东谋，转约廪生杨应选集义民二千余人，城内汹汹言逐贼；大肚、鹿港各处义民皆起。己已，贼出掠山仔脚、田中央社，武生林国泰率庄民击败之。贼惧，不敢驻城中，伪军师洪栋先遁。都司焦光宗自田中央率义民至，自西门入，城内义民大呼逐贼，贼众惊溃，遂复彰化。鹿港贼亦为义民逐走，复鹿港。扬安抚居民，与都司焦光宗率义民共守彰化，以收复闻，且请兵；时镇、道皆未知也。哈当阿闻嘉义县北虎尾溪渡船为贼焚断，恐嘉义失守，分兵二百人令守备林国升赴嘉义协守，仍自驻湾里溪南。嘉义各庄义民首张添锡、生员张田玉率义民数千，夜扎筏渡虎尾溪至嘉义，从原任知县单瑞龙协守县城。台湾道杨廷理亦选乡勇千人，赴军营济之。郡中讹传海贼且至，安平右营游击陈光昭遥望鹿耳门外有十余艘，疑为贼，发炮击散之。廷现闻，复添拨乡勇助守鹿耳门。及沈扬报至，郡中人心大安。扬请增兵拨饷，以保城邑；廷理发府库银一万两，委丁忧典史陈圣增运送军营。以收复闻，请委扬署鹿港同知、前嘉义县知县单瑞龙署彰化县。
贼众既溃，陈周全只身南遁，至埔心庄。甲戌，乡民陈祈、庄南光诱执之以献。守备吴大瑞亦与义民邱景山获贼目陈光辉。马江为铺民所杀。各路报获余贼甚众。哈当阿夜渡虎尾溪，乙亥至彰化，遣游击麦瑞以水师一百人、广东义民三百人、鹿港义民一千人赴鹿港。
南路贼郑贺（绰号红面猴）住凤山中州，与陈光爱余党许强善。郑贺闻提镇赴彰化剿贼，意郡城兵单，谋作乱；陈喜、黄皮、李和尚、邹茂、郭旭等附之，约分招贼党。贺夜往邀许强，强先见台湾道示谕各贼投诚或能擒贼自效皆免罪，乃阳许之。饮以酒，乘醉擒贺以献。陈善等至大目降，亦为网民郭猴助义民首方耀汉等所获解郡，又擒献贼目李计、赵好、沈辉、陈韭、许强；贡生李登元又获其族人为匪者李聪明、李占解献，皆诛之。南路平。哈当阿自彰化分兵与吴大瑞、遇昌搜捕各路，埔盐、湖仔、内埤脚、梧厝、水尾、河婆仑、四块厝、浸水、同安寮、荷包厝凡十庄，皆贼巢穴，捕获百余人，悉诛之，焚毁其巢；获贼目杨成佳、黄潮与陈周全、陈光辉解郡。北路平（以上东差纪略）。
四月谕：义民首杨仲舍等能招集多人，诱获贼首，实属可嘉之至。除杨仲舍等四人交伍拉纳等查明，照从前义民黄奠邦、郭廷筠等之例超擢官职、优加赏赉，俟事定后送部引见外，所有义民首及义民等，查明广东是何村庄、福建是何村庄？将本年应纳钱粮，均着该督抚详查，分晰住址，概予宽免。
谕：台湾奸民陈周全等纠众滋事一案，伍位纳身为总督，乃仅派乌兰保带兵前去，竟在内地安坐，并厦门亦不前往；节经降旨严饬，仍在内地逗遛，尚复何颜忝膺封疆重寄？伍拉纳着即遵旨速赴台湾查办一切，仍交部严加议处。至前据哈当阿奏，鹿耳门外有船十余只，在洋游奕，似非商船形状；当即连放两炮，各船四散等语，实不成话。在洋游奕船只，既属遥望，何以知其确非商船，即系贼船？若实系商民船只，遽行用炮击打，岂不令商民无故受惊？且果实系贼船，正当诱其近岸，伏兵擒捕；或派兵出洋，驶船追剿，方为正办。岂止图贼船逃散，遂可置之不问耶？所办实大错谬。哈当阿亦着交部严加议处（以上东华录）。
七月，台湾地大震（东溟文后集）。
——录自福建通纪卷十五。
仁宗嘉庆元年（一七九六）五月，大学士闽浙总督福康安卒于军。
六月，以魁伦为闽浙总督、姚棻护理福建巡抚。
二年（一七九七）四月，姚棻以疾免，以田凤仪为福建巡抚。
七月，田凤仪丁忧，调费淳为福建巡抚。
以汪志伊为福建巡抚。
十一月，魁伦丁忧，以富昌署闽浙总督。
四年（一七九九）三月，以书麟协办大学士，署闽浙总督。
七年（一八〇二）十月，以长麟为闽浙总督（以上东华录）。
初，嘉庆四年，闽浙海盗有安南大艇帮四总兵三十余艘曰艇盗，凤尾水澳蔡牵三帮各六七十艘、箬横小帮浙盗二十余艘附之。时阮元为浙江巡抚，五年六月，乘风勒兵击之。安南巨盗五、六千人及土盗小船全荡平于台州松门，四总兵溺死者三、磔死者一。奉旨：以总兵敕印掷还安南王阮光缵。光缵言但令总兵巡海，不虑其入浙为盗，上表谢罪。自后，安南夷寇不复入浙；其在闽者，皆为牵所并。牵，同安人（一作漳州人）；奸猾善埤阖，能使其众。既得夷艇夷炮，大猖獗；凡商船出洋者勒税银四百圆，回船倍之，乃免劫。且结陆地会匪，阴济船械、硝磺、米粮。而官修战舰笨窳，不能放洋，转雇商船为剿捕之用。于是阮元率官商捐金十余万付李长庚赴闽造大舰三十，名曰霆船；铸大炮四百余配之。贼畏霆船甚，厚赂闽商更造大于霆船者，先后载货出洋，伪报被劫。牵得大海舶，遂能渡横洋，窥台湾。是年五月，复犯鹿耳门，劫台湾米数千石，分济粤盗朱濆，连囗〈舟宗〉八十余猝入闽；闽师不敢击。会浙江总兵胡振声以二十四艘运造舟木于闽，闽督玉德檄振声击之；而闽师不援，为贼火攻所陷，遂与同船弁兵八十余人同时死之。诏逮不援台之金门镇总兵吴奇贵（弟子记作海坛镇孙大刚）、副将张世熊等治罪（揅经室二集、圣武记、雷塘庵弟子记、雕菰楼文集）。
初，浙江巡抚阮元与闽省督、抚会奏「请以李长庚为总统，一提两镇不分闽浙、严拏海盗蔡牵」折，略曰：应请令浙江提督李长庚为总统，带浙省兵船二十只，浙江温州镇总兵胡振声、福建海坛镇总兵孙大刚为左右两翼，各配船二十只，共船六十只。其未经饬调者，仍各领兵船在本汛巡缉；如遇提督追贼至境，一体策应。六月命下，而振声已死。
八月，提督李长庚率四镇兵船攻蔡牵于定海北洋，获船一只，炮沉一只；炮几及牵，生擒黄奎等五十二人。朱濆船被剿多伤，遂与蔡匪分散，遁回闽、广，贼势益孤。初，胡镇军阵亡后，两省兵气大馁；蔡匪复窜浙洋，八十余船复与粤盗朱濆相合来浙，其势甚炽。阮元与李长庚谋，且勿轻击，俟各镇兵船修调齐集，乃于秋半合击，大破之。
十一年（一八〇六）正月，玉德奏称：蔡牵竖旗滋事，自称镇海王，于上年十一月二十三日抢入凤山县城，经官兵攻散后，贼船复驶入鹿耳门，在府城外登岸劫掳，并勾结嘉义县匪徒洪四老等乘机滋事。奉谕：贼势鸱张，不得不大加惩办。所有军火、粮饷、器械、船只等项，照军兴例动帑经理；一切均责成玉德，不可稍有贻误。又谕：赛冲阿久历行阵，于剿捕事宜素为谙练；见发去钦差大臣关防一颗，交该将军行用。不拘何处接奉此旨，即由该处驰驿前赴闽省。玉德见驻之常武海口，于该督豫备兵力内择精练强壮者带领放洋，悉力督剿。该处提督自李长庚、许文谟以下各将弁，均受该将军节制调拨。
免蔡牵滋扰之台湾府属地方额赋。
以魏元烺为福建巡抚。
三月，台湾镇总兵官爱新泰等奏，攻克洲仔尾等处贼寨。
爱新泰奏，克复凤山县城。得旨嘉奖，赏云骑尉世袭（以上东华录）。
