明代出现了大量兵书，且多文人之作。随着郑和出使西洋、倭寇骚扰沿海和郑成功收复台湾等事件的发生，以及海防战略观念的逐渐浮出水面，出现了专事汇辑沿海和海洋防务资料的著述。郑若曾的《筹海图编》为了知彼知己，抗御倭寇，采用“图以志形胜，编以记经略”的体例，详细记载中日两国的有关情况，申述其海防战略思想。书中绘图174幅，其中明代沿海地形和郡县图112幅，战船、兵器图59幅，日本国图2幅，倭寇入侵图1幅，不仅保存了许多有价值的地理资料，而且标志着军事地理的研究和兵要地志的编辑成为军事情报搜集和整理的重要组成部分。作者认为：“不按图籍不可以知厄塞，不审形势不可以知经略。”认为海防设置“必因地定策”，反映了早期的海防情报思想。魏僖是军事历史和军事思想学者，所著《兵迹》不仅分析中国境内包括少数民族在内的各地情况及作战特点，而且分卷记载了亚洲海岛诸国、我国周边诸国、欧美远邦诸国的资料，虽然不尽准确，但已表明世界军事地理情报资料的研究已经进入世人的视野。边防方面，《九边图说》以大量精细的绘图，配以文字解说，分述九个军事防区的地理位置、战略要地、军事设施、兵马钱粮以及敌情形势，被称为“边防者所不废之书”。顾祖禹的《读史方舆纪要》更是一部详尽考释历代军事地理的巨著。顾祖禹认为军事斗争必须洞悉地理：“从来有事于一方者，必常审天下之大势。不审天下之大势而漫应之，战与守虽异，而其至于败亡则一也。”为此，他采用地理区域与军事历史横纵结合的方式，详述各地“山川险易，古今用兵战守之宜，兴亡成败得失之迹”，客观上揭示了地理情报的地位和作用。茅元仪以个人之力纂辑的大型军事类书《武备志》提出了边防、海防、江防并重的战略思想，并在《占度载》中以多卷的篇幅详细记载了明代地理形势、关塞险要、海陆敌情、卫所部署、督抚监司、将领兵额、兵源财富等，实际是关于己方情况的系统全面的情报资料。在军事科技方面，徐光启基于“器胜”的军事思想，力主引进西洋的火炮技术，变革部队的武器装备，并将“技艺”列为练兵的标准之一。他既是明代向西方学习科学技术的先驱，也开启了军事科技情报研究之风。
《百战奇略》的作者不详。他把谋略用兵置于战争指导的首位，认为：“凡与敌战，必先料敌，详审而后出兵。”一是“料将之贤愚”，二是“料敌之强弱”，三是“知战之地，知战之日”，四是“料粮之虚实”。在侦察与情报方面，作者提出了“凡欲征伐，先用间谍”，“行兵之法，斥候为先”，“凡与敌战，必用乡人引而导之”三项原则。
戚继光著有《纪效新书》、《练兵实纪》。戚继光在中国军事情报史上的重大贡献在于他在抗击倭寇的作战实践中提出了海防情报观念，并总结了海上侦察的“相敌之法”。他的若干理念，不仅可视为海上安全思想的先驱，而且对于当今的打击海盗和保障海上战略资源交通要道畅通的情报工作都富有启示意义。在作战指导上，他主张“算定战”，反对“舍命战”和“糊涂战”。认为：“敌情不得，耳目聋聩，亡身败家，可立而待也。”要求战前“件件算个全胜”；每到一处，“遍察军情虏状”。在日常活动中，规定禀报和押送公文的人员，须经审实，方可进见；可疑之人，须送军中研审发落，不许擅放擅问。他还将潮汐时刻和物候现象编成歌谣，以供下级应用。在行军驻扎时，坚持派出明哨、暗哨，及时掌握敌军动向；注意设立烽堠，有效传递警报。在具体战斗之前，强调对敌情、地形要周密调查，做到对敌军的“分合、出入、多寡、向往、进兵路径，举皆洞然”；对作战地形，“了然如素履”。在战术原则上，他主张“临机应变”、“因情措法”、“因地布阵”。他的情报思想和实际做法，具有战役、战术情报的特点，不尚空谈，具体实用。
《投笔肤谈》疑为何守法所作，该书《谍间》、《敌情》两篇专论情报。关于敌情，作者认为：将领不知敌情，如同木偶，便不能利用战机取得胜利；敌情是动态的，有的看得见，有的看不见；使用间谍和观察“战形”，是掌握敌情的两条基本途径；对于敌情，必须详察，善于识疑，辩证分析，掌握敌之企图；敌情不明，要采用“示形”之法，探知敌情；敌情既得，不可贻误战机。关于间谍任务，分为情报搜集和秘密斗争两方面。前者包括“采物价之腾平，察风俗之好尚，觇人事之喜怒，瞷上下之乖和”，重在经济、政治情报，比前人有突破。后者包括利用敌方的内部矛盾使其互相猜忌斗争，废黜忠良，拆散同盟等，不再将谍报工作仅限于搜集情报的领域。对于谍报工作，认为间谍固然重要，但也存在“传伪于我”和“泄情于彼”两种可能，主张间谍“可用而不可恃”，这与李靖的观点一致。
《草庐经略》作者不详，书中反映的情报思想切实具体，较前人有所发展。作者重人事轻鬼神，认为“天官时日”只可用于迷惑敌人或激励士气，是其情报思想不同于《虎钤经》、《等坛必究》等兵书之处。敌情判断方面，认为智者千虑，难免有失，强调集思广益，听取善言。谍报工作方面，主张一事多间，间谍彼此之间各不相识，各述所闻，“为间之人不一，而知间之人惟我”，以便察其真伪，分析异同，相互印证。“御倭之法”，主张“出洋远哨”，于风汛之期“时时警守，时时侦望”。战术侦察方面，强调广侦探，度险要，诳敌将，严斥堠，用向导。
明清之际，揭暄著《兵经》，以一字概括一条用兵原则。其中“智部”对情报理论多有阐述，在认识论上有一定价值。“谋”条认为：“智不备于一人，谋必参诸群士”，已有“智囊团”思想。“误”条论及“误人不为人误”，具有情报思维和谋略意义。“知”条总论察明敌情的四种手段，“识”、“测”两条论述实战中对敌将企图和战场情况的判断，“间”条论述间谍手段方法，有新的归纳。“秘”条强调“谋成于密，败于泄”，叙述泄密的种种原因和可能，富于警示和教育意义。
清代以鸦片战争为开端，军事情报思想出现了重大发展。林则徐、魏源等有识之士鉴于西方列强的坚船利炮，提出了“知夷情”、“筹夷事”的口号，不仅开启了近代意义上的情报工作，而且实现了情报思想由传统的“知敌情”观念向新兴的“知夷情”观念的重大变革。林则徐受命为钦差大臣赴广东查禁鸦片，筹备战守，上任伊始，“日日使人刺探西事，翻译西书，又购其新闻纸”，并将所搜集的资料编为《华事夷言》、《四洲志》等书，成为公开情报资料搜集和整理的先驱。魏源主张“师夷长技以制夷”，在林则徐提供的《四洲志》及大量口述情况的基础上，又参照其他中外史地资料，于中英《南京条约》签订后，辑成《海国图志》50卷。该书是近代以来从军事角度看世界的标志，表明军事情报思想产生了质的飞跃。他在“叙言”中说，该书“为以夷攻夷而作，为以夷款夷而作，为师夷长技以制夷而作”。他认为以夷攻夷，必先知“夷形”、“夷情”，即了解世界形势、各国经济往来以及彼此利害冲突等情况。他在介绍各国地理环境时，分析了英国从新加坡、印度战略方向对中国的威胁，预见了俄罗斯兼并我国西北地区的可能，并十分重视缅甸、安南、美利坚抵抗英国侵略的历史经验。“知夷情”是为了“筹夷事”，在外交战线上利用矛盾，折冲樽俎，以夷制夷。“师夷长”技则要了解、学习西方战舰、火器技术，以及新式养兵练兵之法。其内容已涉及国际形势分析、军政外交谋划、军事科技、战役战术四项领域。魏源还主张设置翻译馆翻译西洋书籍，延聘西洋工匠技师和军事教练人员，以使中国水师“战洋夷于海中”。
曾国藩是清末重臣，湘军首领。对抗太平军，是其一生中最重要的军事生涯。在军事情报思想方面，他主张“以亲看地势、亲探贼情为第一要义”，延续了孙子的“知彼知己”和“知天知地”的大情报观。对于敌情，强调“第一贵审力”，认为“审机审势，犹在其后”，表明他十分重视敌我双方军事实力的考量。曾国藩的军事情报思想的独特之处是在情报整编和情报报告方面，其核心观点是“不妄奏”。由于下级军官上报的军情不免有谣传之辞，对于战局的趋势预测也难免判断失误，因而他主张“不凭报入奏”，反对把下级军官上报的情报直接呈达朝廷，以免混淆朝廷视听。他根据自己的作战经历和当时战争实践的经验教训，提出了军情报告的两条原则：一是“不轻奏未定之事”，二是“不轻奏预计之说”。在战争中，他向朝廷上报奏折时，实际上也奉行宁少勿滥的原则。对于撰写军情奏折，他认为“一言之是非”，关系到“他人之荣辱予夺”，“不宜发之太骤”，一定要“存敬慎之怀”，慎之又慎，下足功夫。除了反对“欺饰”和“文过”之外，既要研究观点主张，也要斟酌遣词造句。这些思想，除去反映了曾国藩忧虑满族朝廷猜忌自己之外，确实是他在军事情报文件撰写与报告方面的甘苦之谈。
朱逢甲是古典间谍思想的殿军。他处于农民起义不断爆发而满清政府又无力镇压的时期，在看到清廷财政枯竭、官兵惧战，而招募来的乡勇又不愿与起义军作战的情况下，认为只要间谍手段运用得法，打入起义军上层领导，采取暗杀手段，就可以收不战而屈人之兵之效。这种“用间解决一切”的思想，把自孙子以来的谍报理论推向了极端。基于“勘平”起义的目的，朱逢甲撰写了《间书》。该书为间谍史话性质，在情报学术上具有一定价值。首先，拓展了间谍的内涵，把外交谋略运用、侦察活动等也视为“用间”，但未能廓清概念。其次，以儒驳儒，认为圣人也不免为间。再次，有述有作，强调巧于用间。最后，溯源辨流，广征博引，不仅考证了间谍名称沿革，而且基本达到了“用间之法，略备于斯”的目的。
