向西迁移的是回纥汗国溃败后的主要部众。
西迁的回纥人分成三支，一支迁往河西走廊，就此止步；一支西出阳关，到达高昌（今吐鲁番）；另一支迁往中亚草原。
在河西的一支以甘州（今张掖）为中心，聚集力量、休养生息，逐渐强大起来，由寄人篱下的逃亡者，一跃而为河西地区的主宰者。到十一世纪初叶，河西回纥被西夏政权征服。十三世纪以后又经历蒙元统治时期，在漫长的岁月里，他们发展演变成为今天的裕固族。回纥人曾信奉过萨满教、摩尼教、佛教，河西的这部分回纥人一直没有改奉伊斯兰教。
进入新疆的一支，在北庭（今吉木萨尔）击败吐蕃，进而攻占西州（即高昌，今吐鲁番盆地），建立了高昌回鹘王国，先信奉摩尼教，后以佛教为国教。高昌王国以吐鲁番为中心，控制着东起甘肃西部、西至龟兹、北越天山的大片土地。高昌回鹘王国的政权，一直延续到元朝中期，始终与中原王朝保持着友好关系。他们留下的回鹘佛教文化遗存，成为传世瑰宝，震惊世人。
这里要特别提到的是第三支回纥人，他们迁到了中亚草原。后来，塔里木河流域的历史由他们改变。历史也注定了他们的命运，使他们荣登塔里木河流域广大地区主人的位置。
这部分回纥人起先主要在帕米尔高原（葱岭）以西活动，所以称为葱岭西回纥，或葱岭西回鹘。
十至十二世纪，从漠北高原西迁的回鹘人在中亚反客为主，建立了强大的喀拉汗王朝。“喀拉”的突厥语意为“黑”，所以汉文文献称他们为黑汗王朝。
新生的黑汗王朝摧枯拉朽，所向无敌，在中亚消灭了萨曼尼王朝，攻占其都城布哈拉（今乌兹别克斯坦的布哈拉城），并将势力扩展到阿姆河以南地区。在东部，喀拉汗王朝攻占了葱岭以东的疏勒（今喀什）、于阗。
喀拉汗王朝的统治中心，起先在巴拉沙衮（今哈萨克斯坦境内），后来迁至塔里木河上游著名古城喀什噶尔（即喀什）。
塔里木河流域的吐蕃统治势力，阻止过喀拉汗王朝东征的马队，结果以失败而溃逃的自然是吐蕃。
喀拉汗王朝向往塔里木河流域丰饶的绿洲，他们最初的胜利仅限于喀什、阿克苏一带，他们的目的是占据整个塔里木盆地。但是在龟兹（库车），喀拉汗王朝的军队与他们的同宗一一高昌回鹘王国相遇，遭到顽强的抵抗。高昌回鹘阻止了喀拉汗王朝北上的势头，库车就成了这两支原为回纥汗国劲旅、现为两个王朝政权支柱的军事分界线。
从此，喀拉汗王朝就开始了漫长而巨大的建立帝业、开拓疆土的计划和行动。
喀拉汗王朝的可汗苏图克·布拉格汗是一个传奇式人物，他秘密地信奉了伊斯兰教。在一个深夜，带领自己的数十名亲信，杀死继承他父亲汗位的叔父，成功地夺回了汗位。
于是，在新疆全境推行伊斯兰教、对新疆历史产生划时代影响的大事件，就由苏图克开始了。
“圣战”大旗如飓风
唐朝无可挽回地消亡了。
新疆成了回鹘人的天下，但不是一统天下，而是三分天下。
除了位于吐鲁番盆地的高昌回鹘王国，另外两个王国都居于塔里木河上游，一个是于阗李氏王国，基本是由回鹘人统治；另一个就是以喀什噶尔为中心的由回鹘人建立的喀拉汗王朝，形成三足鼎立之势。
苏图克因皈依伊斯兰教，才在喀什噶尔成功地发动宫廷政变，所以他夺取了王位之后，就公开举起了伊斯兰“圣战”的旗帜。首先在佛教盛行的疏勒（喀什）、莎车、阿图什、阿克苏等地推行伊斯兰教，在喀什噶尔河、叶尔羌河、阿克苏河这些塔里木河的源流，到处飘扬起伊斯兰新月旗。
苏图克执政以后，就揭开了在塔里木河流域、天山南部进行延续数世纪之久的“圣战”的序幕。他在伊斯兰“圣战”旗帜下奋斗一生的功绩，都与他第一个信仰伊斯兰教、用伊斯兰教取代佛教、把伊斯兰教引入整个新疆并成为维吾尔等民族全民信仰的宗教，紧密地联系在一起。因而在伊斯兰教文献中，留下了许多高度赞美和神化他的记载。
苏图克在他占据的地域内，用武力推行伊斯兰教，毁坏佛教寺院和一切偶像崇拜的宗教设施，彻底消灭敢于抵抗的异教徒。
苏图克在位45年间，虽然发动了对笃信佛教的于阗国和高昌回鹘王国的伊斯兰“圣战”，但直至他于公元955年辞世时仍未取得胜利。据说苏图克汗王本人正是为了伊斯兰“圣战”，而死在征伐异教徒的战争中。
因此，苏图克在伊斯兰教历史中确定了他很重要的地位。事实上他的确是塔里木河流域历史转折的弄潮儿，是把伊斯兰教播撒全新疆的第一颗火种，是维吾尔的民族航船驶入伊斯兰王国的舵手。当然，他也是将辉煌数世纪的佛教文化毁灭于战火中的第一个发动者。
苏图克死后，他的长子木莎继位。
木莎在位的全部历史，是接过先父苏图克“圣战”的旗帜，继续进行征讨于阗佛教政权和高昌回鹘王国的战争。
公元960年，真主给木莎带来了好运，据记载当时有20万帐突厥人信奉了伊斯兰教，这就又一次激起了这位新汗王木莎推行伊斯兰教的“圣战”狂热。
同年，他正式宣布，伊斯兰教为喀拉汗王朝的国教。
接着，雄心勃勃的木莎亲率大军向于阗出征。不料，于阗方面早有准备，并出兵迎战，于叶城一带，两军在叶尔羌河附近展开血战，双方激战数天仍不分胜负，但伤亡都很惨重，于是就各自后撤，暂时收兵回营。
虽然于阗国佛教烟火得以延续，国土得以保全，但声势浩大的伊斯兰“圣战”锋芒一直指向于阗，这使于阗举国上下忧心忡忡，惶惶不可终日。
于阗是西域佛教文化中心，地处东、西方交通要冲，回鹘西迁时也大量拥入于阗，导致了统治集团也被回鹘人所代替。但其王国性质，仍如高昌回鹘王国，信奉佛教为国教，政治制度也与中原王朝相同。
唐朝灭亡后，于阗尉迟王朝仍自称是“唐之宗属”，并且以唐朝国姓李氏为姓，这时的国王还给自己更名为李圣天。他崇尚中原文化，以汉式帝王服装为衣着，实行中原封建王朝制度，采用内地通行的年号，他建筑的宫殿也仿照中原形式，并面朝东方。
他多次派使赴中原，谋求与中原王朝加强联系，终于在后晋天福三年（公元938年）被册封为“大宝于阗国王”。后来李圣天还与北宋王朝在西北的归义军节度使曹氏家族取得联系，并缔结了姻亲关系，把于阗和中原王朝的从属关系延续下来。
在喀拉汗王朝征讨于阗时，李圣天得到高昌回鹘、河西曹氏的支持和帮助。
公元966年，李圣天逝世，继位的几代于阗国王都基本坚持了李圣天的国策、遗规，时刻警惕着来自喀拉汗王朝的威胁。
喀什噶尔河忽然翻起一朵浪花，为警惕中的于阗国点缀了一些喜悦的色彩。那是公元969年，喀拉汗王朝的都城喀什噶尔爆发了武装起义，在反抗伊斯兰化的佛教徒策应下，于阗国的军队居然轻而易举地攻入喀什城。
这一胜利使于阗国上下欢欣鼓舞，于阗王不仅写信向沙州曹氏报告喜讯，而且还准备将在喀什获得的舞象等财宝，送往开封向北宋王朝进贡。
好景不长，喀什噶尔又很快被喀拉汗王朝夺回，两国再次处于旷日持久的拉锯状态。
木莎死于公元986年。他在位期间未能攻下佛国于阗，也未能实现进一步扩张伊斯兰教的雄心壮志。但他做了一些发展经济文化的事情，受到伊斯兰史家的称颂。首先，他开辟了由喀什辐射所辖地区的道路交通。在喀什噶尔河流域开发农田，兴建了水利设施。还创办了一所皇家伊斯兰经学院，筹建了一所图书馆，使喀拉汗王朝都城喀什，成为塔里木河流域一带的经济文化中心，也成为西域和中亚著名的伊斯兰教中心。
木莎的继承人是他的儿子阿布·哈桑。
阿布·哈桑继承了王位，也继承了祖、父两辈的扩张政策。
阿布·哈桑执政伊始，就迫不及待地发动了对于阗佛教政权的“圣战”。
这次战争，新主阿布·哈桑虽然高举“圣战”大旗，如狂飚飓风般向南冲去，但由于对手过于坚韧顽强，飓风行动还是不得不停止在波涛滚滚的叶尔羌河北岸。
喀拉汗王朝东南边的于阗国，仍是可望而不可及的去处。
处于汗国东北部的高昌回鹘王国，更是鞭长莫及。
于是，扩张心切的阿布·哈桑只有把“圣战”的锋镝挥向西方——葱岭那边的中亚萨曼尼王朝。
阿布·哈桑兵分两路，如狂飚如飓风，果然是横扫千军，所向无敌，连连攻下费尔干盆地和撒马尔罕、布哈拉两座名城，萨曼尼王朝崩溃。喀拉汗王朝以葱岭以西广大地区新主人的身份，重新载入了中亚史册。
具有戏剧性的是，于阗军队趁阿布·哈桑移师西征的时机，从背后向他发动了进攻。正沉浸在胜利喜悦中的阿布·哈桑，不得不挥师东返，仓促应战。
结果，此战以阿布·哈桑的悲剧告终。
阿布·哈桑在对于阗进行的“圣战”中，于公元998年战死于英吉沙一带的疆场中。于阗军队趁阿布·哈桑阵亡之际，一鼓作气，再度攻占了喀拉汗王朝都城喀什噶尔。
这一结局，同时出乎双方的意料之外。
阿布·哈桑的侄子玉素甫·卡德尔汗，在撒马尔罕抢先宣布继位。
公元999年，玉素甫·卡德尔汗招募了来自巴格达、波斯、印度及中亚的雇佣军。这支号称十四万之众的伊斯兰十字军，不仅收复了喀什城，而且敲响了于阗佛国覆灭的丧钟。
击败于阗军队，结束延续了数十年的这场战争的使命，是由玉素甫·卡德尔汗完成的。
1006年，玉素甫·卡德尔汗终于全面征服了于阗，伊斯兰教彻底取代了佛教。
不愿放弃佛教信仰的两位于阗国首领，率军退至昆仑山中，凭借天险坚持了一段时间，最后还是被“圣战”者消灭，余部越过昆仑山逃亡西藏。
从此，盛行千年的佛国于阗，香火断绝，钟鼓禁声。一个宗教故事谢幕，伴随着一个新的宗教故事的开场。
喀拉汗王朝剩下的最后也是最大一块心病，是占据在塔里木盆地东北部的高昌回鹘王国，那里仍旧是西域最大的佛教中心。
高昌回鹘王国的领地包括吐鲁番盆地、天山以北的北庭（今吉木萨尔）、罗布泊附近的且末、塔里木河中游的库车。喀拉汗王朝的多次出兵征讨，都没能越过库车一线。高昌回鹘王国，成了喀拉汗王朝啃不动的一块硬骨头。
这时，成吉思汗的骑兵铁流千里，气吞山河，给塔里木盆地上空笼罩上一种动荡不安的气氛。高昌回鹘王朝看到西辽王朝江河日下，濒于崩溃的局面，就顺应历史潮流，及时地脱离了与西辽的关系，归顺了成吉思汗，臣服于后来建立的蒙古帝国王朝。
高昌回鹘王国境内，佛教不但没有消亡，而且还得到了发展。回鹘王国时期对佛教艺术文化的许多光照后世的建树，就是这个时期内进行的。
天有不测风云。到十三世纪末叶，蒙古贵族海都、都哇制造叛乱，燃起战火。为了在军事上取得喀拉汗王朝的支持，包括海都、都哇在内的许多蒙古贵族都信奉了伊斯兰教。
都哇指挥十二万大军，于1275年包围了高昌都城，进行了六个月之久的战争，最后没有攻下，但给了高昌以毁灭性打击。
后来，塔里木河流域地区，成了察合台汗国的属地。首领秃黑鲁·铁木尔汗是第一个信奉伊斯兰教的蒙古汗王，他统治下的察合台汗国也就成了伊斯兰汗国。
成吉思汗的这批后裔，为了维护自己的统治，以百倍的狂热继续进行伊斯兰“圣战”，完成了喀拉汗王朝几代汗王未竟的事业——征服高昌回鹘佛教王国。
十四世纪末前后时期内，千年古城交河、高昌，落人“圣战”
者之手。
伊斯兰“圣战”者在进攻高昌时，高唱着如下的战歌：
我们像山洪般一涌而至，
爬上城头向前面奔跑；
把他们的佛寺夷为平地，
在菩萨的头上拉屎撒尿！
此后，佛教势力又退出哈密，伊斯兰教的新月旗帜终于播遍了新疆的全境。
察合台汗国春秋
天山以南、塔里木盆地周缘绿洲的三国鼎力局面，终于结束了。
维吾尔的先民同塔里木河流域当地居民，以及曾经活跃于西域、中亚的突厥人、铁勒人等，经过漫长的融合过程，形成了一个新的民族共同体，元代正式称为畏兀儿或维吾尔。
伊斯兰教化以后的维吾尔，统一使用阿拉伯字母。推行宗教和推行阿拉伯字母同时进行，这种强大的攻势，结束了使用当地各民族文字、古回鹘文字等多种文字并用的时期。
塔里木河流域共同的自然环境、生存空间和经济文化状态，提供了民族融合必要的客观条件。
但是，带着浓厚的游牧民族气息、从蒙古草原迁来的回鹘人，到达塔里木盆地农业发达的各个绿洲，在新的环境中必须对自己的社会经济结构进行改造。回鹘人审时度势，为了能长期成为塔里木河流域地区的主人，明智地放弃了原有的部族游牧的生产和生活方式，这就适应和促进了这次划时代的民族融合的进程。
不过，当时的宗教战争无论多么激烈，他们的首领都无一例外地承认自己是中国人，有的称自己与中原王朝是“甥舅关系”，有的称自己是“下秦”，即中国的一个地方政权。喀拉汗王朝的汗王则自称“桃花石汗”，在名字前面加上这一称谓，意思是“中国的汗”，“桃花石”是他们对中国的称呼。
伊斯兰教的最终胜利，一方面是狂热的“圣战”，一方面是谨慎地应对各种时局变化。
在被伊斯兰教征服的地方，如疏勒、于阗、龟兹、罗布泊一带及吐鲁番盆地，消除佛教影响也不是轻而易举的。他们在大肆破坏佛教寺院、强迫佛教徒改奉伊斯兰教的同时，也大量修建伊斯兰教寺院，开办宗教学校，以和平的手段传播和普及伊斯兰教。
