随之而起的是伊斯兰教建筑艺术，这些阿拉伯式建筑遍布塔里木河流域，如以喀什艾提尕尔的清真寺为代表的数以千百计的大小清真寺。另外，还有各种装饰富丽的陵墓，这些被称为“麻札”的陵墓是为那些汗王贵族和“为圣战而死的英雄们”建造的。不过这些建筑不是塔里木河流域原有的建筑形式，也不是汉式更不是佛教式建筑，而是依照在地中海沿岸形成的后期伊斯兰建筑物的样式，有厚重的正门和拱形圆顶的建筑物。
于是，塔里木河又跳荡起阿拉伯文化的文明浪花。
但注重实际的维吾尔人并没有断绝与中原商人的往来，当时一位学者说：“如果没有中原商人的来到，你那价值万贯的东西从何而来？”塔里木河流域各绿洲，仍将自己的门户向中原商人打开。
喀拉汗王朝大量铸造金属币，成为维吾尔历史上商业活动繁盛的一个标志。在中原的宋朝、西辽，在伊朗高原、伏尔加河流域、黑海沿岸，在遥远的尼罗河畔，都可以看到络绎不绝地来自喀拉汗王朝疆域的商队，他们那风尘仆仆的身影，他们带来的塔里木河流域的物产，都给后世在这些地方留下了痕迹和行踪。
在塔里木河流域，城市有了极大的吸引力，那些习惯于游牧生活的维吾尔贵族，经过一段踌躇之后终于迁进城市，享受商业文化带来的富足和多彩的社会生活。喀什噶尔、叶尔羌、于阗、库车以及喀拉汗王朝领地布哈拉、撒马尔罕、费尔干等这些中亚名城，又恢复了活力，焕发出生机。连结这些城市的古丝绸之路，出现了新的馆舍、驿站。
农业生产得到发展，塔里木河及其河源地区种植大宗小麦、大麦、高梁、豆类，当地的特产棉花、瓜果在农业经济中占很大比重，蚕桑业也十分引人注目。玉龙喀什河、喀拉喀什河、叶尔羌河、喀什噶尔河和阿克苏河，都开展了一些较大的水利工程。这些新建的水利工程和原有的灌溉系统相配套，保证了农业生产和绿洲城市社会生活的需要。水利工程的施工由官方统一组织，汗国有专门的水利工程徭役，如果该去修筑水坝或开挖渠道的人不去服徭役，那么地方官就要向他们征收赋税。当时人们已经知道在水渠上架设水磨，用水轮带动石磨，把粮食加工成面粉。
阿克苏一带还生产水稻，也有人用水力来加工稻子。人们还用粮食和葡萄加工酒类，水果不仅能晾晒成干果保存，还能加工成果酱。塔里木河流域到处呈现“田野垦辟，民物繁庶”的景象。
长期的游牧生活中，工艺类的制作水平很低，样式也很单调，进入城市或加人农业社会的维吾尔人对各类工艺很感兴趣，对从事制造的工匠非常推崇。因而在塔里木河流域各地，出现了许多手工工匠，如石匠、铁匠、靴匠、弓箭匠、染匠、织布匠、地毯匠、油漆匠、画师等，手工艺水平都达到相当高的程度。
喀拉汗王朝还以进贡或商贸两种方式，把当地物产和购自阿富汗、印度、波斯、中亚及东罗马帝国：等地的“宝物”，运往中原宋朝。当时每年都要入朝一、二次，运去的商品主要有珠玉、珊瑚、翡翠、象牙、乳香、木香、琥珀、花蕊布、硇砂、龙盐、西锦、玉利辔、金星石、水银、安息鸡舌香等。从宋朝运回来的商品主要有金带、锦衣、花绸、缎子、铜钱、工艺品、茶叶等。如果是喀拉汗王朝派遣的“进奉使”，就可以直接到京都汴京（今河南开封）贸易，每次人数约五十人左右，在汴京停留一百天。一般商人则只能在甘肃境内的临洮、天水停留贸易，由朝廷派人管理他们的经营活动。
农业的发达，商业的繁荣，给喀拉汗王朝的执政者和刚刚走入城市绿洲的游牧民族，带来对新兴未来生活的无限向往。
但是，他们既定的生活模式很快就受到蒙古铁骑的冲击，随之连王朝也退出了历史舞台。
其实，在伊斯兰“圣战”的后期，塔里木河流域已经迷漫了蒙古铁骑扬起的烟尘，发出了难以承受的喘息声。
坚不可摧的一代天骄，无往不胜的射雕英雄成吉思汗，来如天坠，去如电逝，成为世界的主宰。他的次子察合台的后裔建立起的察合台汗国，包括了塔里木流域地区、中亚河中地区和阿姆河以南的部分地区。千年之前开拓的联系东、西方的欧亚大陆交通线——丝绸之路，正是沿着上述这些地区路段通过的。
十四世纪形成的察合台汗国，是由海都和都哇建立的。十四世纪初叶，海都和都哇相继死去。察合台汗国发生分裂。都哇的长子耶先不花和幼子怯伯分别成了东部察合台汗国和西部察合台汗国的首领。
怯伯统治的西部察合台汗国包括今天中亚的乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦和哈萨克斯坦的部分地区。
耶先不花的东察合台汗国的疆域则包括新疆和中亚七河流域及伊赛克湖以东地区，塔里木河流域地区自然就构成了东部察合台汗国的主要组成部分。东部察合台汗国又称“蒙兀斯坦”，都城设在天山以北伊犁地区的阿里麻力城。塔里木河流域地区，有一个自称受察合台汗国分封的杜格拉特家族实行实际的统治。
这一时期的塔里木河流域地区各绿洲，要向东察合台汗国交纳赋税，这些赋税先集中到阿克苏，然后取道天山隘口，运往伊犁河谷的阿里麻力城。此时的于阗、喀什、库车已失去原先在塔里木河流域地区的社会地位，代之而起成为南疆政治经济中心的是阿克苏。
后来，有一个叫秃鲁黑·铁木尔的统一了察合台汗国。他是东部察合台汗国耶先不花汗王妾室生子。
秃鲁黑·铁木尔执政时只有十五岁，察合台汗国统治地区，是穆斯林聚居的地区，伊斯兰教遍及察合台汗国的全境。蒙古宗王这些异教徒，就像是被包围在伊斯兰教汪洋大海中的一叶孤岛。识时务的秃黑鲁·铁木尔不仅依靠穆斯林的两个大家族来维持政局，（当然，他给予这两个伊斯兰教家族的特权也是无所不有的），而且他还不得不放弃祖先信奉的宗教，改信伊斯兰教。他为了不引起蒙古王室的反对，经过一番筹划才宣布自己信仰伊斯兰教，并且强迫其他蒙古宗王也改变信仰。不仅如此，他还让所有改奉新教的蒙古人——包括他自己，非常彻底地履行了远远超出法定年龄界限的伊斯兰“割礼”仪式。
秃黑鲁·铁木尔正是凭借穆斯林的两大家族和信奉伊斯兰教后取得的支持，才夺回了东部察合台汗国，实现了统一。
然而，秃黑鲁·铁木尔付出的代价也是十分惨重的。他死后他的长子伊利亚斯继位，他当年倚重并给予极大特权的穆斯林家族之一，布拉吉的弟弟卡马鲁丁，要求拥有与其兄布拉吉同样的特权，伊利亚斯汗王以特权应由父子相承为理由予以拒绝。丧心病狂的卡马鲁丁，顿生杀机，血杀连环，在一天之内竟杀害了秃黑鲁·铁木尔的子女眷属十八人，夺得了王位。直到十二年后卡马鲁丁死，被人藏起来而幸免于难的秃黑鲁·铁木尔的幼子黑的尔火者，才得以重登汗位。
纷乱的政治局面，给塔里木河流域经济和社会生活造成极大的破坏。
首先是交通不畅，道路断绝，兵匪勾结，打家劫舍，察合台汗国境内各绿洲之间的联系处于停滞状态。至于塔里木河流域与外界的联系及与中原地区的联系，更是路断人稀，见不到商旅的影子。一些经济中心很快衰落下去，曾经是汗国统治重镇的阿克苏，此时已变成一片废墟，人民逃散，瘟疫流行。于阗城的人口已下降到一万人左右，高昌的繁荣景象也不复存在，田园荒芜，水利失修，牧业区因战争乱征军马和牛羊，使草原绿色锐减、一蹶不振。整个汗国上空，笼罩着一片不祥的阴云。
察合台汗国对人民的压榨变本加厉，极为残酷。农民的收获一分为三，一份交政府赋税，一份交地租，只能留下三分之一维持生活，完全是中世纪的掠夺性剥削方式。
社会动乱，商业萧条，货币失去了权威，人们就把贪欲的目标转到对土地的占有上，塔里木河流域农村，就沦为以劳役地租为特征的奴隶制社会，经济大幅度滑坡。
统治者推行伊斯兰教的残酷手段，丝毫没有改变。汗国后期有一个汗王叫马哈麻，见到蒙古人不缠伊斯兰教的头巾，他就把马蹄铁钉入这个人的头。
统治着喀什噶尔河、叶尔羌河、和田河上游地区的喀什苏丹阿巴拜克，更是穷奢极欲，沉浸在荒唐的虚幻之中。因为于阗的一个古墓中被人挖出大批金银珠宝，他便驱使上千人在喀什、和田、叶尔羌等地挖地寻宝，大批历史建筑和民房被夷为平地，到处是断壁残垣，遍地瓦砾。当他在军事上遭到失败，末日来临之际，他便率众向西藏逃窜，九百头骡子还不够驮他多年搜刮的珠宝金银。当他走投无路时，就下令把数量惊人的财宝全部倾倒进昆仑山中的喀浪沽河里。
阿巴拜克是一个十足的独裁者，虐待狂，他规定他的属民不得随意迁移，据记载，仅以违法迁徙的罪名而被截断下肢的，就有三千多人。
他逃跑时带走和遗弃的财宝多得无法统计，他无法带走而成为占领者战利品的财富，更是不计其数。据《拉失德史》的作者记述：“我那时才只有十六岁，钱财还没能勾起我的兴趣。尽管这样，我仍然分得了一万七千只羊。至于那些被钱财完全吸引的人们所得到的东西之多，整个战利品数量之大，是完全可以想像得到的。”
从十五世纪一直延续到十六世纪，察合台汗国的继承者之间进行的旷日持久的权力角逐，把塔里木河流域地区拖入到漫长的战乱岁月中。绿洲上空战火不断、硝烟弥漫，人们创造的文化精神财富和物质财富遭到空前的破坏。整个塔里木盆地生灵涂炭，民不聊生，处在水深火热的历史灾难之中。
叶尔羌河的挽歌
十四世纪下半叶的中原大地，已经改朝换代。元朝末代皇帝被赶出大都（今北京），明朝政权于1368年在建康（今南京）建立。
明朝开国的态势与元朝不同，元朝是彻底摧毁南宋势力后，在中国版图上建立起绝对的统治。而明朝的胜利则是建立在攻下对方的都城上，实际统治的地域只占中国版图的一部分。开国伊始就表现出兵锋不坚、出师不利的严重弱点。
中国西部、北部的地方政权，虽然接受了明朝的册封，与明朝建立了称臣纳贡的关系，但这种关系是脆弱的，这和直接实施有效统治是两码事。
明朝自然很明白，立国以后也实施了一系列经武措施，对蒙古残余势力进行了大规模军事行动，都取得了胜利。
现在轮到西部地区，明朝先在河西：｝也区设立了七处卫所，摆出了西进的阵势。
当时，明朝在开拓海上丝绸之路方面功绩显赫，明朝使团乘船远抵菲律宾、锡兰（今斯里兰卡）、印度以至东部非洲，震威于四海。明朝与世界各地密切来往，盛况空前，正如《明史》所说：“自是殊方异域，鸟语侏情之使，辐辏庭阙。”
但是，沟通欧亚陆路交通的塔里木流域地区，却仍控制在察合台后裔手中。没有这一广大地区，明朝就很难在事实上实现“殊方异域，辐辏庭阙”的愿望。
明朝以河西走廊为基地，首先打通进入新疆的咽喉哈密，于1416年又在哈密设立了“哈密卫”，这就使统一天山南北的行动计划又大大前进了一步。
然而，由察合台汗国后裔统治的吐鲁番势力的崛起，成为明朝统一天山南北的障碍。不仅如此，吐鲁番还发兵攻占哈密城，进而威胁河西地区。
1529年，甘肃巡抚唐泽、御史刘濂，面对这种无奈的局势，就联合给明世宗上一道奏折，说吐鲁番占据哈密一事，“有必然之势”。若“抚之以恩，而彼志益骄”；但如果“震之以威”，又怎奈“我力先屈”。奏折还说：“处置得宜，则远服而近安；处置失宜，则兵连而祸结。”在权衡对方实力和眼前处境后，建议朝廷不可轻举妄动，而应采取闭关绝贡的措施，稳住局势，以“渐图复兴。”
当时有些有识之士大声疾呼，反对放弃哈密：“保哈密所以保甘肃也，保甘肃所以保陕西也。若以哈密难守即弃哈密，然则甘肃难守亦弃甘肃乎？”
明朝政府已无力西顾，苦况难言地批准了唐、刘二人的奏折。
明朝政府不具备应有的军事力量，统一天山南北的努力以失败而告终。
不过，为了自身利益也为了给明朝政府以应有的体面，天山南北地方政权都与中原保持着入贡和贡赐的关系和商业往来。
统治塔里木河流域地区的喀什苏丹，就与明朝有着明确的政治臣属关系。
明朝政府关闭嘉峪关，所谓闭关绝贡，只是不再过问天山南北事务，以减轻来自西部的压力。其后果是自毁西部屏障，把河西完全暴露在敌对势力面前。
就在明朝政权为西域的事一筹莫展，不得不采取“驼鸟政策”的时候，塔里木河流域的政局又发生了巨大的变化。
1514年，有位传奇式人物赛义德击败了喀什噶尔苏丹，在叶尔羌城（即今叶尔羌河畔之莎车、叶城一带）建立了一个新的政权，被称为“叶尔羌汗国”或“赛义德亚汗国”。
赛义德是吐鲁番苏丹满苏尔的胞弟，他们都是察合台汗王的后裔，为了争夺汗位他们兵戎相见，对立得如同仇敌。赛义德在与满苏尔的激战中，被兄长击败，流窜到帕米尔高原过着半匪半盗的生活。他后来又逃到喀布尔，投奔了莫卧儿王朝的建立者巴布尔大帝，因他是察合台汗王的后裔，所以在这里受到礼遇。
赛义德受巴布尔的派遣，去攻打乌孜别克人。当他取得胜利后，不愿再与乌孜别克人在费尔干地区恋战，为了保存实力图谋大计，赛义德率领大军实行战略转移，重返帕米尔高原以东，进入喀什地区，还到乌什、阿克苏一带进一步扩大力量，准备寻找一个出头的机会。
