关于热瓦克佛寺的废弃时间，斯坦因从他收集到的汉代五铢钱和一些文物推断，热瓦克佛寺的兴废时间与丹丹乌里克相差不远。他在丹丹乌里克发现了写于五六世纪的梵文经典，以及一些较完整的文物资料，经过对照研究，认为这两个佛寺遗址很相似，其废弃时间应在伊斯兰教进入和田之前。废弃的过程也不是突发性的，可能是因为连年战祸和动乱，放弃了对水利灌溉系统的建设和养护，耕地面积因供水困难而缩小。河水流量的减少枯竭，流沙不断地乘虚而人，居民只得弃家逃生，佛寺自然也随之荒废。
但是，后来人们在热瓦克佛塔遗址的东北部，发现了四处约150平方米的白骨层，这又成了热瓦克佛寺废弃于激烈宗教战争的新证据。因为按照佛教传统习惯，人死后火化，装入罐中（舍利盒）埋葬，绝不可抛尸骨于野外。这一片白骨显然不是正常死亡者，很可能是战争中的牺牲者。
热瓦克佛寺的兴废时间，多数学者大致认定在四世纪中叶至七世纪末之间。据出土文物和塑像壁画风格，以及以佛塔为主体的建筑格局，可推钡0为魏晋南北朝的遗址。也有学者把热瓦克佛寺存在的时间，上限扩至汉朝，下限延至宋代之间。
热瓦克佛寺是塔里木河流域佛教文化的代表性遗址，历史地位非常重要。现在虽然是满身疮痍、一片废墟，但它隐喻的深刻哲学含义和传递出的历史文化信息，仍值得人们去探寻。
这里曾经一度佛光四射，那些泥塑被奉为神明受到膜拜。然而它们最终没有保住自己的泥胎和寄身之所。繁盛一时的佛教胜地被无情地毁于一旦，竟连自己的寺庙名称都没有存留下来，使人们在寻踪觅迹时，不仅颇费周折，而且感到格外茫然。
从尼雅到楼兰
第一次塔里木河流域探险的重大收获，使斯坦因在印度和英国声名鹊起，很快他就得到了正式英国国籍。
1906年开始的第二次塔里木河下游探险，斯坦因获得了更大的成功和荣誉。除了他本人在考察探险中不畏艰险的努力外，还得益于一次偶然的甚至荒诞的机遇。
斯坦因第一次到达和田地区探险，从清政府总理衙门颁发的护照中得到了好处。第二次出行时，斯坦因曾向英属印度政府和英国外交部提出，希望这次获得中国政府护照时，“在护照上明确地提一下我的官职显然是很有用的”。为此，英国驻北京公使馆在为斯坦因办理护照时，故意粉饰其职务，利用文字转译的机会将斯坦因说成是“英属印度总理教育大臣”。这已是外交史上一件荒唐事了，而更为荒唐的是清朝政府总理衙门又稀里糊涂地将“英属印度总理教育大臣”错写成“大英国总理教育大臣”。这样，仅任印度一个地区“教育监察主任兼考古调查员”的斯坦因，轻而易举地摇身一变，就成了“大英国总理教育大臣”。
清朝官员的昏庸腐败，由此可见一斑…
有了这张护照开道，斯坦因可以说是一路顺风，通行无阻。
难怪他可以在新疆任意挖掘古迹，更难怪莫高窟的王道士和敦煌县令眼睁睁地看着他把“藏经洞”的文物珍宝一车车地运走。
这次斯坦因到塔里木河下游考察的目标很明确，就是要发掘斯文赫定探险所发现的“罗布泊淖尔北面的遗址”，即尼雅、楼兰和米兰。
1900年的那次考察中，斯坦因来过尼雅遗址，这次是旧地重游了。
在起伏不平的沙漠中，露出地面的枯死的白杨林、庭院的门柱、挺立的断壁，犹如船舰的桅杆和风帆，浮游在茫茫的海面上。
斯坦因沿着弯弯曲曲的尼雅河行进，到达这片被沙漠掩埋的尼雅古城时，流水的河道早已消失得无影无踪。古代的流沙隔断了尼雅城赖以生存的血脉，那些密如蛛网的像毛细血管般维系着人们生命的灌溉渠道，也被流沙深深地湮没在地下。
斯坦因踏上沙丘，就看到一些缠结在一起的活着的和死了的红柳，沙丘下是一道用芦苇捆扎而成的篱笆，还有一些人工种植的白杨树干，以及露出地面的木柱和断墙，斯坦因惊喜地向前走了几步，那急促的脚步踢出了一些破碎的陶片。这时，他才意识到，此刻他已经进入古代尼雅村庄的某一人家的庭院了。
不远处有几间房屋立在台地上，那些木柱和木质构架上，都雕刻着精致的图案花纹。地上出现的陶器碎片更多了，偶而还捡起了一些雕刻着装饰纹样的木片。
随后，这样露出地面的房屋的“桅杆”和“风帆”越来越多。
当天，他们清理了一间房子，结果发现了上百块木牍。这些木牍保存完好，它们的形制除一部分是长方形外，多数都是楔形的，有些仍按原样存放着，两块木牍捆扎在一起，上面的封泥完好无损，尚未启封。
出于强烈的好奇心，斯坦因打开每一件木牍，查看上面的字迹，发现“这些成对捆扎在一起的木牍互相保护着，写在内里的怯卢文黑色墨迹，就像昨天刚写上的一样鲜明”。
第一天的收获已使斯坦因感到欣慰，因为“这些即将包好、打上标签作为第一天成果而运走的上百件木牍，恐怕已超过了以前印度国内外所有可供怯卢文研究的资料总数”。而这些流行于于阗地区的佉卢文，正是印度西北部古代方言的一种移植。
后来他们又清理了一些埋在沙中的房屋，奇迹屡屡出现，扫去一张席子上的沙子，席子下面便藏着几十件木牍；挖出一个陶罐，残破的陶罐里也装着一些木牍。这些木牍，有的是私人信件，有的是公文或其他文书资料，记载着当年生活的许多重大事件或生活侧面。接着，他们还发现了写在木板上的各种文献，主要是佛教经文。用木板作书写材料，这在印度很普遍，而在古代于阗东部边界的尼雅遗址里，居然也发现了用怯卢文写在木板上的文书，这使斯坦因感到格外高兴。
然而有一件事使斯坦因百思不解，在尼雅遗址中发现的所有文献中，居然没有找到一张是纸写的。虽然这种先进书写材料在中国发明的历史非常悠久，但它为什么没有传到进入西域的门户地区来？
后来对一座废墟的发掘，斯坦因出乎意外地找到了非常丰富的古代文书资料的宝库。这是一间很大的房间，那一层又一层混杂在废物之中的木牍，使斯坦因感到惊奇。在这被斯坦因称为“垃圾堆”的文书库房内，他找到的木牍总数竟达二百块以上。后来他写道：“三个漫长的工作日，我闻到了许多世纪之后仍然刺鼻的臭气，也吞进了大量的幸亏如今已死掉的古代细菌。可是，大量的古代文物，给了我足够的乐趣。”
在这批木牍中，还夹杂着一些刮制平整光滑的长方形山羊皮，都被卷成小细卷。斯坦因好奇地打开这些一千多年前的羊皮卷，展现在他面前的是书写工整的怯卢文字，黑色墨迹鲜亮如新。这些文书之所以引起斯坦因很大的兴趣，在于这些用古代印度方言书写在羊皮上的文书，是在远离印度的罗布泊地区发现的。与此同时，还发现了用红柳木削制的古笔以及骨头做的圆尖形笔头。
在这庞大的垃圾堆中，斯坦因也很容易地发现了一批汉文木简。其中有一件写给当地长官夫人的木简，证实了此地是在精绝国的范围之内。还有一件是政府公文，标出的年号是晋武帝泰始五年（公元269年）。
在清理垃圾堆文书宝库中的木牍时，斯坦因眼睛一亮，一件木牍泥封印记上，出现了智慧女神雅典娜的浮雕像，她拿着盾和闪电。这种奇特的印记在后来屡有发现。另一颗较大的印记是一个完整的裸体像，“可能是古希腊爱神伊洛斯。另一个雅典娜，一个站着的伊洛斯，和一个可能是主神宙斯之子的赫拉克里斯像。这些印记，作为希腊诸神像的象征被发现了。”这些古希腊神话中的人物在尼雅的面世，为我们展现了一幅广阔的历史画卷，是东西方文化在东方一隅交汇融合的真实写照。
对一片古代住宅群的清理，是斯坦因在尼雅一次规模最大的发掘。
一所住宅遗址中有多间很大的房屋，周围有高大的白杨和胡杨树干，附近是林荫道和果园，北边有佛塔遗址。这所建筑物最引人注目的是中间有一个约一百平方米左右的客厅，四根粗大的梁柱支撑着大厅。清理了墙边的沙子，墙面上出现了壁画装饰，有巨大的漩涡状莲花纹，有红色和黑色勾画的带饰，还有蕨类植物的白色叶子和含苞欲放的莲花。靠近客厅的一间小屋里，发现了许多纺织品，有毛毡、彩色棉布衣服碎片和一块毛质织毯，用刷子轻轻一刷，精美的几何形图案和鲜明的色彩就重现出来。厨房的平台上，放着水罐和其他容器。一间贮藏室中，斯坦因找到了一张红柳木弓，一根精制的长矛木柄，一块柳木盾牌和一根轻巧适用的苹果木手杖。
这间房子里虽然有许多木雕制品，但没有一件的艺术水准能和一把古代椅子相比。原先是些雕刻精致的零件，当它在人们惊奇目光注视下重新安装起来时，那鲜明的犍陀罗雕刻艺术立刻引起人们的赞叹。还有一把木椅，扶手装饰得相当精美，扶手臂托上细致地雕刻着一雄一雌两个怪物，头和胸部像人，腰以下明显像鸟，腿像马而蹄子强壮有力，涂以红、黑和深蓝等不同色彩。这把木椅的腿则被雕刻成站立的狮子，如同印度狮子座的形状，上面红色和黑色的原色还保存良好。这两件木器，堪称木雕艺术的杰作，在同时期木器中是少见的艺术精品。
在这些建筑中，斯坦因发现了来自中原的漆器、筷子和精美的丝绸。还有当地制造的皮靴、皮便鞋、木勺、骨勺、鞋楦以及汉代钱币和大量陶器。
一些富豪之家，往往都拥有一些规模可观的建筑群，一般都有客厅、居室、穿堂、凉台、贮藏室、厨房等，还有场院、果园、畜圈、水塘等设施。
在一家深宅大院旁边，古树耸立，排列成长方形的林荫道，果园有灌木篱笆或芦苇栅栏，斯坦因徜徉其问，“好像是走在整整一千六百年前的乡间小路上，使我产生了一种消失了时间观念的奇怪感觉。风吹过它们之间的地面，扫净了各处，展现出了陶片、木炭块以及最后居民踩过的腐朽的树叶。我那根古老的果木手杖翻动了干死的白杨和果树的枯叶，它们或许就是从附近一簇簇挺立的枯树干上落下来的。在这些古代果木中，我的挖掘者们毫不困难地就认出各种果树，例如桃树、李树、杏树、桑树、核桃树等等，正如他们所熟知的种植在家中的果树一样”。
斯坦因发掘尼雅遗址之前，从来没有人惊动过这个一千六百年前的古城。斯坦因在这里挖掘了14天，获得了大量珍贵文物，从而轰动了欧洲。如果说斯坦因的考察只揭示了尼雅绿洲古代文化的一个侧面的话，半个世纪以后新疆考古工作者在这里进行的大规模的综合性科学考察，则基本勾勒出了尼雅社会历史的一个概貌。
尼雅遗址南北长约25公里，东西宽约5公里，以佛塔高耸为中心标识，四处散布着佛寺、衙署、房屋建筑、手工作坊、古桥、水池、果园、田地、墓地和河流渠道灌溉系统遗迹。从遗址规模可以看出，古代尼雅是丝绸之路上一个重要的城镇。
尼雅城郊的汉魏时代墓葬被屡屡发现，这些墓葬结集成群，一般都没有墓室，葬具多用树木挖空，呈马槽状，内盛尸体，上盖木板。因这里干旱沙漠气候的保护，许多尸体都变成了干尸。在墓葬群中有一座墓比较特殊，棺材用木板做成，下面有四根短腿支撑，棺上盖着毛毯，棺外铺满红柳枝。这是一座夫妻合葬墓，墓主面貌是深目、高鼻、棕发，具有明显欧洲人种特征。女尸戴戒指佩项链。尸身的衣服都是丝织品，织绣精致，图案华丽。衣服式样虽然呈当地民族特色，但锦绸上却织着“万世如意”、“延年益寿大宜子孙”等汉字隶书字样。随葬品很丰厚，除了华贵的丝绸织品，还有来自中原的“君宜高官”铜镜、藤奁、木梳等，另外还有弓箭、陶器、木杯、木碗等当地产品。其中有两块蓝色印花棉布残片，特别引人注目，上面绘着龙、狮和人物形象。人物为女性，上身赤裸，手持牛角状杯，身后有背光，受佛教造像影响，据专家称可能是中亚地区主司生殖丰稔的伊什塔尔女神。墓中主人的这些遗物，反映出他们具有多种文化和人种的背景。
后来，新疆考古工作者在尼雅发现了一座被风沙吹开的墓穴，接着清理出木棺八座。发现随葬品非常丰富，其中有一件带流罐，颈部书写着“王”款字样，一件木杯上刻着听字符。此外还有陶器，是两件带流罐。铁器中有一把木柄铁刀，出土时仍光泽熠熠。木器有木叉、木杯、木盆、梳篦、弓、箭、木桶、木纺轮等，皮革制品有箭袋、弓袋、刀鞘等，另外还有各色料珠、项链等。丝织品的出土很丰富，种类繁多，色泽鲜艳，上面分别织着汉字“延年益寿长葆子孙”、“千秋万岁宜子孙”、“安乐如意长寿无极”等。特别是一件彩锦织文“五星出东方利中国”面世后，在国内外引起极大震动。据专家介绍，“五星出东方利中国”是古代中国天文学或占星学上的占辞用语，“五星出东方”指五颗行星同时出现于东方天空的天象，这种带有神秘色彩的阴阳五行学说，在远离中原的尼雅出现，说明这里与中原同样有密切的“天人感应”。这些色泽艳丽如新的纺织品，经国家文物局一级文物鉴定小组和苏州丝绸博物馆专家鉴定，认为尼雅出土汉魏时期的织锦品种之多、工艺之高超，即使在今日也是很难想像的。
据考证，这次发现的墓葬，墓中人同样呈现出欧洲人种的特征。
