既然很难证明否定态度的可靠性，就不能断然确定其他人参加了奥斯瓦尔德活动或是鲁比活动的可能性，但是如果具有这方面的证明材料，那么，他的行为也是美国政府和侦察机关无能为力的，同时本委员会对此也一无所知。本委员会在调查过程中没有找到任何阴谋颠覆活动或违反美国政府、联邦政府和地方政府机关法律的行为。根据委员会现在掌握的资料，可以作出如下结论：“奥斯瓦尔德纯属个人行为”。
这份长达912页的报告指出，奥斯瓦尔德行刺仅是一个“孤立的事件”，他开枪没有纯粹的政治动机，而奥斯瓦尔德本人是一名精神病患者，他从车队后面开了三枪。但是，《沃伦报告》公布给新闻媒体的这个结论，普遍不为美国人民所接受。有专家指出当时射击的子弹不是三发，而是四发，并且肯定凶手至少有两人。对于李·哈韦·奥斯瓦尔德是不是唯一的凶手，许多人表示怀疑，也出现了许多“阴谋理论”，被怀疑的凶手包括黑手党、古巴人士等。
就在《沃伦报告》的论断公布后不久，有许多人发现这一论断中存在不少和事实不相符合的地方。根据当时肯尼迪被刺现场的目击者证词以及一些影像资料来看，射向总统座车的子弹并不是从一个方向发出的，特别是第一颗子弹就不是从仓库六楼而是从高架桥旁边的空地上发出的。还有一些目击者称，在高架桥旁边的空地上曾经停放过几辆汽车，但是在案发之后又很快消失了，但是这些事实，似乎并没有在报告公布给媒体的结论部分出现，这就不能不令人产生怀疑。
而且，美国民众对于这份报告的质疑声还不止于此，根据当时亚伯拉罕·扎普鲁德拍摄下来的珍贵影片，从画面上判断，总统肯尼迪和州长康纳利似乎不是被同一个方向飞来的子弹击倒的。先倒下的是总统，紧接着就是州长，中间间隔的时间非常短，以至于让沃伦委员会认为他们是被同一颗子弹击倒的，这个错觉导致了一个错误的判断。
在报告公布后不久，联邦调查局又有了一个新的发现：那支被认定是凶器的产自意大利的步枪并不具备从德克萨斯州教科仓库六楼向总统座车射击的距离优势。换句话说，凭借这样一支性能落后的步枪是不可能完成刺杀任务的，它的射程和精准度都不足以支持这样的任务。
此后，关于“沃伦委员会”这份调查报告的怀疑层出不穷，而且针对性也越来越强。所有新的证据和发现都指向了一个无底深渊，关于真正凶手的线索中断了。而这些似乎正表明一个不争的事实——奥斯瓦尔德，真的只是一只替罪羊。人们不禁怀疑，如果刺杀肯尼迪的凶手并非奥斯瓦尔德本人，那么，奥斯瓦尔德在这起刺杀案中又扮演着一个怎样的角色？仅仅只是替罪羊而已吗？那个真正刺杀了肯尼迪的元凶又是什么人？这其中是否还隐藏着更深的、不为人知的秘密？
随着新的证据一点一点地被挖掘出来，《沃伦报告》向媒体公布的结论也变得越来越不可信。许多人认为奥斯瓦尔德只不过是凶手丢出来用来转移视线的盾牌罢了，是用来吸引政府注意力的，目的是让真正的凶手能够逍遥法外。
虽然奥斯瓦尔德本人已经被鲁比枪杀了，但关于他的存在，仍是有许多可以挖掘的档案资料。根据达拉斯警方的调查，奥斯瓦尔德的出生背景非常清白，主要经历中也没有什么惹人怀疑之处。但是，在奥斯瓦尔德被枪杀后，有人却发现在他的身世中，还有一些很重要的事实并没有被调查清楚——例如他曾经同时为中央情报局和联邦调查局工作，是个受过严格训练并且能力突出的特工人员这件事实。
根据调查，奥斯瓦尔德在海军陆战队服役期间，当时的中央情报局为了配合U-2侦察机对苏联进行高通侦探，训练了一批反应灵敏的地面人员来进行配合。而被挑选的这批人，大多数都是出自海军陆战队，当时成绩优秀的奥斯瓦尔德自然也在被挑选的行列。奥斯瓦尔德被选中后，经过训练，成了一名打入苏联的特工。为了配合这次行动，他刻意在军队中表现出近乎狂热的“共产主义”信仰，并且随后也的确成功地进入了苏联境内，但是并没能得到苏联政府的重用。等他完成任务重新回国后，表面上是在一家复制文件地图的培训班里上课，但这家培训班幕后老板却是中央情报局。
而对杰克·鲁比的调查，也发现了一个惊人的秘密，鲁比和奥斯瓦尔德并非是素不相识，而是早就认识的。在他们的经历，都有一个共同点，那就是他们两人都曾经是中央情报局的特工，为中情局办事，而且所从事的同样是反卡斯特罗的工作。鲁比的夜总会，表面上是一个情色场所，但暗中却从事武器贩卖，专门为反对卡斯特罗的武装分子提供武器，而且这么多年来，从来都没有出过事。
这个发现，不禁令人联想到肯尼迪的被刺，幕后的主使者是不是和中央情报局有什么关联。
事情进展到此刻，虽然刺杀肯尼迪的阴谋仍然隐藏在迷雾中，但有一件事却已经能够盖棺定论，那就是奥斯瓦尔德和鲁比的特工身份。根据调查得到的信息，已经完全可以断定鲁比跟谋杀肯尼迪的计划有关，而他选择在人最多的时候枪杀奥斯瓦尔德就是为了掩人耳目，遮掩他杀人灭口的真相，试图给人一种他是为了替自己爱戴的总统报仇的假象。但对于主使他杀奥斯瓦尔德灭口的幕后主谋，却仍是没有半点线索，一切也都只是推测而已，完全找不到一丝证据，证明这件事和中情局或者是黑手党有关。
然而，就在公众为此纷纷猜测怀疑的时候，一件件可怕而血腥的事情开始不断在国内发生，而这些血腥案件的发生，更是将肯尼迪之死推倒了一个无穷无尽的迷雾之中。
1964年4月24日，达拉斯一名记者遇难身亡。这名记者于当晚在隆格·比奇警察分局附近的公寓里遭到两名警察的枪击，他当时是无数等着报道关于肯尼迪遇刺事件最新消息的记者之一。显然，某个背后势力极不希望某些事情为人所知，而这个记者又恰恰是知道了很多不该知道的事情，因而遭到灭口。就在肯尼迪遇刺的第三天，若干人在鲁比的住处开了一个会议，此时鲁比已经被逮捕。这些人中包括两名记者，其中一个就是死在警察枪下的这名记者。当然，这两名记者完全是想获得什么爆料才去参加会议的，而不是为了参与到他们的讨论当中。然而，还是有人觉得这两个记者知道的事实在是太多了，于是，他们两人便先后死于非命。
同年，两位私家侦探所的老板相继遇难。这个私人侦探所是古巴流亡组织的活动中心，奥斯瓦尔德搬进教科书大楼并且在六楼制造“烟雾”的命令都是在这里获得。显然，他们的非正常死亡也都跟这场政治阴谋脱不了干系。
此后，一个旧汽车商店的老板遭到枪击。这个名为雷诺兹的人曾经目睹警察蒂皮特遇害的经过，在作证的时候斩钉截铁地说凶手绝对不是奥斯瓦尔德，因为当蒂皮特遇难的时候他正好看到了一切，而且还跟踪凶手追了一个街区。但就在他作证的几天后，有个陌生人突然闯进他在经营的旧汽车商店，一枪打中了他的脑袋。幸运的是，他并没死。几天后，一个疑凶被捕，但是这名嫌疑犯却有不在场证人——舞女穆尼说雷诺兹死的时候嫌疑犯和她在一起。而这个穆尼并不是普通的舞女，而是鲁比夜总会中的当家红牌。
因为穆尼的证词，这个疑凶被当庭释放，但是穆尼本人却在几天后以“破坏夜间安宁”的罪名被警察逮捕。令人匪夷所思的是，就在穆尼被捕的第二天，狱警发现她竟然悬梁自尽，死在了牢内。
而大难不死的雷诺兹，虽然侥幸保全了性命，但是生活却变得一团糟。他不得不应付时刻到来的威胁，还要保护好家人不受伤害，出门也要一再谨慎，他的全部精力都用来保证自己以及家人的安全上，这种生活令他忍无可忍，于是，在又一次的提审中，他推翻了自己过去的证词，证明凶手就是奥斯瓦尔德。而自从这次作证以后，就再也没有人来骚扰他了。
在雷诺兹中枪两个月后，又有一名普通的油漆匠被杀——凶手极其残忍，直接割断了他的喉咙。据被害者的一个朋友说，他生前似乎知道一些关于肯尼迪遇刺的秘密，因而在肯尼迪死后一直过得小心翼翼，但终究还是没能躲过大难。
1965年9月，就在《沃伦报告》发表的前夕，一个名叫罗莎·米切的女人在一场惨绝人寰的车祸中丧生。根据调查，米切曾经是鲁比的得力助手。就在总统被杀害前三天，她曾经因为身负重伤而被送进了医院。她之所以会受伤，是因为得知了鲁比他们要谋杀肯尼迪的计划而又不愿参加，因而被灭口。幸运的是，她被人从飞驰的车上扔下来并没有死。当时她把这些都告诉了前往医院调查的工作人员，而且反复强调有个谋杀总统的邪恶计划正在筹备中。然而，前来调查的工作人员并没有把她的话当一回事儿。
同年12月18日，一个名叫威廉·韦利的出租车司机，在开车时发生车祸，他的出租车被一辆大货车迎面撞上，他本人当场死亡。而韦利正是肯尼迪遇刺案中的关键证人之一，他在庭讯时声称奥斯瓦尔德在肯尼迪遇害的时候，正坐在自己的出租车里，因而不可能是谋杀肯尼迪的凶手。而且，当时他直接把车从教科书仓库附近开到了贝克利街，所以奥斯瓦尔德也根本不可能去杀害蒂皮特。
接下来死亡的这个人是个女记者，她是唯一一个正儿八经采访过鲁比的记者，在新闻界颇具名气。但是，就在采访完鲁比后不久，她在家中离奇死亡，死亡原因是过量服用安眠药。负责检查的医生觉得这种说法很荒唐，他们从死者身体里检测出的安眠药量根本不足以让人死亡，但是官方却用安眠药过量来堵住外边的嘴。
然后是1966年8月，一名叫鲍尔斯的运输公司员工，在达拉斯附近的公路上行驶时，突然以极快的速度冲向了公路一侧，人车俱毁。而鲍尔斯和韦利一样，同样是肯尼迪被刺案中的关键证人。1963年11月22日，也就是肯尼迪被刺杀的这一天，鲍尔斯正好调度塔上工作，由于调度塔的高度，他可以在上面看到整个迪利·普拉扎区。不过，因为角度问题，在枪杀案发生的时候，他正好看不到肯尼迪所乘坐的那辆轿车，只能看到后边的整个车队。
根据鲍尔斯的证词，在谋杀发生前20分钟，原本为警车停车场的地方突然先后开进了三辆非警车，而且车号还不是德克萨斯州的：第一辆是1959年生产的老式带篷车，它在停车场转了好几圈，似乎是在打探什么；第二辆是1957年生产的黑色福特，在驶入停车场转了一圈后找了个隐蔽的地方藏了起来；几分钟后，最后一辆雪弗莱汽车驶入，这辆车在停车场内转了一会儿后又开了出去，停在了教科书仓库楼的下面。在这三辆车驶入后的几分钟，总统车队就进入了他的视线。随后，仅仅是过了不到两分钟，枪声骤然响起。在枪响之后，他看到很多警察冲向了附近的小丘，他们怀疑子弹是从那里射出的。而离小丘最近的就是那个停车场和一条铁路。
除了鲍尔斯之外，还有一个目击者看到了有个人在事发前站在铁路边上，事发后便转身不见了。这些证词充分说明了一个问题，子弹并不是从教科书大楼射出的，如果加上那把意大利产的步枪作为佐证，那么，几乎已经可以证明凶手不可能是奥斯瓦尔德。
1967年1月3日，因开枪射杀奥斯瓦尔德而被捕入狱的鲁比死在狱中，死因是癌症。此前，他曾告诉大法官沃伦说，要求带他去华府，他就愿意说出真相，但沃伦始终没跟他合作。
在鲁比死后不久，又有两个人相继死亡。第一个人是曾被怀疑谋杀肯尼迪的幕后主脑的某个组织领袖戴维·费里，第二个人是古巴著名的政治家埃拉迪奥·德尔巴列。前者的死因是脑血管破裂而死，有趣的是他在死的当天还写下了一封遗书，似乎知道自己要离开人世。而根据调查，这位戴维·费里还是个癌症研究爱好者，他常常拿小白鼠做实验然后将实验结果写成论文，他的死很容易让人联想到鲁比的离奇死因。后者的死因是被谋杀，脑袋被斧子劈开，胸腔里还留有一颗子弹。费里和德尔巴列生前来往甚密，两人经常在一起为古巴流亡分子谋求生计。
但这些人仅仅只是血案的受害者之一，在肯尼迪被刺身亡后的短短三年时间里，一共有18名关键证人相继死亡。其中6人被枪杀，3人死于车祸，2人自杀，1人被割喉，1人被拧断了脖子，5人自然死亡。从1963年到1993年，更是有115名相关证人在各种离奇的事件中自杀或被杀。
这些证人的离奇死亡，更让人们相信，肯尼迪被谋杀的背后，隐藏着一个巨大的阴谋！
然而，那个隐藏在迷雾中的主谋，却比任何人都要快速地抹去真相存在的痕迹，无论是这18名关键证人，还是证物，甚至是肯尼迪的遗体。据可靠消息，肯尼迪的大脑曾有一段时间“不翼而飞”，后来证实，是一名美国海军上将把它偷了出来，由人做了手脚后又重新放回。
