在肯尼迪被刺身亡后，他的遗体由空军一号总统专机送往离华盛顿特区不远的安德鲁空军基地外的贝蒂斯海军医院进行验尸。验尸工作于11月22日晚在贝蒂斯海军医院进行，在3项检查中医生发现有一个小孔在离总统头骨很近的地方，这个小孔同时在其右脑的脱出点造成了很大的伤口。一位曾参与验尸的军方医官在之后销毁了他的记录和一幅关于描绘肯尼迪头部伤口并被称为“不可理解”的图像资料。
在其后的40年时间里，关于“肯尼迪被刺杀案”的所有证据，都在被逐步销毁，直到2009年1月23日，曾经为中央情报局工作的老牌特工，“水门事件”的军事霍华德·亨特猝然去世，各界一致感慨：他把天大的秘密带进了坟墓！但是，英国媒体在4月15日称，亨特并没有带走所有的秘密，他在死前向他的大儿子披露了一些绝密内幕，其中赫然包括美国第35任总统肯尼迪遇刺的真相！根据亨特的大儿子圣约翰的转述，亨特透露当时刺杀肯尼迪的幕后主谋，正是美国副总统林登·约翰逊！
亨特说，1963年的一天，在迈阿密一家旅馆的房间里，两个熟人约会了他，其中一人是游走于中情局和黑帮之间的职业杀手弗兰克·斯图尔吉斯，另一人是中情局在危地马拉的线人戴维·莫拉勒斯。莫拉勒斯很快就离开房间，斯图尔吉斯则一直在反复唠叨“商量点大事，商量点大事”，并问亨特：“能跟我们一起干吗？”一头雾水的亨特问：“什么大事？”斯图尔吉斯脱口而出：“杀了肯尼迪！”大为震惊的亨特表示：“你们自己做就是了，为什么要扯上我？”
斯图尔吉斯当时的反应不得而知，但亨特告诉儿子，他没有介入刺杀肯尼迪的任何阴谋，还觉得斯图尔吉斯说要刺杀肯尼迪的话“纯粹是发神经”。不过，不知出于什么考虑，亨特没有向联邦调查局告发此事。
在给圣约翰留下的两页纸中，亨特是这样陈述当时任副总统的约翰逊如何刺杀了肯尼迪——
肯尼迪的继任者林登·约翰逊，原计划在迈阿密刺杀肯尼迪，后来决定改在达拉斯下手。在成功刺杀肯尼迪并接任总统职位后，他成功地骗过了华伦调查委员会的调查，让各方相信，刺杀肯尼迪的只有一名枪手。
关键人物：科德·迈耶，美国中央情报局负责国内宣传造势的特工，专门制定了暗杀计划，此前从没干过暗杀之类的事。
中间人：戴维·菲利普，美国中央情报局特工，曾担任美国中央情报局驻墨西哥情报站站长。此人曾直接介入危地马拉暗杀总统事件和入侵古巴的“猪湾事件”，正是此人找来了阴谋暗杀肯尼迪的间接凶手威廉姆·哈维和安东尼奥·维西亚纳。
代理人：威廉姆·哈维，此人一直认为，约翰逊如果当了总统，一定会把中央情报局交给他领导。此人对肯尼迪没有下令美军直接侵略古巴，以及曾经贬低他感到极度不满。招募者：安东尼奥·维西亚纳，这名出生于古巴的杀手后来招了刺杀肯尼迪的两名枪手。
掮客：弗兰克·斯图尔吉斯，此人一度想拉亨特入伙，后来还表示，水门事件其实也是掩盖肯尼迪之死真相行动的一部分。
杀手：戴维·莫拉勒斯，此人是中央情报局驻危地马拉特工，与黑帮有直接联系。此人爱说大话，经常酗酒，于1978年神秘死去。
第二名枪手：卢森·萨尔蒂，1972年，此人不知出于何故被警察打死。
亨特说，上述这8个人才是刺杀肯尼迪的真正凶手，外界之前认定的杀手却只有奥斯瓦尔德一人，外界获悉的事件经过仅限于：1963年11月22日，奥斯瓦尔德在达拉斯的得克萨斯州图书馆6楼向街上开枪，刺杀了肯尼迪，当场被捕。两天后，奥斯瓦尔德在达拉斯看守所外被警察押解时，夜总会老板鲁比突然闪出，枪杀了奥斯瓦尔德。鲁比声称，他杀人是出于义愤，并非灭口。直到1967年1月病死狱中，鲁比始终闭口不谈为何出手枪杀奥斯瓦尔德。从此，关于肯尼迪遇刺事件的调查陷入了无从入手的境地。
不过，奥斯瓦尔德始终被公众认定是唯一的一名枪手。事实上，副总统约翰逊一直被怀疑是肯尼迪遇刺事件的幕后主使。肯尼迪离世后，约翰逊凭借手中的总统大权，控制对这起案件的调查工作，不仅使得他自己逃脱了罪责，也保护了他的同谋。刺杀事件发生后，当肯尼迪还在医院接受抢救时，约翰逊就下达了清洗敞篷汽车的命令。接着，约翰逊委派他的亲信将康纳利州州长的带血衣服（康曾与肯尼迪同乘敞篷车）取回洗净，接着再次下令销毁物证。肯尼迪乘坐的那辆敞篷车一直在白宫警卫的看管下，但留有弹痕的挡风玻璃于11月25日就被更换掉了。
肯尼迪尸体的解剖鉴定也是靠不住的，所有的照片和x线透视片都被做了手脚，被保存在华盛顿国家档案馆里的肯尼迪大脑也于1964年前后神秘失踪。参加这次尸体解剖的医生都收到了“不准随便发言”的口头警告，其中一位名叫休姆斯的医生事后承认，他们焚烧了解剖报告的第一个版本和所有的验尸记录。华伦委员会的报告肯定奥斯瓦尔德仅开了3枪，但一个记者在案发现场拍摄到了一名警察正捡起另一颗子弹的画面。第4发子弹的发现推翻了华伦委员会的结论，这说明至少存在两名以上的杀手，但这颗子弹后来也不见了。
以上种种疑点，除了约翰逊，谁有权力下令抹去？肯尼迪死后几天，白宫对外联系的电话录音也透露：约翰逊利用其影响力促使一些人士加入了华伦委员会，并威胁华伦委员会不要去追查事件的真相。
亨特之所以在临死前才说出真相，因为他为他所知道的秘密付出了太多代价。水门事件发生后，警方立即逮捕了亨特，并指控他“入室抢劫、阴谋与窃听罪”。最令亨特感到意外与伤心的是，就在他因打官司而债台高筑时，白宫的主子居然丢下他不管。气愤不过的亨特决定靠他掌握的证据来逼使这些无情无义的老板们掏腰包，帮他偿还一部分的债务。他说，只要白宫答应他的这一条件，他保证啥也不说，老老实实地坐牢。
亨特的妻子多洛茜非常爱亨特。亨特被捕后，她开始替亨特实施“报复计划”，陆续向白宫一些官员寄了威胁信。不料，1972年12月，当多洛茜带着从各位老板手里要来的10万美元飞往芝加哥时，客机在中途神秘坠毁，机上所有人全部遇难。尽管各方事后都认为多洛茜死于政治暗杀，但迄今为止，没有任何确凿证据证明这一观点。多洛茜死后不久，美国总统尼克松遭到弹劾。1973年，亨特被判有罪，坐牢33个月。出狱后，他迁居迈阿密，在那里再次结婚，生了两个孩子，过起了与世无争的生活。
美国总统历来是垄断资本集团的代言人，肯尼迪身后是美国北方马塞诸塞州的大财团，约翰逊的支持者则是南部的大资本家和大农场主，约翰逊正是凭借得克萨斯州一批亿万富翁的大力资助，才得以在官场上步步高升，并聚集了三四千万美元的私人资产。
1963年10月，肯尼迪宣布准备改革美国的税收政策，这直接触犯了美国众多石油垄断集团老板的经济利益，不少人当时就极不满意地表示“肯尼迪的政策欲置美国经济于死地”，也许，这就是他们决心干掉肯尼迪的真正原因。肯尼迪遇刺事件实际上反映了美国国内不同利益集团之间不可调和的激烈斗争，肯尼迪则是这种斗争的直接牺牲品。
现在已经无人能证实亨特讲述的一切，他所指的那8个人全都已经不在人世。不过，圣约翰说，他相信父亲所说的一切都是真的：“当时太多人想暗杀肯尼迪，我父亲当年之所以保留了一些秘密，因为他必须保住性命。”
此前，早在1998年肯尼迪逝世35周年纪念日上，原担任肯尼迪副手的林登·约翰逊的情妇马德莱娜·布朗和当时的德克萨斯州商人比利·索尔·埃斯蒂斯分别接受了记者的采访，在采访中，他们用大量鲜为人知的事实证明了肯尼迪之死其实是一次成功的政变，尽管它被掩饰成一场刺杀。他们的证词最终都指向了同一个人，那就是林登·约翰逊，正是这个肯尼迪的继承者才是这场惊天谋杀案的幕后指挥者。
而自从肯尼迪遇害，警方、联邦调查局、中情局介入刺杀事件调查后，所发生的种种，似乎也昭示着这双杀害了肯尼迪的幕后黑手，在美国政界有着通天的能量，他能够让介入调查的各方都变得畏首畏尾甚至于甘心伪造证据。而以林登·约翰逊当时在美国的地位，的确拥有这样的能量。
不过另一种说法是因为肯尼迪当时签署的11110号总统令，极有可能颠覆性地破坏国家银行的图谋，成为对付美联储的杀手锏，为了不令他在1963年6月4日签署的这份秘密文件得以施行，就必须组织他在1964年大选中的连任，所以才有了后来的刺杀阴谋。不过这种说法并不被人们普遍接受，比起这种阴谋论，人们更倾向于亨特死前吐露的秘密，尽管，这个秘密的真假依然没有人能够做出判断。
根据美国的法令，沃伦委员会除了在1965年9年完成的关于“谋杀肯尼迪案”的调查报告《沃伦报告》外，让人生疑的还有当时封存所有文件、档案和证据。而这些，都必须等到2039年才能解密。当局表示，要待所有当事人也过世后，这些秘密文件才会向公众公开。这些文件涉及CIA、FBI、总统特警保镖、NSA(国家安全局)、国务院、海军陆战队等机构。另外，还有FBI和其他政府机构还涉嫌销毁证据的秘密档案。
或许，只有等到那一天，当这些文件全部被公开时，肯尼迪之死的真相才能大白于天下。不过，我们都能等到那一天，不是吗？
三、肯尼迪的一生
在针对美国总统功绩的排名中，约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪通常被历史学家列在排名的中部偏上的位置，但他却一直被大多数美国民众视为历史上最伟大的总统之一，与林肯、罗斯福、华盛顿并列。
1917年5月29日，肯尼迪出生于美国马萨诸塞州的布鲁克莱恩。父亲约瑟夫·帕特里克·肯尼迪和母亲罗斯·菲茨杰拉德·肯尼迪于1914年10月结婚，共育有子女九人，四子五女，肯尼迪是次子。
肯尼迪的曾祖父是爱尔兰威克斯福德人，1848年逃荒到了美国的波士顿。祖父生于1858年，在波士顿开了一家酒吧兼营银行业，还参与当地的政治活动，当过马萨诸塞州的议员。
父亲老约瑟夫·帕特里克·肯尼迪于1888年生于波士顿，1912年在哈佛大学毕业，后从事银行业成为华尔街的经纪人，1914年在波士顿东区哥伦比亚信托银行当总经理。第一次世界大战时在伯明翰造船公司下属的一个分厂任副总经理，一战结束后投资股票赚了大钱，成为百万富翁。后到好莱坞经营电影制片业，策划过几次合并，1930年回到波士顿。
1932年美国大选时，约瑟夫支持富兰克林·德拉诺·罗斯福，1934年他被罗斯福总统任命为新成立的证券交易委员会主席，1937年又主持海事委员会，不久后出任美国驻英国大使。他对阿道夫·希特勒在欧洲的暴行虽然表示过不满，但极力反对美国参战。1940年11月，在一片反对声中辞去大使职务。1960年美国《幸福》杂志把肯尼迪家族列为美国第十二大家族，估计拥有资产6亿美元。
肯尼迪虽然出生于一个中产阶级家庭，生活颇为富庶，但他的一生几乎都在与各种疾病做着斗争。在他准备过三岁生日的前三天，肯尼迪不幸患上了恶性猩红热。1930年秋天开始，他又患上了一种无法确诊的疾病，后来确诊为爱迪生氏症。这种疾病使得他的内分泌发生紊乱，免疫力降低。由于担心自己的健康问题影响到政治前途，所以一直以来，肯尼迪都在严格保密着自己的医疗史，甚至这种隐瞒在他遇刺之后还在继续。他一直以类固醇类药物来抵御爱迪生氏症带来的身体虚弱的影响，并依赖大量的镇静剂、止痛药、睾丸素、抗生素和安眠药等来对付其他并发症。但另一方面，他的健康问题却一直是公众和媒体关注的话题之一。
肯尼迪在他五岁的时候进入爱德华奉献学校学习，他在那里学习幼儿园到三年级的课程。1924年，七岁的肯尼迪和他九岁的哥哥小约瑟夫·帕特里克·肯尼迪被送入德克斯特学校学习。后来肯尼迪又被送到位于康涅狄格州瓦林福德的坎特伯雷寄宿学校继续学习、生活。
1935年秋季，肯尼迪请求插班学习普林斯顿大学的课程，但是遭到了该学校的拒绝。后来，他的父亲经过努力，安排他于11月初入学。由于疾病缠身，他只坚持到12月就中断了学习。
1936年7月，肯尼迪申请进入哈佛大学学习并被顺利录取。在哈佛大学学习期间，他曾两度到欧洲访问。1937年夏季，他用了两个月的时间在法国和英国旅行，探询罗斯福政府新政下的美国的发展和欧洲的发展的情况、纳粹德国与法西斯意大利是否使人们担忧会再次爆发欧洲战争等问题。1939年春季，他再次访问了伦敦和罗马等地，并从教皇庇护十二世那里领受了圣餐。
