朱由检对陆遥说：先生，不知道这样做对还是不对？陆遥说：历史会证明的，不过汤羹投毒事件说明，只要有足够的利益，太监也不是那么的忠诚，我甚至怀疑，之前多位皇帝的去世都跟太监有密不可分的关系。朱由检道：我也实在没有想到啊，一个周家竟然有如此大的胆子！陆遥说：没什么奇怪的，我们那时代的一位伟人说过：“资本家，只要有百分之百的利益，就敢冒着上绞刑架的风险”，这也正是我让你采用方振刚，哦，不张稷若经济学的缘故，一定要把资本控制起来，否则后果不堪设想。
朱由检道：恩，先生说的极是，不过东厂西厂撤了，留下了大量的权力真空，我想着让锦衣卫填补进去，不知道先生以为如何？陆遥想了想说：也好，如今朝臣们还是拉帮结伙的，政局还不甚稳定，让锦衣卫给他们点震慑也是应该的，不过要严禁锦衣卫动用私刑，可以规定，凡是现行犯可由锦衣卫立时羁押，另外你直接下命令可以直接羁押，但是要转交刑部审查，锦衣卫可以承担一部分侦查和逮捕的职能。
朱由检点点头说：根据先易后难的要求，如今军队这一块基本都很稳定，接下来就是都察院的改革了，我也已经交给朱舜水他们去办理了。
八月二十八日，崇祯授权翰林院颁发《都察院行政大纲》，决定重新编设都察院，设监察总理大臣一，监察总理副臣四，都察院下设考功司、刑名司、刑部、大理寺、御史台。凡正四品以上官员每年十一月需要向考功司递交今年工作完成情况和下年工作计划，十二月至来年三月，考功司将派遣巡按前往考核；刑名司主要负责根据需要制定各项法律条文，以及解释法律条文；刑部负责案件侦查、证据搜集、审判；大理寺负责对刑部所审判案件进行复核，凡判斩立决、斩监后的，需上奏都察院，由都察院判决；御史台负责向各省派遣巡查御史，主要职责是监督县以上官员，发现不法者，可搜集证据，将证据移交同级刑部机关，有必要的，可向同级锦衣卫机关申请即刻逮捕。考功司设到省、府、港府一级，为考功厅；刑名司设到省、府、港府一级，为刑名厅；刑部设在省、府、港府一级，为按察使司，设在市一级，为巡按局，设在县一级，为巡按所；大理寺设到省、府、港府一级，为复核厅，设到市一级，为复核局，设到县一级，为复核所；御史台设到省、府、港府一级，为巡查御史，设在市一级，为巡按御史，设在县一级，为考功御史。
十月三日，崇祯授权翰林院颁发《内阁行政大纲》、《裁撤军机处文》，决定设置内阁，设内阁总理大臣一，内阁总理副臣四，内阁下设财税部、户部、皇家银行、市舶司、农部、礼部、交通部、工部、吏部、兵部、贸易部、实业部、鸿胪寺、理藩院、医部、格物部十六部。财税部主要负责拟订财税发展战略、规划、政策和改革方案并组织实施，参与制定各项宏观经济政策，承担各项财政收支管理，负责各项非税收入，管理金银国库（北京、南京、西安、济南、昆明、武昌、南昌、广州、福州、松江），负责组织起草税收法条，负责全国征税工作；户部主要负责拟订救灾工作政策，负责组织、协调救灾工作，组织自然灾害救助应急体系建设，负责组织核查并统一发布灾情，管理、分配救灾款物并监督使用，组织、指导救灾捐赠，拟订社会救助规划、政策和标准，健全城乡社会救助体系，负责城乡居民最低生活保障、医疗救助、临时救助、生活无着人员救助工作，婚姻管理、殡葬管理和儿童收养；皇家银行职责参照之前已发旨意实行；市舶司负责在开港口岸对进出口贸易进行征税，负责对内河、漕运货物进行征税；礼部负责教育、文化等事务，负责管理天下书院，新设书院必须向礼部提出申请，已有书院必须向礼部备案，负责书籍的出版工作，将笔录司出版职能划归礼部，将国子监划归礼部；交通部负责管理驰道、铁轨马车、内河、海上等交通路线规划和建设，各地已建和筹建驰道者，必须向交通部缴纳保证金，将路桥缮营局（驿站）合并至交通部；工部负责除交通设施之外的其他工程的建设，城乡缮营局并入工部；农部负责农村土地整合与管理，农产品深度加工，农田水利建设，农业局、土地局并入农部；吏部负责各级官员任免升迁，发放官员和吏员俸禄；兵部负责军队新式武器装备与研发，武器出口，将兵事局并入兵部；贸易部负责朝廷主导的货物进出口贸易，将贸易局并入贸易部；实业部负责朝廷主导的实业生产，将实业局（瓷器局、天津造船厂、江南造船厂、马尾造船厂、织造局等）并入实业部；鸿胪寺负责朝廷对外交往、各地朝贡等；理藩院负责三大朵司、少数民族等事务；医部负责卫生、防控疫病疫情等，管理由朝廷控制的药房、医院，其他非朝廷控制药房、医院必须向医部交纳保证金；格物部负责格物研究工作，各部可项格物部提出研发申请，格物部应将研究成果及时回馈，积极转化为生产，成立并管理格物院。擢朱舜水兼任内阁总理大臣，不在兼任行政大学堂祭酒，由顾炎武兼任，徐光启、程国祥、薛国观、张采任内阁总理副臣，罗喻义任财税部尚书，徐岘任户部尚书、张稷若兼任皇家银行总办，霍守典任市舶司尚书，赵清衡任农部尚书，王永光任礼部尚书，杨春懋任交通部尚书，徐亮采任工部尚书，熊奋渭任吏部尚书，郑以伟任兵部尚书，徐屺任贸易部尚书，曹于汴任实业部尚书，官应震任鸿胪寺尚书，祁彪佳任理藩院尚书，张景岳任医部尚书，宋应星任格物部尚书。
十月二十日，崇祯又授权翰林院颁发《品级规定大纲》
，规定财政、行政顾问委员会大臣为正四品，副臣为从四品，各郎中为正五品；翰林院掌院为正四品，编修为从四品，翰林为正五品，行走为从五品，内侍无品；内监不设品级，锦衣卫、京营、野战军品级仍按从前，不在变化；内阁、都察院、督军府大臣为正一品，皆兼太子太师、太子太傅、太子太保，副臣为从一品，内阁各部尚书、都察院各部司尚书、各省总督、各府知府、各港府知府为正二品，各省戍卫军总兵、各府戍卫军总兵、各省巡抚为从二品，各省按察使、布政使，内阁和都察院设在各省机关主官为正三品，各市知州，内阁和都察院设在各市机关主官为从三品，各县知县，内阁和都察院设在各市机关主官为正四品。
至此，新一轮改革全部完成，大明王朝又掀开了新的一页。
