不几日，朱舜水、冒辟疆、高弘图求见崇祯，崇祯在太和殿东暖阁召见三人，行过礼后，朱舜水递上折子道：陛下，臣与高大人商议后，拟将翰林院下划为通政使司、詹事府、核查司、笔录编译司、内廷司、督司、阁司、军司八司。各司又分翰林、行走、内侍，翰林主要负责各司管理，行走负责起草诏书，公文来往，传递旨意，沟通往来，内侍则负责日常杂务。
崇祯便问：新设各司有何用途？朱舜水道：财政顾问委员会、行政顾问委员会、锦衣卫、京营、各野战军统称为内廷，由内廷司负责，督司负责都察院，阁司负责内阁，军司负责督军府，另外将笔录司和编译局合并为笔录编译司，主要负责出版发行各类刊物以及翻译西夷书著。崇祯点点头。
高弘图又接着说：陛下，通政使司主要负责陛下旨意的拟定、颁发和存档，其他部门若要颁发命令，当通过对口各司将公文上递至核查司，核查司可行封驳之权，但要将封驳意见一并发回原部门，部门认为仍需要颁发的，可将封驳意见并公文上递通政使司，交陛下处置。经核查司认为可以颁发的，由核查司直接颁发并存档。
崇祯又道：朕以为詹事府可不必专司太子教育，可令各地亲王派嫡子入詹事府，并皇后、后妃子女一并实行教化。高弘图忙道：陛下圣明。
崇祯又问：各司翰林可有人选了？朱舜水道：依照陛下旨意，一并附列在后，高大人仍为翰林院掌院，周一敬为翰林院编修，黄道周为通政使司翰林，设行走十四，内侍若干；岳宗恒为核查司翰林，马世奇为内廷司翰林，金光辰为都司翰林，王用予为阁司翰林，吕弼周为军司翰林，杨观光为詹事府翰林，毛文炳为笔录编译司翰林，自核查司下俱设行走十二，内侍若干。
崇祯翻看了名录几眼，提起笔写了一个“准”字，然后交给了魏朝，朱舜水又道：陛下，臣以为如今各地总督兼戍卫军总兵，有尾大不掉之嫌疑，且各野战军屯驻各府、港府，颇为不便，一是将总督与总兵分职，二是各府、港府当遍设戍卫军，令野战军换防他地，望陛下明鉴。
崇祯点点头道：朕早有此意，可迁杨嗣昌为太子太保、督军总理大臣，吴襄、张缙彥、南居益、马宝为副臣，杨嗣昌丁忧期间，由吴襄暂时署理大臣之职，爱卿等可拟出督军府整改章程，至于野战军换防，朕已心中有数。
六月二十八日，崇祯皇帝颁发圣旨，令各地野战军换防：天策军驻广宁市、九镇军驻大同市、平夷军驻宁夏市、卫京军驻青州市、天恩军驻杭州市、安蛮军驻巴州市、伏波军大理市、天威军驻汉昌市、天耀军驻庐山市、逐寇军驻遵义市、平北军驻平壤、渤海水师驻塘沽市、黄海水师驻黄州市、东海水师驻宁波市、澎湖水师驻基隆市、南海水师驻虎门市；并裁撤各行省都指挥使司，原各行省都指挥使就任该行省戍卫军总兵。旨到之日立刻交接赴任，不得有误。此外，各府、港府戍卫军也先后组建。
又几日，王懋仁拿着一份奏折呈递给崇祯道：陛下，顾炎武大人和王公公自应天的折子。崇祯接过折子问：你就是通政使司行走？王懋仁道：今日正是微臣轮值。崇祯又道：爱卿是何出身？王懋仁道：启禀陛下，微臣是崇祯元年进士，后任翰林院侍讲，刚在行政大学堂培训完毕。
崇祯点点头，打开折子，奏折上写道：臣顾炎武、王承恩稽首，现已查明，毒害陛下一事，乃是周家出资，贿赂王体乾所为，臣已将周家查封，以待陛下处置，另查明阁臣、文渊阁大学士周延儒，阁臣、东阁大学士薛三省，军机处行走、户部科都给事中姚宗文，军机处行走、刑部科都给事中周永春，都察院右佥都御史许曦，荣王朱慈炤，潞王朱常淓，惠王朱常润等牵涉期间，牵扯阁老宗亲，臣等不敢擅专，以待陛下圣裁。
崇祯看后不由得皱皱眉头，他用手指头轻轻敲了几下桌子问：王爱卿，朕问你，侍奉君王之侧，首要为何？王懋仁道：微臣以为，当以忠为要。崇祯将折子交给王懋仁问：爱卿以为当如何处置？
王懋仁看了折子，不由得大惊失色道：何敢如此！微臣不敢置喙。崇祯道：无妨，你且说来，朕姑且一听。王懋仁这才说：微臣以为，居高位者犯罪比普通百姓犯罪，后果更甚，倘若重臣亲王怀谋逆之心，而陛下不加以严惩，必定会另骑墙犹豫之人动心，以为凭着高位就避免严惩，便会纷纷效仿，那离天下大乱也不远了，如今陛下大行变革，不免得罪一些既得利益者，倘若不严惩，不足以杀一儆百，也好断了那些贼子的反心。
崇祯点头道：好，立刻传旨，着锦衣卫逮捕周延儒等人，抄没其家，牵扯其中之宗亲，皆废王爵，其封地封田由上林苑监没收，全部交刑部严审，以儆效尤！王体乾大逆不道，不必押回京城，斩立决，曹化淳身为南京留守，亦有失职之处，高起潜、马登亦身为其同僚，亦有失察之过也，着押解至京。
王懋仁没想到竟然连曹化淳等也受了连累，但是也不敢说什么，正要下去拟旨，崇祯又道：南京虽为陪都，但是北京承都日久，且南京已立应天府，不必在设陪都，在拟旨，废南京留守，旨到之日，南京留守各太监即刻交办事宜，同回京城，不得有误，另着顾炎武、王承恩处置完毕后回京面圣，不可逗留当地。
不几日，王承恩和顾炎武回到京城面见崇祯，崇祯嘱咐顾炎武几句便让他回去了，王承恩跪下道：大伴，此事着实与曹老公、高老公等无关，不知如何惹怒了大伴，发下雷霆之怒，臣惶恐万分。
崇祯道：起来吧，此事与卿无关，只是朕要裁撤内监诸司，不得不拿此事做个筏子，朕决意裁撤监军所，撤回各地太监监军，东厂、西厂也要一并裁撤，将上林苑监和府库司重新并入内监。
王承恩吓的不敢抬起头，也不敢说话，崇祯道：朕知道你的忠心，朕也不是迁怒与你们，实在是此乃利国利民的好事啊，你有何话不妨直言。王承恩这才道：陛下独裁天下，臣全凭陛下处置，只是九门和京营乃天子护卫，必要派遣忠心之人监军方可，望陛下明察。
崇祯点点头道：不但如此，日后自乾清门外不由太监伺候了，护卫皆由京营负责，其他皆由翰林院负责，内监只负责后宫诸事便可。王承恩这才道：大伴！臣...崇祯道：你不必说，朕也舍不得，不过为家国计，不得不如此，你放心，朕必不负你等忠心之人，下去吧。王承恩这才怏怏退下。
一六三零年七月十六日，崇祯颁旨，内监下设上林苑监、府库司、内务司，上林苑监掌管皇庄事宜，府库司掌管后宫用度及皇家宫舍修缮起造事宜，内务司负责后宫日常宫女太监伺候等事宜。废除东厂、西厂，原东厂、西厂职责一并转交锦衣卫，废除监军所，撤回各地太监监军，仅保留九门提督太监监军和京营太监监军，在此严令民间阉割。自此，太监非诏不得出乾清门，只在后宫伺候，太监正式退出了历史舞台。
